Cytogenetische afwijkingen Flashcards
Waarom kijken naar chromosomale afwijkingen bij leukemie?
- voor diagnose
- belangrijk voor prognose score
- respons op chemotherapie
- identificatie van betrokken genen; inzicht in leukemogenese en hematopoese resulteren in mogelijke behandelingsopties
Detectie en identificatie van chromosomale afwijkingen
- Klassieke cytogenetica (banderings technieken)
- Moleculaire cytogenetica: Fluorescente in situ hybridisatie (FISH), Array (SNP array)
- Moleculaire diagnostiek: RQ-PCR (fusiegenen), Q-PCR, Sequencing (Sanger > NGS)
Kweken
Aan kweekmedium (beenmerg) worden groeifactoren toegevoegd om de cellen te triggeren om te delen > colcemid stopt de deling > hypotone oplossing > cellen zwellen en gaan kapot > membranen breken > bandering
Numerieke chromosomale afwijkingen
- Winst (van compleet chromosoom)
- Verlies (van compleet chromosoom)
structurele afwijkingen chromosomen
gebalanceerd: translocatie, inversie, insertie
niet-gebalanceerd: deletie, amplificatie, niet-gebalanceerde translocatie en genmutatie
Hoe kunnen translocaties herkend worden?
chromosoom kleurt feller of juist minder fel aan
Karyogram beschrijven
45, XY, -7 [10]
er mist een chromosoom (45 ipv 46), bij een man, chromosoom 7 mist bij 10 metafases
slecht risico afwijkingen AML
complex karyotype (meerdere afwijkingen), monosomaal karyotype (verlies autosomen of monosomie en een structurele afwijking)
Cor binding factor leukemie
beste prognose t(8;21) en inv16.
volgorde prognose
cor binding factor (t8;21) en inv16, cytogenetisch normaal karyotype, cytogenetisch afwijkende typen, monosomaal karyotype
FISH
methode om mutaties zichtbaar te maken; zeer beperkt en gericht op specifiek target
Hoe werkt FISH?
DNA van een chromosoom wordt gesmolten door verwarmen > enkelstrengs DNA (probe) wordt eroverheen gewassen en hecht aan gesmolten DNA
probe met fluorescrend label kan aantonen of het stukje DNA aanwezig is in de patient
methoden fish
metafase bij gekweekte/delende fcellen en interfase bij niet/slecht delende cellen
voordelen FISH
detectie microdeleties, breukpunt detectie en verbetering, detectie van cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen, snelle diagnostische detectie op kernen in interfase, demonstratie van een kleine hoeveelheid van afwijkende cellen
nadelen FISH
gelimiteerde sensitiviteit, geeft alleen antwoorden op gestelde vragen, beperkte target locaties om te onderzoeken
fusie probes
specifiek ontworpen aan translocaties aan te tonen. Wanneer er geen sprake is van een translocatie, wordt er 2 keer rood en 2 keer groen gezien. Bij een translocatie verwisselen bijvoorbeeld helften van chromosoom 18 en 14. Dan komt er een rood en groen signaal naast elkaar. Dit is een fusie-signaal en ziet er geel uit.
break apart probes
stukken uit elkaar als er een breuk tussen komt. Als er geen translocatie is dan zijn er 2 fusies zichtbaar. Als dat wel zo is is er 1 fusie zichtbaar en rood en groen signaal.
multiple myeloom
afwijkende cellen komen niet in deling > moeilijk chromosoom onderzoek > oplossing is zuivering
zuivering
o Rode bloedcellen verwijderen met rode bloedcel lysis
o Zuivering met anti-CD138 kit (stem cell technologies)
o Antlichamen worden aan beads gekoppeld waardoor CD-138 aan het antilichaam bindt > beads hangen met plasmacellen aan magneet > plasmacellen blijven alleen over.
SNP array
genoom-breed kijken; Er wordt getest of iemand voor een bepaalde SNP homozygoot of heterozygoot is. als het ene allel A wordt genoemd en de ander B, dan heeft ieder individu AA, AB of BB. Het voordeel is dat deleties of duplicaties makkelijk kunnen worden opgespoord.
analyse SNP array
De analyse wordt gedaan met LogR en de B-allel frequentie. B-allel frequentie zegt iets over de frequentie van de SNP. Wanneer er 1 allel zichtbaar is, is er een deletie. Als er 3 zichtbaar zijn een duplicatie. Als er 2 allelen zichtbaar zijn, maar alleen AA en BB is dit een teken van verlies van heterozygositeit.
Welke afwijking kan je niet zien met SNP array
translocatie
Welke afwijking kan je niet zien met FISH
verlies heterozygotie
