Investigación en la regulación de la expresión génica

Question 1

microarreglos de DNA

Answer 1

-permite identificar redes complejas de regulación génica
-comprensión de la biología del organismo a nivel de su genoma
-laminilla en donse se inmovilizan las sondas especificas que reconoceran cada uno de los transcritos de un genoma
-sondas isoterminas de hasta 60 nt(affymetrix, agilent technologies, applied microarrays)

Question 2

sondas

Answer 2

-se diseñan un determinado numero de sondas especificas para cada uno de los transcritos

Question 3

bases de datos para el diseño de las sondas del microarreglo de expresion

Answer 3

-secuencia completa del genoma del organismo
-librerias de cDNA normalizadas (EST)

Question 4

secuencia completa del genoma del organismo

Answer 4

ej. proyecto genoma humano

Question 5

librerias de cDNA normalizadas (est)

Answer 5

-representacion de todo el conjunto de DNA complementario al mRNA
-pretende ser la representacion de todos los posibles transcritos que se generan en cualquier momento en dicho organismo bajo diferentes condiciones y etapas de vida
-cuando no se cuenta con la secuenciacion completa del genoma

Question 6

procesamiento del microarrelglo

Answer 6

1. extraccion de RNA de alta calidad A260/A280 +1.8 y una concentracion de 0.1 a 1.0 ug/ul
2. preparacion y marcaje de la muestra
   +muestras amplificadas
   -ampliacion del cRNA

+muestras no amplificadas, sinteisis de cDNA
-oligo dT
*RNA eucarionte tiene tallo de poliA en 3’
-random primer (hexamero al azar)
*procariotas (necesario)
*eucariotas (opcional)

3. hibridacion
4. escaneo

Question 7

pasos

Answer 7

1.sintesis de la 1a cadena de cDNA

2. sintesis de la 2a cadena de cDNA y degradacion del RNA

3.amplificacion del cRNA, purificacion y cuantificacion

4. 2° ciclo de sintesis de ss-cDNA
5. eliminacion del molde de RNA
6. purificacion y ciantificacion del ss-cDNA

7.fragmentacion
UDG. uracil DNA glicosilada
APE1
Endonucleasa de AP

8. Marcaje con biotina
   tdt. terminal deoxinucleotidil transferasa

Question 8

sintesis de cDNA

Answer 8

-una hebra de DNA se secuencia totalmente complementaria al mRNA a partir del cual se ha sintetizado

Question 9

histograma global de datos crudos

Answer 9

-el supuesto fundamental del analisis con microarreglos de expresion es que la mayoria de genes en un organismo no cambian su nivel de expresion independientemente del estado en el cual se encuentra dicho organismo

Question 10

nivel de expresion

Answer 10

el numero de transcritos especificos que se detectan en determinado momento en una condicion particular

Question 11

nivel de regulacion

Answer 11

al comparar 2 condiciones particulares arroja el cambio en la expresion de ese gen debida al tratamiento especifico