7: Greining á bakteríum Flashcards
Hvað eru kjarnsýruþreyfararÐ
DNA eða RNA bútar merktir með geislavirku efni, hvata eða lífljómandi efni. Getum greint örverur án þess að þurfa að rækta þær. Sértækt en ekki mjög næmt.
Mengun…
…getur verið vandamál í PCR, t.d. fyrir Legionellu.
Árangur sýklalyfjameðferðar…
…er erfitt að meta með PCR því örveran þarf ekki að vera vaxandi/lifandi til að greinast.
Dæmi um hvað greint er hérlendis með PCR… (5 atriði)
...Atýpískar lungnabólgur (Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydiophila pneumoniae), Klamydia og lekandi kíghósti vero/shiga-toxin myndandi E.coli Toxín frá Clostridium difficile.
Í multiplex PCR er…
…fleiri en eitt gen magnað upp samtímis og afurðirnar rafdregnar (verða að vera af mismunandi stærð). Ný tækni getur numið afurðir án rafdráttar, t.d. Luminex!
Hvað er DNA-Microarrays?
Smásæjum doppum af DNA bútum komið fyrir á föstum fleti, notaðir til að tengjast cDNA eða cRNA bútum frá sýnum - verkfæri til rannsókna á breytileika í erfðamengi og tjáningu.
16S ríbósóma RNA…
…hefur mjög vel varðveitt gen sem eru sameiginleg með öllum bakteríum - mögnun með PCR á þessu má því nota til að greina bakte´riur í sterilum vökvum. Einnig er breytilegt svæði sem nota má til tegundargreiningar.
Sanger raðgreining…
…var þróuð upp úr 1977 og getur greint 800 basa í hvert sinn. Svo kom Illumina/Next Generation Sequencing.
Við stofnagreiningu á bakteríum (t.d. til að rekja hópsýkingar) er oft notuð…
…arfgerðargreining. T.d. með plasmíðagreiningu (bakterían ræktuð upp í hreingróðri, frumuveggur sprengdur, plasmíð aðgreind frá og rafdregin, DNA sameindir litaðar og plasmíðbönd skoðuð í útfjólubláu ljósi).
Hvað er PFGE?
Ein tegund arfgerðargreiningar. Litningur skorinn með skerðiensímum, bútar rafdrengir á agarósageli. MLST er raðgreining á völdum genum tiltekinna baktería.
