Semaine 5_Pathologie, Cytologénétique et Microbiologie Flashcards
Nommer les réarrangements chromosomiques couramment responsables des pathologies suivantes:
- Macroglobulinémie de Waldenström
- Leucémie myéloïde chronique
- Myélome multiple
- Trisomie 21, 18, 13
- Gène MYD88, mutationL265P
- Fusion du gène BCR-ABL; formation du nouveau chromosome qui se nomme “chromosome de philadelphie”.
- Double fusion du IgH-MAF, sur le chromosome 14.
- Non-disjonction chromosomique des chromosomes 21, 18 ou 13. Vue par Sonde centromérique (pas pour translocation ou fusion). Il existe aussi d’autres méthodes (Caryotype, CGH).
Quel est le traitement de la leucémie myéloïde chronique
Inhibiteur de la tyrosine kinase (il y en a 3 générations), et la greffe de moelle osseuse.
Décrire la technique du FISH et les types de sondes utilisées au laboratoire de cytogénétique.
Procédure :
1) Co-dénaturation de l’ADN (73°C)
2) Hybridation complémentaire de l’ADN et de la sonde overnight à 37°C
3) Lavage post-hybridation dans SSC/NP40
4) Contre-coloration au DAPI
5) Analyse à l’aide d’un microscope fluorescent
Types de sondes :
- Centromérique : Permet l’énumération, soit la détection d’anomalies de nombre (Ex. Chromosomes).
- Locus spécifique : Permet de détection les réarrangement de type délétion, duplication, amplification ou gène de fusion. Peut être de différents sous-types ;
> Fusion
> Break-apart
> Délétion. - BAC (Bacterial Artificial Chromosome) : Permet de valider les remaniements ~150-250kb personalisés en ciblant une séquence unique qui est amplifier par une source d’ADN exogène (bactérie sur pétri).
Décrire les limitations de chaque type de sonde utilisé dans la techinique du FISH
Limitations:
- Centromérique : Pas de contrôle double couleur, Risque d’hybridation croisée
- Locus spécifique : Spécifique, Risque d’erreur car les petites anomalies ne sont pas bien visualisées
- BAC : Hybridation et visualisation plus difficile => Amplification peut être nécessaire (si petite taille), Risque d’hybridation croisée, Validation chromosomique requise
Nommez 4 méthodes d’amplification de l’ADN qui ne sont pas du PCR (via polymérase).
- Transcription-mediated amplification (TMA)
- Strand displacement amplification (SDA)
- Helicase dependant amplification (HDA)
- Loop-mediated Amplification (LAMP)
Ce sont 4 méthode dites d’amplifications isothermale.
Décrire le ddPCR
La PCR numérique par gouttelettes (ddPCR) est une méthode permettant de réaliser une PCR numérique basée sur la technologie des gouttelettes d’émulsion eau-huile. Un échantillon est fractionné en 20 000 gouttelettes et une amplification PCR des molécules modèles se produit dans chaque gouttelette individuelle.
La technologie ddPCR utilise des réactifs et des flux de travail similaires à ceux utilisés pour la plupart des tests standards basés sur des sondes TaqMan. Le partitionnement massif des échantillons est un aspect clé de la technique ddPCR.
Avantages et inconvénients du :
FISH vs caryotype vs CGH (micropuce)
Caryotype
Avantages :
- Analyse pangénomique révèle toutes les anomalies de grandes tailles
- Pas besoin de savoir ce qui est recherché
- Évolution clonale et mosaïcisme (>2%)
- Résolution single-cell
Inconvénients :
- Anomalies < 5 Mb non-visible
- Anomalies subtélomériques requièrent une haute résolution (difficile en oncologie)
- Personnel spécialisé pour analyser
- TAT maximale (plus court) ~5-7jours, Routine> 21jours
FISH
Avantages :
- Cible des régions particulières
- Résolution ± 200 kb
- Pas besoin de culture (FISH interphasique)
- Réponses rapides, mais ciblés
- Résolution single-cell
Inconvénients :
- Culture cellulaire (FISH métaphasique)
- Besoin de savoir ce qui est recherché
- Hybridation non-spécifique
- Délétion de petite taille peut être manqué
CGH sur micropuce
Avantages :
- Analyse pangénomique de haute résolution
- Pas besoin de culture
- Impact clinique
Inconvénients :
- Débute pour l’onco-hématologie
- Pas de détection des remaniements équilibrés (translocation, inversion)
- Ne montre pas les séquences répétés (centromère et hétérochromatique)
- Pas visualisé directement
- Pas de résolution single-cell => Évolution clonale et mosaicisme non visible
Nommer 5 mados en lien avec la microbiologie
- Tuberculose,
- botulisme,
- ébola, peste, variole, fièvre jaune, fièvre hémorragique virale,
- polyomyélite, coqueluche, tétanos,
- hépatites virales (toutes), dysphtérie, salmonelose,
- chlamédia, gonorrhée, syphylis
- alouette je te plumerai (yen a crissement d’autres)!
Avantages et désavantages du TAAN vs flow latéral
TAAN = test d’amplification des acides nucléiques
Avantages : analyse en haut débit (automate), très sensible
Désavantage : ne détecte pas la présence de toxine, difficile pour gestion des lits
Flow latéral = test immunologique
Avantages : TAT rapide (bonne gestion des lits), détecte la présence de toxine
Désavantage : sensible à 80-85%, besoin de confirmer
Nommez 4 des rôles principaux du LSPQ.
- Surveillance, prévention et contrôle des maladies transmissibles
- Gestion intégrée des données sur les maladies transmissibles
- Épreuves diagnostiques, dépistages spécialisés et test de référence
- Santé environnementale
- Salubrité des aliments : Épidémiologique et Surveillance des maladies d’origine aimentaire
- Amélioration et règlementation des laboratoire (Assurance-qualité)
- Conception et évaluation des politiques de santé publiques (Pratique et Normes de laboratoire)
- Préparation et réponses : intervention d’urgence, programme d’intervention en biosécurité, confinement ou déversement de matériel biologique dangereux
- Recherche et développement en santé publique
- Formation et éducation des travailleurs en soins de santé et en santé publique
- Partenariat et communication
Discuter des avantages et inconvénients des examens état frais (extemporané) en pathologie.
Avantages:
- Permet au chirurgien de modifier le geste chirurgical en cours d’intervention au besoin (Lors de résection tumorale)
- Permet de poser un diagnostic histopathologique rapide pour savoir si un tissu résecté est bénin vs mâlin.
Limitations :
- Technique « grossière » donne une Réponse « grossière »
- Ce qui est congelé est altéré (Pli, Perte d’intégration par rapport à un échantillon fixé)
- Parfois la grosseur de l’échantillon peu limiter l’examen (= Priorisation nécessaire)
Discutez des buts et des types d’examens de cytologie (ex. coloration d’un aspiration à l’aiguille fine).
But : Préparation à partir de spécimens liquides afin d’étudier les cellules. Seuls les cas anormaux seront vu par le pathologiste après le tri des cytotechnologistes
Type : Exfoliatif (ex. gynéco, épanchement pleural), Aspiration à l’aiguille fine (ex. masse thyroïdienne, cancer poumon)
Indications cliniques : Dépistage vs Diagnostic
Discutez des avantages et inconvénients des examens de cytologie (ex. coloration d’un aspiration à l’aiguille fine).
Avantages
- Prélèvement moins invasif, et généralement plus facile à obtenir par rapport à une biopsie solide
- Rapide –> pas de circulation, inclusion et coupe nécessaire pour la préparation de l’échantillon
- Recherche d’ADN HPV et autres agents infectieux
Inconvénients
- Diagnostic difficile et limité ; Absence d’architecture tissulaire
- Fixation à l’alcool rend les immunohistochimie difficile (bloc cellulaire possible si spécimen cellulaire)
Laquelles ou lesquelles des méthodes suivantes n’est pas ou ne sont pas utilisée(s) de manière courante en clinique dans tous les laboratoires de pathologie?
A) Immunohistochimie
B) Immunofluorescence
C) Hybridation in situ ou FISH
D) Microscopie électronique
E) Microdissection au laser couplé à la spectrométrie de masse
D et E sont des analyses habituellement suprarégionales nécessitant un équipement plus spécialisé
Qu’est-ce que le Syndrome de Lynch?
Décrivez brièvement sa pathophysiologie ainsi que les outils de laboratoire permettant sont identifications.
Le syndrome de Lynch est une maladie autosomale dominantes où les personnes atteintes sont à risque de développer plusieurs cancers (Cancers synchrones/métachrones, Cancer colorectal, Cancer endomètre, Autre [estomac, ovaire, urétère, bassinet, petit intestin, cholédoque, cerveau, glandes sébacées). La présentation clinique apparait à un jeune âge et se produit suivant 2 événements;
Pathophysiologie :
Hit #1) Mutation germinale des gènes de la réparation des mésappariements de l’ADN (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
=>Perte de fonction des protéines = Accumulation de mutations à travers le génome (MSI : Séquences répétitives microsatellites)
Hit #2) Inactivation somatique de l’allèle normale dans la tumeur
=> LOH, Mutation délétère (= Protéine tronquée), Méthylation du promoteur MLH1 (Peut être SPORADIQUE), Perte de fonction protéique
Type de mutation MMR : Non-sens, site d’épissage, indel, faux-sens, grandes délétions (plusieurs exons et/ou promoteur)
Diagnostic : Utilisation de méthode de biologie moléculaire peuvent aider au diagnostic
- Histologie non-spécifique : Mucine abondante, Infiltration lymphocytaire
- IHC des protéines de réparation des mésappariements de l’ADN (Sensibilité 83%, Spécificité 89%)
- Recherche de MSI par PCR (Sensibilité 80-91%, Spécificité 90%)
- Présence de MSI n’est pas diagnostic!
=> 3% des Adénocarcinomes coliques causé par Lynch MAIS 13% des Adénocarcinomes colorectaux ont une MSI
- Présence de MSI n’est pas diagnostic!
Indication pour le pronostic
- Pronostic favorable chez les patients avec MSI (Moins de Méta et Systémiques)
- Prédiction de la réponse thérapeutique
- Orientation des patients vers le séquençage pour l’identification d’une mutation germinale avec Syndrome de Lynch
