VL 5 Röntgenkristallographie/Cryo-EM Flashcards
Wie läuft Röntgenkristallographie ab?
- Probe in einen Kristall einschließen
- Davon das Beugungsmuster bestimmen
- Erhalte Elektronendichtekarte
Wie läuft die Cryo-Elektronenmikroskopie ab?
- Protein reinigen
- Bringe das Protein auf ein “Grid” (sehr kleines Sieb)
- Einfrieren (“Vitrifizierung”) Proben haben jetzt alle möglichen Ausrichtungen
- Probe unter Elektronenstrahl
- Beste Partikel für Auswertung auswählen (“Particle Picking”)
- Von 2D-Projektion zu 3D-Projektion gehen
Was ist bei Cryo-EM die Vitrifizierung?
lateinisch vitrum ‚Glas‘: Das Festwerden einer Flüssigkeit durch Erhöhung ihrer Viskosität, während sie abgekühlt wird – wobei eine Kristallisation ausbleibt und somit ein amorphes Material (Glas) entsteht. Das kann z. B. erreicht werden durch extrem schnelles Abkühlen (z. B. in flüssigem Stickstoff).
Welcher Typ Probe wird benötigt für:
Röntgenkristallographie
Cryo-EM
NMR
Röntgenkristallographie: Kristall
Cryo-EM: Vertrifizierte Lösung
NMR: Lösung
Welche Rohdaten werden erhalten bei:
Röntgenkristallographie
Cryo-EM
NMR
Röntgenkristallographie: Beugungsmuster
Cryo-EM: 2D-Projektion
NMR: Spektrum
Welche Daten erhält man nach Prozessierung der Rohdaten?
Röntgenkristallographie
Cryo-EM
NMR
Röntgenkristallographie: 3D Elektronendichtekarte
Cryo-EM: 3D Elektronendichtekarte
NMR: Liste von Abständen und Winkeln
Welche Vorteile besitzen die einzelnen Methoden:
Röntgenkristallographie
Cryo-EM
NMR
Röntgenkristallographie: Auch für sehr große Moleküle
Cryo-EM: Braucht wenig Material und kann Konformationen unterscheiden
NMR: Probe in Lösung und kann weiter verwendet werden
Welche Nachteile besitzen die einzelnen Methoden:
Röntgenkristallographie
Cryo-EM
NMR
Röntgenkristallographie: Braucht Kristall, viel Material und Probe ist weg
Cryo-EM: Schlecht bei kleinen Proteinen und Probe weg
NMR: Keine großen Proteine
