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Biología Molecular > Transcripción > Flashcards

Transcripción Flashcards

1
Q

burbuja de transcripción

A

lugar de sintesis de rna (40nt/s) que se mantiene dentro de la rna polimerasa que desenrrolla el dna (12-20pb)

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2
Q

sitio de iniciación:

A

primer par de bases que se transcribe (+90% purina)

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3
Q

transcrito primario:

A

-es el producto inmediato de la transcripcion
-extremos 5´-3´originales
-procariotas: de degrada rapidamente (rnam) o madura a rrna y trna
-eucariotas: se modifica en los extremos (mrna) o madura (todos los rna´s)

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4
Q

etapas de transcripcion:

A

-reconocimiento del molde
-iniciacion
-elongacion
-terminacion

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5
Q

reconocimiento del molde:

A

-union de la rna polimerasa al promotor
-separacion del duplex del dna
-formacion de la burbuja de transcripcion

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6
Q

iniciacion:

A

-sintesis de los primeros 9nt del rna
-se presentan intentos abortivos liberando pequeños rnas (-9nt)
-termina cuando la enzima abdona el promotor

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7
Q

elongacion:

A

-cadena de rna crece
-la burbuja de transcripcion se mueve

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8
Q

terminacion:

A

-reconocimiento del terminador (punto de adicion de la ultima base al RNA)
-la burbuja de transcripcion colapsa enseguida

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9
Q

en eubacterias una sola holoenzima:

A

sintetiza todo el mRNA, rRNA, tRNA

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10
Q

core o nucleo

A

alfa2betabeta’
no distingue entre promotores y otras secuencias, se una al dna debilmente

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11
Q

sigma

A

-se requiere para reconocer al promotor
-se libera al termino de la iniciacion, evitando que la enzima quede parada en el promotor
-libre no reconoce al dna evitando bloquear los promotores

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12
Q

fuerza del promotor

A

frecuencia de iniciacion (1s rRNA a 1/30min lac)
determinada en parte por la afinidad de la holoenzima hacia dicha secuencia

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13
Q

fragmentos de 60pb

A

son secuencias de consenso conservadas(esenciales)

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14
Q

secuencia de consenso -10
t80a95t95a60a50t96

A

procariotes: señal para el reconocimiento de la rna pol
eucariotes: para factores basales de la transcripcion recluten a la rna polimerasa, se una y complete la fase de iniciacion

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15
Q

35%

A

genes clase 2, no clase 1
casi ninguno de clase lll

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16
Q

secuencia consenso -35
t82t84g78a65c54a45

A

permite la conversion de la forma cerrada a abierta (duplex dna desnaturalizado) del complejo

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17
Q

rpoA

A

-2 subunidades alfa
-40kda cada una
-ensamblaje de la enzima reconocimiento del promotor une algunos activadores

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18
Q

rpoB

A

-subundad beta
-155kda
-centro catalitico

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19
Q

rpoC

A

-subunidad beta’
-160kda
-centro catalitico

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20
Q

rpoD

A

-subunidad sigma
-32-90kda
-especificidad del promotor

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21
Q

la mayoria de los sitios de union a la enzima estan corriente…

A

arriba de -10 en la misma cara de la cadena no molde (codificante)

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22
Q

terminadores intrinsecos

A

-no requieren factor externo
-requiere la formacion de un tallo burbuja
(hairpin) en el rna transcrito
-si el num de bases G-C y poli U es mayor de 9, la rna polimerasa hace una pause pero no termina la trnascripcion
-el hibrido rU-dA tiene un apareamiento mucho mas debil quue cualquier otro hibrido RNA-DNA

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23
Q

Rho

A

-factor auxiliar de la RNA polimerasa
-tiene actividad ATPasa dependiente y actividad helicasa que separa rna-dna
-interacciona con la subunidad beta de la rna polimerasa
-modelo del objetivo caliente

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24
Q

terminadores dependiente de la rho

A

-abundante en genoma fago
-requiere secuencia de 50 a 90 bases corriente arriba del terminador
ricas en C y pobres en G

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25
Q

ciclo de vida de la mrna procariota

A

-se traduce antes de terminar la transcripcion
-inestable (tiempo de vida 2mino-)
-se degrada 5’-3’
-500 bases aprox, 180kda
-mRNA aparece cada 2.5 min y la proteina 30s despues

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26
Q

tiempo de vida media de una mRNA en vertebrados

A

3hrs

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27
Q

rna polimerasa l

A

transcribe rRNAs (28s, 5.8s,18s)
nucleolo

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28
Q

rna polimerasa ll

A

transcribe mRNA, miRNA, snRNA, otros
nucleoplasma

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29
Q

rna polimerasa lll

A

transcribe tRNA,rRNA 5s, snRNA
nucleoplasma

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30
Q

CIS

A

en la secuencia

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31
Q

trans

A

reconoce al cis del dna

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32
Q

elementos de respuesta

A

reguladores en cis localizados en un promotor o enhacer; permiten que un gen responda a una factor de transcripcion necesario para el inicio de la transcripcion

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33
Q

promotor

A

reconocido por los factores generales quienes se unen a la rna polimerasa constituyendo el aparato basal de transcripcion (complejo de iniciacion)

34
Q

enhace

A

pueden modificar la transcripcion
-elementos distales, a distancia considerable del promotor
-puntos diana para la regulacion del tejido y o tiempo
-las proteinas que lo reconocen interactuan con el promotor

35
Q

RNA pol I

A

-secuencia bipartita. hacia el 5’ del sitio de iniciacion. Core y UCE (elemnto de control rio arriba)
-factores de transcripcion UBF1 (factor de union rio arriba), SL1 (factor selectivo)

36
Q

RNA pol lll

A

-tipo 1 y 2. hacia el 3 (rio abajo) del sitio de iniciacion
-tipo 3. hacia el 5’ (rio arriba) del sitio de iniciacion
-factores de transcripcion TFIIIA
TFIIIB
TFIIIC

37
Q

elementos de vecindad inmediata

A

-50pb
-del sitio de inicio de la transcripcion tienen una localizacion fija

38
Q

factores generales basales TFII

A

-analogos a la fx sigma en procariotas
-se requieren de todas las celulas para la transcripcion de todos los genes clase ll

39
Q

promotor contiene:

A

-tata box (8pb) tipicamente -37 a -25 casi identica a la secuencia -10 procariota (35% genes clase ll)

40
Q

TFllD

A

-lleva el reconocimiento inical del promotor
-contienee a TBP(tata box) y TAFS(factores asociados a TBP,-11)

41
Q

TAFS

A

-pueden variar para reconocer diferentes promotores
-son equivalentes a los polipeptidos que siempre acompañan a TFIIIB y SL1, solo que TFIID pueden variar
-algunos son homologos distantes de las histonas H3 y H4

42
Q

TBP

A

-unico TFII que contacta una secuencia especifica de DNA
-SE UNE AL SURCO MENOR
-curva al dna 80°
-permite interaccion de mas proteinas
-nucleosoma impide la interaccion DNA-TBP

43
Q

TFIIB

A

dos subunidades
RAP74. helicasa ATP dependiente
RAP38. une a la RNA polimerasa ll
las primeras uniones fosfodiester se pueden formar antes de la llegada de TFllE

44
Q

TFIIE y (TFIU y TFIIH)

A

permiten el movimiento alejandose del promotor

45
Q

TFIIH

A

atpasa, helicasa y cinasa que fosforila el CTD de la RNA polimerasa II

46
Q

CDT

A

-dominio carboxilo terminal de la subunidad mas grande de la rna polimerasa ll (consta de 10 subunidades)
-26 a 50 repeticiones de aa eseciales para el fx de la enzima
-forforila -COOH en residuos de serina o treonina antes de avanzar en la elongacion del mRNA
-la guanilil transferasa se une a el
-otros fatores de splicing se unen a el

47
Q

transcrito primario:

A

pre-rna
tiene la misma organizacion que el gen

48
Q

heteronuclear

A

hrna
es una RNP
comprende el pre-mRNA y todo el material transcrito por la rna pol ll de amplia distribucion de tamaños

49
Q

en mamiferos

A

en promedio son de 16kpb y poseen 7-8 intrones

50
Q

genes constitutivos

A

-resultado de la interaccion entre la RNA polimerasa y el promotor, sin necesidad de regulacion adicional

51
Q

genes adaptativos

A

-se expresan diferencialmente cuando la celula se adapta a una determinada situacion ambiental

52
Q

eliminacion de intrones
grupo l

A

autocatalitico. bacterias eucariotas inferiores

53
Q

eliminacion de intrones
grupo ll

A

autocatalitico. bacterias, mitocondria

54
Q

eliminacion de intrones
nucleares

A

spliceosoma (aparato de empales, arns y proteinas)
gt-ag principalmente y AT-AC (1/10,000)

55
Q

todos los intrones a excepcion…

A

de los pre-tRNAs nucleares, se escinden por reacciones de transesterificacion aunque los componentes cataliticos sean distintos

56
Q

puntos de empalme:

A

-no hay homologia extensa entre los 2 extremos del intron
-pero si GT… AG estan 100% conservadas

57
Q

punto de ramificacion:

A

-region consenso dentro del intron necesaria para identificar el punto de empalme 3’
-18-40 nt corriente arriba del punto de empalme 3’

58
Q

secuencia que se necesita para que se reconozca el punto y empalme

A

UACUAAC

59
Q

corte en el 5’ del intron

A

-el exon en 5’ se separa
-el intron-exon a la derecha, forma un lazo en el que el 5’ se un 2’ a una base dentro del intron en el sitio de ramificacion

60
Q

corte en el 3’ del intron

A

-libera el intron libre en forma de lazo
-el exon derecho queda empalmado al izquierdo

61
Q

1ra reaccion

A

-la union 5’ exon-intron es atacada por un 2’OH de la A conservada del sitio (punto) de ramificacion dentro del intron (nucleares y grupo ll) o una G (grupo l)

62
Q

2da reaccion

A

-3’OH libre en el extremo del exon liberado ataca a su vez la union 3’intron-exon

63
Q

spliceosoma:

A

-sus componentes unen secuencias consenso antes de que se produzca ninguna reaccion
-snRNPs: U1, u2,u3,u5,u4,u6
-ribonucleoproteinas (1 snRNA de 100-300 bases y -20 proteinas) en eucariotas superiores
-en conjunto en todas las snRNPs participan -40 proteinas

64
Q

maduracion de los trnas

A
  1. eliminacion de nucleotidos 5’-3’ por la RNasa P y la RNasa D respectivamente
  2. eliminacion de intrones
  3. adicion del 3’ CCA por la tRNA nucleotidil transferasa
  4. madificacion de algunas bases
65
Q

eliminacion de intrones del tRNA

A

-comprende actividades nucleasa y ligasa
-no hayreacciones de transesterificacion
-actividades enzimaticas estan dispuestas en diferentes dominios fx de una unica proteina
+fosfodiesterasa (nucleasa)
+polinucleotido cinasa
+adenilato sintetasa (ligasa)

66
Q

snRNA u1

A

tiene apareamiento de bases con el sitio de empalme 5’

67
Q

isoformas proteincas

A

5’ empalme intron
3’ otro empale intron
= dejas fuera un intron

68
Q

RNA pol l

A

-un unico precursor 45s que contiene las secuencias de los 2 rRNAs (28s, 5.8s,18s)
-a + de 1000 pb corriente abajo del extremo 3’ maduro

69
Q

RNA pol ll

A

-a mas de 1000 pb corriente abajo del extremo 3’ maduro
-se desconoce la naturaleza de los puntos de terminacion
-extremo 3’ se genera por ruptura seguida de poliadenilacion

70
Q

RNA pol lll

A

-similar a la terminacion intrinseca de bacterias

71
Q

da estabilidad al mensajero:

A

-secuencia AAUAAA localizada 11 a 30 nucleotidos corriente arriba del punto de adicion del poli A en 3’

72
Q

poli A polimerasa

A

une aproximadamente 200 residuos de A

73
Q

PABP

A

proteina de union al poli A se une cada 10-20 bases

74
Q

poliadenilacion

A

-necesario para inicar la traduccion
-mrna’s de histonas no estan poliadenilados y su terminacion depende del snRNA U7 por apareamiento de bases

75
Q

genoma circular

A

5 a 7 genomas mitocondirales por mitocondria

76
Q

transcritos mitocondriales

A

-se transcriben ambas cadenas a partir de una sola region promotora en cada hembra
-mRNAs poli A pero sin cap 5’
-se producen 2 RNA gigantes:
+Hebra H
+Hebra L

77
Q

hebra h

A

-pesada
-2rrnas,14trnas y 10 mrnas

78
Q

hebra l

A

-ligera
-8trnas, 3rnas
el 90% restante es degradado

79
Q

mitorribosomas animales

A

-55s, rRNAs, 12s y 16s

80
Q

genomas mitocondriales:

A

codifican principalmente para proteinas de membrana interna que forman complejos con proteinas codificadas en el genoma celular

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