föreläsning 2: hitta sin smitta Flashcards
mikroskopiska metoder: översikt
- traditionell mikrobiologi
- molekylärbiologi
- serologi
traditionell mikrobiologi
- mikroskopering
- bakterier, svampar, parasiter - odling på plattor
- artbestämning
- resistensbestämning
DE FLESTA BAKT/SVAMPAR
molekylärbiologi
PCR
- påvisar nukleinsyra (DNA/RNA)
- ff.a. virus, kan dock påvisa samtliga smittämnen
- snabb/känslig metod
serologi
AK
- ff.a virus
- ELISA-teknik
- immunokromatografi (snabbtester)
ex på bakterier som ej går att odla traditionellt
syfilis
borrelia
mykoplasma
TBC
= kräver spec odling
vätskebaserade provtagningskit
större valfrihet, kan ringa mikrobiologen för att komplettera analyser
fördel/nackdel odling
fördel
- icke-selektiv
- resistensbestämning
nackdel
- tar tid, ofta > 24h
- subjektiv bedömning, manuellt (väljer vad man svarar ut), väljer platta utifrån frågeställning
- allt växer ej
fördel/nackdel PCR
fördel
- snabbt svar
- hög sens
- automatiserat
- bred diagnostik
- bra för svårodlade agens (virus, atypiska bakterier)
nackdel
- selektiv
- ofta kostsamt
- klinisk specificitet (RNA/RNA rester, ej levande, kopplat till klinisk bild?)
- variabilitet
serologi fördel/nackdel
fördel
- immunitetskontroll
- hepatit-diagnostik
- automatiserat
nackdel
- ospecifikt (svårt att skilja på aktuell/genomgången inf)
- tidsberoende
- selektivt
bakterie/svamp
odlig
virus
serologi, PCR
hur väljer man mikrobiologisk meto
- är symtomen infektions-orsakad
- klinik, lab, rtg - misstänkt fokus
- bakt/virus
rundodling
blod
urin
luftväg
G+ kocker: ex på agens
strep pyogenes
staff aureus
pneumokocker
vanliga bifynd/kontaminanter vid blododling
- växer i enstaka flaska, lång larmtid > 24h
- 90% av alla + odlingar blir + inom 2 dygn. Ovanligt att viktig patogen larmar senare…. - koagulasnegativa stafylokocker (KNS); vanligast
3.corynebakterier/”diftstav”, bacillus spcc
- ev. alfa-streptokocker (inte enterokocker)
vad vill man veta vid prel-svar från mikrobiologen angående växt i blododlig
hur många flaskor växer det i?
varför ska man aldrig se enterokocker som kontaminant
vanlig endokardit-patogen från munhåla/tänder
- TEE vb
odling vid bakteriemi
- blododla på vida indikation, innan AB-beh!!!!!
- desinficera + slaskrör (minskar kontamination)
- 4 rör (2 aeroba/anaeroba), fyll ordenligt (8-10 ml)
= blododlax2
avläsning blododling
tar ofta 6-12h innan flaska blir +
90% av alla + odlingar blir det inom 2 dygn
avläsning sker kont. i instrument i 5 dygn
utsvarning från mikrobiologen odlingar
prel svar 1: mikroskopi, minuter
prel svar 2: artbestämning, 1-2h
prel svar 3: snabbresistens, 6-8h
slutsvar (art+resistensbestämning), ca 24h
blododlingens väg genom labbet
- inkubering
- gramfärgning, mikroskopi
- G+/- kan bestämmas - artbestämning, resistensbestämnig
G - stavar
e. coli
klebsiella
pseudomonas
gram + stavar
bacillus
difteroida stavar
listeria
gram - kocker
neisseria
- gonokocker
- meningokocker
moraxella
gram + kocker
troligen stafylokocker
- staf. aureus
- KNS (kontaminant)
enterokocker/streptokocker/pneumokocker
- streptokocker (GAS)
- alfa-streptokocker
- enterococcer
- strep pneumoniae
bakterieodling på pinnprov, sterila punktat, vävnadsbitar
odlingsplattor/strategi på lab beror på lokal/anamnes
ytliga infektioner med pinnprov, t.ex. sår
normalflora försvårar tolkning
- rengör noga för att tvätta bort kolonisatörer först
vanliga fynd ytliga infektioner (pinnprov)
GAS och staff aureus
bett/rivsår
pasteurella
bifynd ytliga infektioner
koli-former
enterokocker
KNS (blandflora)
nekrotiserande fasciit
GAS
clostridium perfringens
ibland blandflora
abcesser
blandflora
- tarmbakt
- strept
- anaerober
osteit, osteomyelit, diskit: vanliga agens
s. aures
KNS
tarmbakterier
(kingella hos barn)
metod för artbestämning
mass-spektrometri (MALDI-TOF)
- varje art har ett unikt spektrogram
sputum
representerar nedre luftvägar
- även om man gett AB kan man ta sputum 12-24h efter dos
på vilka ska man ej ta NPH
barn, mycket normalflora som försvårar tolkning
vilket agens kan man hitta via urin-antien
legionella
pneumokocker
diagnostik luftvägsinfektioner
media-otit, pneumoni, sinuit
- pinnprov för odling, NPH
PCR (NPH)
- atypiska gens
vanliga luftvägspatogener man kan se med odling nph
pneumkocker
h. influenzae
moraxella
GAS/GCS/GGS
vanliga luftvägspatogener man kan se med PCR (nph)
mycoplasma pneumoniae
chlamydophila pneumonia och psittaci
bordetella pertussis
luftvägsblock
PCR för att påvisa ett dussintals agens (virus/bakt)
vanliga serologi-analyser
hepatit A-E
HIV
CMV/EBV
- aldrig hos IS (PCR bättre)
HSV/VZV
- gravida (exponerade)
TBE
borrelia
- svårtolkad vid bak infektion
toxoplasma
syfilis
- ingår i grav-screening
UVI primärpatogener
e. coli
staf saprophyticus
> = 10^3 CFU/mL
UVI sek. patogener
> = 10^4 CFU/mL
- koliformer (proteus, klebsiella, enterobacter)
- enterokocker (vanlig blandflora)
gastroenterit
PCR-panel finns för virus
bakterier: odling och/eller PCR
protozoer/mask
virus GE-panel
calicivirus (noro, sapo)
rota
adeno
astro
etc
ex på bakt. GE1
salmonella
shigella
yersinia
campylobacter
EHEC (PCR)
c. difficile (PCR, toxinpåvisning)
protozoer/mask GE
entamoeba histolytica
giardia
diagnostik CNS-infektioner
LP
- celler, laktat
- HSV/VZV/enterokocker (PCR)
- odling, PCR, ev. antigentest för pneumokocker
- ev. blockdiagnostik
blododling, ev. odling luftvägar
serologi
- TBE
bakteriella orsaker till CNS-inf
pneumokocker
h. influenzae
meningokocker
e. coli
GBS
listeria
neuroborrelios
virus som ger CNS-infektioner
HSV 1 och 2
VZV
enterovirus
TBE
hur fungerar PCR
påvisar art-unik nukleinsyra
- om målantigen finns i provet växer en fluorescens-kurva fram när DNA-sekvensen amplifieras
kvantifiering (används t.ex. vi HIV/hepatit för att följa behandling)
NGS
next generation sequencing
- olika metoder för parallell sekvensering
- används på sterila punktat
- ex: 16s rRNA (bakt ribosom), kan påvisa patogen, bra likvor/ledpunktat
WGS
whole genome sequencing
art, epidemiologisk typning, resistensmutationer
bra vid smittspridning: identiska bakterier?
metagenomik
NGS-analys av allt genetiskt material i ett prov
- bestämda målsekvenser
- okänd målsekvens
- smittämnet måste ej vara känt
varför odla innan AB
förkortar beh-tid
ökar precision
val av analys utifrån infektionsfokus
luftväg
- NPH/sputum, urinantigen, blododling
UVI: urin+blododling
GE: facesprov, blododla
CNS: likvor, blododla
när kontakt mikrobiolog
råd kring analysval och tolkning
allt som växer är ej kliniskt relevant
