Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Thema Ba2A1: Oncologie > HC 2.1: DNA schade en reparatie: deel 1 > Flashcards

HC 2.1: DNA schade en reparatie: deel 1 Flashcards

1
Q

hoeveel DNA-schades treden er per cel per dag op?

A

75.000 DNA-schade / cel/ dag

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

centrale dogma in de moleculaire biologie:

A

DNA –> RNA –> eiwit (het uiteindelijke product)
Replicatie (DNA synthese)
Transcriptie (RNA synthese)
Translatie (eiwit synthese)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

kanker is een ziekte van de genen, die ontstaat door opeenstapeling van mutaties. daarom is kanker ook wel een ouderdomsziekte

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

mutaties zijn de …

A

oorzaak van kanker

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

2 grote groepen met mutaties:

A
  • puntmutaties
  • chromosomale afwijkingen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

puntmutaties:

A
  • kleine veranderingen op basepaar niveau
  • we kunnen een verandering hebben van 1 nucleotide (transities, dus purine –> purine (A/G) of pyrimidine –> pyrimidine (C/T))
  • transversies (purine –> pyrimidine of vice versa)
  • kleine inserties/deleties
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

chromosomale afwijkingen:

A
  • grote veranderingen, waar te nemen op chromosomaal niveau
  • translocatie (stukje chromosoom van de ene chromosoom naar de ander)
  • amplificaties (daarbij wordt 1 gen heel vaak gekopieerd, waardoor het aantal kopieën van dat gen per cel toenemen)
  • deleties (er ontbreekt een deel van de erfelijke code in een chromosoom)
  • numerieke afwijkingen (er is een chromosoom teveel of te weinig aanwezig)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

wat zijn de oorzaken van DNA schade?

A

Zowel dingen van buitenaf als dingen die in de cel gebeuren
- chemische instabiliteit
- chemische verbindingen
- biologische stoffen
- fysische agentia (bijv. zonlicht)
- foutieve replicatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

wat voor soort DNA beschadigingen?

A
  • chemische adducten
  • intrasteng crosslinks
  • interstreng crosslinks
  • DNA strengbreueken
  • basepaar mismatches
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

adduct:

A

een stof die bindt aan de nucleotide

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

intrastrengs crosslinks:

A

2 nucleotiden binnen 1 streng van een helix, die verbinding maken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

interstreng crosslinks:

A

daarbij wordt dus verbinding gemaakt tussen 2 verschillende strengen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

spontane hydrolyse (chemische instabiliteit):

A
  • in de cel kan spontaan optreden dat de verbinding tussen een base (bijv. guanine) en suiker wordt verbroken
  • je krijgt dan dus een depurinated sugar, een suiker zonder purine
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

die depurinatie leidt tot 1 basenpaar deletie

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

ander voorbeeld leidend tot chemische instabiliteit:

A

deaminatie van basen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

deaminatie van basen:

A
  • de amino groep, NH2, wordt verwijderd van de basen (bijvoorbeeld van een cytosine)
  • daardoor ontstaat een Uracil, wat eigenlijk alleen in RNA voorkomt
  • een C wordt vervangen door een U
  • wanneer replicatie plaatsvindt komt er tegenover de U een A te staan
  • als die streng vervolgens weer wordt gerepliceerd, dan ontstaat een mutant DNA
  • er ontstaat een transitie (C –> T)
17
Q

oxidatieve DNA schade (biologische stoffen):

A
  • een cel heeft energie nodig, uit mitochondriën
  • door die energie productie, worden ROS geproduceerd, Reactive Oxygen Species
  • een ROS kan bij bijv. een guanine, een oxydatieve reactie veroorzaken, waardoor er een zuurstof molecuul wordt ingebouwd in het guanine
  • daardoor is het guanine nu een 8-oxoguanine geworden
  • het probleem is dat de 8-oxoguanine niet meer binding aangaat met cytosine, maar met adenosine
  • die verandering van complementariteit zorgt dus voor, dat na 2 rondes van replicatie je eindigt met de inbouw van een verkeerde nucleotide
18
Q

chemische adducten die de DNA dubbelhelix niet verstoren:

A
  • spontane hydrolyse
  • deaminatie
  • oxidatieve DNA schade
19
Q

mutatie die we bijv. wel kunnen tegengaan:

A
  • mutatie die optreedt door stoffen in sigarettenrook
20
Q

stof in sigarettenrook:

A
  • in de sigarettenrook zit een stof, benzo(a)pyreen
  • die stof is op zichzelf niet gevaarlijk, maar wel als het in de cel wordt omgezet in benzo(a)pyreen diol epoxide (BPDE)
  • BPDE kan binden aan DNA
  • en dan vooral binden aan guanine
  • en ook hier treedt weer verandering op van de complementariteit
21
Q

BPDE:

A
  • veroorzaakt chemische adducten die de DNA dubbelhelix verstoren
  • BPDE reageert voornamelijk met Guanine
  • tegenover G-BPDE wordt een A ingebouwd, in plaats van een C
    –> dit zal dus ook weer een puntmutatie veroorzaken
22
Q

UV straling (fysische agentia):

A
  • UV straling zorgt voor intrastreng DNA beschadigingen
  • er vindt crosslinks plaats tussen 2 pyrimidines (cytosine en thyamine)
  • je krijgt door die crosslinks pyrimidine dimeren
  • er kunnen 2 soorten dimeren ontstaan, de cyclopyrimidine dimeer (CPD) en de 6-4 fotoproduct
  • er ontstaan dus door UV straling pyrimidine dimeren, binnen 1 streng
23
Q

2 soorten excisie reparatie mechanismen:

A

(excisie, dus eruit halen)
- Base Excisie Reparatie (BER)
- Nucleotide Excisie Reparatie (NER)

24
Q

BER:

A
  • een enzymatisch proces
  • betrokken bij reparatie/herstel van kleine adducten (oxidatieve DNA-schade, deaminatie van basen en signle strand DNA breuken)
25
Q

DNA reparatie grofweg te verdelen in 3 stappen:

A

1 Herkenning van de DNA schade
2 Excisie van de DNA schade, de schade uit het DNA halen
3 Herstel

26
Q

door welk eiwit vindt de herkenning van de DNA schade plaats bij BER?

A

een schade-specifieke DNA glycosylase
(bijv. bij deaminatie, waarbij er een uracil is ingebouwd in plaats van een cytosine. daar heb je het Uracil DNA glycosylase (UNG) wat de ongewenste Uracil kan verwijderen. hierdoor ontstaat een suiker met een abasische plaats, dus zonder purine of pyrimidine)

27
Q

glycosylases:

A
  • scannen het DNA
  • het bindt aan de verkeerde base, bijv. uracil en verwijdert het
28
Q

DNA glyosylase bij oxidatieve DNA-schade:

A
  • bij oxidatieve DNA schade ontstaat dat 8-oxoguanine
  • 8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)
  • dat DNA glycosylase haalt die 8-oxoguanine er af, waardoor weer een abasische plaats ontstaat
29
Q

BER (stap voor stap):

A
  • DNA schade wordt herkend door een schade-specifieke DNA glycosylase, wat een abasische plaats (AP) creëert
  • Endonuclease herkent die AP-site en maakt een knip in het DNA, de AP-site wordt verwijderd
  • voor het herstel zijn DNA polymerase en ligase belangrijk
30
Q

NER:

A
  • Nucleotide Excisie Reparatie (NER)
  • herstel van grote adducten (cyclopyrimidine dimeren, 6-4 fotoproducten, bulky adducten (door roken))
31
Q

4 stappen van de NER:

A

1 Herkenning van de DNA schade
2 Openen van omringende DNA
3 Verwijderen DNA schade (en aangrenzende gebieden van dezelfde streng)
4 Herstel door DNA synthese/ligatie

32
Q

voorbeeld NER:

A
  • door UV-straling is pyrimidine dimeren DNA schade ontstaan
  • een groep eiwitten (XPC, CETN2, RAD23B) herkennen de schade
  • die eiwitten binden aan de schade en rekruteren dan nog een andere groep eiwitten (UV-DDB)
  • nadat het UV-DDB heeft gecontroleerd of het om de juiste mutatie gaat, laat RAD23B los
  • dat is het signaal voor een complex eiwit, TF2H
  • dat TF2H bindt aan de promotor, waardoor het dubbelstrengs DNA wordt geopend om de transcriptie te faciliteren
  • zodra die dubbele streng is geopend, komen er eiwitten die een knip kunnen zetten in het DNA, aan beide kanten van de mutatie
  • het stuk DNA met de mutatie wordt dus verwijderd
  • DNA polymerase gaat vervolgens dat gat opvullen, met behulp van ligase
33
Q

verschil globaal genoom NER en Transcriptie gekoppeld NER

A

globaal genoom NER: vorige kaartje, dus met die eiwitten XPC, CETN2 en RAD23B en UV-DDB
transcriptie gekoppeld NER: wanneer tijdens transcriptie er op een mutatie wordt gestuit en dat dan weer dezelfde pathway wordt gevolgd, dus met het TF2H complex enzovoorts

34
Q

globaal genoom NER:

A
  • gebeurt in een niet getranscribeerd gebied
  • het is een traag proces
35
Q

hoe vindt herkenning plaats bij globaal genoom NER en transcriptie gekoppeld NER?

A

globaal genoom NER: scanning door XPC/RAD23B complex
transcriptie gekoppeld NER: scanning door RNA pol 2 complex
( en dus globaal genoom NER reparatie van DNA over het gehele genoom en transcriptie gekoppeld NER alleen DNA herstel van getranscribeerde streng actieve genen)

36
Q

Xeroderma Pigmentosum (XP):

A
  • autosomaal recessief
  • symptomen: hoge zongevoeligheid, harde huid, pigmentatie afwijkingen, cataract (staar) en een heel erg verhoogde kans op huidkanker (>2000keer verhoogd)
  • oorzaak: mutatie in 1 van de XPG genen (in totaal zijn er 8), betrokken bij NER
37
Q

XP bij kinderen:

A
  • ze worden ‘children of the moon’ genoemd
  • ze zijn zo gevoelig voor de zon, dat ze veel binnen moeten blijven of helemaal beschermd zijn wanneer ze naar buiten gaan
  • regelmatige dermatologische controle en behandeling
38
Q

Cockayne Syndroom (CS):

A
  • autosomaal recessief
  • symptomen: zongevoeligheid, groei achterstand, neurologische achteruitgang, netvliesafwijkingen, versnelde veroudering, geen huidkanker
  • oorzaak: mutatie in 2 genen, CSA en CSB (deze genen zorgen voor een eiwit dat betrokken is bij de transcriptie gekoppelde NER)
  • soms ook nog een mutatie in XPG gen
39
Q

hoe ontstaat de versnelde ouderdom bij CS?

A
  • als een cel niet verder kan met aflezen van een gen, ontstaat stress
  • dat kan leiden tot apoptose, wat ervoor zorgt dat mutaties niet kunnen worden doorgegeven
  • maar doordat systematisch eigenlijk al die cellen doodgaan, omdat ze niet kunnen doen aan transcriptie gekoppelde NER, moeten er steeds weer nieuwe cellen worden gemaakt vanuit de pool van stamcellen
  • doordat die stamcellen zo snel ‘op’ raken, krijg je versnelde ouderdom

Thema Ba2A1: Oncologie (43 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions