Cytogenetische afwijkingen

Question 1

Waarom kijken naar chromosomale afwijkingen bij leukemie?

Answer 1

• voor diagnose
• belangrijk voor prognose score
• respons op chemotherapie
• identificatie van betrokken genen; inzicht in leukemogenese en hematopoese resulteren in mogelijke behandelingsopties

Question 2

Detectie en identificatie van chromosomale afwijkingen

Answer 2

• Klassieke cytogenetica (banderings technieken)
• Moleculaire cytogenetica: Fluorescente in situ hybridisatie (FISH), Array (SNP array)
• Moleculaire diagnostiek: RQ-PCR (fusiegenen), Q-PCR, Sequencing (Sanger > NGS)

Question 3

Kweken

Answer 3

Aan kweekmedium (beenmerg) worden groeifactoren toegevoegd om de cellen te triggeren om te delen > colcemid stopt de deling > hypotone oplossing > cellen zwellen en gaan kapot > membranen breken > bandering

Question 4

Numerieke chromosomale afwijkingen

Answer 4

• Winst (van compleet chromosoom)
• Verlies (van compleet chromosoom)

Question 5

structurele afwijkingen chromosomen

Answer 5

gebalanceerd: translocatie, inversie, insertie

niet-gebalanceerd: deletie, amplificatie, niet-gebalanceerde translocatie en genmutatie

Question 6

Hoe kunnen translocaties herkend worden?

Answer 6

chromosoom kleurt feller of juist minder fel aan

Question 7

Karyogram beschrijven

Answer 7

45, XY, -7 [10]
er mist een chromosoom (45 ipv 46), bij een man, chromosoom 7 mist bij 10 metafases

Question 8

slecht risico afwijkingen AML

Answer 8

complex karyotype (meerdere afwijkingen), monosomaal karyotype (verlies autosomen of monosomie en een structurele afwijking)

Question 9

Cor binding factor leukemie

Answer 9

beste prognose t(8;21) en inv16.

Question 10

volgorde prognose

Answer 10

cor binding factor (t8;21) en inv16, cytogenetisch normaal karyotype, cytogenetisch afwijkende typen, monosomaal karyotype

Question 11

FISH

Answer 11

methode om mutaties zichtbaar te maken; zeer beperkt en gericht op specifiek target

Question 12

Hoe werkt FISH?

Answer 12

DNA van een chromosoom wordt gesmolten door verwarmen > enkelstrengs DNA (probe) wordt eroverheen gewassen en hecht aan gesmolten DNA

probe met fluorescrend label kan aantonen of het stukje DNA aanwezig is in de patient

Question 13

methoden fish

Answer 13

metafase bij gekweekte/delende fcellen en interfase bij niet/slecht delende cellen

Question 14

voordelen FISH

Answer 14

detectie microdeleties, breukpunt detectie en verbetering, detectie van cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen, snelle diagnostische detectie op kernen in interfase, demonstratie van een kleine hoeveelheid van afwijkende cellen

Question 15

nadelen FISH

Answer 15

gelimiteerde sensitiviteit, geeft alleen antwoorden op gestelde vragen, beperkte target locaties om te onderzoeken

Question 16

fusie probes

Answer 16

specifiek ontworpen aan translocaties aan te tonen. Wanneer er geen sprake is van een translocatie, wordt er 2 keer rood en 2 keer groen gezien. Bij een translocatie verwisselen bijvoorbeeld helften van chromosoom 18 en 14. Dan komt er een rood en groen signaal naast elkaar. Dit is een fusie-signaal en ziet er geel uit.

Question 17

break apart probes

Answer 17

stukken uit elkaar als er een breuk tussen komt. Als er geen translocatie is dan zijn er 2 fusies zichtbaar. Als dat wel zo is is er 1 fusie zichtbaar en rood en groen signaal.

Question 18

multiple myeloom

Answer 18

afwijkende cellen komen niet in deling > moeilijk chromosoom onderzoek > oplossing is zuivering

Question 19

zuivering

Answer 19

o Rode bloedcellen verwijderen met rode bloedcel lysis
o Zuivering met anti-CD138 kit (stem cell technologies)
o Antlichamen worden aan beads gekoppeld waardoor CD-138 aan het antilichaam bindt > beads hangen met plasmacellen aan magneet > plasmacellen blijven alleen over.

Question 20

SNP array

Answer 20

genoom-breed kijken; Er wordt getest of iemand voor een bepaalde SNP homozygoot of heterozygoot is. als het ene allel A wordt genoemd en de ander B, dan heeft ieder individu AA, AB of BB. Het voordeel is dat deleties of duplicaties makkelijk kunnen worden opgespoord.

Question 21

analyse SNP array

Answer 21

De analyse wordt gedaan met LogR en de B-allel frequentie. B-allel frequentie zegt iets over de frequentie van de SNP. Wanneer er 1 allel zichtbaar is, is er een deletie. Als er 3 zichtbaar zijn een duplicatie. Als er 2 allelen zichtbaar zijn, maar alleen AA en BB is dit een teken van verlies van heterozygositeit.

Question 22

Welke afwijking kan je niet zien met SNP array

Answer 22

translocatie

Question 23

Welke afwijking kan je niet zien met FISH

Answer 23

verlies heterozygotie