vib.genomica estructural Flashcards
determinacion de la funcion biologica e interacciones de los genes y su regulacion
descubrumiento de genes
genomica estructural
identificacion y estudio de la secuencia del genoma y sus variantes, polimorfismos,mutaciones, repeticones, inserciones.
localizacion y construccion de mapas
identificar y predecir la conformacion tridimensional y funciones de las proteinas codificas
genomica estructural
estudio comparativo estructural y funcional de los genomas para explicar las relaciones evolutivas y funcionales
genomica comparativa
estructura del genoma
todos los sujetos que integran una especie muestran el mismo grupo de genes,si bien los diferentes poseen
ligeras diferencias (alelos) de muchos de estos genes
estructura del genoma
cada especie muestra un contenido unico de informacion
genetica, el cual se conoce como genoma
es el centro de todos los procesos que conciernen a los acidos nucleicos
apareamiento complementario de bases
desnaturalizacion de dna
separacion de las 2 hebras
Tm (t° de fusion)
-temperatura a la cual la doble cadena de dna se desnaturaliza
-depende de la longitud de la cadena y de la produccion de G-C
-a mayor proporcion de G-C mayot tm
renaturalizacion del dna
fenomeno por el que 2 hebras separadas y complementarias reconstituyen
una doble helice
renaturalizacion
entre 2 secuencias complementarias que previamente fueron
separadas por desnaturalizacion
renaturalizacion
disminucion gradual de la
t°
renaturalizacion
inicialmente se aparean algunas bases de diferentes zaonas entre las cadenas
complementarias y despues se extienden estas zonas mediante un mecanismo de cremallera
hibridacion
cuando los acidos nucleicos implicados proceden de
fuentes diferentes
hibridacion
no estaban previamente formando una doble cadena
ej
sondas de acidos nucleicos
tm
la temperatura que corresponde a la mitad del incremento de la
absorbancia
tm
una secuancia con alto contenido de GC exhibe
una alta tm
complejidad de los genomas
la cinetica de renaturaliacion brinda informacion de la
complejidad del genoma
complejidad de los genomas
los genomas se
fragmentan inicialmente
complejidad de los genomas
cuanto menor sea el tamaño del genoma, mayor es el numero de genomas en un peso particular de dna y mas
probable la colision entre fragmentos complementarios
complejidad de los genomas
concentracion inicial de DNA (c09 y tiiempo de
incubacion (t)
complejidad de los genomas
una solucion con elevada (DNA) incubada por breve tiempo tiene la misma C0t que una
de baja (dna) incubada en un mayor lapso de tiempo
los genomas eucariotas son mas complejos que los
virales y bacterianos
los fragmentos de dna se renaturalizan a distintas
velocidades
estas diferencias reflejan el hecho de que, en una preparacion de fragmentos de dna eucariota, las diferentes secuencias de
nucleotidos se encuentran presentes en concentraciones muy variables
primer indicio de que el dna eucariota no es tan solo la sucesion de un gen tras otro, como
en bacterias o virus, si no que posee una organizacion mucho mas compleja
SNP
variaciones en un unico nucleotido presentes en al menos
1% de poblacion
SNP
el tipo mas
comun de variaciones en humanos
-la mayoria exiten como 2 alelos alternos
-2 genoms humanos elegidos al azar tienen 3 millones de diferencias en SNPs /1 cada 1000pb) 99.9% similares
-pueden estar o no en la region codificante del gen
snp
-cualquiera puede estar relacionado con una enfermedad pero en la region codificante (60,000) tiene mas impacto sobre la fx de la proteina
-pueden no estar involucrados en la enfermedad pero si estan asociados a los genes relacionados a ella pueden usar como marcaores moleculares
snp
conjunto de variaciones del adn o polimofismos que tienden a ser herdados juntos porque estan muy cerca en el mismo cromosoma (no se forman quiasmas de recombinacion entre ellos)
haplotipos
combinacion de alelos o conjunto de SNPs
haplotipos
cada haplotipo tiene un determinado numero de
variantes
cada variante se caracteriza por un grupo especifico de alelos o SNPs que se
encuentran juntos en una combinacion especifica en cada cromosoma de diferentes miembros de una poblacion
contruccion de mapas
baja resolucion
mapa genetico
contruccion de mapas
alta resolucion
mapa fisico
distancia real entre marcadores basada en pares de bases (secuenciacion)
mapas geneticos (ligamiento)
diagrama que muestra la posicion relativa de una secuencia o
gen especifico a lo largo el cromosoma
mapas geneticos (ligamiento)
dos loci cercanos en una misma hebra de dna tienden a
heredarse juntos (haplotipo), con baja frecuencia de recombinacion durante la meiosis
mapas geneticos (ligamiento)
0,5 es la maxima
frecuencia de recombinacion de dos loci (50%) que posteriormente quedara sobre el cromosoma separados
unidad de mapa genetico
un centimorgan (abreviado cM) es la unidad de los
mapas geneticos de ligamiento realizados por recombinacion en eucariotas diploides
unidad de mapa genetico
se trata de una unidad indivisible: el prefijo centi en este caso no significa
centesima parte
unidad de mapa genetico
equivale a un 1% de frecuencia de recombinacion, a lo que es lo mismo, a
1 unidad de mapa
digestion parcial
el tamaño promedio de los fragmentos producidos por la digestion con la enzima de restriccion se puede
incrementar simplemente terminando la reaccion antes de que se complete el corte de todos los sitios de reconocimiento
estrategia para ensamblar el genoma
serie de contings en el orden correcto pero no
necesariamente conectados en una secuancia continia
es un grupo de segmentos traslapantes de dna que juntos representan una region consenso de dna
coting
coting
se utilizan algoritmos computacionales para ensamblar contigs derivados de
miles de secuencias traslpantes
coting
se obtiene un redundancia de
5-10%
coting
el alineamiento ensambla clones contiguos y aumenta la exactitud de
la secuencia creando una consenso
determinacion de la secuencia de los gaps
gap filling project
-diseño de primers
-pcr
-secuenciacion
determinacion de la secuencia de los gaps
genome annotation project
-blast nueva secuenica vs ncbi data base
-identificacion de genes ortologos
-identificacion de codones de inicio y paro
determinacion de la secuencia de los gaps
genome finishing project
-evaluacion de la calidad de la secuencia
-resecuenciacion
anotacion del genoma
proceso de añadir capas de analisis y interpretacion necesarias para extraer el significado biologico
de las secuencias genomicas y ponerlas en el contexto de los proceso biologicos
