VL 2 Gimpl: Epigenetik II Flashcards
Was versteht man unter den Begriff Histon-Code?
Die Histon-Code-Hypothese besteht im Kern darin, dass die** Histon-Modifikationen eher dazu dienen, andere Proteine zu rekrutieren, **anstatt nur die Histon-DNA-Wechselwirkung zu stabilisieren bzw. zu destabilisieren.
Der Histon-Code kann gelesen, geschrieben und gelöscht werden.
Nenne Beispiele für “Writers”.
- Ubiquitin-Ligasen,
- SUMO-Ligasen,
- HMTs,
- HATs,
- Kinasen,
- ADP-Ribosyltransferasen.
Der Histon-Code kann gelesen, geschrieben und gelöscht werden.
Nenne Beispiele für “Readers”.
- SH2-Domänen
- Bromodomänen
- Chromodomänen
- FHA-Domänen
Der Histon-Code kann gelesen, geschrieben und gelöscht werden
Nenne Bespiele für Erasers.
- HDACs
- HDMs
- Deubiquitinasen
- Phosphatasen
- KDMs (zB. Histon Lysin Demethylasen)
Wie wird miRNA hergestellt?
Wie wirkt miRNA?
- pri-miRNA (größer als 1000nt) wird durch Drosha im Nucleus zu pre-miRNA (ca. 70nt) abgebaut und mit Exportin ins Cytosol transportiert.
- Dicer zerschneidet die pre-miRNA zu miRNA (22nt)
- miRNA bindet am RISC Komplex (miRNA induced silencing complex) und bewirkt gene silencing und mRNA Degradation.
Was bewirkt DNA-Methylierung an CpG-sites?
Welche Base wird oft methyliert? Wieviel % der Cpg sind methyliert?
Wie sieht die Methylierungsreaktion aus?
Wie werden Methylierungsmuster getreu vererbt?
Gen-silencing
Cytosin wird zu 5-Methylcytosin.
70-78% der CpG. (Das sind ca 1,5% des Genoms.)
Es gibt de novo DNMTs und maintenance-DNMTs
Wie wird DNA-Methylierung passiv wieder aufgehoben?
Durch Replikation wird 5mC praktisch “verdünnt”
Wie unterscheidet sich der Energiestoffwechsel zwischen differenzierten und Pluripotenten Zellen?
Der Energiestoffwechsel unterscheidet sich gewaltig.
Undifferenzierte Zellen (und auch Krebszellen) betreiben überwiegend GLYKOLYSE.
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist SCNT.
Wofür steht SCNT?
Reprogrammierung durch somatischen Zellkerntransfer- Reprogramming by somatic cell nuclear transfer (SCNT)
Was sind die Unterschiede von miRNA und siRNA?
- siRNA wird künstlich hergestellt.
- mRNA bindet an RISC-Komplex mit der miRNA wenn mehr als 7 Basen komplementär sind.
- Im Gegensatz dazu muss siRNA vollständig komplementär sein um mRNA-Degradierung bewirken zu können.
Was bewirkt DNA-Methylierung an CpG-sites?
Gen-silencing
Wie sieht die Methylierungsreaktion bei CpG Islands aus?
Welche Base wird oft methyliert?
Wieviel % der Cpg sind methyliert?
- Cytosin wird zu 5-Methylcytosin.
- 70-78% der CpG. (Das sind ca 1,5% des Genoms.)
Wird das Methylierungsmuster komplett vererbt?
Es gibt de novo DNMTs und maintenance-DNMTs.
Welche 3 Enzyme heben aktiv die DNA-Methylierung wieder auf?
Was ist die 6.Base im Genom?
-TET (ten eleven translocation)
-TDG (Thymin DNA-Glycosylase)
-BER (Base excision repair)
Wie sieht die Reaktion von TET aus?
-> Was ist die 6.Base im Genom?
6.Base: 5mC wird durch TET oxidiert zu 5-Hydroxymethylcytosin (5hmC)
Wofür steht Xist?
Was ist XIC?
Xist= X-Inactivation specific transcript, und ist im methylierten Status inaktiv.
X-Inactivation Center (XIC) bezeichneten Abschnitt des X-Chromosoms auf dem das Xist-Gen liegt.
Wie ist der DNA-Methylierungsanteil in Stammzellen?
Wie in ausdifferenzierten Zellen?
- Stammzelle: niedrig
- ausdifferenzierte Zelle: hoch
Was passiert mit den beiden X-Chromosomen in der Eizelle?
In früher Entwicklung sind beide X Chromosomen aktiv.
Eines der X-Chromosomen wird in jeder Zelle inaktiviert und alle Nachkommen der Zelle erhalten das gleiche Inaktivierungsmuster.
Wie erfolgt die irreversible zufällige Inaktivierung des X-Chromosoms?
- Xist-RNA wickelt sich um DNA und schaltet so sehr viele Gene aus.
- Xist-RNA-Bindeprotein (eine HDAC und DNMT) lagert sich an die RNA.
https://de.wikipedia.org/wiki/X-Inaktivierung
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist Zellfusion mit PSC.
Wofür steht das?
pluripotent stem cell (PSC)
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist SCNT.
Was ist das?
Das Gedächtnis eines somatischen Zellkerns kann reprogrammiert werden, indem er in eine entkernte Eizelle injiziert wird.
Es entsteht eine SCNT-embryonale Stammzelle (ESC).
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist Zellfusion mit PSC.
Wie funktioniert das?
Zellfusion-vermittelte Reprogrammierung:
Durch die Fusion einer somatischen Zelle mit einer pluripotenten Stammzelle (PSC) wird die Identität der somatischen Zelle gelöscht.
Die resultierende tetraploide Zelle (4n) weist pluripotente stammzellähnliche Merkmale auf.
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist mit TFs.
Wofür steht das?
- Transcription factor (TF)
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist mit TFs.
Wie funktioniert das?
Transkriptionsfaktor (TF)-vermittelte Reprogrammierung:
Eine kleine Gruppe von Reprogrammierungsfaktoren, OCT3/4, SOX2, KLF4 und c-MYC (OSKM), verwandelt reife differenzierte Zellen in induzierte pluripotente Stammzellen (iPSCs).
Eine Methode zur Stammzellgewinnung ist durch Exposition small molecules.
Wie funktioniert das?
Die Exposition gegenüber einer Reihe kleiner Moleküle programmiert auch somatische Zellen auf Pluripotenz um.
