Génétique: cytogénétique partie 2 Flashcards
qu’est-ce que la technique ciblée de FISH (fluorescence in situ hybridation) sur chromosome en métaphase?
technique de cytogénétique moléculaire pour la détection spécifique d’une ou plusieurs régions du génome à partir de sondes oligonucléotidiques marquées par un fluorochrome rouge ou vert > anomalies 200-400 kb
quels sont les 3 types de sondes pour la technique FISH et pourquoi sont elles utilisées?
- unilocus pour un phénotype évocateur ou validation d’une anomalie détectée par une autre technique
- centromérique: identification anomalie numérique ou chromosome marqueur
- télomérique: confirmation translocation de petite taille non visible sur caryotype
pour une FISH sonde unilocus en cas de suspicion de syndrome de Di George, quel est le locus du chromosome 22 ciblé?
locus 22q11.2. (voir si délétion)
il est + dur de voir les duplications ou les délétions?
duplications => toujours regarder sur noyau car l’ADN est décondensé (vérifier si pas d’asymétrie d’intensité)
la sonde centromérique pour FISH sur noyau sont souvent utilisées dans quel cas pour détecter quoi?
en prénatal (résultats en 2j) pour détecter trisomie 13, 18 ou 21
dans quel cas on utilise la sonde télomérique pour FISH?
translocation équilibrée
quel test met en évidence les translocations déséquilibrées (délétion)?
CGH array et FISH sur noyau
qu’est-ce qui permet de détecter des insertions chromosomiques (uniquement en métaphase)?
la peinture chromosomique
pour la FISH en onco-hématologie, la sonde de dissociation (break apart) est utilisée pour quelle pathologie? détecte quelle anomalie?
utilisée dans LAM4 = leucémie aigüe myéloïde à éosinophile
toujours inversion chr 16 > transcrit de fusion des gènes CBFß /MYH11
sonde rouge cible la partie 5’ de CBFß et sonde verte sa partie 3’
lors de la FISH en onco-hémato, si on a un signal de fusion (superposition signal rouge et vert = peut paraître jaune) que cela signifie-t-il pour le chr 16? et si on a une dissociation du signal de fusion (signal rouge et vert)?
signal de fusion = chr 16 normal
dissociation signal = inversion chr 16
la sonde simple de fusion (FISH) met en évidence quelle anomalie de quels gènes?
chromosome philadelphie: translocation 9/22 (gènes ABL et BCR > signal de fusion)
la sonde double fusion (FISH) met en évidence quelle anomalie de quels gènes?
translocation 9/22 (gènes ABL et BCR) > 2 fusions
quel est le principe de la CGH array ou puces à ADN?
technique pangénomique qui étudie le génome avec une résolution de 150 kb (pour une puce 60K)
quelles sont les étapes de la CGH array?
prélèvement sur tube EDTA > on extrait ADN du patient + un ADN témoin et on les marque par un fluorochrome > on les place sur une lame = compétition entre les ADN > on lave puis on lit par un scanner la lame > on obtient un caryogramme
pour le résultat du CGH array, que signifie-t-il si il y a compétition entre ADN du patient et ADN témoin (autant d’hybridation de signal vert et rouge donc fluorescence jaune)?
le patient est normal (0)
