HC 3.2 Het ontstaan van chromosomale afwijkingen Flashcards
Waaruit bestaat een chromosoom?
Chromosoom = DNA, histonen en andere eiwitten. Elke cel in ons lichaam bevat ongeveer twee meter DNA, ingepakt in een kern van ongeveer 10 micrometer doorsnede.
Hoeveel procent van ons DNA codeert voor genen?
2%
Wat gebeurt er tijdens de metafase met de chromosomen?
Tijdens de metafase gaan de chromosomen zich in het midden bevinden en vormen ze de zogenaamde metafasische plaat.
Wat zijn kenmerken van een centrosoom?
Tijdens de mitose worden de chromosomen uit elkaar getrokken door tubulinedraden. De tubulinedraden starten vanaf een centrosoom. De centrosoom wordt verdubbeld in de S fase. In de mitose gaan beide centrosomen uit elkaar. Spoeldraden komen uit het centrosoom en worden aan het chromosoom vastgemaakt (kinetochoor). Als alles vast zit begint de anafase.
Wat zijn technieken om chromosomen te kunnen zien?
- Alle chromosomen aankleuren (bijv. R bandering)
- In situ hybridisatie (FISH): een specifiek gen bekijken
- Chromosoom specifieke probes (FISH): een specifiek chromosoom bekijken
Welke chromosoom is het grootst en welke het kleinst?
Chromosoom 1 is het grootst en chromosoom 22 is het kleinst.
Welke chromosomale afwijkingen kunnen er ontstaan door een dubbelstrengsbreuk? (structurele afwijkingen)
Deze breuk kan gedurende de gehele celcyclus ontstaan.
- Deleties: dubbelstrengs breuk die niet hersteld wordt, waardoor er een deel van het chromosoom verloren gaat.
- Translocaties: dubbelstrengsbreuk die verkeerd aan elkaar wordt gezet.
- Dicentrische chromosomen: chromosomen waarbij door een dubbelstrengs breuk twee centromeren op 1 chromosoom terecht zijn gekomen. Deze dicentrische chromosomen ontstaan vooral door bestraling omdat er dan veel dubbelstrengsbreuken ontstaan.
Wat gebeurt er met een dicentrisch chromosoom?
Het kan zo zijn dat de microtubuli aan de verkeerde kan van het chromosoom bindt. Hierdoor wordt er dan van twee kanten aan het chromosoom getrokken, en dit leidt er toe dat die in tweeën breekt. Dit gebeurt in zo’n 50% bij de dicentrische chromosomen.
Hoe ontstaan numerieke afwijkingen? En welk systeem voorkomt dit?
In de metafase worden alle chromosomen vastgemaakt. Als een chromosoom niet vast zit voordat de uitverdeling begint, dan kan er een chromosoom te veel of te weinig in de dochtercel komen (non-disjunctie).
Er is een systeem dat de kinetochor signalen blijft uitzenden totdat die vastzit aan een microtubuli. Het signaal zorgt ervoor dat er wordt gewacht met de anafase.
Hoe ontdek je numerieke afwijkingen?
- In het karyogram
- Analyse van (CA)n repeats.
- Bij NGS: next generation sequencing: verlies van Single Nucleotide Polymorphisms
Hoe kun je numerieke afwijkingen herkennen met behulp van analyse van (CA)n repeats?
Analyse van (CA)n repeats: twee allelen van een allelenpaar dragen verschillende hoeveelheden (CA)n repeats. Als er maar één band te zien is in PCR, betekent dit dus dat er één allel, en dus één chromosoom ontbreekt. Zo kan er gekeken worden of beide kopieën van het chromosoom nog aanwezig zijn en welke delen van chromosomen niet meer aanwezig zijn.
Hoe kun je numerieke afwijkingen herkennen met behulp van NGS?
Bij NGS: next generation sequencing: verlies van Single Nucleotide Polymorphisms: plekken in ons DNA waar het chromosoom van je moeder en die van je vader een verschillende sequentie hebben, de meeste mensen verschillen in een paar miljoen van deze baseparen. Je kan dan kijken in het normale DNA van de persoon op een bepaalde nucleotide zie je dan dat de helft T is en de helft A. Je weet dan dat er 1 chromosoom met A is en 1 chromosoom met T. Als je dan ziet dat in de tumor alleen nog de T over is, zie je dat het ene chromosoom verloren is gegaan. In dit geval is er verlies van heterozygositeit opgetreden.
Hoe ontstaat een deletie?
Eerst een dubbelstrengsbreuk in het DNA, dan mitose. Het stukje chromosoom zonder centromeer wordt niet goed uitverdeeld. Er ontstaat een cel die een (stuk) chromosoomarm mist. Dat stukje waaraan geen microtubuli bindt wordt niet naar een kant toe getrokken. Dat zweeft nog ergens in de cel en daar wordt een eigen kern omheen gevormd –> micronucleus.
Dat stukje chromosoom wordt niet goed gerepliceerd, niet goed bijgehouden en uiteindelijk verlies je dat stukje chromosoom.
Wat is chromothripsis?
Chromosomen kunnen in kleine stukjes breken en weer aan elkaar worden gezet: chromothripsis. Dit kan gebeuren met 1 chromosoom of met meerdere. De chromotripsis die heeft plaatsgevonden kan worden weergegeven met behulp van een wiel: het begint met chromosoom 1. Als er niks in het wiel staat getekend is er geen chromothripsis geweest. De lijnen die staan getekend laten zien tussen welke chromosomen er stukjes DNA zijn uitgewisseld.
Wat kan er met geamplificeerde genen gebeuren?
De geamplificeerde genen kunnen ook recombineren en uit het chromosoom springen. Deze noem je dubbel minuut chromosoompjes.
Hoe kan een amplificatie ontstaan?
Het hele chromosoom moet precies één keer per celcyclus worden verdubbeld. Replicatie gebeurt van een ‘origin of replication’. Elke origin moet maar één keer per S-fase starten met verdubbeling. Wat bij een amplificatie gebeurt is dat zo’n origin of replication het twee keer doet of vaker.
Het hele chromosoom moet precies één keer per cyclus verdubbeld worden. Als dat niet gebeurt, komen er meerdere kopieën van een deel van het chromosoom (1 of enkele genen). Dit kun je zien als homogeen kleurende gebieden of ‘dubbel minute’ chromosomen.
