Next generation sequencing

Question 1

Toepassingen NGS

Answer 1

• Kleine mutaties; bijvoorbeeld substituties van een aminozuur of deleties/inserties.
• Deleties en amplificaties
• Translocaties en fusiegenen

Question 2

PCR proces

Answer 2

1. Temperatuurverhoging zorgt voor uitelkaar gaan dubbelstrengs DNA
2. Temperatuur verlaagt en primers worden toegevoegd
3. Basen worden toegevoegd
4. DNA polymerase wordt toegevoegd
5. Nieuwe DNA strengen worden gemaakt

Wordt 30 keer herhaald

Question 3

Toepassing sequencing oncologie

Answer 3

• DD (diagnose A of B)
• Therapiekeuze (therapie A of B)
• Clonaliteitsanalyse (metastase of 2e primaire tumor)
• Oncogenetica (erfelijke tumorsyndromen) ism Klinische genetica
• Weefselidentificatie (weefsel van pt A of pt B)

Question 4

Targeted sequencing (amplicon)

Answer 4

specifiek deel van het genoom wordt gesequenced. Aan de PCR primers kunnen labels worden gehangen, die worden mee gesequenced. Zo kunnen dezelfde gebieden bekeken worden van verschillende individuen. Is efficiënt, maar er is wel continu maar één fragment dat gesequenced wordt uit een bepaald gebied.

Question 5

Hybridization enrichment

Answer 5

DNA wordt in kleine fragmenten gesplitst voor het geamplificeerd wordt. De adapters worden aangebracht voor latere sequencing. Interessante gebieden worden eruit gehaald en gesequenced. Methode is minder efficiënt dan targeted, maar er kunnen wel meerdere fragmenten van een bepaald gebied gesequenced worden.

Question 6

Coverage

Answer 6

hoeveelheid dat een base-positie is bepaald. Hoe hoger de coverage, hoe dieper gesequenced is (nauwkeuriger)

Question 7

VAF

Answer 7

aantal keren dat een DNA-variant op een specifieke positie wordt gevonden ten opzichte van het referentie-DNA. Afhankelijk van gen en tumor percentage.

Question 8

Eigenschappen NGS

Answer 8

single molecule, duizenden fragmenten, output 1-20 miljard basen, weinig DNA nodig, hoge gevoeligheid, barcode, bio-informatica nodig.