H2.1: DNA schade en reparatie deel 1 Flashcards

1
Q

Wat zorgt voor polariteit?

A

Elke fosfaatgroep is negatief geladen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

GC en AT x H-bruggen

A

G-C: 3 H-bruggen
A-T: 2 H-bruggen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Centrale dogma van de moleculaire biologie

A
  • Er bestaat een informatiestroom van DNA naar eiwit, maar niet andersom
  • Als er iets misgaat in het DNA, heeft dit effect op eiwitten
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Replicatie

A

DNA-synthese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Transcriptie

A

Maken van koppie van DNA naar RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Translatie

A

Vertalen van RNA naar eiwit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Deletie

A

Deel van DNA verdwijnt waardoor mRNA korter wordt waardoor er weer verlies van structuur en/of functie van het eiwit optreedt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Puntmutatie

A
  • Kleine veranderingen in DNA, op bp niveau, leidend tot MIN fenotype (mutationele instabiliteit)
  • 1 bp verandert
  • Ander mRNA
  • Mogelijk verlies van structuur en/of functie
  • Hoeft geen effect te hebben
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Loop vs. sheet

A
  • Loop: structuren zijn in elkaar gedraaid
  • Sheet: structuren lopen parallel naast elkaar
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Stochastisch proces

A
  • Toevalsproces
  • Cascade van mutaties
  • Naarmate men langer leeft, vergroot de kans op het ontstaan van kankercellen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vormen van puntmutaties

A
  • Transitie/stille mutatie
  • Transversie
  • Deletie
  • Insertie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Transitie/stille mutatie

A
  • Base verandert, maar aminozuur blijft hetzelfde
  • Komt doordat een base is veranderd naar dezelfde base of een base die daarbij past
  • Purine –> purine
  • Pyrimidine –> pyrimidine
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Purine

A
  • 1 heterocyclische ring
  • A of G
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Pyrimidine

A
  • 2 heterocyclische ringen
  • T of C
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Transversie

A
  • Overgang van purine –> pyrimidine of andersom
  • Missense: aminozuurverandering
  • Nonsense: stopcodon
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Deletie

A
  • 1 of enkele aminozuren kunnen leiden tot een verschuiving van het leesraam
  • Eiwit langer
  • Stopcodon, dus eiwit korter
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Insertie

A
  • Toevoeging van 1 of enkele basen
  • Mogelijk leesraamverschuiving
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Chromosomale afwijkingen

A
  • Grote veranderingen in DNA
  • CIN fenotype (chromosomale instabiliteit)
19
Q

Soorten chromosomale afwijkingen

A
  • Translocaties
  • Amplificaties
  • Deleties
  • Numerieke afwijkingen
20
Q

Translocaties

A
  • Uitwisseling van chromosoomstrengen
  • Gebalanceerde translocatie: netto geen DNA-verlies
  • Ongebalanceerde translocatie: netto wel DNA-verlies
  • Fusie-gen
21
Q

Amplificatie

A
  • Vermeerdering van mutatie
  • DHFR zorgt ervoor dat thymidine gesynthetiseerd kan worden
  • Nodig voor celgroei
  • MTX is remmer DHFR, waardoor cel dood gaat
  • DHFR-gen dupliceren waardoor cel meer thymidine gaat maken en effect van MTX wordt opgeheven
22
Q

Deleties (chromosomale afwijkingen)

A
  • Stukken DNA gaan verloren door 2 breuken binnen een chromosoom
  • Verlaagde expressie van een eiwit of verlies van heterozygositeit (LOH)
23
Q

LOH

A
  • Verlies gezond allel
  • Alleen nog maar gemuteerde allel vermeerderd
24
Q

Numerieke afwijkingen

A
  • Te veel of te weinig kopieën van chromosoom (aneuploïde)
  • Geen evenwichtige verdeling
  • Over- of onderexpressie van eiwit
  • LOH
25
Q

Oorzaken voor DNA-beschadiging

A
  • Chemische instabiliteit
  • Chemische verbindingen
  • Biologische stoffen
  • Fysische agentia
  • Foutieve replicatie
26
Q

Soorten beschadigingen

A
  • Chemische adducten: DNA-dubbele helix verstorend of niet-verstorend
  • Intrastrengs crosslinks: UV-licht of cisplatine
  • Interstrengs crosslinks: 2 G uit aparte strengen aan elkaar
  • DNA-streng breuken: enkelstrengs of dubbelstreng
  • Basepaar mismatches: translesie synthese of proofreading fouten
27
Q

Spontane hydrolyse

A

Door spontane hydrolyse kan de N-glycosylverbinding tussen suikers en base verloren gaan, waardoor een suiker ontstaat waar geen base meer aan vast zit

Abasische site

Gedepurineerde suiker: suiker zonder base

28
Q

Biologische stoffen

A
  • Endogene stoffen: zuurstofradicalen (ROS)
  • Benzo[a]pyreen (BPDE)
29
Q

UV-licht (fysische agentia)

A
  • Crosslink tussen 2 pyrimidine
  • Pyrimidine dimeer of 6-4 fotoproduct
30
Q

Röntgenstraling (fysische agentia)

A

Breuken in beide DNA-helixes

31
Q

Base Excisie Reparatie (BER)

A
  • Herstel kleine adducten
  • DNA-glycosylase: knipt beschadigde DNA weg, katalyseert hydrolyse van N-glycosyl verbinding tussen desoxyribose en 8-oxoguanine waardoor abasische plaats
  • AP endonuclease maakt breuk aan 5’ kant
  • Long patch
  • Short patch
32
Q

Long patch

A
  • Doordat DNA is opengeknipt kan DNA-polymerase binden en starten met nieuwe nucleotide inbouwen
  • DNA-synthese
  • Flap endonuclease
  • Ligase 2 DNA-stukken aan elkaar hechten
33
Q

Short patch

A
  • Ook aan 3’ kant wordt beschadiging geknipt door dRP lyases
  • Abasische nucleotide wordt weggeknipt
  • Polymerase en ligase maken gat weer dicht

DUS: er wordt 1 nucleotide ingebouwd op de plaats waar enkele abasische nucleotide is weggeknipt

34
Q

Nucleotide Excisie Reparatie (NER)

A
  • Herstel grote adducten (UV)
  • Intrastreng en DNA-dubbele helix
  • Herkent verstorende mutaties
35
Q

Globaal genoom NER

A
  • Herkent beschadigingen door het hele genoom
  • Mutaties voorkomen
  • Eiwitcomplex scant DNA op beschadigingen
  • Bij laesie bindt een ander eiwitcomplex (UV-DDB)
  • Het verdwijnen van RAD23B is signaal voor ander groot complex om te binden (TF2H)
36
Q

Transcriptie gekoppelde NER

A
  • Herkent alleen beschadigingen in de getranscribeerde streng van DNA om celdood te voorkomen
  • Als bij transcriptie RNA-polymerase vastloopt door beschadiging wordt er signaal afgegeven om reparatieproces te starten
  • CSB en CSA-eiwitten nodig om signaal te herkennen en op te lossen
  • Transcriptie blok
37
Q

XPD en XPB in TH2H

A

Zorgen m.b.v. DNA-helicase dat DNA ontwonden wordt

38
Q

XPA

A

Controleert of er daadwerkelijk beschadiging is

39
Q

XPF

A

Knip aan 5’ kant en markeert point of no return

40
Q

XPG

A

Knip aan 3’ kant

41
Q

Globaal genoom NER vs. transcriptie gekoppelde NER

A

Globaal: kanker
Transcriptie: vervroegde veroudering

42
Q

Xeroderm Pigmentosum (XP)

A
  • Zongevoeligheid
  • Pigmentatie-afwijkingen
  • Cataract
  • Droge en harde atrofische huid
  • Huidkanker
  • Versnelde neurologische achteruitgang
  • Autosomaal recessief door mutatie in minstens 8 verschillende genen
  • Verminderde functie globaal genoom NER
  • Voorkomen mutaties
  • GG-NER defect
  • Kanker
43
Q

Cockayne Syndrome (CS)

A
  • Zongevoeligheid
  • Groeiachterstand
  • Neurologische achteruitgang
  • Netvliesafwijkingen
  • Versnelde verouderen
  • Vermagering
  • CSA en CSB
  • Wel UV-gevoelige cellen, geen huidkanker
  • Veel ernstigere ziekte
  • DNA-polymerase kan niet verder als het een beschadiging tegenkomt = apoptose
  • Verminderde functie transcriptie gekoppeld NER
  • Voorkomen celdood
  • TC-NER defect