Kolokwium II - techniki biologii molekularnej

Question 1

Jakie narzędzia stosujemy w inżynierii genetycznej?

Answer 1

• enzymy restrykcyjne

- odwrotna transkryptaza

Question 2

Jaką funkcję pełnią bakteryjne endonukleazy restrykcyjne?

Answer 2

trawią DNA bakeriofagów

Question 3

Jakie enzymy zabezpieczają bakteryjne DNA?

Answer 3

enzymy metylujące

Question 4

Co to jest sekwencja palindromowa?

Answer 4

sekwencja, która odczytywana w tym samym kierunku (np. 5’→3’) na obu niciach jest taka sama

Question 5

Z ilu nukleotydów składa się sonda?

Answer 5

około 20 nukleotydów

Question 6

Jaką sekwencję ma sonda?

Answer 6

komplementarną do sekwencji, którą poszukujemy

Question 7

W jaki sposób odbywa się analiza fragmentów restrykcyjnych metodą Southern blot?

Answer 7

1. elektroforeza w żelu agarozowym
2. denaturacja i przeniesienie na papier nitrocelulozowy
3. hybrydyzacja z wyznakowaną sondą
4. naświetlanie błony radiograficznej

Question 8

Czym może być znakowana sonda?

Answer 8

radioaktywnym pierwiastkiem

Question 9

W jakiej formie jest DNA na papierze nitrocelulozowym?

Answer 9

dwóch pojedynczych nici

Question 10

Co to jest RFLP?

Answer 10

polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych

Question 11

Gdzie możemy wykorzystać RFLP?

Answer 11

w diagnostyce chorób związanych z mutacją

Question 12

Jak nazywa się DNA powstające dzięki aktywności odwrotnej transkryptazy?

Answer 12

cDNA

Question 13

Co jest bardziej stabilne: mRNA czy cDNA?

Answer 13

cDNA

Question 14

Na jakiej matrycy powstaje cDNA?

Answer 14

na matrycy mRNA

Question 15

cDNA jest dwu- czy jednoniciowe?

Answer 15

dwuniciowe

Question 16

Czym różni się cDNA od genomowego DNA?

Answer 16

nie posiada intronów

Question 17

Czy inne typy RNA poza mRNA mogą być tłumaczone na cDNA?

Answer 17

nie

Question 18

Dlaczego tylko mRNA może być matrycą dla cDNA?

Answer 18

startery oligo-dT są komplementarne do ogona poli-A

Question 19

Jakie działanie ma RNaza (element odwrotnej transkryptazy)?

Answer 19

degraduje częściowo mRNA

Question 20

Do czego wykorzystywane są resztki mRNA podczas odwrotnej transkrypcji?

Answer 20

jako startery dla polimerazy DNA

Question 21

W jakim celu tworzymy biblioteki cDNA?

Answer 21

pozwalają na analizę profilu ekspresji genów w danej tkance

Question 22

Co może służyć jako wektory?

Answer 22

• plazmidy
• bakteriofagi
• kosmidy
• sztuczne chromosomy (bakteryjne i grzybicze)

Question 23

Jakimi metodami możemy powielić wybrany fragment DNA?

Answer 23

klonowalnie lub PCR

Question 24

Na czym polega klonowanie genów?

Answer 24

na łączeniu fragmentów materiału genetycznego z wektorem molekularnym i namnażaniu ich w innym organizmie

Question 25

Jakie ludzkie geny możemy namnażać w bakteriach?

Answer 25

- czynniki krzepnięcia - czynniki przeciwzakrzepowe - hormony - interferony i interleukiny - szczepionki

Question 26

Jakie hormony możemy otrzymywać metodą klonowania?

Answer 26

insulinę, hormony wzrostu czy erytropoetynę

Question 27

Co to jest PCR?

Answer 27

reakcja łańcuchowa polimerazy = szybka i wydajna metoda powielania wybranych fragmentów materiału genetycznego

Question 28

Co musimy znać by powielić wybrany rejon metodą PCR?

Answer 28

sekwencje otaczające powielany rejon

Question 29

Co umożliwia PCR?

Answer 29

- wykrywać obecność genów - analizować ekspresję genów - diagnozować choroby genetyczne - powielać materiał do dalszych analiz - diagnozować choroby zakaźne

Question 30

Jakie wyróżniamy etapy PCR i w jakich warunkach one zachodzą?

Answer 30

1. rozdzielanie nici i dodanie nadmiaru primerów (95°C) 2. ochłodzenie (65°C) i hybrydyzacja primerów 3. elongacja (58-72°C)

Question 31

Jak wzrasta ilość otrzymywanych cząsteczek DNA w metodzie PCR?

Answer 31

logarytmiczne (2^n)

Question 32

Ile cykli przeprowadza się w metodzie PCR?

Answer 32

20-40 cykli

Question 33

Jakie wyróżniamy odmiany metody PCR?

Answer 33

- RT-PCR - multiplex-PCR - Real time-PCR

Question 34

Na czym polega RT-PCR?

Answer 34

matrycą jest cDNA powstałe na drodze odwrotnej transkrypcji

Question 35

Co umożliwia Real time-PCR?

Answer 35

pozwala na bezpośredni pomiar ilości powstających produktów i daje informację dotyczącą ilości cząsteczek matrycowych w materiale wyjściowym