H3.6: Het humane genoom en analsye van genexpressie met microarrays en NGS

Question 1

waar zit het humane genoom?

Answer 1

• grootste deel: nucleus in chromosomen
• mitochondrion: heeft haar eigen genoom

Question 2

mDNA

Answer 2

• 16,5kb
• max. 1000 kopieën per cel
• minder dan 1% van totale hoeveelheid DNA

Question 3

kern genoom; kern DNA

Answer 3

• 3000 Mb
• haploïd

Question 4

menselijke genoom

Answer 4

22 autosomen
2 geslachtschromosomen

Question 5

strategie voor het sequencen van menselijk genoom

Answer 5

1. genomisch DNA wordt geïsoleerd
2. opsplitsen in fragmenten van een paar honderd duizend baseparen
3. geordend
4. gepakt en in kleine stukjes gesplitst
5. alle kleine stukjes worden gesequenced adhv senger

Question 6

er is ook RNA dat geen eiwitten codeert; RNA-only genen

Question 7

algemene kenmerken van het humane genoom

Answer 7

• het “proteoom” (volledige set eiwitten gecodeerd door het humance genoom) is veel complexer dan dat van invertebrate organismen
• slechts 1,5% van het humane genoom bestaat uit coderende sequenties (exoom). omdat de meeste genen veel en vaak grote intronen bevatten, wordt ten minste 1/3 deel van het genoom getranscribeerd
• ongeveer de helft van het humane genoom bestaat uit hoog repititief DNA afkomstig van transposabele elementen
• deze elementen hebben hun transposon activiteit vrijwel geheel verloren

Question 8

per 1000 basen is er maar … verschillend tov degene random die naast je zit

Answer 8

1 ; single nucleitide polymorphy. het verschilt er dus 1.

Question 9

hoe gelijk zijn we aan apen?

Answer 9

per 100 basen is er 1 verschillend

Question 10

toepassen van de humande genoomsequentie

Answer 10

• identificeren en kloineren van ziektegenen, incl genen die betrokken zijn bij het ontstaan van kanker
• identificeren van nieuwe genen die nauw verwant zijn aan bekende drug targets. dt biedt de mogelijkheid om nieiwe farma stoffen te ontwikkelen en oude te verbeteren
• het vinden van mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken; hierdoor kan de dosis worden aangepast en het risico van bijwerkingen aanzienlijk worden teruggebracht

Question 11

normaal weefsel met kanker weefsel vergelijken analyse

Answer 11

1. je haalt RNA uit normaal weefsel en tumorweefsel
2. het RNA wordt gelabeld (rood of groen)
3. wordt op een micro-array gedaan
4. elk spotje/puntje daarop is 1 gen
5. als het gen tot expressie komt, vind je daar een signaal
6. bioinformatica verwerkt en interpreteert dat
7. validering microarray data
8. zo vind je genen en moleculaire processen

Question 12

diffuse large B cell lymphoma (DLBCL)

Answer 12

dmv genexpressie clustering is onderscheid gemaakt tussen twee vormen hiervan: GC B-like DLBCL (relatief goede prognose) en activated B-like DLBCL (relatief slechte prognose)

Question 13

toepassing NGS

Answer 13

NGS van RNA is een veelzijdige benadering om genexpressie te begrijpen

Question 14

NGS

Answer 14

• enorm dynamisch bereik
• gebruik van alternatieve promotoren
• alternatieve splicing
• allel-specifieke gen expressie
• mutatie detectie
• ontdekking van nieuwe exons, niet-coderende RNAs, micro-RNAs