Maladies infectieuses Flashcards
On dit que la flore microbactérienne ____ un site anatomique
On dit que la flore microbienne colonise un site anatomique.
Sites du corps humains colonisés par une flore
- Muqueuses du tube digestif (intestin ++)
- Muqueuse urogénitale (vagin ++)
- Muqueuse respiratoire supérieure (bouche ++)
- Peau (zones humides ++ = aisselles, haines, etc.)
Système du corps humain entièrement stériles
Les systèmes suivants sont entièrement stériles, c’est-à-dire qu’ils ne sont pas colonisés par une flore :
- Cardiovasculaire : sang, tissus
- Musculo-squelettique : muscles, os, articulations
- Neurologique : liquide céphalo-rachidien
Sites profonds: Colonisation?
La plupart des sites anatomiques « profonds », ou loin de la surface du corps, sont stériles (sauf l’intestin!) :
- ORL : sinus, oreille moyenne et profonde
- Respiratoire : bronches distales + alvéoles, plèvre
- Génito-urinaire : urètre proximal, vessie, utérus, prostate, uretère, reins
- Digestif : foie, rate, pancréas, cavité péritonéale
Distribution des principaux micro-organismes de la flore selon le site anatomique: ORL
Distribution des principaux micro-organismes de la flore selon le site anatomique: Grêle + côlon
Distribution des principaux micro-organismes de la flore selon le site anatomique: Génito-urinaire
Distribution des principaux micro-organismes de la flore selon le site anatomique: Bouche
Distribution des principaux micro-organismes de la flore selon le site anatomique: Peau
Cystite: Définir
Infection urinaire basse
Cystite: Investigation
Investigation microbiologique : sommaire microscopique des urines (SMU) et décompte-culture-antibiogramme (DCA)
SMU-DCA: Quand les prescrire?
- Habituellement chez tous les patients qui se présentent avec des symptômes urinaires compatibles
- Exception : jeunes femmes non enceintes avec symptômes typiques, sans fièvre et sans facteur de risque d’infection résistante
- On ne prescrit pas de culture d’urine chez un patient asymptomatique (sauf exceptions – ex : femmes enceintes)
SMU-DCA: Comment les prescrire?
- Avant les antibiotiques
- Habituellement sur une urine mi-jet, après désinfection
SMU-DCA: Comment les interpréter? (grandes considérations)
3 grandes considérations :
1. L’urine est stérile.
2. Mais, pour la plupart des prélèvements, dont le mi-jet qui le plus répandu, elle peut se contaminer au passage par les flores digestive, génito-urinaire et cutanée.
3. L’interprétation du résultat dépend du sommaire d’urine, de la bactérie identifiée et de la quantité retrouvée.
Principales bactéries causant l’infection urinaire basse
Principales bactéries causant l’infection urinaire :
- Entérobactéries dont : Escherichia coli (E.Coli), Klebsiella sp., Proteus mirabilis, Citrobacter, etc.
- Enterococcus faecalis
- Staphylococcus saprophyticus : à coagulase négative, cause des infections urinaires basses classiquement chez les jeunes femmes
- Streptocoque B-hémolytique du groupe B
- Pseudomonas aeruginosa
- Etc
Cystite: Quantité de bactéries dans l’échantillon urinaire nécessaire au diagnostic
La quantité habituellement retrouvée en infection urinaire dans un mi-jet est supérieure à 10 à la 7 ou 8 UFC/L et la bactérie sera identifiée par le laboratoire seulement si elle est un pathogène reconnu en quantité suffisante
Principales bactéries représentant de la contamination dans l’urine + leur interprétation
- Streptocoque viridans
- Corynébactéries
- Staphylocoques à coagulase négative (sauf S. saprophyticus)
- Micrococcus sp.
- Etc.
*Parfois, s’il y a beaucoup de ces bactéries, le laboratoire peut sortir un résultat que l’on doit nous-mêmes interpréter: ce n’est pas parce qu’une bactérie ressort de l’analyse qu’elle est la cause de l’infection.
Cystite: Quand y a-t-il présence de nitrites au SMU?
- Infection urinaire causée par des entérocoques : absence de nitrites au SMU, car ces bactéries ne possèdent pas la capacité de transformer les nitrates en nitrites
- vs
- Infection urinaire causée par des entérobactéries (dont E. Coli) : nitrites positifs, car possèdent la capacité de transformer les nitrates en nitrites.
Que signe la présence de leucocytes au SMU?
Leucocytes dans l’urine : signent une réaction inflammatoire
Pneumonie: Quelle est l’investigation nécessaire?
- hémoculture x2
- culture des expectoration
- radiographie pulmonaire
Pneumonie: Culture d’expectorations - Quand la demander?
- Pneumonie acquise en communauté : en externe, habituellement pas recommandée
Recommandée si : pneumonie nécessitant une hospitalisation/sévère, histoire de colonisation par des germes plus résistants, détérioration sous antibiotiques, hospitalisation récente et utilisation d’antibiotique dans les 3 derniers mois - Pneumonie nosocomiale : recommandée
Pneumonie: Culture d’expectorations - Comment la prescrire?
- Avant les antibiotiques, si possible
- Un seul spécimen (de qualité) suffit : si le spécimen contient beaucoup de cellules épithéliales et pas de leucocytes = exclu, car salive (et non une expectoration
provenant des poumons) - Ça ne fonctionne que si notre patient peut expectorer
Pneumonie: Culture d’expectorations - Comment l’interpréter? (grandes considérations)
3 grandes considérations :
1. Ce n’est pas un spécimen stérile : flore normale, colonisants
2. La/les bactéries qu’on retrouve ne sont pas nécessairement l’agent étiologique de la pneumonie.
3. L’interprétation du résultat dépend, entre autres, de la qualité du spécimen.
Pneumonie: Culture d’expectorations - Utilités
- Surtout utile pour les pneumonies bactériennes à germe « typique »
- Si la culture est positive, elle peut identifier le germe responsable.
- L’antibiogramme fait sur la culture permet de donner un traitement ciblé.
- Permet de connaître l’épidémiologie
Pneumonie: Culture d’expectorations - Limites
- Il faut pouvoir expectorer.
- Il faut interpréter en fonction du fait que le flore normale peut être retrouvée sans en être la cause : jugement clinique
- Il faut idéalement obtenir le spécimen avant les antibiotiques.
- Le résultat de la culture prend quelques jours à sortir.
Pneumonie: Quels sont les pathogènes en cause?
Pneumonie: Culture d’expectorations - Comment fait-on l’interprétation selon les résultats?
- Polynucléaires > 25/champs : indique le spécimen vient des voies respiratoires inférieures; infection
- +++ bacilles gram négatif : signe un déséquilibre; habituellement, il y a peu de grams négatifs
Quoi faire s’il y a de la fièvre sans évidence de foyer infectieux?
- Fièvre, sans évidence de foyer infectieux : bilan septique (hémoculture x2, SMU-DCA, radiographie des poumons)
Hémocultures: Quand les demander?
- Si probabilité élevée de bactériémie : de routine (sepsis, choc septique, ostéomyélite, discite vertébrale, abcès épidural, méningite, arthrite septique non traumatique,
suspicion d’endocardite et autre infection intravasculaire, infection de cathéter) - Si probabilité modérée de bactériémie : le plus souvent (pyélonéphrite, cholangite, abcès du foie, pneumonie acquise en communauté sévère, pneumonie acquise sous ventilateur, cellulite chez immunosupprimé)
Hémocultures: Comment les prescrire?
- Avant les antibiotiques
- « Hémocultures x 2 » (au minimum) 2 ponctions veineuses différentes (en périphérie le + souvent) 2 bouteilles par ponction (aérobie et anaérobie) = 4 bouteilles
Hémocultures: Comment les interpréter? (grandes considérations)
3 grandes considérations :
1. Le sang est normalement stérile.
2. Pour prélever les hémocultures, il faut passer à travers la peau qui n’est pas stérile.
3. L’interprétation du résultat dépend de la bactérie identifiée, du tableau clinique et d’autres informations en lien avec le prélèvement.
Micro-organismes trouvés dans le sang qui sont TOUJOURS considérés SIGNIFICATIFS
- Staphylococcus aureus
- Streptocoque B-hémolytique du groupe A
- Streptococcus pneumoniae
- Entérobactéries (ex : E.Coli)
- Haemophilus influenzae
- Bactéroïdes (bacilles gram négatifs anaérobies)
- Pseudomonas aeruginosa
- Candida
Ces bactéries et levures ne doivent pas être considérées comme des contaminants.
Micro-organismes trouvés dans le sang qui peuvent être considérés comme signitificatifs ou simplement comme contaminants (non significatifs)
D’autres bactéries peuvent être significatives ou peuvent représenter de la contamination.
- Le plus souvent significatives, mais parfois contaminants : entérocoques, streptocoque viridans
- Souvent (mais pas exclusivement) contaminants : staphylocoque à coagulase négative, corynébactéries, Cutibacterium acnes, Bacillus sp, Micrococcus sp. (bactéries de la peau)
Autres éléments à considérer dans l’interprétation des hémocultures
- Le nombre de bouteilles positives par rapport au nombre total de bouteilles prélevées
- Le temps de positivité (plus ça pousse vite, plus c’est significatif – signifie qu’il y avait une bonne quantité de bactéries)
- Le site de prélèvement (périphérie vs cathéter)
- La probabilité de bactériémie selon le tableau clinique : le jugement clinique a toujours sa place
Méningite: Invstigation
- hémocultures x 2
- ponction lombaire
Ponction lambaire: Quand la demander / faire?
En cas de suspicion d’infection du système nerveux central, comme une méningite ou une encéphalite : la
ponction lombaire est nécessaire et urgente
Ponction lambaire: Comment la prescrire?
- Avant les antibiotiques, si ça ne retarde pas le traitement
- Prescrire chaque analyse voulue, habituellement :
Biochimie sur le LCR (glucose, protéines)
Gram, culture bactérienne
Décompte cellulaire
Autres analyses : PCR méningite « multiplex » et PCR spécifique Herpès types I et II - Le LCR devrait être stérile, et les mesures de désinfection sont habituellement très efficaces lors du prélèvement. On ne devrait donc réellement pas retrouver de bactéries dans le LCR normal.
- En cas de suspicion d’infection du SNC comme une méningite ou une encéphalite, SI on ne peut pas procéder en urgence à la ponction lombaire : on prélève des
hémocultures en urgence et on administre le traitement. On fait la ponction lombaire dès que possible.
Ponction lambaire: Comment l’interpréter? (grandes considérations)
3 grandes considérations :
* Le LCR est stérile.
* Lors de la ponction lombaire, il faut passer à travers la peau qui n’est pas stérile.
* L’interprétation du résultat dépend de la biochimie, du décompte cellulaire, de la bactérie identifiée et du tableau clinique.
Principales bactéries et virus causant la méningite/encéphalite à ne jamais considérer comme contaminants dans le LCR
Bactéries (selon l’âge, le statut immunitaire, etc.)
* Streptococcus pneumoniae
* Neisseria meningitidis
* Haemophilus influenzae
* Streptocoque B-hémolytique du groupe B
* Escherichia coli
* Listeria monocytogenes
Virus
* Herpès type I et II
* Varicella Zoster
* Entérovirus
Hémocultures: Désavantages
- Les hémocultures sont des examens de laboratoires “couteux” pour la société, car elles sont très rarement positives.
- De plus, il y a malheureusement un très haut taux de contamination lors de la technique au chevet du patient.
- Il est donc pertinent de les demander uniquement lorsque le risque de bactériémie est élevé.
Hémocultures: Indications
Malgré des recherches sur le Web, il n’y a pas présentement de consensus canadien ou québécois sur les indications des hémocultures. Vous trouverez en référence un document américain qui résume bien les éléments à prendre en considération avant de prescrire des hémocultures - indications.
Traduction libre du tableau tiré de Blood Culture Indications (voir références): Indications hémocultures
Hémocultures: Spécificité de l’endocardite
- Si une endocardite est suspectée, 3 hémocultures (20 mL chacune) doivent être obtenues dans les 24 h (si la présentation évoque une endocardite bactérienne aiguë, 2 hémocultures dans les 1 ou 2 premières heures).
- Chaque ensemble de cultures doit être obtenu à partir de sites de ponction veineuse différents et nouveaux (c’est-à-dire, non pas à partir de cathéters vasculaires existants).
- Les hémocultures ne doivent pas nécessairement être effectuées au cours de la fièvre ou de frissons parce que la plupart des patients présentent une bactériémie permanente.
Hémocultures: Avant ou après les antibiotiques?
l faut se rappeler que tout patient présentant un état septique (fièvre + atteinte de l’état général) doit avoir des prélèvements d’hémocultures AVANT de débuter les antibiotiques tant que cela ne retarde pas le début du traitement antimicrobien.
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + diarrhée liquide
Non
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + douleur osseuse localisée
Oui
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + hypotension artérielle
Oui
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + neutropénie
Oui
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + otalgie + bon état général
Non
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + raideur de la nuque
Oui
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + rhinorrhée claire + bon état général
Non
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Fièvre + souffle cardiaque
Oui
Mentionner si on demande ou non des hémocultures dans la situation suivante: Plus de 39.4 de fièvre
Oui
