Génétique: tests génétiques Flashcards
l’ADN humain est composé de combien de gènes?
20 000 (gènes codants = exome: 2% génome) et 3 milliards de paires de base
à l’échelle du chromosome les anomalies de nombre ou de structure sont visibles en quoi?
en cytogénétique
pour les anomalies à l’échelle du gène, on s’intéresse plutôt à quoi, on les étudie par quoi?
à la séquence de l’ADN non visible sur caryotype
par séquençage classique (électrophorèse) = ciblé ou à haut débit = pangénomique
pour les maladies monogéniques à composante génétique forte il y a-t-il peu ou bcp d’influence de l’environnement?
peu
pour les maladies “communes” d’origine multifactorielle quels sont les facteurs d’influence?
facteurs de prédisposition génétique + facteurs environnementaux
pour les tests cytogénétiques du chromosome, quels sont les tests les - résolutifs?
- le caryotype (10 Mb): nombre + structure chr
- FISH (hybridation fluorescence in situ = 1 Mb)
pour les tests cytogénétiques du chromosome, quels sont les tests les + résolutifs et répandus?
- puces à ADN (ACPA) = anomalies > 100 kb
- séquençage (génétique moléculaire: méthode la + résolutive = résolution à la paire de base près (1bp))
quels sont les tests ciblés = 1 région spécifique?
- FISH: 1 locus
- séquençage classique (de Sanger): 1 gène
quels sont les tests pangénomiques = ensemble du génome avec résolutions différentes?
- caryotype: chr à faible résolution
- puces à ADN: chr à forte résolution
- séquençage à haut débit: génome à paire de base près
quelles sont les 5 classes de variations génétiques du normal au pathogène?
classe 1: bénin
classe 2: probablement bénin
classe 3: variant de signification incertaine
classe 4: probablement pathogène
classe 5: pathogène
quels sont les critères d’interprétation des analyses des variations génétiques?
- base de données en population générale
- base de données des patients
- analyses de prédiction / in silico
- tests fonctionnels in vitro et in vivo
- littérature scientifique
- ségrégation familiale
que sont les données additionnelles et quels sont les 2 types?
données pathologiques (classe 4 ou 5) mais qui n’ont pas de relation directe avec l’indication initiale du test
incidentes (découverte fortuite, involontaire) et 2aires (recherchées à partir d’une liste préétablie de gènes)
les données incidentes sont mises en évidence lors de quels tests? sont-elles négligeables?
analyses génétiques non ciblées (caryotype, ACPA, séquençage haut débit d’exome / génome)
non négligeables => mesures prévention dans certains cas
quels types de données incidentes? que réaliser systématiquement lors de leur découverte?
prédispositions au cancer, pathologies cardiaques, pathologiques neurologiques / neurodégénératives, statut porteur sain + fausse paternité, consanguinité
discussion clinico biologique
les diagnostics pré symptomatiques <=> données incidentes sont ils autorisés chez les mineurs lorsqu’il n’y a pas de mesure de prévention ou de soin (ex délétion gène = facteur prédisposition cancer sein / ovaire)?
INTERDITS => résultat ACPA/caryotype pour affection neurologique non transmis après décision collégiale
lors de découvertes incidentes et lors de la discussion clinico biologique qu’est-il important de tenir compte avant d’informer le patient?
le type de consentement donné par le patient avant l’analyse (inclut-il les données incidentes?)
la recherche des données 2aires (à partir d’une analyse pangénomique) est-elle autorisée en France?
non: interdite
les tests génétiques à des fins médicales sont encadrés par quelles lois? quels sont les critères de prescription?
lois de Bioéthique (2011)
intérêt direct de l’individu, consentement libre / écrit /éclairé, labos accrédités par les ARS, biologistes agréés par Agence de Biomédecine, droit à l’info, respect confidentialité
le diagnostic de la maladie génétique se fait souvent de quel moyen? en quoi l’analyse génétique sera utile?
diagnostic clinique + examens paracliniques
confirmation diagnostic / aide au conseil génétique
l’annonce de diagnostic de la maladie génétique se fait uniquement par qui?
par le médecin prescripteur lors d’une consultation individuelle
quels sont les tests génétiques chez le fœtus et l’embryon?
DPN (diagnostic prénatal) et DPI (diagnostic préimplantatoire)
quelles sont les 2 lois du Code de la santé publique encadrant les tests génétiques chez le fœtus et l’embryon?
- loi du 9 juillet 2011: « Toute femme enceinte reçoit lors d’une consultation, une info loyale, claire et adaptée à sa situation sur la possibilité de recourir à des examens de biologie médicale et d’imagerie permettant d’évaluer le risque que l’embryon ou le fœtus présente une affection susceptible de modifier le déroulement ou le suivi de sa grossesse »
- loi sur l’IMG: « L’IVG peut à toute époque être pratiquée si 2 médecins attestent que la poursuite de la grossesse met en péril grave la santé de la femme ou qu’il existe une forte probabilité que l’enfant à naître soit atteint d’une affection d’une particulière gravité reconnue comme incurable au moment du diagnostic (l’un des deux médecins doit exercer son activité dans un centre de diagnostic prénatal multidisciplinaire)
il y a-t-il une liste de maladies graves? qui est-ce qui décide de l’IMG?
non: c’est le CPDPN (centre pluridisciplinaire de diagnostic prénatal) qui détermine si maladie grave ou incurable pour l’IMG
quels sont les critères d’une maladie grave (l’IMG reste un traitement au cas par cas)?
- atteinte fonctions intellectuelles
- mauvais pronostic fonctionnel (maladies osseuses constitutionnelles, neuromusculaires)
- diminution nette espérance de vie (mucoviscidose)
quels sont les DPN invasifs chez le fœtus qui peuvent être prescrits par le CPDPN? quels sont les risques?
- biopsie de trophoblaste (ponction villosités choriales) = 11-13 SA
- amniocentèse (ponction liquide amniotique) = >16 SA
risque hématome pour biopsie et rupture poche des eaux (fausse couche ou accouchement prématuré)
quels sont les DPN non invasifs chez le fœtus qui peuvent être prescrits par le CPDPN? quels buts?
caryotype, ACPA, analyses ciblées (FISH), génétique moléculaire…
ADN fœtal circulant dans sang maternel (dépistage trisomie 21), détermination sexe fœtal
quels sont les tests génétiques chez l’embryon qui doivent être validés par le CPDPN?
tests de DPI = technique de PMA (FIV): embryons obtenus par FIV puis effectuer tests génétiques chez ces embryons (au niveau chromosomique ou du gène) pour déterminer les embryons non atteints de la maladie et ne réimplanter que ceux-ci
le test génétique utilisé pour un patient asymptomatique dans le cadre de conseil génétique est utilisé dans quels buts?
- information parentèle après découverte anomalie génétique dans la famille
- évaluer risque transmission d’une maladie à sa descendance / nécessité proposer DPN ou DPI
le test génétique pour patient asymptomatique est-il habituellement utilisé chez les mineurs?
normalement interdit
de quelles 2 manières peut être transmise l’info aux apparentés du sujet atteint de la maladie génétique familiale et de leurs risques?
- par le patient lui-même (conflits de valeur) > obs: il ne peut pas avoir de poursuite pénale en cas de non transmission de l’info aux apparentés
- par médecin prescripteur (Loi Bioéthique)
qu’est-ce qu’un Diagnostic pré symptomatique (DPS)?
diagnostic prédictif = test chez un individu sain dans le but de prédire s’il va développer une maladie génétique
effectué sous encadrement légal + suivi psychologique
quelles sont les 2 situations de DPS?
- mesures préventives ou de traitement possibles (prédisposition aux cancers): DPS autorisé chez mineurs
- mesures préventives ou de traitement inexistantes (affections neurodégénératives): DPS interdit chez mineurs
l’analyse génétique peut-elle être uniquement prescrite par le généticien ou tous les médecins peuvent la prescrire?
tous les médecins dès qu’ils sont capables d’interpréter les résultats et sauf en cas de patient asymptomatique
dans quel cas les résultats d’un test génétique doivent être communiqués par le patient à ses apparentés?
dès lors qu’ils peuvent bénéficier de mesures de prévention ou soins
les maladies génétiques touchent quel % de la population?
5%
