Gendiagnostik

Question 1

Minisatelliten

Answer 1

Basenfolge 15-50 Paare

Question 2

Mikrosatelliten

Answer 2

Folge von 2-5 Paare (STR-Short Tandem Repeats)

Question 3

STR

Answer 3

Short Tandem Repeats

Question 4

SNP

Answer 4

Single Nucleotid Polymorphismus

Question 5

Stille-Mutation

Answer 5

Austausch eines Basenpaares, aber keine Veränderung in der Aminosäurenabfolge

Question 6

Missense-Mutation

Answer 6

Austausch eines Basenpaares mit einer Veränderung in der Aminosäurenabfolge

Question 7

Nonsense-Mutation

Answer 7

Austausch eines Basenpaares mit einer Veränderung in der Aminosäurenabfolge, so das ein Stoppcodon (Z.B. UGA) entsteht. -> Abbruch der Translation.

Question 8

Von welcher Richtung wird die DNA abgelesen? (5’ oder 3’)? Von welcher Richtung wird die neu gebildete RNA synthetisiert?

Answer 8

ABLESEN von 3’ nach 5’ SYNTHESE von 5’ nach 3’

Question 9

Polymerasekettenreaktion (PCR)

Answer 9

in-vitro-DNA-Synthese - Exponentielle Amplifizierung von DNA

Question 10

Was sind die 6 Voraussetzungen für die PCR?

Answer 10

1) DNA-Templat 2) Primer (2 Stück für sense und antisense) 3) Nukleotide 4) Puffer 5) Mg2+ 6) Thermostabile DNA-Polymerase

Question 11

Wie wird die PCR ausgewertet?

Answer 11

Mittels Agarose-Gel-Elektrophorese

Question 12

Prinzip der Stanger-Methode (Kettenabbruchmethode)

Answer 12

PCR mit markierten Primer, dNTPs und zum Kettabbruch ddNTPs je nach Abbruch-Ende ist eine Auftrennung mit Gel-Elektrophorese nach Fragmentlänge möglich > Basensequenz bestimmbar

Question 13

Prinzip der Pyrophosphat-Methode

Answer 13

Einzeln Nukleotide hinzupipettieren Beim erfolgreichen Einbau von Nukleotid> Abspaltung von Pyrophosphat >Nachweis mit Sulfurylase: Reaktion von hinzu gesetzten APS mit dem Pyrophosphat zu ATP und Sulfat >>ATP-Nachweis mit Luciferin- Luciferase-System: Erzeugung von detektierbaren Lichtquant, Stärke proportional zue Menge an eingebautem Nukleotid >>>Sequenzierung ablesbar Bevor Hinzugabe nächste Nukleotid Abbau überschüssiges Nukleotid mit Apyrase

Question 14

RT-PCR (reverse transcriptase PCR)

Answer 14

qualitativer Nachweis von Viren Erzeugung eines Hybridstrangs: Synthese cDNA aus mRNA mittlels reverser Transkriptase Hydrolyse führt zur Abspaltung mRNA durch PCR Erzeugung zweiter cDNA Strang>> cDNA Doppelstran, an dem Einzelstränge hinzugefügt werden können > Einbau in cloning vector Möglich

Question 15

Real time PCR

Wofür wir es eingesetzt? Wie funktioniert es?

Answer 15

Anwendung:Quantifizierung der Virusmenge über Fluoreszenzsignal Bestimmung von Polymorphismen/Genexpressionsprofils 1.DNA Doppeltstrang Denaturierung und Trennung in Einzelstränge 2. FRET-Sonde (Fluoreszenz-Reporter, Förster-Radius und Quencher) 3. Polymerisation, Anlagerung der Primer 4. Start der PCR, Verdrängung der Sonde bis zur Abspaltung des Fluoreszenz-Reporters 5. Lichtsignal wird nicht gequencht> Aussenden Fluoreszenzstrahlung 6. Polymeristaion vervollständigen, 1 Zyklus 1 Lichtsignal

Question 16

Ct-Wert

Answer 16

Zyklenzahl, bei der zum ersten Mal ein Anstieg der Reporter-Fluoreszenz über das Grundrauschen ermittelt wird.

Question 17

RFLP-Analyse (Southern Plot); Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus

Answer 17

1.DNA+ Restriktionsenzyme> Restriktionsfragemente 2. Elektrophorese 3. Southern Blot: Übertragung Gel auf Nitrocellulose Papier, Denaturierung der Einzelstränge 4. Hybridisierung mit Radioaktiver Probe 5. Audioradiographie: Fotofilm wird durch Radionukleotide angeschwärzt>Bandenmuster

Question 18

VNTR Wie lange sind sie? Wo befinden sie sich?

Answer 18

Various Number of Tandem Repeats 11-60 Basenpaare als repeat-Sequenzen Befinden sich am Chromosomenende (Telomer)

Question 19

Genlocus

Answer 19

Physische Position eines Gens im Genom (=der Genort)

Question 20

Allel-Spezifische-Hybridisierung über Real-time PCR: Genotypisierung

Answer 20

Testprinzip: Unterscheidung zweier DNA Moleküle, die in einer Base variieren(SNP), mittels Hybridisierung FRET-Sonden + SNP Sequenzen Sonden spezifisch für DNA Genotypen wenn Sonden komplementär zu entsprechendem Allel Ablauf der Real-time PCR und Fluoreszenzlicht wenn diese Sonde nicht komplementär kein Signal

Question 21

Allel-Spezifische-Hybridisierung über Real-time PCR: Genotypisierung

Answer 21

Testprinzip: Unterscheidung zweier DNA Moleküle, die in einer Base variieren(SNP), mittels Hybridisierung FRET-Sonden + SNP Sequenzen Sonden spezifisch für DNA Genotypen wenn Sonden komplementär zu entsprechendem Allel Ablauf der Real-time PCR und Fluoreszenzlicht wenn diese Sonde nicht komplementär kein Signal

Question 22

Allel-Spezifische-Hybridisierung über MALDI-TOF-MS: Genotypisierung

Answer 22

Testprinzip: Unterscheidung zweier DNA Moleküle, die in einer Base variieren(SNP), mittels Hybridisierung 1.Einsatz forward-Primer, der direkt an dem nachzuweisenden Nukleotid bindet 2.PCR mit komplementäres Didesoxynukleotid (ddNTP) als Kettenabbruch Nukleotid 3.Erhalte Primer+ ddA oder ddG oder ddC oder ddT (MALDI) 4. Nachweis über MALDI über Zunahme des Massenpeaks welches Abbruchnukleotid eingebunden