Tumor evolutie - sequentiele veranderingen

Question 1

kankercellen

Answer 1

• Hebben afwijkingen in hun DNA (mutaties)
• Onttrekken zich aan regulatie van groei (blijven zich ongeremd delen, gaan niet meer dood)
• Dringen het omringende weefsel binnen (invasie) en vormen uitzaaiingen op afstand (metastasen)

Question 2

tumor vs normale cel

Answer 2

 Genomische afwijkingen: DNA
 Veranderingen op transcriptie niveau: mRNA, non-coding RNAs
 Epigenetische veranderingen: DNA methylering, histon modificaties
 Verandering in eiwitten: expressie, activiteit

Question 3

specifieke genomische afwijkingen tumorcellen

Answer 3

drivers; Zijn oorzakelijk betrokken bij de transformatie van een normale cel in een tumorcel, of spelen een rol bij de progressie van de getransformeerde cel.

Question 4

niet specifieke genomische afwijkingen tumorcellen

Answer 4

• Passengers/hitchhikers: kan zomaar ontstaan en verdwijnen
• Age-related genomic aberrations
  Hebben geen direct effect op het ontstaan/progressie van een tumor.

Question 5

proto-oncogen (dominant)

Answer 5

in één van de 2 allelen vindt een activerende mutatie plaats. Dit is bij een proto-oncogen omdat de mutatie dominant is, al voldoende om het tumor fenotype tot uiting te laten komen.

Question 6

tumorsuppressorgen (recessief)

Answer 6

er is een deletie of inactiverende mutatie plus nog een deletie of inactiverende mutatie: Knudsons two hit hypothese. Er zijn nu 2 afwijkende allelen ontstaan, wat zorgt voor het tumor fenotype.

Question 7

VAF

Answer 7

VAF: gemuteerde allelen/alle allelen

Question 8

coverage

Answer 8

aantal malen dat een base-positie (onafhankelijk) bepaald is, hoe hoger hoe deeper gesequenced

Question 9

Wanneer werkt erlotinib?

Answer 9

alleen als EGF-R gemuteerd is

Question 10

VAF proto-oncogen

Answer 10

stel: 80 tumorcellen, 20 normale cellen. Proto-oncogen dus dominant, betekent 1 allel fout, dus: 80/80+80+40) = 40%.

Question 11

VAF tumorsuppressorgen

Answer 11

o Per 100 cellen 80 tumorcellen en 20 normale cellen
o Alle normale cellen hebben 2 allelen dus worden 40x, tumorcellen gewoon 80x.
o 80/120 = 0,67.

Question 12

samenvatting I

Answer 12

• Genomisch instabiel
• Ontstaan door mutaties in tumrosuppressorgenen en in proto-incogenen
• Hebben driver, passenger/hitchhiker en age-related mutaties
• Zijn clonale proliferaties

Question 13

samenvatting II

Answer 13

• Homogeniteit van mutaties is aanwijzing, maar geen bewijs voor causale betrokkenheid bij maligne transformatie
• Heterogeniteit van mutaties (subpopulatie) kan van belang zijn: progressie, metastasering, resistentie
• Zijn clonale proliferaties met intra tumor heterogeniteit
• Intratumor heterogeniteit speelt een belangrijke rol bij het biologisch gedrag van tumoren: preogressie, metastasering, resistentie