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Paces quad 2 > Génome Chap 2 > Flashcards

Génome Chap 2 Flashcards

1
Q

Génome

A
  • Chromosomes au sein de chaque organisme

- Pas même organisation chez eucaryotes / procaryotes / acaryotes

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Q

Génome chez eucaryotes

A
  • ADN double brin
  • Ex. ç mammifères
  • Génome dans noyau et mito (+ chloroplaste si plantes)
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3
Q

Génome chez procaryotes

A
  • ADN double brin
  • Ex. Bactérie
  • Similarités avec génome eucaryotes
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4
Q

Génome acaryotes

A
  • ADN ou ARN (petits et longs), simple ou double brin

- Ex. bactériophage

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5
Q

Arbre de vie des pro/eucaryotes

A
  • Organismes classés selon homologie génomique
  • Génomes Homme /levure / maïs proches
  • Construction possible car tous les organismes ont 1 organisation similaire du génome (ADN double brin)
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6
Q

Bactérie

A
  • 1 seul chromosome circulaire
  • ADN extra-chromosomique = plasmides = petites molécules ADN se répliquant indépendamment du chromosome bactérien
  • Peuvent s’intégrer dans chromosome bactérien : vecteurs en biotechnologies
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7
Q

Ç eucaryote

A
  • Plusieurs chromosomes nucléaires linéaires (à cycle variable : mitotique ou méiotique)
  • ADN mitochondrial circulaire (ne suit pas la loi mendélienne de transmission à la descendance)
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8
Q

Maintien et expression des génomes

A
  • ADN génomique sert à conserver l’info génétique
  • Ç a recours à réplication semi-conservative amenant à “duplication” de l’ADN
  • Info délivrée par ARN synthétisé par transcription par ARN pol ADN dép
  • > ARN obtenu = complémentaire du brin matrice = anti-sens et non codant
  • > ARN obtenu a la même séquence que l’autre brin = brin sens et codant
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9
Q

Double hélice d’ADN

A
  • 2 brins d’ADN complémentaires et anti-parallèles liés par liaison hydrogène
  • Succession de petits et grands sillons impliqués dans la liaison des prot
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10
Q

Virus

A
  • Utilisent 1 ç (proc ou euc) pour se diviser et ↑ leur pop pour affecter d’autres ç
  • Ex virus de proc : bactériophage T4 tête + queue + fibres permettent amarrage et stabilisation sur la bactérie
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11
Q

Virus de classe 1 : ADN, simple brin

A
  • Parvo

- Circo

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12
Q

Virus de classe 1 : ADN, double brin

A
  • Herpes
  • Pox
  • Papilloma
  • Adeno
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13
Q

Virus de classe 2 : transcriptase inverse, ADN double brin

A

Hepadna

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14
Q

Virus de classe 2 : transcriptase inverse, ARN simple brin positif

A
  • Direct traductible en prot virale

- Retro

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15
Q

Virus de classe 3 : ARN, simple brin positif

A

Flavi

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16
Q

Virus de classe 3 : ARN, simple brin négatif

A

Rhabdo

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17
Q

Virus des proc : ex du bactériophage T4

A
  • Génome viral de type ADN encapsulé dans sa tête
  • Ne rentre pas dans bactérie mais transperce paroi + MP pour injecter la totalité de son ADN viral
  • Machinerie réplication/transcription/traduction de la bactérie puis celle-ci meurt en libérant néo-phages
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18
Q

Expression du génome viral

A
  • Obtention prot virale -> passage par synthèse d’ARNm viral = brin positif = ARNm +
  • Il faut matrice ADN - ou ARNm - complémentaire selon génome initial pour avoir ARN + qui sera traduit en prot
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19
Q

Virus des eucaryotes

A
  • Tailles et compo différentes = modes d’infection variables
  • Ex. virus Herpès (200 nm) et poliomyélite (30 nm)
    NB : Ribosome = 20 nm
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20
Q

Comparaison taille génomes (ordre croissant)

A
  • Virus : 10³-10⁵ pb = 1 à 100 microns
  • Bactéries : 10⁶-10⁷ pb = 1 mm
  • Levures : 1,2x10⁷ pb
  • Plantes
  • Homme : 3x10⁹ pb dans noyau (d = 6 microns) : 1m simple brin soit 2m double brin et 16 à 20x10³ pb dans chaque mito
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21
Q

Comparaison taille ç (ordre décroissant)

A
  • Ç eucaryotes des plantes = 0,1 mm
  • Ç eucaryotes des animaux = 10 microns
  • Bactéries = 1 micron
  • Virus
  • Ribosomes = 20 nm
  • Prot en nm
  • Atomes : angström = 10⁻¹⁰
22
Q

Banques de données généralistes

A
  • Banques primaires

- Données expérimentales / primaires ou in silico

23
Q

Banques de données spécialisées

A

Thème précis

24
Q

Les banques primaires

A
  • Collectionnent, gèrent et archivent données primaires obtenues expérimentalement ou in silico
  • Mises à dispo sur internet
  • Séquences nucléiques et protéiques (parfois obtenues à partir de séquences nucléiques qui permettent également de prévoir par ordinateur la structure 3D d’1 prot)
25
Q

Banques nucléiques

A

(Banques primaires)

  • Séquences nucléiques et leurs annotations
  • Banques coopèrent et disposent d’1 structure identique en 4 parties :
    1) Infos générales
    2) Références bibliographiques
    3) Annotations standardisées
    4) Séquence nucléique
26
Q

Gen Bank

A

(Banque nucléique)

  • Banque américaine gérée par NCBI
  • Banque de données de séquences génétiques issues du NIH
27
Q

EMBL-ENA

A

(Banque nucléique)

  • Banque européenne
  • Base de données ENA gérée par l’EMBL appartenant à l’EBI
  • Pour chaque séquence, protocole expérimental et mode de séquençage spécifiés (+ localisation et annotations fonctionnelles si possible)
28
Q

DDBJ

A

(Banque nucléique)

Banque japonaise

29
Q

Banques protéiques

A
  • UNIPROT = ressource universelle de prot qui répertorie séquences + infos contenues dans les 3 banques (mais difficile de garantir la qualité car impossible d’avoir 1 traçabilité totale et d’éviter les redondances)
  • PDB = Protéine Data Bank = autre banque spécialisée dans la structure ; archive et diffuse les données dispo en cristallographie des prot
  • Il est imp de vérifier expérimentalement les résultats d’analyse in silico
30
Q

Swiss-Prot

A

(Banque protéique)

  • Banque européenne
  • Excellente qualité d’annotations des données
  • Favorise qualité des séquences au détriment de la quantité car chaque séquence est vérifiée (long)
  • PAS in silico : que données brutes
31
Q

TrEMBL/GenPept

A

(Banque protéique)

  • PAS de données primaires = in silico
  • Traduction automatique de séquences nucléiques stockées dans l’EMBL (pour TrEMBL) et GenBank (pour GenPept)
  • Annotations automatiques non vérifiées car obj est d’avoir 1 couverture maximale
32
Q

PIR

A

(Banque protéique)

  • Banque américaine
  • Propose classification de séquences protéiques par famille en fn de leur degré de similarité
  • Réduit redondances et standardise annotations des prot
33
Q

RefSeq du NCBI

A

(Banque spécialisée)

  • Meilleure ressource exhaustive pour génomes complets
  • Globale : ensemble de séquences génomiques non redondantes ré-annotées
34
Q

Flybase

A

(Banque spécialisée)

Drosophile

35
Q

Wormbase

A

(Banque spécialisée)

Vers C.elegans

36
Q

MGI

A

(Banque spécialisée)

Souris

37
Q

TAIR

A

(Banque spécialisée)

Arobidopsis thaliana

38
Q

SGD

A

(Banque spécialisée)

Levure saccharomyces cerevisiae (champi uniç = levure boulangère)

39
Q

CandidaDB

A

(Banque spécialisée)

Levure candida albicans (pathogène fongique)

40
Q

N.B banques spécialisées

A
  • Il existe des ressources + courtes car spécialisées dans génomes de procaryotes, animaux, plantes voire focalisées sur 1 organisme
  • Organismes utilisés comme modèle en labo disposent de leur propre banque spécialisée
41
Q

Familles de séquences : facteurs de transcription

A

Base pour pls espèces avec leurs sites + types de liaison à l’ADN

42
Q

Familles de séquences : motifs protéiques

A

Base de motifs protéiques regroupe familles de prot, leurs structures et leurs sites fonctionnels

43
Q

Familles de séquences : éléments mobiles

A
  • Fragments d’ADN insérés dans le génome d’1 organisme
  • Peuvent se déplacer d’1 pt à 1 autre du génome
  • Existent chez proc et euc
44
Q

Familles de séquences : éléments répétés

A
  • De qq à pls 10zaines de nt de nature ≠
  • Détection difficile mais imp
  • Éléments transposables, répétitions simples (micro ou mini-satellites), gènes codant pour ARNr, ARNt et ARNn
  • Existent QUE pour euc
45
Q

Expériences à grande échelle

A
  • Bases de données dédiées = les omix
  • > regroupent différents termes terminant par “ome”
  • Ces expériences permettent d’obtenir infos globales sur contenu ç d’1 type de molécule en particulier
46
Q

Transcriptome

A
  • Détection de tous les ARNm dans 1 type ç dans une condition précise
  • Expériences sur des puces
  • Techniques miniaturisée qui permet de récup valeurs quantitatives des ARNm présents
  • Résultats informatisés du fait de la grande quantité de données et regroupés dans des banques dédiées
  • But est de pouvoir comparer tous les transcriptomes entre eux
47
Q

Protéome

A
  • Technique qui permet de déceler et quantifier toutes les prots d’1 type çlaire dans des conditions précises
  • Résultats informatisés du fait de la grande quantité de données et regroupés dans des banques dédiées
  • But est de pouvoir comparer tous les protéomes entre eux
48
Q

Interactome

A

Bases dédiées aux interactions protéine-protéine

49
Q

Métabolomes

A

Dans des bases permettant de comparer les métabolites présents dans les ç

50
Q

Bibliome

A
  • Représente bases qui regroupent la littérature scientifique
  • PubMed = base de données de réf pour l’archivage d’articles scientifiques (ne couvre pas tous les domaines) + accessible à tous et permet de trouver des articles sur sujets précis
51
Q

Outil d’interrogation et de requête : Databank browsers

A
  • Navigateurs de bases de données : regroupement hétérogène = unifie les données en les structurant dans 1 seule et même architecture (données peuvent être consultées à partir de mots-clés)
  • Ex. SRS, Entrez et BioMart
52
Q

Outil d’interrogation et de requête : Génomes Browsers

A
  • Outils de navigation génomique destinés aux génomes complets
  • Requêtes sur gène précis (localisation chromosomique = locus, expression, homologie éventuelle, propriétés)
    Ex. Ensembl (qui intègre BioMart)

Paces quad 2 (47 decks)

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