Viro : CORONAVIRIDAE : Coronavirus Flashcards
23/09/24 => Bousarghin
Quels sont les différents coronavirus humains ?
- HCoV-229E et HCoV-OC43
- SARS-CoV (2003 : épidemie de SRAS)
- HCoV-NL63
- HCoV_HKU
- MERS-CoV, virus du syndrome respiratoire du Moyen Orient, Arabie Saoudite, en 2012
- SARS-CoV-2, coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère, depuis 2019
Quelles sont les différents origines des coronavirus ?
Chauve souris :
- HCoV-229E
- Sars-CoV
- MERS-CoV
- HCoV-NL63
Rongeurs :
- HCoV-OC43
- HCoV-NL63
Quelles sont les différents genre de la sous famille coronavirinae ?
4 :
- alpha
- beta (SARS CoV 2)
- gamma
- delta
Caractéristiques du genre alpha des coronavirus ?
=> HCoV-229E et HCoV-NL63
* tous les continents
* provoquent des rhumes, des infections respiratoires et des infections digestives
* personnes à risque = jeunes enfants, personnes âgées + immunodéprimés
Caractéristiques du genre béta des coronavirus ?
=> HCoV-OC43 et HCoV-HKU1
* tous les continents
* induisent des rhumes, infections respiratoires et digestives
Caractéristiques épidémiologiques du SARS-CoV ?
- 2002/2003
- provoqué un syndrome respiratoire aigu sévère
- taux de mortalité de 9,6%
Caractéristiques épidémiologiques du MERS CoV ?
- Syndrome respiratoire du Moyen-Orient
- 2254 personnes infectées
- 800 décès
- 27 pays
- taux de mortalité de 35%
Différence entre SARS CoV 2 et Covid-19 ?
- Le Covid 19 est la maladie
- Le SARS-CoV 2 est le virus responsable de la maladie
Caractéristiques épidémiologiques du SARS-CoV 2 ?
- 601 millions de cas dans le monde et
- 6,4 millions de morts
- taux de mortalité de 0,1% à + de 25% en fonction des pays
Caractéristiques structurale des coronaviridea ?
- enveloppées => couronne visible au MET
- 60 à 200 nm de diamètre
- virus à ARN + simple brin (30 kb)
- ARN protégé par nucléocapside (N)
- Enveloppe composée de protéines M, E, et S
Caractéristiques du génome des coronaviridea ?
- 14 ORF codant pour 27 protéines
- ORF1a/b = polyprotéines dont RNA polymérase (21kb)
- ORF S, ORF E, ORF M et ORF N
Comment expliqué le fort taux de mutation des coronaviridae ?
La polymérase prend une très grande partie du génome => beaucoup d’erreur au niveau des autres protéines => mutations du génome
Qu’engendre une mutation de la protéine S ?
Modifie le tropisme du virus
Localisation des infections au coronaviridae ?
essentiellement dans l’arbre respiratoire supérieur
Comment se fait l’entré des coronaviridae dans les cellules de l’organisme ?
glycoprotéine S du virus reconnaît l’acide sialique puis intervention d’une protéase comme corécepteur → fusion entre l’enveloppe et la membrane cytoplasmique
Localisation dans l’organisme du SARS CoV ?
- Dans les voies basses de l’arbre respiratoire ++ → forte présence des récepteurs ACE2
- Récepteur ACE2 → première fixation → protéase
TMPRSS2 → permettre la fusion
Localisation dans l’organisme du MERS CoV ?
fixe au récepteur DPP4 : cellules épithéliales rénales, alvéole, intestin grêle, foie et prostate
Localisation dans l’organisme du SARS CoV 2 ?
- Récepteur ACE2 : poumons, foie, cœur, reins, intestin
- corécepteur TMPRSS2 facilite la fusion du virus
- interaction avec la protéine Spike et une fixation 10 à 20 x + importante que le SARS CoV
Cycle de multiplication du SARS CoV 2 ?
entré dans la cellule hôte → libérer son génome considéré comme ARNm → traduit en 2 temps :
1) traduction 5’ : synthèse de la polymérase
2) polymérase va dupliquer le génome du virus et commettre des erreurs → synthèse des protéines de structures via néo ARN → formation du virus qui sera libéré dans le milieu extérieur
Quels sont les symptômes caractéristiques du SARS CoV ?
- Toux
- céphalées
- forte fièvre : ≥ 38°C
- mal de gorge
- pneumonies
- diminution des lymphocytes
=> Symptômes 3 à 7 j après l’exposition
Quelles sont les différentes étapes de l’infection au SARS Cov ?
Phase précoce et phase tardive
Quelles sont les cellules cibles du SARS CoV dans les voies basses et l’impact de cette infection ?
infecter les pneumocytes de type I et II → réponse immunitaire → inflammation → œdème pulmonaire → détresse respiratoire
Quels sont les différents tableau cliniques décrit lors d’une infection au MERS CoV ?
- absence de symptômes
- symptômes respiratoire bénins : fièvre, toux et difficultés respiratoires
- maladie respiratoire aiguë grave ou décès
- pneumonie fréquente : manquer d’oxygène et à souffrir de syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA)
- symptômes gastro-intestinaux (diarrhées), des vomissements et des nausées.
- Certains malades souffrent également d’IR
Quels sont les différents tableau cliniques d’une infection au SARS CoV 2 ?
- asymptomatiques à 30%
- symptomatiques à 70% :
- maux de tête
- fièvre
- fatigue
Caractéristiques des formes sévère d’infection au SARS CoV 2 ?
- 15% contractées par des patients à risque
(diabète, hypertension, cancer, obésité…) - Dues au développement du virus dans les reins, les poumons et le cœur
- réponse immunitaire exagérée => induit libération anarchique de cytokines qui vont abîmer les tissus des personnes infectées
Quelles sont les cytokines impliquées dans un infection à SARS CoV 2 ?
- Principales cytokines associées à la forme sévère : IL-6, IL-10, TNF-alpha, et sIL-2R
- Autres médiateurs solubles élevés : IL-7, G-CSF, IP-10, MCP-1 et MIP-1 alpha
Classification des différentes formes d’infection à SARS CoV2 ?
- Stade 1
- Sade 2
- Stade 3
- Stade 4
Caractéristiques du stade 1 d’une infection au SARS CoV 2 ?
Forme légère ou non compliquée : SANS pneumonie RADIOLOGIQUE
Caractéristiques du stade 2 d’une infection au SARS CoV 2 ?
Forme modérée ou pneumonie non sévère : pneumonie clinique (anomalies auscultatoires) et/ou radiologiques +/- fièvre
Caractéristiques du stade 3 d’une infection au SARS CoV 2 ?
Forme sévère ou pneumonie sévère ou sepsis = 1 critère parmi :
- saturation en oxygène <93%
- tachypnée fréquence respiratoire > 30/min
- ou oxygénodépendance
Caractéristiques du stade 4 d’une infection au SARS CoV 2 ?
Forme critique :
- Choc septique
- Détresse respiratoire aiguë, SDRA
- Défaillance multiviscérale
R0 du SARS CoV 2 ?
R0 = 3
Une personne qui est atteinte du SARS-CoV-2 le transmet à 3 personnes
2volution d’une épidémie selon le R0 d’un virus ?
Si R0 < 1 : nb de cas va diminuer dans le temps (disparition automatique)
Si R0=1: nb de cas va être stable
Si R0>1 : nb de cas va augmenter → transmission
exponentielle
Caractéristiques du diagnostic du SARS CoV 2 par PCR ?
pic de réplication à 14 jours → optimal
Quand peut se faire le diagnostic du SARS CoV 2 par sérologie ?
à partir du 7ème jour avec les IgM
Que permettent de détecter les TROD dans le cadre du SARS Cov 2 ?
détection IgM/IgG anti-SARS-CoV-2
Caractéristiques du TROD utilisé pour le diagnostic du SARS CoV 2 ?
- méthode immunochromatographique
- IgM/IgG anti SARS CoV 2 détectées par un Ag recombinant SARS CoV 2 et un AC de souris anti IgM /IgG humain
- IgM/IgG anti-SARS-CoV-2 présentes dans l’échantillon réagissent avec l’Ag recombinant SARS-CoV-2 lié aux particules d’or
- Complexe migre le long de la membrane et atteint la ligne de test IgM/IgG (T) → possède un AC souris anti IgM /IgG humain contre le complexe IgM/IgG SARS-CoV-2
- Si résultat est positif : complexe Ag recombinant-AC SARS-CoV-2 marqué à l’or se lie à la ligne de test IgM/IgG (T) et une couleur rouge pourpre apparaît
- Si ésultat est négatif, l’échantillon ne contient aucun complexe antigène recombinant-anticorps SARS-CoV-2 pouvant se lier à la ligne de test IgM/IgG (T) et aucune couleur n’apparaît
- Apparition d’une ligne de contrôle rouge pourpre (C) garantit que l’application et la migration de l’échantillon se sont déroulées correctement et que le test a été correctement réalisé
Quels sont les antiviraux utilisé dans le cadre d’une infection au SARS Cov 2 ?
- PAXLOVID
- molnupiravir (pas utilisé en Fr)
- remdesivir (Veklury)
Caractéristiques du PAXLOVID ?
- Administré dans les 5 j suivant les premiers symptômes chez les adultes et adolescents présentant un risque accru d’évolution vers une forme grave de la maladie
- Association du nirmatrelvir (inhibiteur de l’une des protéases virales 3 CL) et le ritonavir (↑ la biodisponibilité dans l’organisme) à faible C°
Caractéristiques du remdesivir ?
- Inhibe la réplication virale : prescription chez les patients qui ont contracté le virus et peuvent faire une forme grave
- Analogue des nucléosides → empêche la
réplication du virus
Quels sont les AC monoclonaux utilisés dans le cadre d’une infection au SARS CoV 2 ?
- EVUSHELD
- sotrovimab
Caractéristiques du sotrovimab ?
→ reconnaît un épitope de la protéine S hautement conservé dans le sous genre Sarbecovirus
Caractéristiques de l’EVUSHELD ?
- Recommandée chez les 18 ans et +, à très haut
risque de forme sévère de Covid-19 et faiblement ou non répondeurs à la vaccination - Efficace contre les variants
