Bioch : ADN recombinant 4 Flashcards
/09/24 => Le Pabic cours n°4
Principe de la vérification rapide par restriction ?
Digestion enzymatique par une enzyme de restriction avec un site présent dans l’insert et un site présent dans le plasmide lui même :
=> Où il y l’insert il aura 2 coupures
=> Où il n’y a pas d’insert il n’y en aura qu’une → le plasmide va se linéariser
Principe de la vérification par séquençage (méthode de Sanger) ?
=> Permet de déterminer les séquences en
nucléotides par une interruption contrôlée de la réplication.
1) On choisit une amorce pour le séquençage et on initie la synthèse du brin complémentaire de l’ADN à séquencer par l’ADN polymérase 1
2) Synthèse en présence de nucléotides, désoxyribose ET de nucléotides didésoxyriboses → ne sont pas capables de former des liaisons phospho diesters en 3’ → synthèse de la chaîne est bloquée
=> Didésoxyriboses marqués par radioactivité ou par fluorescence afin de permettre la visualisation
Pratique de la méthode de séquençage de Sanger ?
1) Prépare 4 milieux réactionnels contenant chacun du didésoxyribose nucléotides
2) Obtient des populations de fragments d’ADN de taille différente en fonction de l’incorporation du didésoxyribose
3) Fait migrer les fragments d’ADN sur un gel de polyacrylamide → séparation en fonction de la taille → didésoxyribose marqués par radioactivité ou par fluorescence
Comment lire un gel de séquençage de Sanger ?
On va analyser les différents brins formés sur gel ultra-résolutif => regarde nucléotides par nucléotides
/!\ On commence par celui situé tout en bas (+ petits fragments) et on remonte (+ gros fragments)
/!\ Lecture commence toujours par le 5’
/!\ La séquence qu’on lit sur le gel correspond à la séquence complémentaire du brin d’ADN à séquencer
Principe de vérification par séquençage : automatisation du séquençage ?
- Résultats automatiques, + précis et + simples à lire, très rapide
- On excite la réaction de séquençage avec 2 longueurs d’ondes ≠ et l’émission de la fluorescence est mesurée à 4 longueurs
- même technique sauf dNTPs radioactifs sont remplacés par des fluorochromes : A = vert, T = rouge, G = jaune et C = bleu
Avantage de l’automatisation du séquençage ?
Permet de faire 1 seule réaction de séquençage en présence des 4 dNTPs
Principe des “récepteurs” qui forment les protéines recombinantes ?
- E. coli ++
- Dépourvue de protéases
- Cultivé en grande quantité (fermenteurs)
Problème liés à l’utilisation des bactéries pour la production de protéines recombinantes et sa résolution ?
- Pb : fort taux de croissance + synthèse très importante des protéines recombinantes → C meurent rapidement ce qui limite l’expression des protéines recombinantes
- Réso : dissocier la phase de croissance (multiplication des bactéries) et la phase d’expression (amplification de la transcription
du gène)
Quelles sont les contraintes d’utilisation d’un hôte procaryotes pour produire des protéines recombinantes ?
● Nécessité d’un promoteur procaryote pour que la bactérie puisse transcrire le gène d’intérêt (vecteur adéquat)
● La bactérie ne fait pas d’épissage : pb évité par une construction à partir d’un ADNc
Avantage de l’utilisation de bactéries pour la production de protéines recombinantes ?
Culture facile et croissance rapide des bactéries
Comment est vérifié l’expression des protéines recombinantes ?
prélèvement d’un échantillon de l’extrait bactérien + électrophorèse sur gel de polyacrylamide dénaturant SDS
Caractéristiques du gel polyacrylamide ?
- matrice inerte formant beaucoup de liaisons croisées à travers lesquelles migrent les protéines
- rôle d’un tamis moléculaire
- taille des pores peut être ajustée
suivant la taille des protéines que l’on souhaite visualiser
Mise en place de l’électrophorèse sur gel polyacrylamide ?
1) Prélèvement d’un échantillon de l’extrait bactérien, supposé contenir nos protéines
2) Dénaturation des protéines par mélange
avec du tampon de charge, et chauffage 5min à 95°C
3) Electrophorèse sur gel de polyacrylamide dénaturant
Caractéristique du tampon de charge (Laemmli) utilisé pour le gel de polyacrylamide ?
Contient :
● glycérol : augmente la densité de l’échantillon + facilite son dépôt dans les puits du gel
● colorant : facilite le suivi de la migration des échantillons sur gel et se dire stop quand on veut
● agents réducteurs : destruction des ponts disulfures des protéines (ex : bétamercapto
éthanol, dithiothreitol (DTT) pour que ces dernières puissent migrer correctement
Un détergent anionique souvent c’est SDS (sodium dodécylsulfate) : fixation sur les régions hydrophobes de la protéine, cela provoque alors son dépliement → la protéine est soluble dans la solution de détergent
Relation entre la migration des protéines et leur charges en électrophorèse en condition dénaturante ?
Charge intrinsèque de la protéine masquée par les charges négatives du SDS → migration vers le pôle positif lors de l’application d’une tension
Relation entre la migration des protéines et leur tailles en électrophorèse en condition dénaturante ?
- grandes protéines → migrent moins loin car elles sont davantage retenues par le maillage du gel
- petites protéines vont le + loin
Les protéines sont fractionnées selon leur masse moléculaire