Bactério : Entérobactéries Flashcards
23/09/24 => Thomas GAUTIER
Définition des entérobactéries ?
bactéries colonisant naturellement le tube digestif de l’Homme ou l’animal
Réservoir des entérobactéries ?
l’Homme et/ou l’animal
Habitat possible des entérobactéries ?
Dans différents environnements :
* aliments
* eau,
* milieu hospitalier
Devenir des entérobactérie après l’entrée dans l’organisme ?
- Dissémination
- inflammation
- pathologie
Taxonomie des entérobactéries ?
- Embranchement : Pseudomonadota
- Ordre : Entereobacteriales
- Famille : Enterobacteriaceae
Quels sont les principaux genres infection des entérobactéries ?
- Escherichia : Escherichia coli
- Salmonella : Salmonella enterica
- Shigella : Shigella dysenteriae, S. flexneri, S. boydii, S. sonnei
- Yersinia : Yersinia pestis, Yersinia enterolitica
De quelle pathologie Escherichia est elle l’agent ?
Infections intestinales et extra-intestinales
De quelle pathologie Salmonella est-elle l’agent ?
Agents de la typhoïde et des salmonellose
De quelle pathologie Shigella est-elle l’agent ?
Dysenterie bacillaire (Shigellose)
De quelle pathologie Yersinia est-elle l’agent ?
Peste et des infections gastro-intestinales
Quels sont les “autres” genres d’entérobactéries ?
- Klebsiella
- Enterobacter
- Proteus
- Serratia
Caractéristiques des agents du groupe 2 ?
- agents biologiques pouvant provoquer une maladie chez l’homme
- Propagation peu probable
- Prophylaxie ou ttt existants et efficaces
Caractéristiques des agents biologiques du groupe 3 ?
- Agents biologiques pouvant provoquer une maladie grave chez l’homme
- Propagation dans la collectivité possible,
*Existe généralement une prophylaxie
ou un traitement efficace
Exemple d’entérobactérie du groupe 3 des agents biologiques ?
- Escherichia coli entérohémorragiques
- Salmonella Typhi
- Shigella dysenteriae type 1
- Yersinia pestis
Caractéristiques morphologiques et structurales des entérobactéries ?
- Bacilles à Gram négatif
- 2-4 µm (L)
- Immobiles ou mobiles ++ (ciliature péritriche)
- Aérobie-Anaérobie facultative
- Se cultive sur milieu minimum
- Fermente le glucose
- Réduisent les nitrates (NO3-) en nitrites (NO2-)
- Oxydase -
Quels sont les caractères antigéniques des entérobactéries ?
- Paroi (O)
- Flagellaire (H)
- Capsulaire (K, Vi = salmonelle)
Variation des Ag O des entérobactéries ?
varie énormément en fonction des souches, certains sérovars sont + dangereux que
d’autres
Quels sont les facteurs de virulence des entérobactéries ?
- Capsule
- LPS (endotoxine)
- Production de toxines
- Sidérophores
- Adhérence / Invasion
- Capacité de dissémination vers le sang ou la lymphe
Rôle de la capsule des entérobactéries ?
- résister à un certain nombre de stress dans l’environnement
- camouflage
=> N’existe pas chez toute les souches mais peut s’échanger via transfert de gène
Caractéristiques du LPS (entérobactérie) ?
- endotoxine commune à toutes les entérobactéries
- Elément toxique du LPS : Lipide A
- Peut provoquer choc septique et donc la mort
Caractéristiques des endotoxines produites par les entérobactéries ?
- Protéines solubles, thermolabiles (inhibées entre 60 et 80°C)
- Libérées par la bactérie pathogène en croissance
- Gènes portés par les plasmides ou chromosomes
- Certaines exotoxines sont classées parmi les substances les plus létales
- Type de toxine fréquemment retrouvé : la toxine AB
Caractéristiques des sidérophores ?
- molécules synthétisées et sécrétées par µorganismes
- Permet de puiser le fer essentiel à leur développement
- Fer de l’hôte chélaté au profit de la bactérie
Sidérophore caractéristiques d’Escherichia Coli ?
entérochéline
Quelles sont les facteurs d’adhérence et d’invasion des entérobactéries ?
- capables d’adhérer à la surface des cellules épithéliales Grâce aux pili ou fimbriae
Importance de l’adhésion pour les entérobactérie ?
Nécessaire pour activer les facteurs de virulence
Caractéristiques de la dissémination des entérobactéries ?
- capable d’effectuer l’invasion cellulaire par des mécanismes qui sont propres à chaque
genre bactérien - traverser la barrièreintestinal pour se disséminer dans le reste de l’organisme (jusqu’à la septicémie)
Quelles sont les pathologies dont Salmonella est l’agent ?
- fièvre Typhoïde et Para-typhoïde
- Gastro-entérites aigües
Classification de Salmonella ?
- 2 espèces
- 6 sous-espèces
- Plus de 2500 sérovars existant
Quelles sont les Salmonella pathogènes de l’Ho ?
Salmonella enterica enterica
Quels sont les sérovars typhiques des Salmonella ?
- S. Typhi
- S. Paratyphi A
- S. paratyphi B
- S. paratyphi C
Quels sont les sérovars non-typhiques des Salmonella ?
- Tout les autres sérovars
- S. Typhimurium
- S. Seftemberg
- …
Qu’est-ce que le tableau de Kauffmann-White ?
Tableau qui permet d’identifier ou déterminer de nouveaux sérovars grâce :
tests d’agglutination effectuer sur les Ag :
* O
* H
* capsule (Vi)
Caractères culturaux et biochimiques de Salmonella ?
- Caractères généraux entérobactéries (AAF,
oxydase - …) - mobile
- Colonie de 2-4 mm sur milieu minimum
- Saccharose et Lactose –
- H2S +
- milieu Hektoen, colonies vertes avec
parfois apparition d’un centre noir - Même chose sur gélose SS
Comment se fait la contamination indirecte à Salmonella ?
- Large spectre d’animaux pouvant être porteurs
- pdts alimentaires, consommés crus, peu cuits ou ayant fait l’objet d’une contamination post-cuisson
- viande (volaille+++, produits carnés, œufs et produits laitiers)
Comment se fait la contamination directe à Salmonella ?
- animal malade ou porteur sain par l’intermédiaire des mains
Epidémie de Salmonella ?
foyers sont importants : peut atteindre une échelle nationale voire internationale si un aliment commercialisé à large diffusion se trouve contaminé
Caractéristiques de la Typhoïde ?
- Frappe principalement les pays en cours de développement : Afrique, Asie et Amérique du sud
- Contamination par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés
- Après guérison d’une fièvre typhoïde, 2 à 5% des individus continuent d’héberger l’agent pathogène et sans signe clinique
Epidémiologie de la typhoïde ?
- 20 millions de cas / an
- 200 000 morts par an
- Fr : maladies à déclaration obligatoire, quasi-exclusivement des cas importées
Sérotypes responsable de la typhoïde ?
Salmonella : Typhi et Paratyphi A, B ou C
Période d’incubation de la typhoïde ?
14 jours
Quels sont les symptômes court termes de la typhoïde ?
Fièvre oscillante, céphalées, douleurs abdominales, malaise, constipation, anorexie, abattement
Quels sont les symptômes long terme de la typhoïde ?
fièvre montant jusqu’à 39°C, typhos
(délire), septicémie
=> fatale en cas d’absence de traitement
Sérotypes des Salmonella responsables de gastro entérites ?
tous les autres sérotypes de Salmonella enterica enterica autres que Typhi et Paratyphi
=> Une des principales responsables de Toxi-infection alimentaire collective (TIAC) en France
Sérotype dominant de Salmonella en Fr ?
Salmonella enterica serovar Enteritidis (39%)
Virulence de Salmonella ?
- atteint la surface des cellules épithéliales grâce aux flagelles (FliC)
- Adhésion grâce aux fimbriae (FimA)
- système de sécrétion de type 3 (SST3) mis en place (système de seringue) → effecteurs remodèlent le cytosquelette cellulaire (SipC, SipA, SopE, SopB)
- Invasion + inhibition de l’apoptose de la cellule
Quelles sont les premières cibles des Salmonella ?
1ère : cellules M
2ème : macrophage ou elles ne sont pas phagocytées
Pathogénicité de Shigella chez l’Ho ?
- Responsable la Shigellose (dysenterie bacillaire)
- 4 espèces responsables des infections ++
Quelles sont les espèces infectieuses de Shigella ?
4:
- Shigella dysenteriae : épidémique
- Shigella flexneri : endémique
- Shigella boydii : forme atténuée
- Shigella sonnei : forme atténuée
Comment sont classés les sérogroupe de Shigella ?
Sérogroupes basés sur l’antigène O
Caractères culturaux et biochimiques de Shigella ?
- Caractères généraux entérobactéries (AAF, oxydase - …)
- Non mobile
- Saccharose et Lactose-
- H2S-
- Citrate-
- LDC-
- VP -
- Uréase-
- Gélatine-
Différentiation de Shigella et E. coli ?
Shigelles caractérisées par de nombreuses réactions biochimiques négatives
Epidémiologie de Shigella ?
- L’homme et certains autres primates = seuls réservoirs
- environ 100 millions de personnes/an
- 200 000 décès => - 5ans +++
- Infections endémiques dans zones tropicales d’Afrique, d’Amérique latine et d’Asie
Infection à Shigella en Europe ?
Essentiellement des voyageurs internationaux pour quelques milliers de cas
Comment se fait la transmission de Shigella ?
- Transmission par voie fécale-orale
- consommation d’aliments contaminés, infectés lorsqu’ils sont :
- manipulés dans des conditions d’hygiènes médiocres
- lavés avec de l’eau contaminée par des matières fécales
- Liquides contaminés (eau des rivières, des lacs et d’autres eaux côtières)
- Contact sexuel (-)
Déclaration d’une infection à Shigella en Fr ?
Maladie à déclaration obligatoire
Portage asymptomatiques de Shigella ?
=> TRES rare → Shigella = pathogène strict
sources de dissémination de l’infection
Caractéristiques de Shigella dysenteriae ?
- provoque la forme de shigellose la + grave
- presque absente dans les pays développés
Quelles sont les Shigella les + présentes dans les pays industrialisés ?
1) Shigella sonnei
2) Shigella flexneri
Pics d’incidence des Shigella ?
Tranche d’âge :
* 0-9 ans
* 20-49 ans
Période d’incubation de la shigellose ?
1 à 7 jours
Symptômes des formes classique de la shigellose (Shigella non dysenteriae)
- diarrhées légères (jusqu’à importantes)
- crampes abdominales modérées
- fièvre et malaise
- nausées et vomissements
- ulcérations muqueuses superficielles
- Rémission au bout de qq jours dans la plupart des cas, peu de mortalité
Caractéristiques c
- Shigella dysenteriae +++
- Dysenterie bacillaire
- destruction de la muqueuse du côlon => forme la + grave de l’infection
Symptôme de la forme sévère de shigellose ?
- Diarrhées sanglantes /inflammation sévère
- douleurs abdominales intenses
- forte fièvre
- Déshydratation rapide
- Bactériémie
- Syndrome urémique hémolytique (rare)
Mort dans certains cas graves en 12-24h (5-15%
de mortalité si abs ttt)
Quelles sont les personnes qui contractent les formes graves de shigellose ?
majoritairement chez les personnes immunodéprimés et les enfants de moins de 5 ans (60%)
Quels sont les facteurs de virulence de Shigella dysentariae ?
- Endotoxine LPS (commun à toutes les
entérobactéries) - Toutes les souches utilisent SST3 : explique pouvoir invasif
- La particularité de S. dysenteriae : production d’une entérotoxine : Shigatoxine (Stx)
Particularité de la Shigatoxine ?
- Stx responsable de la forme grave de la Shigellose
- explique la forte mortalité provoquée par cette espèce
- une des toxines les + puissante
- Portée par le chromosome ou plasmide
- Ingérée majoritairement par l’alimentation
- Responsables de diarrhées sanglantes,
insuffisance rénale, syndrome urémique,
syndrome hémolytique
Quantité de Shigella dysenteriae à ingérer pour développer une pathologie ?
10 à 100 bactéries suffisent à provoquer une pathologie
Quelles sont les pathologies causées par Escherichia coli chez l’Ho ?
- Infection urinaire (++)
- Infection entérique
- Infection invasive (rare)
- Infection à d’autres sites
Quelles sont les espèce d’Escherichia ?
5 espèces :
* E. coli
* + 4 autres
Caractéristiques d’Escherichia coli ?
- bactérie AAF la + abondante dans côlon humain, d’autres mammifères et oiseaux
- souches commensales très bien adaptées à une
coexistence pacifique avec l’hôte
Comment se déclarent des infection intestinales à Escherichia coli ?
- acquisition et combinaison de facteurs de virulence = modification de leur comportement
- sérotypes particuliers ont été répertoriées comme étant des souches pathogènes responsables d’infections allant de la :
- simple diarrhée
- infections systémiques sévères voire mortelles
Caractères culturaux et biochimiques d’Escherichia coli ?
- Caractères généraux entérobactéries
- Mobilité
- Saccharose +
- Lactose +
- indole +
- citrate -
- VP -
- urée -
- Production de gaz
- Parfois présence de capsule Ag K
Comment sont classés les sérotypes des souches infectieuses d’Escherichia coli ?
- Antigène O (+ 160)
- Antigène K (+ 80)
- Antigène H : (+ 50)
Réservoir d’Escherichia coli ?
- intestins des animaux à sang chauds : Humain, animaux d’élevages, chiens et chats
- Oiseaux sauvages
- Environnements aqueux : eau de surface, eaux usées et
dans les sols - Aliments
- Milieux hospitaliers
Transmission d’Escherichia coli ?
- Essentiellement par l’alimentation
- Eau
- Contact animaux-homme
Que sont les IPEC ?
Infections par E. coli entéropathogènes
Quelles sont les principaux pathovars E. coli entéropathogènes ?
- les EIEC (Entéro-invasifs)
- les EPEC (Entéropathogènes)
- Les ETEC (Entérotoxinogènes)
- Les EHEC (entérohémorragiques)
=> Possibilité de Bactériémie
Caractéristiques des ETEC ?
- libèrent des entérotoxines cytotoxiques
- diarrhées chez les enfants dans les pays en voie de développement (“turista”)
Caractéristiques des EPEC ?
- “effacement” des microvillosités par une toxine altérant le cytosquelette cellulaire
- Diarrhées sévères infantiles dans les pays en voie de développement
- Physiopathologie mal connue
Caractéristiques des EIEC ?
- multiplication intracellulaire et toxinogènes
- syndrome dysentérique :
- fièvre
- diarrhée sanglante et purulente
- envahissement de l’épithélium colique
- réaction inflammatoire locale intense
- souches proches des Shigelles
Caractéristiques des EHEC ?
- quantité importante de cytotoxines dans le gros intestin agissant sur le cytosquelette :
- diarrhées aqueuses
- colites hémorragiques avec crampes abdominales sévères
- diarrhées sanglantes
- invasifs
- Complication = SHU (syndrome urémique
hémolytique) - adhérence aux entérocytes
- production de vérotoxine = Shiga-Like toxine → inhibition de la synthèse protéique
- d’hémolysine
Point commun des ETEC et EPEC ?
- Diarrhées hydriques
=> Symptômes « peu graves » avec rétablissement rapide
Point commun des EIEC et EHEC ?
- Diarrhées inflammatoires
=> Symptômes avec complications pouvant être graves amenant à la mort dans certains cas (EHEC ++)
Pathologie dont Yersinia est l’agent chez l’Ho ?
- La peste (Y. pestis)
- Infection digestive (Y. enterocolitica et Y.
pseudotuberculosis)
Taxonomie de Yersinia ?
3 espèces pathogènes pour l’Ho :
* Y. pestis
* Y. enterocolitica
* Y. pseudotuberculosis
Caractères culturaux de Yersinia ?
- Petits bacilles Gram –
- Peut croître entre 4°C et 37°C et 20-30°C pour Y. pestis
- lactose + , saccharose + pas pour Y. pestis
- Mise en évidence sur gélose CIN (Cefsulodine-Irgasan-Novobiocine)
- Y. entérocolitica = mobile à 27°C (abs à 37°C)
Epidémiologie de Yersinia pestis ?
- Europe au (14e siècle) : manifestée
de façon récurrente durant plus de 300 ans - pandémie apparue en Asie centrale (milieu du 19e siècle et a essaimé dans le monde entier
- Chaque pandémies aurait été causée par un biovar différent de Y. pestis
- Existe cas de peste par an dans le monde
(Madagascar, RDC, Ouganda…) - Dernier cas en France : 1945
Réservoir de Yersinia enterocolitica ?
- Réservoir : Porc ++, bovins, ovin
Transmission de Yersinia enterocolitica ?
viande de porc contaminée insuffisamment cuite, lait cru, eau contaminée…
Epidémiologie de Yersinia enterocolitica ?
- 3ème cause d’infection digestive après Campylobacter et Salmonella.
- Responsable de la yersiniose (98%)
- 6 839 cas confirmé en Europe (30 000 cas estimé en France par an), sous estimé +++
Symptômes de la yersiniose ?
- entérite aiguë
- fièvre
- diarrhées
- douleurs abdominales
Caractéristique de la yeriniose ?
- toutes les classes d’âges (prédominance -10 ans)
- Bactériémie possible chez immunodéprimés et personnes âgés principalement
- petite épidémie familiale
- spontanément résolutive
Quels sont les facteurs de virulence des Yersinia ?
Nombreux facteurs de virulence
Quelles sont les géloses que l’on peut utiliser pour la culture des entérobactéries ?
- Gélose drigalski (lactose)
- Gélose Hektoen
- Gélose SS
- Gélose CIN
- Gélose McConkey
=> autres géloses chromogènes sont également utilisées pour faciliter l’identification
Quels sont les tests utilisés pour le diagnostic des entérobactéries ?
- Test uréase
- Test indole
- Test VP
- Galeries API => Automates lisent le résultat d’ID après 24h
=> PEU utilisé
Quels sont les méthodes les + utilisées pour le diagnostic des entérobactéries ?
- Spectrométrie de masse
- Score d’identification précis et rapide +++
Quels sont les diagnostics direct et indirect réalisables pour les entérobactéries ?
- Sérogroupage (direct)
- Test Gruber-Widal (indirect)
Caractéristiques du sérogroupage des entérobactéries ?
- Agglutination antigène/anticorps
- Systématique pour Salmonella
- Recherche des antigènes à l’aide d’un kit contenant les AC spécifiques des différents sérotypes
Caractéristiques du Test Gruber-Widal ?
- Agglutination Ag/AC
- Recherche des AC dans le sérum dans le cadre de la fièvre Typhoïde et paratyphoïde
Quels sont les différents types de PCR réalisables sur les entérobactéries ?
*PCR « universelle »
*PCR gènes spécifiques : (toxines, facteurs adhésion ou invasion…etc)
Caractéristiques de la PCR “universelle” sur les entérobactéries ?
gène codant l’ARN16S (ADNr16S)
+ Séquençage
+ Analyse des séquences genre et espèce bactériens
TTT ATB des EHEC ?
/!\EHEC ne devraient pas ê traitées par ATBthérapie → stimulation de la sécrétion de toxine
=> Ré-hydratation et ttt des symptomes
* SHU : épuration extra-rénale
Comment se fait le choix du ttt des entérobactéries ?
*L’ATBgramme oriente le choix du ttt
* Le ttt ensuite adapté selon :
* les ATB restant actifs
* l’infection traitée (méningite, pneumonie..)
* Le patient (facteurs de risques?)
Quels sont les mécanismes de résistance aux ATB des entérobactéries ?
- Défaut de perméabilité (porines)
- Excrétion de l’antibiotique (efflux)
- Défaut d’affinité de la cible
- Inactivation de l’antibiotique (production de β-lactamases)
- Pénicillinase de Haut Niveau
- β-Lactamase à Spectre Etendu → très pbmatique
Prophylaxie contre les entérobactéries ?
- 2 principaux vaccins :
- Vaccin inactivé polysaccharidique : S. Typhi. → Typhim Vi (voie intra-musculaire)
- Vaccin vivant atténué : forme affaiblie de Salmonella Typhi. → Vivotif (voie oral)
Caractéristiques du vaccin anti-typhoïde ?
- préparé à partir de polysaccharide capsulaire Vi (Typhim Vi) purifié de Salmonella Typhi
- immunité apparaît 15 jours à 3 semaines après l’injection
- La durée de la protection est d’au moins 3 ans
- RESERVE A L’ADULTE ET L’ENFANT DE + DE 2 ANS qui voyagent en zone d’endémie
