föreläsning 2: hitta sin smitta Flashcards
1
Q
mikroskopiska metoder: översikt
A
- traditionell mikrobiologi
- molekylärbiologi
- serologi
2
Q
traditionell mikrobiologi
A
- mikroskopering
- bakterier, svampar, parasiter - odling på plattor
- artbestämning
- resistensbestämning
DE FLESTA BAKT/SVAMPAR
3
Q
molekylärbiologi
A
PCR
- påvisar nukleinsyra (DNA/RNA)
- ff.a. virus, kan dock påvisa samtliga smittämnen
- snabb/känslig metod
4
Q
serologi
A
AK
- ff.a virus
- ELISA-teknik
- immunokromatografi (snabbtester)
5
Q
ex på bakterier som ej går att odla traditionellt
A
syfilis
borrelia
mykoplasma
TBC
= kräver spec odling
6
Q
vätskebaserade provtagningskit
A
större valfrihet, kan ringa mikrobiologen för att komplettera analyser
7
Q
fördel/nackdel odling
A
fördel
- icke-selektiv
- resistensbestämning
nackdel
- tar tid, ofta > 24h
- subjektiv bedömning, manuellt (väljer vad man svarar ut), väljer platta utifrån frågeställning
- allt växer ej
8
Q
fördel/nackdel PCR
A
fördel
- snabbt svar
- hög sens
- automatiserat
- bred diagnostik
- bra för svårodlade agens (virus, atypiska bakterier)
nackdel
- selektiv
- ofta kostsamt
- klinisk specificitet (RNA/RNA rester, ej levande, kopplat till klinisk bild?)
- variabilitet
9
Q
serologi fördel/nackdel
A
fördel
- immunitetskontroll
- hepatit-diagnostik
- automatiserat
nackdel
- ospecifikt (svårt att skilja på aktuell/genomgången inf)
- tidsberoende
- selektivt
10
Q
bakterie/svamp
A
odlig
11
Q
virus
A
serologi, PCR
12
Q
hur väljer man mikrobiologisk meto
A
- är symtomen infektions-orsakad
- klinik, lab, rtg - misstänkt fokus
- bakt/virus
13
Q
rundodling
A
blod
urin
luftväg
14
Q
G+ kocker: ex på agens
A
strep pyogenes
staff aureus
pneumokocker
15
Q
vanliga bifynd/kontaminanter vid blododling
A
- växer i enstaka flaska, lång larmtid > 24h
- 90% av alla + odlingar blir + inom 2 dygn. Ovanligt att viktig patogen larmar senare….
- växer i enstaka flaska, lång larmtid > 24h
- koagulasnegativa stafylokocker (KNS); vanligast
- corynebakterier/”diftstav”, bacillus spcc
- ev. alfa-streptokocker (inte enterokocker)
16
Q
vad vill man veta vid prel-svar från mikrobiologen angående växt i blododlig
A
hur många flaskor växer det i?
17
Q
varför ska man aldrig se enterokocker som kontaminant
A
vanlig endokardit-patogen från munhåla/tänder
- TEE vb
18
Q
odling vid bakteriemi
A
- blododla på vida indikation, innan AB-beh!!!!!
- desinficera + slaskrör (minskar kontamination)
- 4 rör (2 aeroba/anaeroba), fyll ordenligt (8-10 ml)
= blododlax2
19
Q
avläsning blododling
A
tar ofta 6-12h innan flaska blir +
90% av alla + odlingar blir det inom 2 dygn
avläsning sker kont. i instrument i 5 dygn
20
Q
utsvarning från mikrobiologen odlingar
A
prel svar 1: mikroskopi, minuter
prel svar 2: artbestämning, 1-2h
prel svar 3: snabbresistens, 6-8h
slutsvar (art+resistensbestämning), ca 24h
21
Q
blododlingens väg genom labbet
A
- inkubering
- gramfärgning, mikroskopi
- G+/- kan bestämmas - artbestämning, resistensbestämnig
22
Q
G - stavar
A
e. coli
klebsiella
pseudomonas
23
Q
gram + stavar
A
bacillus
difteroida stavar
listeria
24
Q
gram - kocker
A
neisseria
- gonokocker
- meningokocker
moraxella
25
gram + kocker
troligen stafylokocker
- staf. aureus
- KNS (kontaminant)
enterokocker/streptokocker/pneumokocker
- streptokocker (GAS)
- alfa-streptokocker
- enterococcer
- strep pneumoniae
26
bakterieodling på pinnprov, sterila punktat, vävnadsbitar
odlingsplattor/strategi på lab beror på lokal/anamnes
27
ytliga infektioner med pinnprov, t.ex. sår
normalflora försvårar tolkning
| - rengör noga för att tvätta bort kolonisatörer först
28
vanliga fynd ytliga infektioner (pinnprov)
GAS och staff aureus
29
bett/rivsår
pasteurella
30
bifynd ytliga infektioner
koli-former
enterokocker
KNS (blandflora)
31
nekrotiserande fasciit
GAS
clostridium perfringens
ibland blandflora
32
abcesser
blandflora
- tarmbakt
- strept
- anaerober
33
osteit, osteomyelit, diskit: vanliga agens
s. aures
KNS
tarmbakterier
(kingella hos barn)
34
metod för artbestämning
mass-spektrometri (MALDI-TOF)
| - varje art har ett unikt spektrogram
35
sputum
representerar nedre luftvägar
| - även om man gett AB kan man ta sputum 12-24h efter dos
36
på vilka ska man ej ta NPH
barn, mycket normalflora som försvårar tolkning
37
vilket agens kan man hitta via urin-antien
legionella
pneumokocker
38
diagnostik luftvägsinfektioner
media-otit, pneumoni, sinuit
- pinnprov för odling, NPH
PCR (NPH)
- atypiska gens
39
vanliga luftvägspatogener man kan se med odling nph
pneumkocker
h. influenzae
moraxella
GAS/GCS/GGS
40
vanliga luftvägspatogener man kan se med PCR (nph)
mycoplasma pneumoniae
chlamydophila pneumonia och psittaci
bordetella pertussis
41
luftvägsblock
PCR för att påvisa ett dussintals agens (virus/bakt)
42
vanliga serologi-analyser
hepatit A-E
HIV
CMV/EBV
- aldrig hos IS (PCR bättre)
HSV/VZV
- gravida (exponerade)
TBE
borrelia
- svårtolkad vid bak infektion
toxoplasma
syfilis
- ingår i grav-screening
43
UVI primärpatogener
e. coli
staf saprophyticus
>= 10^3 CFU/mL
44
UVI sek. patogener
>= 10^4 CFU/mL
- koliformer (proteus, klebsiella, enterobacter)
- enterokocker (vanlig blandflora)
45
gastroenterit
PCR-panel finns för virus
bakterier: odling och/eller PCR
protozoer/mask
46
virus GE-panel
calicivirus (noro, sapo)
rota
adeno
astro
etc
47
ex på bakt. GE1
salmonella
shigella
yersinia
campylobacter
EHEC (PCR)
c. difficile (PCR, toxinpåvisning)
48
protozoer/mask GE
[Bild på Giardia](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/08/Giardia_lamblia_SEM_8698_lores.jpg/250px-Giardia_lamblia_SEM_8698_lores.jpg)
entamoeba histolytica
giardia
49
diagnostik CNS-infektioner
LP
- celler, laktat
- HSV/VZV/enterokocker (PCR)
- odling, PCR, ev. antigentest för pneumokocker
- ev. blockdiagnostik
blododling, ev. odling luftvägar
serologi
- TBE
50
bakteriella orsaker till CNS-inf
pneumokocker
h. influenzae
meningokocker
e. coli
GBS
listeria
neuroborrelios
51
virus som ger CNS-infektioner
HSV 1 och 2
VZV
enterovirus
TBE
52
hur fungerar PCR
påvisar art-unik nukleinsyra
- om målantigen finns i provet växer en fluorescens-kurva fram när DNA-sekvensen amplifieras
kvantifiering (används t.ex. vi HIV/hepatit för att följa behandling)
53
NGS
next generation sequencing
- olika metoder för parallell sekvensering
- används på sterila punktat
- ex: 16s rRNA (bakt ribosom), kan påvisa patogen, bra likvor/ledpunktat
54
WGS
whole genome sequencing
art, epidemiologisk typning, resistensmutationer
bra vid smittspridning: identiska bakterier?
55
metagenomik
NGS-analys av allt genetiskt material i ett prov
1. bestämda målsekvenser
2. okänd målsekvens
- smittämnet måste ej vara känt
56
varför odla innan AB
förkortar beh-tid
ökar precision
57
val av analys utifrån infektionsfokus
luftväg
- NPH/sputum, urinantigen, blododling
UVI: urin+blododling
GE: facesprov, blododla
CNS: likvor, blododla
58
när kontakt mikrobiolog
råd kring analysval och tolkning
allt som växer är ej kliniskt relevant
