Génome Chap 2 Flashcards
1
Q
Génome
A
- Chromosomes au sein de chaque organisme
- Pas même organisation chez eucaryotes / procaryotes / acaryotes
2
Q
Génome chez eucaryotes
A
- ADN double brin
- Ex. ç mammifères
- Génome dans noyau et mito (+ chloroplaste si plantes)
3
Q
Génome chez procaryotes
A
- ADN double brin
- Ex. Bactérie
- Similarités avec génome eucaryotes
4
Q
Génome acaryotes
A
- ADN ou ARN (petits et longs), simple ou double brin
- Ex. bactériophage
5
Q
Arbre de vie des pro/eucaryotes
A
- Organismes classés selon homologie génomique
- Génomes Homme /levure / maïs proches
- Construction possible car tous les organismes ont 1 organisation similaire du génome (ADN double brin)
6
Q
Bactérie
A
- 1 seul chromosome circulaire
- ADN extra-chromosomique = plasmides = petites molécules ADN se répliquant indépendamment du chromosome bactérien
- Peuvent s’intégrer dans chromosome bactérien : vecteurs en biotechnologies
7
Q
Ç eucaryote
A
- Plusieurs chromosomes nucléaires linéaires (à cycle variable : mitotique ou méiotique)
- ADN mitochondrial circulaire (ne suit pas la loi mendélienne de transmission à la descendance)
8
Q
Maintien et expression des génomes
A
- ADN génomique sert à conserver l’info génétique
- Ç a recours à réplication semi-conservative amenant à “duplication” de l’ADN
- Info délivrée par ARN synthétisé par transcription par ARN pol ADN dép
- > ARN obtenu = complémentaire du brin matrice = anti-sens et non codant
- > ARN obtenu a la même séquence que l’autre brin = brin sens et codant
9
Q
Double hélice d’ADN
A
- 2 brins d’ADN complémentaires et anti-parallèles liés par liaison hydrogène
- Succession de petits et grands sillons impliqués dans la liaison des prot
10
Q
Virus
A
- Utilisent 1 ç (proc ou euc) pour se diviser et ↑ leur pop pour affecter d’autres ç
- Ex virus de proc : bactériophage T4 tête + queue + fibres permettent amarrage et stabilisation sur la bactérie
11
Q
Virus de classe 1 : ADN, simple brin
A
- Parvo
- Circo
12
Q
Virus de classe 1 : ADN, double brin
A
- Herpes
- Pox
- Papilloma
- Adeno
13
Q
Virus de classe 2 : transcriptase inverse, ADN double brin
A
Hepadna
14
Q
Virus de classe 2 : transcriptase inverse, ARN simple brin positif
A
- Direct traductible en prot virale
- Retro
15
Q
Virus de classe 3 : ARN, simple brin positif
A
Flavi
16
Q
Virus de classe 3 : ARN, simple brin négatif
A
Rhabdo
17
Q
Virus des proc : ex du bactériophage T4
A
- Génome viral de type ADN encapsulé dans sa tête
- Ne rentre pas dans bactérie mais transperce paroi + MP pour injecter la totalité de son ADN viral
- Machinerie réplication/transcription/traduction de la bactérie puis celle-ci meurt en libérant néo-phages
18
Q
Expression du génome viral
A
- Obtention prot virale -> passage par synthèse d’ARNm viral = brin positif = ARNm +
- Il faut matrice ADN - ou ARNm - complémentaire selon génome initial pour avoir ARN + qui sera traduit en prot
19
Q
Virus des eucaryotes
A
- Tailles et compo différentes = modes d’infection variables
- Ex. virus Herpès (200 nm) et poliomyélite (30 nm)
NB : Ribosome = 20 nm
20
Q
Comparaison taille génomes (ordre croissant)
A
- Virus : 10³-10⁵ pb = 1 à 100 microns
- Bactéries : 10⁶-10⁷ pb = 1 mm
- Levures : 1,2x10⁷ pb
- Plantes
- Homme : 3x10⁹ pb dans noyau (d = 6 microns) : 1m simple brin soit 2m double brin et 16 à 20x10³ pb dans chaque mito
21
Q
Comparaison taille ç (ordre décroissant)
A
- Ç eucaryotes des plantes = 0,1 mm
- Ç eucaryotes des animaux = 10 microns
- Bactéries = 1 micron
- Virus
- Ribosomes = 20 nm
- Prot en nm
- Atomes : angström = 10⁻¹⁰
22
Q
Banques de données généralistes
A
- Banques primaires
- Données expérimentales / primaires ou in silico
23
Q
Banques de données spécialisées
A
Thème précis
24
Q
Les banques primaires
A
- Collectionnent, gèrent et archivent données primaires obtenues expérimentalement ou in silico
- Mises à dispo sur internet
- Séquences nucléiques et protéiques (parfois obtenues à partir de séquences nucléiques qui permettent également de prévoir par ordinateur la structure 3D d’1 prot)
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Banques nucléiques
(Banques primaires)
- Séquences nucléiques et leurs annotations
- Banques coopèrent et disposent d'1 structure identique en 4 parties :
1) Infos générales
2) Références bibliographiques
3) Annotations standardisées
4) Séquence nucléique
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Gen Bank
(Banque nucléique)
- Banque américaine gérée par NCBI
- Banque de données de séquences génétiques issues du NIH
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EMBL-ENA
(Banque nucléique)
- Banque européenne
- Base de données ENA gérée par l'EMBL appartenant à l'EBI
- Pour chaque séquence, protocole expérimental et mode de séquençage spécifiés (+ localisation et annotations fonctionnelles si possible)
28
DDBJ
(Banque nucléique)
| Banque japonaise
29
Banques protéiques
- UNIPROT = ressource universelle de prot qui répertorie séquences + infos contenues dans les 3 banques (mais difficile de garantir la qualité car impossible d'avoir 1 traçabilité totale et d'éviter les redondances)
- PDB = Protéine Data Bank = autre banque spécialisée dans la structure ; archive et diffuse les données dispo en cristallographie des prot
- Il est imp de vérifier expérimentalement les résultats d'analyse in silico
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Swiss-Prot
(Banque protéique)
- Banque européenne
- Excellente qualité d'annotations des données
- Favorise qualité des séquences au détriment de la quantité car chaque séquence est vérifiée (long)
- PAS in silico : que données brutes
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TrEMBL/GenPept
(Banque protéique)
- PAS de données primaires = in silico
- Traduction automatique de séquences nucléiques stockées dans l'EMBL (pour TrEMBL) et GenBank (pour GenPept)
- Annotations automatiques non vérifiées car obj est d'avoir 1 couverture maximale
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PIR
(Banque protéique)
- Banque américaine
- Propose classification de séquences protéiques par famille en fn de leur degré de similarité
- Réduit redondances et standardise annotations des prot
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RefSeq du NCBI
(Banque spécialisée)
- Meilleure ressource exhaustive pour génomes complets
- Globale : ensemble de séquences génomiques non redondantes ré-annotées
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Flybase
(Banque spécialisée)
| Drosophile
35
Wormbase
(Banque spécialisée)
| Vers C.elegans
36
MGI
(Banque spécialisée)
| Souris
37
TAIR
(Banque spécialisée)
| Arobidopsis thaliana
38
SGD
(Banque spécialisée)
| Levure saccharomyces cerevisiae (champi uniç = levure boulangère)
39
CandidaDB
(Banque spécialisée)
| Levure candida albicans (pathogène fongique)
40
N.B banques spécialisées
- Il existe des ressources + courtes car spécialisées dans génomes de procaryotes, animaux, plantes voire focalisées sur 1 organisme
- Organismes utilisés comme modèle en labo disposent de leur propre banque spécialisée
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Familles de séquences : facteurs de transcription
Base pour pls espèces avec leurs sites + types de liaison à l'ADN
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Familles de séquences : motifs protéiques
Base de motifs protéiques regroupe familles de prot, leurs structures et leurs sites fonctionnels
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Familles de séquences : éléments mobiles
- Fragments d'ADN insérés dans le génome d'1 organisme
- Peuvent se déplacer d'1 pt à 1 autre du génome
- Existent chez proc et euc
44
Familles de séquences : éléments répétés
- De qq à pls 10zaines de nt de nature ≠
- Détection difficile mais imp
- Éléments transposables, répétitions simples (micro ou mini-satellites), gènes codant pour ARNr, ARNt et ARNn
- Existent QUE pour euc
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Expériences à grande échelle
- Bases de données dédiées = les omix
- > regroupent différents termes terminant par "ome"
- Ces expériences permettent d'obtenir infos globales sur contenu ç d'1 type de molécule en particulier
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Transcriptome
- Détection de tous les ARNm dans 1 type ç dans une condition précise
- Expériences sur des puces
- Techniques miniaturisée qui permet de récup valeurs quantitatives des ARNm présents
* Résultats informatisés du fait de la grande quantité de données et regroupés dans des banques dédiées
* But est de pouvoir comparer tous les transcriptomes entre eux
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Protéome
- Technique qui permet de déceler et quantifier toutes les prots d'1 type çlaire dans des conditions précises
* Résultats informatisés du fait de la grande quantité de données et regroupés dans des banques dédiées
* But est de pouvoir comparer tous les protéomes entre eux
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Interactome
Bases dédiées aux interactions protéine-protéine
49
Métabolomes
Dans des bases permettant de comparer les métabolites présents dans les ç
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Bibliome
- Représente bases qui regroupent la littérature scientifique
- PubMed = base de données de réf pour l'archivage d'articles scientifiques (ne couvre pas tous les domaines) + accessible à tous et permet de trouver des articles sur sujets précis
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Outil d'interrogation et de requête : Databank browsers
- Navigateurs de bases de données : regroupement hétérogène = unifie les données en les structurant dans 1 seule et même architecture (données peuvent être consultées à partir de mots-clés)
- Ex. SRS, Entrez et BioMart
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Outil d'interrogation et de requête : Génomes Browsers
- Outils de navigation génomique destinés aux génomes complets
- Requêtes sur gène précis (localisation chromosomique = locus, expression, homologie éventuelle, propriétés)
Ex. Ensembl (qui intègre BioMart)
