60. Test genomici Flashcards
Test genomici - generalità
la diagnosi genetica è utile per diagnosticare una malattia, determinare prognosi, rischio ricorrenza familiare, ricerca, trattamenti
concetti chiave:
SPETTRO DI SINTOMI: alcune patologie si manifestano con eterogeneità che può essere lenta (mutazioni dello stesso gene portano fenotipi diversi) o genetica (singolo fenotipo legato alla mutazione di diversi geni insieme, es epilessia)
MUTAZIONI DE NOVO: zigotiche (dalla linea paterna), post-zigotiche (si formano nelle prime fasi embrionali). sono casuali quindi non si ripresenteranno in una 2a gravidanza
VARIANTI INCERTE: si presentano negli studi ma non sappiamo dare una chiara interpretazione
TEST GENOMICI
DIAGNOSTIC GENE PANELS
utili per analizzare condizioni geneticamente eterogenee come encefalopatie epilettiche (+50 geni associati ad oggi, più si cerca però più si aggiungono varianti molto rare) e malformazioni dello sviluppo corticale (polimicrogiria o agiria corticale), a fronte di test negativi ma in presenza di sintomi suggestivi è bene approfondire con altri test (es microdelezioni che possono sfuggire al sequenziamento classico)
WHOLE-EXOME SEQUENCING (WES)
- analisi esoma = tutti i geni codificanti, si usa in situazioni in cui il quadro non è ben chiaro. si restringe il campo a 25.000 SNP codificanti, bisogna capire quali SNP possono alterare la struttura della proteina in esame e poi le varianti rare rimaste si confrontano col quadro per capire se può esserci correlazione
- il clinical var è un database che contiene informazioni su tutte le varianti trovate correlate a un genotipo-fenotipo per capire se una variante è un polimorfismo se ha significato clinico
- HPO (human phonotype ontology): è un sistema che categorizza e ci dice un sintomo a quali geni è stato correlato negli anni
RE-ANALYSIS OF GENOMIC DATA
seconda analisi dei dati dopo nuove scoperte o sviluppo di nuovi sintomi
SECONDARY FINDINGS
evidenze che emergono dagli studi genomici ma che non sono correlati alla patologia esaminata
