Transcripción Flashcards
burbuja de transcripción
lugar de sintesis de rna (40nt/s) que se mantiene dentro de la rna polimerasa que desenrrolla el dna (12-20pb)
sitio de iniciación:
primer par de bases que se transcribe (+90% purina)
transcrito primario:
-es el producto inmediato de la transcripcion
-extremos 5´-3´originales
-procariotas: de degrada rapidamente (rnam) o madura a rrna y trna
-eucariotas: se modifica en los extremos (mrna) o madura (todos los rna´s)
etapas de transcripcion:
-reconocimiento del molde
-iniciacion
-elongacion
-terminacion
reconocimiento del molde:
-union de la rna polimerasa al promotor
-separacion del duplex del dna
-formacion de la burbuja de transcripcion
iniciacion:
-sintesis de los primeros 9nt del rna
-se presentan intentos abortivos liberando pequeños rnas (-9nt)
-termina cuando la enzima abdona el promotor
elongacion:
-cadena de rna crece
-la burbuja de transcripcion se mueve
terminacion:
-reconocimiento del terminador (punto de adicion de la ultima base al RNA)
-la burbuja de transcripcion colapsa enseguida
en eubacterias una sola holoenzima:
sintetiza todo el mRNA, rRNA, tRNA
core o nucleo
alfa2betabeta’
no distingue entre promotores y otras secuencias, se una al dna debilmente
sigma
-se requiere para reconocer al promotor
-se libera al termino de la iniciacion, evitando que la enzima quede parada en el promotor
-libre no reconoce al dna evitando bloquear los promotores
fuerza del promotor
frecuencia de iniciacion (1s rRNA a 1/30min lac)
determinada en parte por la afinidad de la holoenzima hacia dicha secuencia
fragmentos de 60pb
son secuencias de consenso conservadas(esenciales)
secuencia de consenso -10
t80a95t95a60a50t96
procariotes: señal para el reconocimiento de la rna pol
eucariotes: para factores basales de la transcripcion recluten a la rna polimerasa, se una y complete la fase de iniciacion
35%
genes clase 2, no clase 1
casi ninguno de clase lll
secuencia consenso -35
t82t84g78a65c54a45
permite la conversion de la forma cerrada a abierta (duplex dna desnaturalizado) del complejo
rpoA
-2 subunidades alfa
-40kda cada una
-ensamblaje de la enzima reconocimiento del promotor une algunos activadores
rpoB
-subundad beta
-155kda
-centro catalitico
rpoC
-subunidad beta’
-160kda
-centro catalitico
rpoD
-subunidad sigma
-32-90kda
-especificidad del promotor
la mayoria de los sitios de union a la enzima estan corriente…
arriba de -10 en la misma cara de la cadena no molde (codificante)
terminadores intrinsecos
-no requieren factor externo
-requiere la formacion de un tallo burbuja
(hairpin) en el rna transcrito
-si el num de bases G-C y poli U es mayor de 9, la rna polimerasa hace una pause pero no termina la trnascripcion
-el hibrido rU-dA tiene un apareamiento mucho mas debil quue cualquier otro hibrido RNA-DNA
Rho
-factor auxiliar de la RNA polimerasa
-tiene actividad ATPasa dependiente y actividad helicasa que separa rna-dna
-interacciona con la subunidad beta de la rna polimerasa
-modelo del objetivo caliente
terminadores dependiente de la rho
-abundante en genoma fago
-requiere secuencia de 50 a 90 bases corriente arriba del terminador
ricas en C y pobres en G
ciclo de vida de la mrna procariota
-se traduce antes de terminar la transcripcion
-inestable (tiempo de vida 2mino-)
-se degrada 5’-3’
-500 bases aprox, 180kda
-mRNA aparece cada 2.5 min y la proteina 30s despues
tiempo de vida media de una mRNA en vertebrados
3hrs
rna polimerasa l
transcribe rRNAs (28s, 5.8s,18s)
nucleolo
rna polimerasa ll
transcribe mRNA, miRNA, snRNA, otros
nucleoplasma
rna polimerasa lll
transcribe tRNA,rRNA 5s, snRNA
nucleoplasma
CIS
en la secuencia
trans
reconoce al cis del dna
elementos de respuesta
reguladores en cis localizados en un promotor o enhacer; permiten que un gen responda a una factor de transcripcion necesario para el inicio de la transcripcion
promotor
reconocido por los factores generales quienes se unen a la rna polimerasa constituyendo el aparato basal de transcripcion (complejo de iniciacion)
enhace
pueden modificar la transcripcion
-elementos distales, a distancia considerable del promotor
-puntos diana para la regulacion del tejido y o tiempo
-las proteinas que lo reconocen interactuan con el promotor
RNA pol I
-secuencia bipartita. hacia el 5’ del sitio de iniciacion. Core y UCE (elemnto de control rio arriba)
-factores de transcripcion UBF1 (factor de union rio arriba), SL1 (factor selectivo)
RNA pol lll
-tipo 1 y 2. hacia el 3 (rio abajo) del sitio de iniciacion
-tipo 3. hacia el 5’ (rio arriba) del sitio de iniciacion
-factores de transcripcion TFIIIA
TFIIIB
TFIIIC
elementos de vecindad inmediata
-50pb
-del sitio de inicio de la transcripcion tienen una localizacion fija
factores generales basales TFII
-analogos a la fx sigma en procariotas
-se requieren de todas las celulas para la transcripcion de todos los genes clase ll
promotor contiene:
-tata box (8pb) tipicamente -37 a -25 casi identica a la secuencia -10 procariota (35% genes clase ll)
TFllD
-lleva el reconocimiento inical del promotor
-contienee a TBP(tata box) y TAFS(factores asociados a TBP,-11)
TAFS
-pueden variar para reconocer diferentes promotores
-son equivalentes a los polipeptidos que siempre acompañan a TFIIIB y SL1, solo que TFIID pueden variar
-algunos son homologos distantes de las histonas H3 y H4
TBP
-unico TFII que contacta una secuencia especifica de DNA
-SE UNE AL SURCO MENOR
-curva al dna 80°
-permite interaccion de mas proteinas
-nucleosoma impide la interaccion DNA-TBP
TFIIB
dos subunidades
RAP74. helicasa ATP dependiente
RAP38. une a la RNA polimerasa ll
las primeras uniones fosfodiester se pueden formar antes de la llegada de TFllE
TFIIE y (TFIU y TFIIH)
permiten el movimiento alejandose del promotor
TFIIH
atpasa, helicasa y cinasa que fosforila el CTD de la RNA polimerasa II
CDT
-dominio carboxilo terminal de la subunidad mas grande de la rna polimerasa ll (consta de 10 subunidades)
-26 a 50 repeticiones de aa eseciales para el fx de la enzima
-forforila -COOH en residuos de serina o treonina antes de avanzar en la elongacion del mRNA
-la guanilil transferasa se une a el
-otros fatores de splicing se unen a el
transcrito primario:
pre-rna
tiene la misma organizacion que el gen
heteronuclear
hrna
es una RNP
comprende el pre-mRNA y todo el material transcrito por la rna pol ll de amplia distribucion de tamaños
en mamiferos
en promedio son de 16kpb y poseen 7-8 intrones
genes constitutivos
-resultado de la interaccion entre la RNA polimerasa y el promotor, sin necesidad de regulacion adicional
genes adaptativos
-se expresan diferencialmente cuando la celula se adapta a una determinada situacion ambiental
eliminacion de intrones
grupo l
autocatalitico. bacterias eucariotas inferiores
eliminacion de intrones
grupo ll
autocatalitico. bacterias, mitocondria
eliminacion de intrones
nucleares
spliceosoma (aparato de empales, arns y proteinas)
gt-ag principalmente y AT-AC (1/10,000)
todos los intrones a excepcion…
de los pre-tRNAs nucleares, se escinden por reacciones de transesterificacion aunque los componentes cataliticos sean distintos
puntos de empalme:
-no hay homologia extensa entre los 2 extremos del intron
-pero si GT… AG estan 100% conservadas
punto de ramificacion:
-region consenso dentro del intron necesaria para identificar el punto de empalme 3’
-18-40 nt corriente arriba del punto de empalme 3’
secuencia que se necesita para que se reconozca el punto y empalme
UACUAAC
corte en el 5’ del intron
-el exon en 5’ se separa
-el intron-exon a la derecha, forma un lazo en el que el 5’ se un 2’ a una base dentro del intron en el sitio de ramificacion
corte en el 3’ del intron
-libera el intron libre en forma de lazo
-el exon derecho queda empalmado al izquierdo
1ra reaccion
-la union 5’ exon-intron es atacada por un 2’OH de la A conservada del sitio (punto) de ramificacion dentro del intron (nucleares y grupo ll) o una G (grupo l)
2da reaccion
-3’OH libre en el extremo del exon liberado ataca a su vez la union 3’intron-exon
spliceosoma:
-sus componentes unen secuencias consenso antes de que se produzca ninguna reaccion
-snRNPs: U1, u2,u3,u5,u4,u6
-ribonucleoproteinas (1 snRNA de 100-300 bases y -20 proteinas) en eucariotas superiores
-en conjunto en todas las snRNPs participan -40 proteinas
maduracion de los trnas
- eliminacion de nucleotidos 5’-3’ por la RNasa P y la RNasa D respectivamente
- eliminacion de intrones
- adicion del 3’ CCA por la tRNA nucleotidil transferasa
- madificacion de algunas bases
eliminacion de intrones del tRNA
-comprende actividades nucleasa y ligasa
-no hayreacciones de transesterificacion
-actividades enzimaticas estan dispuestas en diferentes dominios fx de una unica proteina
+fosfodiesterasa (nucleasa)
+polinucleotido cinasa
+adenilato sintetasa (ligasa)
snRNA u1
tiene apareamiento de bases con el sitio de empalme 5’
isoformas proteincas
5’ empalme intron
3’ otro empale intron
= dejas fuera un intron
RNA pol l
-un unico precursor 45s que contiene las secuencias de los 2 rRNAs (28s, 5.8s,18s)
-a + de 1000 pb corriente abajo del extremo 3’ maduro
RNA pol ll
-a mas de 1000 pb corriente abajo del extremo 3’ maduro
-se desconoce la naturaleza de los puntos de terminacion
-extremo 3’ se genera por ruptura seguida de poliadenilacion
RNA pol lll
-similar a la terminacion intrinseca de bacterias
da estabilidad al mensajero:
-secuencia AAUAAA localizada 11 a 30 nucleotidos corriente arriba del punto de adicion del poli A en 3’
poli A polimerasa
une aproximadamente 200 residuos de A
PABP
proteina de union al poli A se une cada 10-20 bases
poliadenilacion
-necesario para inicar la traduccion
-mrna’s de histonas no estan poliadenilados y su terminacion depende del snRNA U7 por apareamiento de bases
genoma circular
5 a 7 genomas mitocondirales por mitocondria
transcritos mitocondriales
-se transcriben ambas cadenas a partir de una sola region promotora en cada hembra
-mRNAs poli A pero sin cap 5’
-se producen 2 RNA gigantes:
+Hebra H
+Hebra L
hebra h
-pesada
-2rrnas,14trnas y 10 mrnas
hebra l
-ligera
-8trnas, 3rnas
el 90% restante es degradado
mitorribosomas animales
-55s, rRNAs, 12s y 16s
genomas mitocondriales:
codifican principalmente para proteinas de membrana interna que forman complejos con proteinas codificadas en el genoma celular
