VL 5 Proteinstrukturen ermitteln

Question 1

Welche AS sind mit der UV/Vis Spektroskopie untersuchbar?

Answer 1

Aromatische AS

Question 2

Wofür ist die UV/Vis Spektroskopie am nützlichsten?

Answer 2

Konzentrationsbestimmungen

Question 3

Was kann man mit der CD Spektroskopie analysieren?

Answer 3

Sekundär und Tertiärstruktur

Question 4

Wie kann man mit NMR die Funktion eines Proteins untersuchen?

Answer 4

Einmal NMR ohne Substrat
Einmal NMR mit Substrat
-> Vergleich und fertig

Question 5

Wofür steht NOESY?

Answer 5

Nuclear-Overhauser-Enhancement-Spektroskopie

Question 6

Was wird bei NOESY gemessen?

Answer 6

Magnetisierung durch den Raum übertragen über “dipolare Kopplung”
Heißt: Wenn zwei Wasserstoffatome im Molekül nahe beieinander sind wird dies registriert

R-C-H - - - H-C-R

-> Man kann die Abstände der Kerne zueinander messen

Question 7

Wofür steht COSY?

Answer 7

Correlated Spectroscopy

Question 8

Was wird bei COSY gemessen?

Answer 8

Die skalare Kopplung wird analysiert
Heißt: Zwei Wasserstoffatome die durch Bindung nahe beieinander sind

C-H
I
C-H

Question 9

Was ist der Vorteil von NOESY gegenüber Cryo EM?

Answer 9

Ganzes Strukturbündel wird bestimmt

Question 10

Was ist der Nachteil von NOESY gegenüber Cryo EM?

Answer 10

Es gibt Bereiche, die nicht sonderlich gut definiert sind.
-> Hier funktioniert NMR nicht

Question 11

Wie wird NMR wie NOESY und COSY ausgewertet?

Answer 11

Erhalte durch Wasserstoffatome, die in räumliche Nähe zueinander kommen “Kreuzpeaks”
-> Damit können die Abstände der Wasserstoffatome zueinander bestimmt werden
-> Computer kann über die Abstände die Lage der einzelnen Wasserstoffatome zuordnen und Strukturen vorschlagen, bei denen diese Abstände erfüllt werden

Also wie Lösungen einer mathematischen Gleichung -> Man bekommt ein Ensemble von Lösungen, die bestimmte Vorgaben (Constrains) erfüllen

Question 12

Was sind IDRs?

Answer 12

Intrinsic disordered regions
Ein Protein kann nicht nur gefaltete, sondern auch ungefalteten Bereiche besitzen

Question 13

Wie hängt Komplexität mit der Menge and IDRs zusammen?

Answer 13

Umso komplexer das Lebewesen ist, desto mehr IDRs besitzt es

Question 14

Welche AS sind in IDRs?

Answer 14

Hydrophile AS mit viel Ladung

Question 15

Welchen Nutzen haben IDRs?

Answer 15

Erlauben Interaktionen des Proteins mit anderen Protein, Membran, IDRs
-> Also WW mit vielen Partnern (“one-to-many signaling”)
-> Wichtig bei Signaltransduktion

Question 16

Was muss an IDRs “verändert” sein, damit sie funktionieren?

Answer 16

Sind stark Phosphoryliert und Ubiquitinyliert
-> Müssen stark reguliert werden!

Question 17

TRPV4 (TRP Vanilloid 4)
Was für ein Typ Rezeptor ist das?
Was registriert er?

Answer 17

Ionenkanal für Calcium
Registriert Temperatur und Schmerz

Question 18

Welcher Stoff macht Chilis “hot”?

Answer 18

Capsaicin

Question 19

Mit welchem Rezeptor wird Capsaicin (Chili) wahrgenommen?

Answer 19

TRPV1 (“Chili Rezeptor”)
-> Auch Hitzesensor

Question 20

Was für eine Erkrankung ist Morbus Charcot-Marie-Tooth?

-> Wie häufig?
-> Was passiert?

Answer 20

Häufigste neurogenetische Erkrankung 20–30 Personen auf 100.000 Einwohner
Autosomal Rezessiv vererbt

Erkrankung peripherer Nerven: Axon oder Myelinschicht geschädigt. Bei der Erkrankung wird die saltatorische Erregungsleitung, also die Fortleitung von Nervenimpulsen in peripheren Nerven behindert. Dadurch erreichen Befehle des Gehirns die Muskeln nicht oder nicht richtig. Aus der Denervierung folgt eine Schwäche und ein Abbau der betroffenen Muskulatur.

Question 21

Wieso kommt es zu Morbus Charcot-Marie-Tooth?

Answer 21

Mutationen in IDR von TRPV4
-> Austausch von AS in IDR erlaubt keine Interaktion mehr mit Lipiddoppelschicht
-> Ionenkanal funktioniert nicht mehr richtig