föreläsning 2: hitta sin smitta

Question 1

mikroskopiska metoder: översikt

Answer 1

1. traditionell mikrobiologi
2. molekylärbiologi
3. serologi

Question 2

traditionell mikrobiologi

Answer 2

1. mikroskopering
   - bakterier, svampar, parasiter
2. odling på plattor
   - artbestämning
   - resistensbestämning

DE FLESTA BAKT/SVAMPAR

Question 3

molekylärbiologi

Answer 3

PCR
- påvisar nukleinsyra (DNA/RNA)
- ff.a. virus, kan dock påvisa samtliga smittämnen
- snabb/känslig metod

Question 4

serologi

Answer 4

AK
- ff.a virus
- ELISA-teknik
- immunokromatografi (snabbtester)

Question 5

ex på bakterier som ej går att odla traditionellt

Answer 5

syfilis

borrelia

mykoplasma

TBC

= kräver spec odling

Question 6

vätskebaserade provtagningskit

Answer 6

större valfrihet, kan ringa mikrobiologen för att komplettera analyser

Question 7

fördel/nackdel odling

Answer 7

fördel
- icke-selektiv
- resistensbestämning

nackdel
- tar tid, ofta > 24h
- subjektiv bedömning, manuellt (väljer vad man svarar ut), väljer platta utifrån frågeställning
- allt växer ej

Question 8

fördel/nackdel PCR

Answer 8

fördel
- snabbt svar
- hög sens
- automatiserat
- bred diagnostik
- bra för svårodlade agens (virus, atypiska bakterier)

nackdel
- selektiv
- ofta kostsamt
- klinisk specificitet (RNA/RNA rester, ej levande, kopplat till klinisk bild?)
- variabilitet

Question 9

serologi fördel/nackdel

Answer 9

fördel
- immunitetskontroll
- hepatit-diagnostik
- automatiserat

nackdel
- ospecifikt (svårt att skilja på aktuell/genomgången inf)
- tidsberoende
- selektivt

Question 10

bakterie/svamp

Answer 10

odlig

Question 11

virus

Answer 11

serologi, PCR

Question 12

hur väljer man mikrobiologisk meto

Answer 12

1. är symtomen infektions-orsakad
   - klinik, lab, rtg
2. misstänkt fokus
   - bakt/virus

Question 13

rundodling

Answer 13

blod
urin
luftväg

Question 14

G+ kocker: ex på agens

Answer 14

strep pyogenes

staff aureus

pneumokocker

Question 15

vanliga bifynd/kontaminanter vid blododling

Answer 15

1. växer i enstaka flaska, lång larmtid > 24h
   - 90% av alla + odlingar blir + inom 2 dygn. Ovanligt att viktig patogen larmar senare….
2. koagulasnegativa stafylokocker (KNS); vanligast

3.corynebakterier/”diftstav”, bacillus spcc

4. ev. alfa-streptokocker (inte enterokocker)

Question 16

vad vill man veta vid prel-svar från mikrobiologen angående växt i blododlig

Answer 16

hur många flaskor växer det i?

Question 17

varför ska man aldrig se enterokocker som kontaminant

Answer 17

vanlig endokardit-patogen från munhåla/tänder
- TEE vb

Question 18

odling vid bakteriemi

Answer 18

1. blododla på vida indikation, innan AB-beh!!!!!
2. desinficera + slaskrör (minskar kontamination)
3. 4 rör (2 aeroba/anaeroba), fyll ordenligt (8-10 ml)
   = blododlax2

Question 19

avläsning blododling

Answer 19

tar ofta 6-12h innan flaska blir +

90% av alla + odlingar blir det inom 2 dygn

avläsning sker kont. i instrument i 5 dygn

Question 20

utsvarning från mikrobiologen odlingar

Answer 20

prel svar 1: mikroskopi, minuter

prel svar 2: artbestämning, 1-2h

prel svar 3: snabbresistens, 6-8h

slutsvar (art+resistensbestämning), ca 24h

Question 21

blododlingens väg genom labbet

Answer 21

1. inkubering
2. gramfärgning, mikroskopi
   - G+/- kan bestämmas
3. artbestämning, resistensbestämnig

Question 22

G - stavar

Answer 22

e. coli

klebsiella

pseudomonas

Question 23

gram + stavar

Answer 23

bacillus
difteroida stavar
listeria

Question 24

gram - kocker

Answer 24

neisseria
- gonokocker
- meningokocker

moraxella

Question 25

gram + kocker

Answer 25

troligen stafylokocker - staf. aureus - KNS (kontaminant) enterokocker/streptokocker/pneumokocker - streptokocker (GAS) - alfa-streptokocker - enterococcer - strep pneumoniae

Question 26

bakterieodling på pinnprov, sterila punktat, vävnadsbitar

Answer 26

odlingsplattor/strategi på lab beror på lokal/anamnes

Question 27

ytliga infektioner med pinnprov, t.ex. sår

Answer 27

normalflora försvårar tolkning - rengör noga för att tvätta bort kolonisatörer först

Question 28

vanliga fynd ytliga infektioner (pinnprov)

Answer 28

GAS och staff aureus

Question 29

bett/rivsår

Answer 29

pasteurella

Question 30

bifynd ytliga infektioner

Answer 30

koli-former enterokocker KNS (blandflora)

Question 31

nekrotiserande fasciit

Answer 31

GAS clostridium perfringens ibland blandflora

Question 32

abcesser

Answer 32

blandflora - tarmbakt - strept - anaerober

Question 33

osteit, osteomyelit, diskit: vanliga agens

Answer 33

s. aures KNS tarmbakterier (kingella hos barn)

Question 34

metod för artbestämning

Answer 34

mass-spektrometri (MALDI-TOF) - varje art har ett unikt spektrogram

Question 35

sputum

Answer 35

representerar nedre luftvägar - även om man gett AB kan man ta sputum 12-24h efter dos

Question 36

på vilka ska man ej ta NPH

Answer 36

barn, mycket normalflora som försvårar tolkning

Question 37

vilket agens kan man hitta via urin-antien

Answer 37

legionella pneumokocker

Question 38

diagnostik luftvägsinfektioner

Answer 38

media-otit, pneumoni, sinuit - pinnprov för odling, NPH PCR (NPH) - atypiska gens

Question 39

vanliga luftvägspatogener man kan se med odling nph

Answer 39

pneumkocker h. influenzae moraxella GAS/GCS/GGS

Question 40

vanliga luftvägspatogener man kan se med PCR (nph)

Answer 40

mycoplasma pneumoniae chlamydophila pneumonia och psittaci bordetella pertussis

Question 41

luftvägsblock

Answer 41

PCR för att påvisa ett dussintals agens (virus/bakt)

Question 42

vanliga serologi-analyser

Answer 42

hepatit A-E HIV CMV/EBV - aldrig hos IS (PCR bättre) HSV/VZV - gravida (exponerade) TBE borrelia - svårtolkad vid bak infektion toxoplasma syfilis - ingår i grav-screening

Question 43

UVI primärpatogener

Answer 43

e. coli staf saprophyticus >= 10^3 CFU/mL

Question 44

UVI sek. patogener

Answer 44

>= 10^4 CFU/mL - koliformer (proteus, klebsiella, enterobacter) - enterokocker (vanlig blandflora)

Question 45

gastroenterit

Answer 45

PCR-panel finns för virus bakterier: odling och/eller PCR protozoer/mask

Question 46

virus GE-panel

Answer 46

calicivirus (noro, sapo) rota adeno astro etc

Question 47

ex på bakt. GE1

Answer 47

salmonella shigella yersinia campylobacter EHEC (PCR) c. difficile (PCR, toxinpåvisning)

Question 48

protozoer/mask GE

Answer 48

entamoeba histolytica giardia

Question 49

diagnostik CNS-infektioner

Answer 49

LP - celler, laktat - HSV/VZV/enterokocker (PCR) - odling, PCR, ev. antigentest för pneumokocker - ev. blockdiagnostik blododling, ev. odling luftvägar serologi - TBE

Question 50

bakteriella orsaker till CNS-inf

Answer 50

pneumokocker h. influenzae meningokocker e. coli GBS listeria neuroborrelios

Question 51

virus som ger CNS-infektioner

Answer 51

HSV 1 och 2 VZV enterovirus TBE

Question 52

hur fungerar PCR

Answer 52

påvisar art-unik nukleinsyra - om målantigen finns i provet växer en fluorescens-kurva fram när DNA-sekvensen amplifieras kvantifiering (används t.ex. vi HIV/hepatit för att följa behandling)

Question 53

NGS

Answer 53

next generation sequencing - olika metoder för parallell sekvensering - används på sterila punktat - ex: 16s rRNA (bakt ribosom), kan påvisa patogen, bra likvor/ledpunktat

Question 54

WGS

Answer 54

whole genome sequencing art, epidemiologisk typning, resistensmutationer bra vid smittspridning: identiska bakterier?

Question 55

metagenomik

Answer 55

NGS-analys av allt genetiskt material i ett prov 1. bestämda målsekvenser 2. okänd målsekvens - smittämnet måste ej vara känt

Question 56

varför odla innan AB

Answer 56

förkortar beh-tid ökar precision

Question 57

val av analys utifrån infektionsfokus

Answer 57

luftväg - NPH/sputum, urinantigen, blododling UVI: urin+blododling GE: facesprov, blododla CNS: likvor, blododla

Question 58

när kontakt mikrobiolog

Answer 58

råd kring analysval och tolkning allt som växer är ej kliniskt relevant