H3.3: Cytogenese en afwijkingen daarvan

Question 1

Cytogenetica

Answer 1

Houdt zich bezig met de lokalisatie van chromosomen, erfelijke eigenschappen in de celkern en overdracht van erfelijk materiaal

Kan een belangrijke rol vervullen bij het stellen van een diagnose en prognose

Kunnen iets zeggen over het respons op de chemotherapie

Kan ook wat vertellen over de leukemogenesis en hematopoëse waardoor het helpt bij het identificeren van betrokken genen

Question 2

Verschil cytogenetica en normale genetica?

Answer 2

Verdieping van genetica op DNA niveau waarbij cytogenetica op chromosoomniveau kijkt

Question 3

Detectie en identificatie van chromosomale afwijkingen

Answer 3

• Klassieke cytogenetica: banderingstechnieken
• Moleculaire cytogenetica: FISh en Array
• Moleculaire diagnostiek: RQ-PCR, Q-PCR, Sequencing

Question 4

Eerste stap in cytogenetisch onderzoek

Answer 4

Kweken van materiaal (beenmerg of bloed)

Voorkeur beenmerg, want hier zitten ook voorlopercellen in

Question 5

Proces kweken

Answer 5

• Aan kweekmedium worden GF toegevoegd om leukemische cellen te triggeren om te delen
• Duurt 1-2 dagen en daarna wordt met een colcemid de celdeling gestopt (mitose blok)
• Hypotone oplossing toevoegen waardoor de cellen zwellen en kapot gaan
• Kapotte cellen worden gefixeerd met methanol-azijnzuur waardoor membraan ontvet wordt
• Bij het druppelen van suspensie op glaasje, zullen membranen breken
• Bandering (R, G, Q)
• Streepjescode op chromosoom

Question 6

Wat gebeurt er als er geen GF aan kweekmedium worden toegevoegd?

Answer 6

Zonder GF zouden vooral normale cellen aangezet worden tot deling terwijl het om leukemische cellen gaat

Question 7

Bestanddelen chromosoom

Answer 7

• Centromeer
• P-arm daarboven, is korte arm
• Q-arm daaronder, is lange arm

Question 8

Wie hebben geen korte arm?

Answer 8

• Chromosoom 13, 14, 15, 20, 21
• Hebben een repetitieve DNA-sequentie voor ribosomale DNA zitten

Question 9

Numerieke afwijkingen

Answer 9

• Winst
• Verlies

Question 10

Structurele afwijkingen

Answer 10

• Gebalanceerd: translocatie, inversie en insertie
• Niet-gebalanceerd: deletie, amplificatie, niet-gebalanceerde translocatie, genmutatie

Question 11

Inversie

Answer 11

• Stuk van chromosoom is 180 graden gedraaid
• Paracentrisch: aan P- of Q-arm
• Pericentrisch: rondom centromeer

Question 12

Beschrijven karyogram

Answer 12

• Chromosomenaantal
• Geslacht
• Bijzonderheden

Question 13

Hoe translocatie herkennen?

Answer 13

Doordat een stukje van een chromosoom feller of juist minder fel aankleurt dan het chromosoom zelf

Question 14

Complex karyotype

Answer 14

• Meerdere afwijkingen
• Slechte prognose

Question 15

Monosomaal karyotype

Answer 15

• Verlies van 2 autosomen
• Dus verlies van 2 monosomieën
• Of 1 monosomie en 1 structurele afwijking
• Zeer slecht risico
• Overall survival is 7%

Question 16

Van beste naar slechtste prognose

Answer 16

• Cor binding leukemie
• Cytogenetisch normale karyotypen
• Cytogenetisch afwijkende typen
• Monosomaal karyotype

Question 17

FISH (Fluorescence in situ hybridization)

Answer 17

• Methode om mutaties zichtbaar te maken
• Beperkte techniek doordat het onderzoek is gericht op een specifieke target
• DNA van chromosoom wordt gesmolten
• Stukje es DNA probe eroverheen gewassen

Question 18

Waarom probe gebruiken?

Answer 18

Aantonen of dat stukje DNA wel aanwezig is in de patiënt

Question 19

Methoden bij FISH

Answer 19

• Metafase FISH (gekweekte, delende cellen)
• Interfase FISH (niet/slecht delende cellen)

Question 20

Voordelen FISH

Answer 20

• Detectie microdeleties
• Breukpunt detectie en verbetering
• Detectie van cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen
• Snelle diagnostische detectie op kernen in de interfase
• Demonstratie van kleine hoeveelheid afwijkende cellen

Question 21

Nadelen FISH

Answer 21

• Gelimiteerde sensitiviteit
• Alleen antwoorden op gestelde vragen
• Beperkte target locaties om te onderzoeken

Question 22

Wat is specifiek ontworpen om translocaties aan te tonen?

Answer 22

Fusie-probes

Question 23

Beeld bij geen translocatie

Answer 23

• 2x rood
• 2x groen

Question 24

Wel translocatie / fusie-signaal

Answer 24

• Rood en groen naast elkaar
• Geel

Question 25

Co-lokalisatie

Oplossing

Answer 25

• Als rood boven groen ligt wordt dit onterecht zichtbaar als geel signaal
• Vals positief

In genoeg kernen kijken

Question 26

Break-aparts probes wel en geen translocatie

Answer 26

• Stukken gaan uit elkaar als er een breuk tussen komt
• Geen: 2 fusies zichtbaar (2x geel)
• Wel: 1 fusie en verder nog rood en groen signaal

Question 27

Multiple myeloom

Oplossing probleem

Answer 27

Afwijkende cellen komen niet in deling waardoor er moeilijk chromosoomonderzoek gedaan kan worden

Plasma zuiveren waardoor vooral plasmacellen zichtbaar worden

Question 28

Zuivering plasmacellen

Answer 28

• RBC uit beenmerg verwijderen door rode bloedcel lysis
• Op buitenkant plasmacellen zit een marker, CD-138
• Door het juiste antilichaam er tegen te maken kunnen cellen geselecteerd worden
• Antilichamen worden aan beads gekoppeld waardoor CD-138 aan het antilichaam bindt
• Als er een magneet bij wordt gehouden, blijven de beads samen met plasmacellen hangen
• Plasmacellen blijven alleen over

Question 29

SNP array

Answer 29

• Genoom-breed kijken
• Fouten met kleine resoluties in kaart brengen
• 850.000 probes
• Testen of iemand voor bepaald SNP homozygoot of heterozygoot is
• Voordeel: deleties of duplicaties makkelijk opsporen
• Door allelen verschillende kleurtjes te geven kan er gekeken worden naar verhoudingen

Question 30

LogR

Answer 30

Maat voor aantal kopieën dat aanwezig is

Question 31

B-allele frequency

Answer 31

Zegt iets over de frequentie van SNP