Control epigenético

Question 1

epigenetica

Answer 1

-conjunto de modificaciones quimicas y demas procesos que modifican la activida del DNA genomico sin alterar su secuencia, cambiando el patron de expresion genica, activando o silenciando genes

-tiene consecuencias en el fenotipo y puede explicar diversidad morfologica

-son heredables(no toda la info esta determinada por la secuencia de DNA)

Question 2

modificación de las histonas

Answer 2

-modificaciones reversibles en aa especificos del N-t

-pueden cambiar la estructura de la cromatina o conducir al reconocimiento de moleculas efectoras (las histonas compactan al adn en la heterocromatina)

-el inicio de la trnascripcion queda impedida si la region promotora esta organizada en nucleosomas

Question 3

codigo de histonas

Answer 3

-suma de las modificaciones de las histonas
-podrian extender la info potencial del material genetico, almacenandola en la cromatina de forma epigenetica
-diferente en regiones distinas del genoma

Question 4

mecanismo epigeneticos

Answer 4

control epigenetico y sus posibles alteraciones son dificiles de descifrar

-modificacion de histonas
-remodelacion de cromatina
-organizacion espacial de la cromatina
-metilacion del dna
-miRNAs

Question 5

acetilacion de histonas:

Answer 5

-catalizada por la histona acetil transferasa (HAT)
-se asocia con la actividad transcripcional
-abre la estructura de la cromatina permitiendo el acceso a la maquinaria de transcripcion

Question 6

eliminacion del grupo acetilo en histonas

Answer 6

-histona desacetilasa (hdac) restaura la carga postiva de lisinas, la cromatina se compacta y es menos accesible a las proteinas reguladoras para la transcripcion (ej. HDAC1 y HDAC2 en humano

-ej. subacetilacion de la histona H4 en el cromosoma X inactivo de hembras de mamiferos

Question 7

histonas no acetiladas

Answer 7

-a ph fisiologico, los grupos amino primarios de la cadena lateral de lisina estan protonados
-la existencia de multiples lys y arg en cada histona les confiere fuerte carga positiva, base de su interaccion con el DNA
-bajo grado de acetilacion
-cromatina mas condensada
-transcripcionalmente inactiva
-genes reprimidos, no se expresan

Question 8

histonas acetiladas

Answer 8

-la acetilacion de las lisinas produce grupos amida, que no se protonan a ph fisiologico
-las histonas pierden cargas positivas
-la cromatina se descondensa mas facilmente
-alto grado de acetilacion
-cromatina menos condensada
-transcripcionalmente activa
-genes activos, se expresan

Question 9

coactivadores con HAT

Answer 9

-p300/cbp
-pcaf
-actr

Question 10

p300/cbp

Answer 10

-acetilacion a h4
-interactua con factores de transcripcion receptores hormonales, AP-1 (c-jun y c-fos) y myod

Question 11

pcaf

Answer 11

-acetila a h3

Question 12

actr

Answer 12

-acetila a h3 y h4
-recluta a p300/cbp y PCAF

Question 13

fosforilacion de histonas

Answer 13

• promueve la expresion genica abriendo la estructura de la cromatina al añadir carga negativa
• en residuos de ser y treonina medianada por cinsas y eliminada por fosfatasas

Question 14

remodelacion de la cromatina

Answer 14

proceso general de induccion de cambios en la estructura de la cromatina

-modelo de pre-vaciado
-modelo dinamico
-complejos remodeladores

Question 15

cromatina

Answer 15

sustancia que forma los cromosomas y consiste en la combinacion de adn con proteinas

Question 16

modelo prevaciado

Answer 16

-las histonas y los factores de transcripcion compiten por el dna y una vez que uno de ellos tome posesion, no puede ser desplazado
-ej. histonas vs tfiiid o tfiiia (transcripcion de rRNA 5s)

-los promotores libres durante la replicacion deben mantenerse ocupados por los factores de transcripcion evitando la llegada de histonas

-importante para estableer in vitro que hay una competencia mas que demostrar que efectivamente se utiliza in vivo

Question 17

modelo dinamino

Answer 17

-existencia de factores de transcripcion que utilizan la energia proporcionada por el atp para desplazar nucleosomas

-gran numero de contactos pro-pro y pro-dna que deben ser interrumpidos para liberar histonas de la cromatina hace improbable que las histonas libres esten en equilibrio espontaneo con los octameros

-ej. factor de transcripcion gaga en el promotor de hsp de drosophila puede romper el cromosoma y relocalizarlo

Question 18

la cromatina no solo empaqueta o inactiva

Answer 18

-algunos factores de transcripcion no pueden unirse al dna lineal pero si sobre el nucleosoma

-provocan rearreglos posteriores mediante interacciones con las histonas que resultan necesarias para la activacion transcripcional

-ej. receptores de hormonas esteroideas

Question 19

complejos remodeladores de la cromatina

Answer 19

-tienen actividad atp asa
-permiten que activadores transcripcionales tengan acceso a sitios diana
-algunos poseen tafs
-provocan:
+cambio conformacional del dna en la superficie del octamero
+que los nucleosomas cambien su posicion(deslizamiento)
+cambio en la composicion de histonas del octamero
+perdida parcial (h2a-h2b) o total del octamero

-ej. complejo SWI/SNF

Question 20

organizacion espacial de la cromatina

Answer 20

-la organizacion de los 46 cromosomas interfascicos humanos en el nucleo no es al azar sino que ocupan zonas especificas conocidas como territorios cromosomicos

-en general los cromosomas homologos no colocalizan

Question 21

regiones ricas en genes del genoma humano

Answer 21

-regiones ricas en genes hacia el centro del nucleo
-la heterocromatina esta estrechamente asociada a la lamina nuclear
-ej. posibilidad de utilizar la conformacion de la cromatina para clasificar subtipo de leucemia

Question 22

la posicion de un gen cambia en fx de su tasa de transcripcion

Answer 22

-la region de un cromosoma adyacente a un gen altamente activo transcripcionalmente abandona el territorio cromosomal cuando el gen se transcribe

-genes menos activos transcripcionalmente se mantienen dentro del territorio cromosomal cuando se transcriben

-facilitaria el acceso a las as de 100 proteinas de la maquinaria transcripcional

Question 23

metilacion de dna

Answer 23

-reaccion catalizada por la dna metiltransferasa (DNMT) asociada con la ausencia de transcripcion
-posicion 5 de la citosina (4% del genoma)
-puede dar lugar a diferencias en la expresion de los alelos maternos y paternos, tejido especificas o en el cromosoma X silente
-ej. en adenocarcinoma pulmonar asociado al tabaco existen dif significativas en la metilacion de islas CpG

Question 24

hipometilacion

Answer 24

necesaria pero no suficiente para transcripcion activa

Question 25

hipermetilacion

Answer 25

recluta represores transcripcionales (mecp1. mecp2, histona desacetilada)

Question 26

islotes CPG (5’ m CPG 3’-3’GpCm 5’)

Answer 26

-secuencia dinucleotidica CG especialmente abundantes en regiones promotoras
-500pb con un porcentaje GC de 60%
-20000 en el genoma humano
-sin metilar o hipometilados en genes de transcripcion activa
(metilacion/hipermetilacion- no expresion

Question 27

-los nucleosomas en islotes CpG hipometilados tienen…

Answer 27

un contenido reducido de histona H1(empaquetamiento ligero) e histonas acetiladas

Question 28

en los genes cuyos islotes CpG no estan metilados…

Answer 28

la transcripcion de inicia libremente en presencia de los factores de transcripcion adecuados

Question 29

algunos factores de transcripcion no se une al dna cuando esta metilado…

Answer 29

el gen no se transcribe, esto podria deberse a una transicion a la conformacion Z del DNA, que parece estar favorecido en secuencias ricas en CG

Question 30

el dna metilado es reconocido por proteinas como MeCP1 y MeCP2, que impiden…

Answer 30

la union de los factores de transcripcion o bien bloquen el avance de la rna polimerasa: el gen no se transcribe

Question 31

DNA con patron de metilacion de los padres
desmetilacion global
desmetilasa

Answer 31

-es una fase muy precoz de la embriogenesis, cuando las celulas no estan aun diferenciadas se elimina completamente del DNA el patron de metilacion heredado de los gametos progenitores

Question 32

DNA hipometilado
metilacion de novo
metilasa

Answer 32

-coinicidiendo con la formacion de los distintos tipos celulares (que se organizan) en tejido diferenciados, p, ej, un embrion humano de 8 semanas, se incorpora al dna un paton especifico de sitios metilados, propio ya del embrion pero diferente en cada tejido

Question 33

dna con patron de metilacion propio del embrion
metilacion de mantenimiento
metilasa

Answer 33

tras cada ronda de replicacion, se produce fielmente en las hebras nuevas de dna el esquema de metilacion presente en las hebras progenitoras que actuan de molde, de esta forma este patron se conserva en todas las celulas hijas de un tipo determinado