H5.7: Tumor evolutie: Klinische implicaties van intratumor heterogeniteit

Question 1

genomische afwijkingen onderverderling

Answer 1

• specifieke afwijkingen
• niet-specifieke afwijkingen

Question 2

specifieke afwijkingen

Answer 2

heeft direct invloed op hoe een cel zich gedraagt; drivers

oorzakelijk betrokken bij transformatie en progressie

Question 3

driver mutatie

Answer 3

mutatie die er dus echt voor zorgt direct dat een cel een tumorcel wordt en deze tumorcel dan vervolgens in stand houdt

Question 4

niet-specifieke genomische afwijkingen

Answer 4

hebben geen dirtect effect op het ontstaan/progressie van tumor
- passengers/hitchhikers
- age-related genomic aberrations

Question 5

proto-oncogen

Answer 5

• aanwezig bij iedereen in DNA
• als hierin een afwijking ontstaat, verandert het in een oncogen => tumor fenotype

Question 6

hoeveel allelen in een proto-oncogen moeten afwijken/muteren om een oncogen te worden?

Answer 6

maar 1 vd 2

Question 7

tumorsuppressorgenen

Answer 7

• eerst ontstaat er 1 afwijking (bv verlies van 1 allel)
• als er dan iets gebeurt met dan ene overblijvende allel, heb je pas een probleem
• dan wordt de tumor niet meer onderdrukt

Question 8

hoeveel allelen moeten in een tumor suppressorgen muteren om tumor te worden?

Answer 8

2

Question 9

clonaal

Answer 9

• uit dezelfde cel ontstaan
• hebben allemaal precies dezelfde afwijkingen

Question 10

clonal dominance

Answer 10

1 clone groeit harder dan de rest

Question 11

klinische tumor

Answer 11

heel veel cellen met wèl dezelfde driver, maar er is veel meer onderweg opgepikt aan passenger mutaties die verschillen per cel; heterogeen

Question 12

TP53

Answer 12

• tumorsuppressorgen
• je verwacht dus 1 gemuteerd allel icm verlies van het wildtype allel

Question 13

als je 100% tumorcellen onderzoekt, verwacht je … % mutant tumorsuppresorgen DNA

Answer 13

100%. want het andere allel is verwijderd

Question 14

DNA isolatie 80% tumor en 20% normale cellen

Answer 14

per 100 cellen:
- 80 tumorcellen, dus 80x het mutant allel (het andere allel is weg)
- 20 normale cellen, dus 40x het normale allel

Question 15

mutant allel frequentie bij dit voorbeeld

Answer 15

80/(80+40)=67%

Question 16

coverage bij NGS

Answer 16

aantal keer dat een basepositie onafhankelijk bepaald is

Question 17

Var_Cov = variant (dus gemuteerd)

Answer 17

Ref_Cov = referentie (dus normaal)

Question 18

homogene afwijking

Answer 18

clonaal = in alle cellen aanwezig

Question 19

heterogene afwijking

Answer 19

niet-clonaal, niet in alle cellen aanwezig

Question 20

EGFR

Answer 20

oncogen

Question 21

DNA isolatie EGFR oncogen 80% tumor en 20% normaal

Answer 21

per 100 cellen:
- 80 tumorcellen: 80x normaal allel, 80x wildtype allel (maar 1 vd 2 bij oncogen is afwijkend)
- 20 normale cellen: 40x normaal allel

Question 22

mutant allel frequentie bij oncogen

Answer 22

80/(80+80+40)= 40%

Question 23

welke mutatie bij longkanker zorgt voor resistentie erlotinib?

Answer 23

p. T790M

Question 24

!: homogeniteit van mutaties is aanwijzing, maar geen bewijs, voor causale betrokkenheid bij maligne transformatie (age-related en passenger/hitchhiker mutaties in dominante clone zijn ook mogelijk ipv dat het meteen een driver is)