Bactério : Entérobactéries Flashcards
23/09/24 => Thomas GAUTIER
1
Q
Définition des entérobactéries ?
A
bactéries colonisant naturellement le tube digestif de l’Homme ou l’animal
2
Q
Réservoir des entérobactéries ?
A
l’Homme et/ou l’animal
3
Q
Habitat possible des entérobactéries ?
A
Dans différents environnements :
* aliments
* eau,
* milieu hospitalier
4
Q
Devenir des entérobactérie après l’entrée dans l’organisme ?
A
- Dissémination
- inflammation
- pathologie
5
Q
Taxonomie des entérobactéries ?
A
- Embranchement : Pseudomonadota
- Ordre : Entereobacteriales
- Famille : Enterobacteriaceae
6
Q
Quels sont les principaux genres infection des entérobactéries ?
A
- Escherichia : Escherichia coli
- Salmonella : Salmonella enterica
- Shigella : Shigella dysenteriae, S. flexneri, S. boydii, S. sonnei
- Yersinia : Yersinia pestis, Yersinia enterolitica
7
Q
De quelle pathologie Escherichia est elle l’agent ?
A
Infections intestinales et extra-intestinales
8
Q
De quelle pathologie Salmonella est-elle l’agent ?
A
Agents de la typhoïde et des salmonellose
9
Q
De quelle pathologie Shigella est-elle l’agent ?
A
Dysenterie bacillaire (Shigellose)
10
Q
De quelle pathologie Yersinia est-elle l’agent ?
A
Peste et des infections gastro-intestinales
11
Q
Quels sont les “autres” genres d’entérobactéries ?
A
- Klebsiella
- Enterobacter
- Proteus
- Serratia
12
Q
Caractéristiques des agents du groupe 2 ?
A
- agents biologiques pouvant provoquer une maladie chez l’homme
- Propagation peu probable
- Prophylaxie ou ttt existants et efficaces
13
Q
Caractéristiques des agents biologiques du groupe 3 ?
A
- Agents biologiques pouvant provoquer une maladie grave chez l’homme
- Propagation dans la collectivité possible,
*Existe généralement une prophylaxie
ou un traitement efficace
14
Q
Exemple d’entérobactérie du groupe 3 des agents biologiques ?
A
- Escherichia coli entérohémorragiques
- Salmonella Typhi
- Shigella dysenteriae type 1
- Yersinia pestis
15
Q
Caractéristiques morphologiques et structurales des entérobactéries ?
A
- Bacilles à Gram négatif
- 2-4 µm (L)
- Immobiles ou mobiles ++ (ciliature péritriche)
- Aérobie-Anaérobie facultative
- Se cultive sur milieu minimum
- Fermente le glucose
- Réduisent les nitrates (NO3-) en nitrites (NO2-)
- Oxydase -
16
Q
Quels sont les caractères antigéniques des entérobactéries ?
A
- Paroi (O)
- Flagellaire (H)
- Capsulaire (K, Vi = salmonelle)
17
Q
Variation des Ag O des entérobactéries ?
A
varie énormément en fonction des souches, certains sérovars sont + dangereux que
d’autres
18
Q
Quels sont les facteurs de virulence des entérobactéries ?
A
- Capsule
- LPS (endotoxine)
- Production de toxines
- Sidérophores
- Adhérence / Invasion
- Capacité de dissémination vers le sang ou la lymphe
19
Q
Rôle de la capsule des entérobactéries ?
A
- résister à un certain nombre de stress dans l’environnement
- camouflage
=> N’existe pas chez toute les souches mais peut s’échanger via transfert de gène
20
Q
Caractéristiques du LPS (entérobactérie) ?
A
- endotoxine commune à toutes les entérobactéries
- Elément toxique du LPS : Lipide A
- Peut provoquer choc septique et donc la mort
21
Q
Caractéristiques des endotoxines produites par les entérobactéries ?
A
- Protéines solubles, thermolabiles (inhibées entre 60 et 80°C)
- Libérées par la bactérie pathogène en croissance
- Gènes portés par les plasmides ou chromosomes
- Certaines exotoxines sont classées parmi les substances les plus létales
- Type de toxine fréquemment retrouvé : la toxine AB
22
Q
Caractéristiques des sidérophores ?
A
- molécules synthétisées et sécrétées par µorganismes
- Permet de puiser le fer essentiel à leur développement
- Fer de l’hôte chélaté au profit de la bactérie
23
Q
Sidérophore caractéristiques d’Escherichia Coli ?
A
entérochéline
24
Q
Quelles sont les facteurs d’adhérence et d’invasion des entérobactéries ?
A
- capables d’adhérer à la surface des cellules épithéliales Grâce aux pili ou fimbriae
25
Importance de l'adhésion pour les entérobactérie ?
Nécessaire pour activer les facteurs de virulence
26
Caractéristiques de la dissémination des entérobactéries ?
* capable d’effectuer l’invasion cellulaire par des mécanismes qui sont propres à chaque
genre bactérien
* traverser la barrièreintestinal pour se disséminer dans le reste de l’organisme (jusqu’à la septicémie)
27
Quelles sont les pathologies dont *Salmonella* est l'agent ?
- fièvre Typhoïde et Para-typhoïde
- Gastro-entérites aigües
28
Classification de *Salmonella* ?
- 2 espèces
- 6 sous-espèces
- Plus de 2500 sérovars existant
29
Quelles sont les *Salmonella* pathogènes de l'Ho ?
*Salmonella enterica enterica*
30
Quels sont les sérovars typhiques des *Salmonella* ?
- S. Typhi
- S. Paratyphi A
- S. paratyphi B
- S. paratyphi C
31
Quels sont les sérovars non-typhiques des *Salmonella* ?
- Tout les autres sérovars
- S. Typhimurium
- S. Seftemberg
- …
32
Qu'est-ce que le tableau de Kauffmann-White ?
Tableau qui permet d’identifier ou déterminer de nouveaux sérovars grâce :
tests d’agglutination effectuer sur les Ag :
* O
* H
* capsule (Vi)
33
Caractères culturaux et biochimiques de *Salmonella* ?
- Caractères généraux entérobactéries (AAF,
oxydase - …)
- mobile
- Colonie de 2-4 mm sur milieu minimum
- Saccharose et Lactose –
- H2S +
- milieu Hektoen, colonies vertes avec
parfois apparition d’un centre noir
- Même chose sur gélose SS
34
Comment se fait la contamination indirecte à *Salmonella* ?
- Large spectre d’animaux pouvant être porteurs
- pdts alimentaires, consommés crus, peu cuits ou ayant fait l’objet d’une contamination post-cuisson
* viande (volaille+++, produits carnés, œufs et produits laitiers)
35
Comment se fait la contamination directe à *Salmonella* ?
* animal malade ou porteur sain par l’intermédiaire des mains
36
Epidémie de *Salmonella* ?
foyers sont importants : peut atteindre une échelle nationale voire internationale si un aliment commercialisé à large diffusion se trouve contaminé
37
Caractéristiques de la Typhoïde ?
* Frappe principalement les pays en cours de développement : Afrique, Asie et Amérique du sud
* Contamination par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés
* * Après guérison d'une fièvre typhoïde, 2 à 5% des individus continuent d’héberger l’agent pathogène et sans signe clinique
38
Epidémiologie de la typhoïde ?
* 20 millions de cas / an
* 200 000 morts par an
* Fr : maladies à déclaration obligatoire, quasi-exclusivement des cas importées
39
Sérotypes responsable de la typhoïde ?
*Salmonella* : Typhi et Paratyphi A, B ou C
40
Période d'incubation de la typhoïde ?
14 jours
41
Quels sont les symptômes court termes de la typhoïde ?
Fièvre oscillante, céphalées, douleurs abdominales, malaise, constipation, anorexie, abattement
42
Quels sont les symptômes long terme de la typhoïde ?
fièvre montant jusqu'à 39°C, typhos
(délire), septicémie
=> fatale en cas d’absence de traitement
43
Sérotypes des Salmonella responsables de gastro entérites ?
tous les autres sérotypes de *Salmonella enterica enterica* autres que Typhi et Paratyphi
=> Une des principales responsables de Toxi-infection alimentaire collective (TIAC) en France
44
Sérotype dominant de Salmonella en Fr ?
*Salmonella enterica* serovar Enteritidis (39%)
45
Virulence de *Salmonella* ?
1. atteint la surface des cellules épithéliales grâce aux flagelles (FliC)
2. Adhésion grâce aux fimbriae (FimA)
3. système de sécrétion de type 3 (SST3) mis en place (système de seringue) → effecteurs remodèlent le cytosquelette cellulaire (SipC, SipA, SopE, SopB)
4. Invasion + inhibition de l'apoptose de la cellule
46
Quelles sont les premières cibles des *Salmonella* ?
1ère : cellules M
2ème : macrophage ou elles ne sont pas phagocytées
47
Pathogénicité de *Shigella* chez l'Ho ?
* Responsable la Shigellose (dysenterie bacillaire)
* 4 espèces responsables des infections ++
48
Quelles sont les espèces infectieuses de *Shigella* ?
4:
- *Shigella dysenteriae* : épidémique
- *Shigella flexneri* : endémique
- *Shigella boydii* : forme atténuée
- *Shigella sonnei* : forme atténuée
49
Comment sont classés les sérogroupe de *Shigella* ?
Sérogroupes basés sur l’antigène O
50
Caractères culturaux et biochimiques de *Shigella* ?
- Caractères généraux entérobactéries (AAF, oxydase - …)
- Non mobile
- Saccharose et Lactose-
- H2S-
- Citrate-
- LDC-
- VP -
- Uréase-
- Gélatine-
51
Différentiation de *Shigella* et *E. coli* ?
Shigelles caractérisées par de nombreuses réactions biochimiques négatives
52
Epidémiologie de Shigella ?
* L’homme et certains autres primates = seuls réservoirs
* environ 100 millions de personnes/an
* 200 000 décès => - 5ans +++
* Infections endémiques dans zones tropicales d’Afrique, d’Amérique latine et d’Asie
53
Infection à *Shigella* en Europe ?
Essentiellement des voyageurs internationaux pour quelques milliers de cas
54
Comment se fait la transmission de *Shigella* ?
- Transmission par voie fécale-orale
- consommation d'aliments contaminés, infectés lorsqu'ils sont :
* manipulés dans des conditions d'hygiènes médiocres
* lavés avec de l'eau contaminée par des matières fécales
- Liquides contaminés (eau des rivières, des lacs et d'autres eaux côtières)
- Contact sexuel (-)
55
Déclaration d'une infection à *Shigella* en Fr ?
Maladie à déclaration obligatoire
56
Portage asymptomatiques de *Shigella* ?
=> TRES rare → *Shigella* = pathogène strict
sources de dissémination de l'infection
57
Caractéristiques de *Shigella dysenteriae* ?
* provoque la forme de shigellose la + grave
* presque absente dans les pays développés
58
Quelles sont les *Shigella* les + présentes dans les pays industrialisés ?
1) *Shigella sonnei*
2) *Shigella flexneri*
59
Pics d'incidence des *Shigella* ?
Tranche d’âge :
* 0-9 ans
* 20-49 ans
60
Période d'incubation de la shigellose ?
1 à 7 jours
61
Symptômes des formes classique de la shigellose (*Shigella* non *dysenteriae*)
- diarrhées légères (jusqu’à importantes)
- crampes abdominales modérées
- fièvre et malaise
- nausées et vomissements
- ulcérations muqueuses superficielles
- Rémission au bout de qq jours dans la plupart des cas, peu de mortalité
62
Caractéristiques c
* *Shigella dysenteriae* +++
* Dysenterie bacillaire
* destruction de la muqueuse du côlon => forme la + grave de l'infection
63
Symptôme de la forme sévère de shigellose ?
- Diarrhées sanglantes /inflammation sévère
- douleurs abdominales intenses
- forte fièvre
- Déshydratation rapide
- Bactériémie
- Syndrome urémique hémolytique (rare)
Mort dans certains cas graves en 12-24h (5-15%
de mortalité si abs ttt)
64
Quelles sont les personnes qui contractent les formes graves de shigellose ?
majoritairement chez les personnes immunodéprimés et les enfants de moins de 5 ans (60%)
65
Quels sont les facteurs de virulence de *Shigella dysentariae* ?
* Endotoxine LPS (commun à toutes les
entérobactéries)
* Toutes les souches utilisent SST3 : explique pouvoir invasif
* La particularité de S. dysenteriae : production d’une entérotoxine : Shigatoxine (Stx)
66
Particularité de la Shigatoxine ?
* Stx responsable de la forme grave de la Shigellose
* explique la forte mortalité provoquée par cette espèce
* une des toxines les + puissante
* Portée par le chromosome ou plasmide
* Ingérée majoritairement par l’alimentation
* Responsables de diarrhées sanglantes,
insuffisance rénale, syndrome urémique,
syndrome hémolytique
67
Quantité de *Shigella dysenteriae* à ingérer pour développer une pathologie ?
10 à 100 bactéries suffisent à provoquer une pathologie
68
Quelles sont les pathologies causées par *Escherichia coli* chez l'Ho ?
- Infection urinaire (++)
- Infection entérique
- Infection invasive (rare)
- Infection à d'autres sites
69
Quelles sont les espèce d'*Escherichia* ?
5 espèces :
* *E. coli*
* + 4 autres
70
Caractéristiques d'*Escherichia coli* ?
* bactérie AAF la + abondante dans côlon humain, d’autres mammifères et oiseaux
* souches commensales très bien adaptées à une
coexistence pacifique avec l’hôte
71
Comment se déclarent des infection intestinales à *Escherichia coli* ?
* acquisition et combinaison de facteurs de virulence = modification de leur comportement
* sérotypes particuliers ont été répertoriées comme étant des souches pathogènes responsables d’infections allant de la :
* simple diarrhée
* infections systémiques sévères voire mortelles
72
Caractères culturaux et biochimiques d'*Escherichia coli* ?
- Caractères généraux entérobactéries
- Mobilité
- Saccharose +
- Lactose +
- indole +
- citrate -
- VP -
- urée -
- Production de gaz
- Parfois présence de capsule Ag K
73
Comment sont classés les sérotypes des souches infectieuses d'*Escherichia coli* ?
- Antigène O (+ 160)
- Antigène K (+ 80)
- Antigène H : (+ 50)
74
Réservoir d'*Escherichia coli* ?
- intestins des animaux à sang chauds : Humain, animaux d’élevages, chiens et chats
- Oiseaux sauvages
- Environnements aqueux : eau de surface, eaux usées et
dans les sols
- Aliments
- Milieux hospitaliers
75
Transmission d'*Escherichia coli* ?
- Essentiellement par l’alimentation
- Eau
- Contact animaux-homme
76
Que sont les IPEC ?
Infections par E. coli entéropathogènes
77
Quelles sont les principaux pathovars *E. coli* entéropathogènes ?
* les EIEC (Entéro-invasifs)
* les EPEC (Entéropathogènes)
* Les ETEC (Entérotoxinogènes)
* Les EHEC (entérohémorragiques)
=> Possibilité de Bactériémie
78
Caractéristiques des ETEC ?
* libèrent des entérotoxines cytotoxiques
* diarrhées chez les enfants dans les pays en voie de développement ("turista")
79
Caractéristiques des EPEC ?
* "effacement" des microvillosités par une toxine altérant le cytosquelette cellulaire
* Diarrhées sévères infantiles dans les pays en voie de développement
* Physiopathologie mal connue
80
Caractéristiques des EIEC ?
* multiplication intracellulaire et toxinogènes
* syndrome dysentérique :
- fièvre
- diarrhée sanglante et purulente
- envahissement de l'épithélium colique
- réaction inflammatoire locale intense
* souches proches des Shigelles
81
Caractéristiques des EHEC ?
* quantité importante de cytotoxines dans le gros intestin agissant sur le cytosquelette :
- diarrhées aqueuses
- colites hémorragiques avec crampes abdominales sévères
- diarrhées sanglantes
* invasifs
* Complication = SHU (syndrome urémique
hémolytique)
* adhérence aux entérocytes
* production de vérotoxine = Shiga-Like toxine → inhibition de la synthèse protéique
* d’hémolysine
82
Point commun des ETEC et EPEC ?
* Diarrhées hydriques
=> Symptômes « peu graves » avec rétablissement rapide
83
Point commun des EIEC et EHEC ?
* Diarrhées inflammatoires
=> Symptômes avec complications pouvant être graves amenant à la mort dans certains cas (EHEC ++)
84
Pathologie dont *Yersinia* est l'agent chez l'Ho ?
- La peste (*Y. pestis*)
- Infection digestive (*Y. enterocolitica* et *Y.
pseudotuberculosis*)
85
Taxonomie de *Yersinia* ?
3 espèces pathogènes pour l’Ho :
* *Y. pestis*
* *Y. enterocolitica*
* *Y. pseudotuberculosis*
86
Caractères culturaux de *Yersinia* ?
* Petits bacilles Gram –
* Peut croître entre 4°C et 37°C et 20-30°C pour *Y. pestis*
* lactose + , saccharose + pas pour *Y. pestis*
* Mise en évidence sur gélose CIN (Cefsulodine-Irgasan-Novobiocine)
* *Y. entérocolitica* = mobile à 27°C (abs à 37°C)
87
Epidémiologie de *Yersinia pestis* ?
* Europe au (14e siècle) : manifestée
de façon récurrente durant plus de 300 ans
* pandémie apparue en Asie centrale (milieu du 19e siècle et a essaimé dans le monde entier
* Chaque pandémies aurait été causée par un biovar différent de *Y. pestis*
* Existe cas de peste par an dans le monde
(Madagascar, RDC, Ouganda…)
* Dernier cas en France : 1945
88
Réservoir de *Yersinia enterocolitica* ?
* Réservoir : Porc ++, bovins, ovin
89
Transmission de *Yersinia enterocolitica* ?
viande de porc contaminée insuffisamment cuite, lait cru, eau contaminée…
90
Epidémiologie de *Yersinia enterocolitica* ?
* 3ème cause d’infection digestive après Campylobacter et Salmonella.
* Responsable de la yersiniose (98%)
* 6 839 cas confirmé en Europe (30 000 cas estimé en France par an), sous estimé +++
91
92
Symptômes de la yersiniose ?
* entérite aiguë
* fièvre
* diarrhées
* douleurs abdominales
92
Caractéristique de la yeriniose ?
* toutes les classes d'âges (prédominance -10 ans)
* Bactériémie possible chez immunodéprimés et personnes âgés principalement
* petite épidémie familiale
* spontanément résolutive
93
Quels sont les facteurs de virulence des *Yersinia* ?
Nombreux facteurs de virulence
94
95
Quelles sont les géloses que l'on peut utiliser pour la culture des entérobactéries ?
* Gélose drigalski (lactose)
* Gélose Hektoen
* Gélose SS
* Gélose CIN
* Gélose McConkey
=> autres géloses **chromogènes** sont également utilisées pour faciliter l’identification
96
Quels sont les tests utilisés pour le diagnostic des entérobactéries ?
* Test uréase
* Test indole
* Test VP
* Galeries API => Automates lisent le résultat d’ID après 24h
=> PEU utilisé
97
Quels sont les méthodes les + utilisées pour le diagnostic des entérobactéries ?
* Spectrométrie de masse
* Score d’identification précis et rapide +++
98
Quels sont les diagnostics direct et indirect réalisables pour les entérobactéries ?
* Sérogroupage (direct)
* Test Gruber-Widal (indirect)
99
Caractéristiques du sérogroupage des entérobactéries ?
* Agglutination antigène/anticorps
* Systématique pour Salmonella
* Recherche des antigènes à l’aide d’un kit contenant les AC spécifiques des différents sérotypes
100
Caractéristiques du Test Gruber-Widal ?
* Agglutination Ag/AC
* Recherche des AC dans le sérum dans le cadre de la fièvre Typhoïde et paratyphoïde
101
Quels sont les différents types de PCR réalisables sur les entérobactéries ?
*PCR « universelle »
*PCR gènes spécifiques : (toxines, facteurs adhésion ou invasion…etc)
102
Caractéristiques de la PCR "universelle" sur les entérobactéries ?
gène codant l’ARN16S (ADNr16S)
+ Séquençage
+ Analyse des séquences genre et espèce bactériens
103
TTT ATB des EHEC ?
/!\EHEC ne devraient pas ê traitées par ATBthérapie → stimulation de la sécrétion de toxine
=> Ré-hydratation et ttt des symptomes
* SHU : épuration extra-rénale
104
Comment se fait le choix du ttt des entérobactéries ?
*L’ATBgramme oriente le choix du ttt
* Le ttt ensuite adapté selon :
* les ATB restant actifs
* l’infection traitée (méningite, pneumonie..)
* Le patient (facteurs de risques?)
105
Quels sont les mécanismes de résistance aux ATB des entérobactéries ?
* Défaut de perméabilité (porines)
* Excrétion de l’antibiotique (efflux)
* Défaut d’affinité de la cible
* Inactivation de l’antibiotique (production de β-lactamases)
- Pénicillinase de Haut Niveau
- β-Lactamase à Spectre Etendu → très pbmatique
106
Prophylaxie contre les entérobactéries ?
* 2 principaux vaccins :
- Vaccin inactivé polysaccharidique : *S. Typhi.* → Typhim Vi (voie intra-musculaire)
- Vaccin vivant atténué : forme affaiblie de *Salmonella Typhi.* → Vivotif (voie oral)
107
Caractéristiques du vaccin anti-typhoïde ?
* préparé à partir de polysaccharide capsulaire Vi (Typhim Vi) purifié de *Salmonella Typhi*
* immunité apparaît 15 jours à 3 semaines après l'injection
* La durée de la protection est d'au moins 3 ans
* RESERVE A L'ADULTE ET L'ENFANT DE + DE 2 ANS qui voyagent en zone d’endémie
