föreläsning 2: hitta sin smitta Flashcards

1
Q

mikroskopiska metoder: översikt

A
  1. traditionell mikrobiologi
  2. molekylärbiologi
  3. serologi
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

traditionell mikrobiologi

A
  1. mikroskopering
    - bakterier, svampar, parasiter
  2. odling på plattor
    - artbestämning
    - resistensbestämning

DE FLESTA BAKT/SVAMPAR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

molekylärbiologi

A

PCR
- påvisar nukleinsyra (DNA/RNA)
- ff.a. virus, kan dock påvisa samtliga smittämnen
- snabb/känslig metod

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

serologi

A

AK
- ff.a virus
- ELISA-teknik
- immunokromatografi (snabbtester)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

ex på bakterier som ej går att odla traditionellt

A

syfilis

borrelia

mykoplasma

TBC

= kräver spec odling

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

vätskebaserade provtagningskit

A

större valfrihet, kan ringa mikrobiologen för att komplettera analyser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

fördel/nackdel odling

A

fördel
- icke-selektiv
- resistensbestämning

nackdel
- tar tid, ofta > 24h
- subjektiv bedömning, manuellt (väljer vad man svarar ut), väljer platta utifrån frågeställning
- allt växer ej

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

fördel/nackdel PCR

A

fördel
- snabbt svar
- hög sens
- automatiserat
- bred diagnostik
- bra för svårodlade agens (virus, atypiska bakterier)

nackdel
- selektiv
- ofta kostsamt
- klinisk specificitet (RNA/RNA rester, ej levande, kopplat till klinisk bild?)
- variabilitet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

serologi fördel/nackdel

A

fördel
- immunitetskontroll
- hepatit-diagnostik
- automatiserat

nackdel
- ospecifikt (svårt att skilja på aktuell/genomgången inf)
- tidsberoende
- selektivt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

bakterie/svamp

A

odlig

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

virus

A

serologi, PCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

hur väljer man mikrobiologisk meto

A
  1. är symtomen infektions-orsakad
    - klinik, lab, rtg
  2. misstänkt fokus
    - bakt/virus
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

rundodling

A

blod
urin
luftväg

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

G+ kocker: ex på agens

A

strep pyogenes

staff aureus

pneumokocker

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

vanliga bifynd/kontaminanter vid blododling

A
  1. växer i enstaka flaska, lång larmtid > 24h
    - 90% av alla + odlingar blir + inom 2 dygn. Ovanligt att viktig patogen larmar senare….
  2. koagulasnegativa stafylokocker (KNS); vanligast

3.corynebakterier/”diftstav”, bacillus spcc

  1. ev. alfa-streptokocker (inte enterokocker)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

vad vill man veta vid prel-svar från mikrobiologen angående växt i blododlig

A

hur många flaskor växer det i?

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

varför ska man aldrig se enterokocker som kontaminant

A

vanlig endokardit-patogen från munhåla/tänder
- TEE vb

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

odling vid bakteriemi

A
  1. blododla på vida indikation, innan AB-beh!!!!!
  2. desinficera + slaskrör (minskar kontamination)
  3. 4 rör (2 aeroba/anaeroba), fyll ordenligt (8-10 ml)
    = blododlax2
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

avläsning blododling

A

tar ofta 6-12h innan flaska blir +

90% av alla + odlingar blir det inom 2 dygn

avläsning sker kont. i instrument i 5 dygn

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

utsvarning från mikrobiologen odlingar

A

prel svar 1: mikroskopi, minuter

prel svar 2: artbestämning, 1-2h

prel svar 3: snabbresistens, 6-8h

slutsvar (art+resistensbestämning), ca 24h

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

blododlingens väg genom labbet

A
  1. inkubering
  2. gramfärgning, mikroskopi
    - G+/- kan bestämmas
  3. artbestämning, resistensbestämnig
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

G - stavar

A

e. coli

klebsiella

pseudomonas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

gram + stavar

A

bacillus
difteroida stavar
listeria

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

gram - kocker

A

neisseria
- gonokocker
- meningokocker

moraxella

25
Q

gram + kocker

A

troligen stafylokocker
- staf. aureus
- KNS (kontaminant)

enterokocker/streptokocker/pneumokocker
- streptokocker (GAS)
- alfa-streptokocker
- enterococcer
- strep pneumoniae

26
Q

bakterieodling på pinnprov, sterila punktat, vävnadsbitar

A

odlingsplattor/strategi på lab beror på lokal/anamnes

27
Q

ytliga infektioner med pinnprov, t.ex. sår

A

normalflora försvårar tolkning
- rengör noga för att tvätta bort kolonisatörer först

28
Q

vanliga fynd ytliga infektioner (pinnprov)

A

GAS och staff aureus

29
Q

bett/rivsår

A

pasteurella

30
Q

bifynd ytliga infektioner

A

koli-former

enterokocker

KNS (blandflora)

31
Q

nekrotiserande fasciit

A

GAS

clostridium perfringens

ibland blandflora

32
Q

abcesser

A

blandflora
- tarmbakt
- strept
- anaerober

33
Q

osteit, osteomyelit, diskit: vanliga agens

A

s. aures

KNS

tarmbakterier
(kingella hos barn)

34
Q

metod för artbestämning

A

mass-spektrometri (MALDI-TOF)
- varje art har ett unikt spektrogram

35
Q

sputum

A

representerar nedre luftvägar
- även om man gett AB kan man ta sputum 12-24h efter dos

36
Q

på vilka ska man ej ta NPH

A

barn, mycket normalflora som försvårar tolkning

37
Q

vilket agens kan man hitta via urin-antien

A

legionella

pneumokocker

38
Q

diagnostik luftvägsinfektioner

A

media-otit, pneumoni, sinuit
- pinnprov för odling, NPH

PCR (NPH)
- atypiska gens

39
Q

vanliga luftvägspatogener man kan se med odling nph

A

pneumkocker

h. influenzae

moraxella

GAS/GCS/GGS

40
Q

vanliga luftvägspatogener man kan se med PCR (nph)

A

mycoplasma pneumoniae

chlamydophila pneumonia och psittaci

bordetella pertussis

41
Q

luftvägsblock

A

PCR för att påvisa ett dussintals agens (virus/bakt)

42
Q

vanliga serologi-analyser

A

hepatit A-E

HIV

CMV/EBV
- aldrig hos IS (PCR bättre)

HSV/VZV
- gravida (exponerade)

TBE

borrelia
- svårtolkad vid bak infektion

toxoplasma

syfilis
- ingår i grav-screening

43
Q

UVI primärpatogener

A

e. coli

staf saprophyticus

> = 10^3 CFU/mL

44
Q

UVI sek. patogener

A

> = 10^4 CFU/mL
- koliformer (proteus, klebsiella, enterobacter)
- enterokocker (vanlig blandflora)

45
Q

gastroenterit

A

PCR-panel finns för virus

bakterier: odling och/eller PCR

protozoer/mask

46
Q

virus GE-panel

A

calicivirus (noro, sapo)

rota

adeno

astro

etc

47
Q

ex på bakt. GE1

A

salmonella

shigella

yersinia

campylobacter

EHEC (PCR)

c. difficile (PCR, toxinpåvisning)

48
Q

protozoer/mask GE

A

entamoeba histolytica

giardia

49
Q

diagnostik CNS-infektioner

A

LP
- celler, laktat
- HSV/VZV/enterokocker (PCR)
- odling, PCR, ev. antigentest för pneumokocker
- ev. blockdiagnostik

blododling, ev. odling luftvägar

serologi
- TBE

50
Q

bakteriella orsaker till CNS-inf

A

pneumokocker

h. influenzae

meningokocker

e. coli

GBS

listeria

neuroborrelios

51
Q

virus som ger CNS-infektioner

A

HSV 1 och 2

VZV

enterovirus

TBE

52
Q

hur fungerar PCR

A

påvisar art-unik nukleinsyra
- om målantigen finns i provet växer en fluorescens-kurva fram när DNA-sekvensen amplifieras

kvantifiering (används t.ex. vi HIV/hepatit för att följa behandling)

53
Q

NGS

A

next generation sequencing
- olika metoder för parallell sekvensering
- används på sterila punktat
- ex: 16s rRNA (bakt ribosom), kan påvisa patogen, bra likvor/ledpunktat

54
Q

WGS

A

whole genome sequencing

art, epidemiologisk typning, resistensmutationer

bra vid smittspridning: identiska bakterier?

55
Q

metagenomik

A

NGS-analys av allt genetiskt material i ett prov

  1. bestämda målsekvenser
  2. okänd målsekvens
    - smittämnet måste ej vara känt
56
Q

varför odla innan AB

A

förkortar beh-tid

ökar precision

57
Q

val av analys utifrån infektionsfokus

A

luftväg
- NPH/sputum, urinantigen, blododling

UVI: urin+blododling

GE: facesprov, blododla

CNS: likvor, blododla

58
Q

när kontakt mikrobiolog

A

råd kring analysval och tolkning

allt som växer är ej kliniskt relevant