Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biochemia > Kolokwium II - organizacja DNA > Flashcards

Kolokwium II - organizacja DNA Flashcards

1
Q

Jaki jest wagowy stosunek zawartości histonów do dwuniciowych cząsteczek DNA w chromatynie?

A

prawie taki sam

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Czym są białka niehistonowe wchodzące w skład chromatyny?

A

enzymy biorące udział w replikacji DNA i procesie transkrypcji

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Z czego składa się chromatyna?

A
  • histony
  • białka histonowe
  • białka niehistonowe
  • niewielka ilość RNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Jak wygląda chromatyna pod mikroskopem?

A

nukleosomy powiązane pasmami DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Co to jest nukleosom?

A

DNA owinięte wokół skupiska cząsteczek histonów

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Które histony są najsłabiej związane z chromatyną?

A

H1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

W jaki sposób możemy usunąć histony H1 z chromatyny?

A

(łatwo) stosując roztwór soli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Co się dzieje z chromatyną po usunięciu histonów H1?

A

chromatyna staje się rozpuszczalna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Jakie rodzaje histonów zawiera rdzeń nukleosomu?

A

H2A, H2B, H3 i H4

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Czym charakteryzuje 1/3 końca N histonów?

A

większość aminokwasów jest zasadowa

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Jakim rodzajom kowalencyjnych modyfikacji ulegają histony rdzenia nukleosomu?

A
  • acetylacji
  • metylacji
  • fosforylacji
  • ADP-rybozylacji
  • monoubikwitylacji
  • sumoilacji
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Co to jest SUMO?

A

small ubiquitin-related modifier = mały modyfikator związany z ubikityną

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Jak oddziaływają ze sobą histony rdzenia?

A
  • H2A i H2B tworzą dimery

- H3 i H4 tworzą tetramer (zawierający po dwie cząsteczki kazdego z nich)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

W jaki sposób DNA jest nawinięty w nukleosomie?

A

jak lewoskrętna helisa

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Jaki kształt przypomina histonowy rdzeń?

A

dysk

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Na jakiej powierzchni histony oddziałują z DNA?

A

na wewnętrznej powierzchni superzwoju

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Jaka część histonów wystaje poza superzwój?

A

końce aminowe (mogą ulegać modyfikacjom)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Która składowa nukleosomu odgrywa kluczową rolę w tworzeniu tej struktury?

A

tetramer (H3/H4)2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Co tetramer (43/H4)2 narzuca DNA?

A

właściwości podobne do tych, jakie ma cały nukleosom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Ile par zasad jest nawiniętych na histonowy rdzeń?

A

146 = 1,75 superhelikalnego zwoju

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Jakie znaczenie dla DNA ma ciągłe stykanie się z oktamerem histonowym?

A

DNA jest w ten sposób chronione przed trawieniem nukleazą

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Jakie znaczenie mają dimery H2A-H2B dla cząsteczki nukleosomu?

A

stabilizują cząsteczkę i wiążą silnie dwa dodatkowe półskręty DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Co to jest fazowanie?

A

preferencja nukleosomów do pewnych regionów na specyficznych cząsteczkach DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Jaką średnicę ma struktura nukleosomu?

A

10 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Jaką wysokość ma struktura nukleosomu?

A

5 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Jaką grubość ma włókienko chromatynowe?

A

10 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Jaką grubość ma włókno chromatynowe?

A

30 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Ile par zasad dzieli nukleosomy w strukturze włókienka chromatynowego?

A

30 pz

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Ile nukleosomów przypada na jeden skręt we włóknie chromatynowym?

A

6-7

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Jaką strukturę stabilizują histony H1?

A

włókno chromatynowe

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

W jakie struktury są upakowane nici chromatyny w chromosomie interfazowym?

A

w pętle lub domeny

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Jak wpływa stopień kondensacji chromatyny na dostępność DNA?

A

im bardziej upakowana chromatyna tym DNA jest mniej dostępne (=unieczynnione transkrypcyjnie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Czemu odpowiada każda wypętlona domena chromatyny?

A

oddzielnej funkcji genetycznej

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

Czym się różnią odcinki chromatyny aktywnej transkrypcyjnie od odcinków chromatyny nieaktywnej transkrypcyjnie?

A
  • struktura nukleosomowa jest zmieniona lub (w bardzo aktywnych regionach) nie występuje
  • zawiera obszerne regiony wrażliwe na trawienie nukleazą
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Czym są nadwrażliwe miejsca w obrębie regionów aktywnych transkrypcyjnie chromatyny?

A

krótkie odcinki (100-300 nukleotydów) wykazujących zwiększoną wrażliwość na DNazę-I

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

Gdzie w chromatynie występują krótkie miejsca nadwrażliwe?

A

bezpośrednio przed aktywnym genem

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Co to jest heterochromatyna?

A

chromatyna nieaktywna transkrypcyjnie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Jakie upakowanie wykazuje heterochromatyna?

A

gęste

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Co to jest euchromatyna?

A

chromatyna aktywna transkrypcyjnie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

Jakie upakowanie wykazuje euchromatyna?

A

mniejsze niż heterochromatyna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

Jakie wyróżniamy typy heterochromatyny?

A
  • konstytutywna

- fakultatywna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

Czym charakteryzuje się heterochromatyna konstytutywna?

A

jest zawsze upakowana = zawsze nieaktywna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

Gdzie w obrębie chromosomu znajdujemy heterochromatynę konstytutywną?

A

w pobliżu centromeru i w telomerach

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

Czym charakteryzuje się heterochromatyna fakultatywna?

A

niekiedy jest skondensowana, a niekiedy ma wygląd euchromatyny i jest aktywnie przepisywana

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

Z czego składa się chromosom?

A

z dwóch siostrzanych chromatyd połączonych w centromerze

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

Gdzie jest zlokalizowany centromer w chromosomie?

A

w każdym chromosomie ma swoje charakterystyczne położenie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

W jakie pary zasad bogaty jest centromer?

A

w pary A-T

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

Jaką funkcję w chromosomie pełni kinetochor?

A

jest miejscem zakotwiczenia wrzecion mitotycznych

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

W jakie pary zasad bogaty jest telomer?

A

w pary T-G

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

Jaka sekwencja jest powtarzana w obrębie ludzkiego telomeru?

A

5’-TTAGGG-3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

Jaką funkcję pełni telomeraza?

A

odpowiada za syntezę telomerów

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

Za co jest odpowiedzialne skracanie się telomerów?

A

za transformację nowotworową i starzenie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

Z czego składa się telomeraza?

A

z wielu podjednostej i RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

Jaką aktywność transkrypcyjną wykazuje chromosom metafazowy?

A

prawie zawsze żadną

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

Co to jest hnRNA?

A

heterogenny jądrowy RNA = pierwotny transkrypt DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

Czym są introny?

A

niekodujące regiony DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

Czym są eksony?

A

kodujące regiony DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
58
Q

Co jest dłuższe: introny czy eksony?

A

introny są znacznie dłuższe niż eksony

59
Q

Z jakich klas sekwencji składa się DNA?

A
  • unikatowych = niepowtarzalnych

- powtarzalnych

60
Q

Co zawierają unikatowe sekwencje DNA?

A

pojedyncze kopie genów kodujących białka

61
Q

Jak mogą być sklasyfikowane sekwencje DNA powtarzające się?

A
  • umiarkowanie często powtarzające się

- często powtarzające się

62
Q

Gdzie są zlokalizowane w obrębie chromosomu sekwencje często powtarzające się?

A

w obrębie centromeru i telomerów (=heterochromatyna)

63
Q

Jaką funkcję pełnią sekwencje niekodujące?

A

mogą odgrywać rolę strukturalną

64
Q

Gdzie są zlokalizowane w obrębie chromosomu sekwencje umiarkowanie często powtarzające się?

A

rozproszone pomiędzy sekwencjami unikatowymi

65
Q

Jak dzielimy umiarkowanie często powtarzające się sekwencje DNA?

A
  • LINE = długie rozproszone sekwencje powtarzalne

- SINE = krótkie rozproszone sekwencje powtarzalne

66
Q

Co to jest retropozon?

A

sekwencja, która powstała w wyniku przemieszczenia z jednego miejsca do drugiego

67
Q

W jaki sposób powstają LINE i SINE?

A

za pośrednictwem RNA, wskutek działania odwrotnej transkryptazy

68
Q

Jaki rodzaj sekwencji SINE występuje w genomie ludzkim?

A

rodzina Alu

69
Q

Ile procent ludzkiego genomu stanowi SINE?

A

3-6%

70
Q

Z ilu par zasad składają się sekwencje powtarzalne?

A

2-5

71
Q

Ile razy jest powtórzona sekwencja kilku par zasad w sekwencji powtarzalnej?

A

do 50 razy

72
Q

Jakie są najczęściej znajdywane sekwencje mikrosatelitarne?

A

dwunukleotydowe powtórzenia AC (a na drugiej nici TG)

73
Q

Co to jest polimorfizm mikrosatelitarny?

A

heterozyhotyczność jakiejś powtarzającej się sekwencji u danego osobnika

74
Q

Do czego może prowadzić wzrost liczby sekwencji trinukleotydowych?

A

może być przyczyną choroby

75
Q

Co to jest niestabilność sekwencji mikrosatelitarnych?

A

wzrost liczny sekwencji trinukleotydowcych

76
Q

Z jakimi chorobami i wzrost jakich sekwencji wiąże się niestabilność sekwencji mikrosatelitarnych?

A
  • zespół łamliwego chromosomu X (CGG)
  • pląsawica Huntingtona (CAG)
  • dystrofia miotoniczna (CTG)
  • atrofia mieśniowa rdzeniowo-opuszkowa (CAG)
  • choroba Kennedy’ego (CAG)
77
Q

Co to jest rekommbinacja?

A

wymiana informacji genetycznej między podobnymi lub homologicznymi chromosomami

78
Q

Co to jest pseudogen?

A

nieaktywny segment DNA powstały wskutek mutacji miejsca aktywnego genu macierzystego

79
Q

Z ilu nukleotydów składają się cząsteczki interferującego RNA?

A

24-25

80
Q

Jaką funkcję pełni siRNA?

A

łączy się z mRNA i niszczy zawartą w nim informację genetyczną jeszcze zanim trafi ona do rybosomów

81
Q

Jaką funkcję (poza strukturalną dla kwasów nukleinowych) pełnią nukleotydy?

A
  • wchodzą w skład koenzymów (NAD+, FAD)
  • stanowią efektory allosteryczne reakcji enzymatycznych (ATP, CTP)
  • aktywują metabolity (UDPG)
  • stanowią podstawową formę magazynowania energii (ATP)
  • pośredniczą w procesach przekazywania sygnałów między komórkami (cAMP, cGMP)
82
Q

Jaka wolna grupa znajduje się na końcu 5’ łańcucha polinukleotydowego?

A

grupa fosforanowa

83
Q

Jaka wolna grupa znajduje się na końcu 3’ łańcucha polinukleotydowego?

A

-OH

84
Q

W jakim kierunku zachodzi synteza łańcucha polinukleotydowego?

A

ZAWSZE! 5’→3’

85
Q

Jaki enzym odpowiada za syntezę łańcucha polinukleotydowego w DNA?

A

polimeraza DNA

86
Q

Na jaki proces i w jaki sposób wpływa pirofosforan?

A

hamuje proces mineralizacji

87
Q

Nukleozasady są hydrofilowe czy hydrofobowe?

A

hydrofobowe

88
Q

Ile wynosi czas połowicznej hydrolizy wiązań fosfodiestrowych w DNA?

A

200 milionów lat

89
Q

Jakie wyróżniamy rodzaje nukleaz?

A

egzonukleazy (3’→5’ i 5’→3’) oraz endonukleazy

90
Q

O czym mówią reguły Chargaffa?

A

A=T i C=G oraz A+G=T+C

91
Q

Szkielet cukrowo-fosforanowy DNA jest hydrofilowy czy hydrofobowy?

A

hydrofilowy

92
Q

Pod jakim kątem względem siebie są skręcone zasady w podwójnej helisie DNA?

A

36°

93
Q

Ile wynosi średnica helisy DNA?

A

2nm

94
Q

Jaką długość mają rowki helisy DNA?

A

duży ok. 2,2nm

mały ok. 1,2nm

95
Q

Co jest eksponowane w rowku dużym helisy DNA?

A

zawsze N-7 puryn

96
Q

Czemu służy ekspozycja N-7 puryn w rowku dużym?

A

N-7 puryn może tworzyć wiązania wodorowe z donorowymi grupami białek

97
Q

Czy cała długość helisy DNA ma strukturę B-DNA?

A

mogą występować krótkie odcinki Z-DNA

98
Q

Ile wynosi okres powtarzalności B-DNA?

A

3,4nm

99
Q

Ile par zasad przypada na jeden skok w B-DNA?

A

10 pz

100
Q

Czym różni się cząsteczka cukru nukelozasady w B-DNA i A-DNA?

A

konformacją

101
Q

Która forma nukleozydów jest dominująca: syn czy anty?

A

anty

102
Q

Gdzie mamy do czynienia z konformacją syn nukleozydów?

A

w przypadku guaniny w Z-DNA

103
Q

Jaką średnicę ma Z-DNA?

A

2nm

104
Q

Z-DNA jest prawo- czy lewoskrętne?

A

lewoskrętne

105
Q

Ile par zasad przypada na jeden skok w Z-DNA?

A

12 pz

106
Q

Ile wynosi okres powtarzalności w Z-DNA?

A

3,7-4,5 nm

107
Q

Gdzie ma znaczenie Z-DNA?

A

w regulacji ekspresji genów

108
Q

Jaką siłę mają wiązania stabilizujące podwójną helisę DNA?

A

są stosunkowo słabe, ale sumują się

109
Q

Jakie oddziaływania stabilizują podwójną helisę DNA?

A
  • wiązania wodorowe

- oddziaływania warstwowe pomiędzy płaszczyznami zasad

110
Q

Jaką funkcję w stabilizacji DNA pełnią wiązania wodorowe?

A

sklejają razem dwie nici DNA

111
Q

Jakie oddziaływania odgrywają rolę pomiędzy płaszczyznami zasad w DNA?

A

kombinacja odziaływań hydrofobowych i sił van der Waals’a

112
Q

W jakie aminokwasy są bogate białka histonowe?

A

lizynę i argininę

113
Q

Jakie wiązania stabilizują strukturę oktameru histonowego połączonego z DNA?

A

wiązania jonowe

114
Q

W jaki sposób można rozluźnić wiązania jonowe pomiędzy histonami a DNA?

A

zmianą ładunku (łatwiej zmienić ładunek w histonach)

115
Q

W jaki sposób najczęściej doprowadza się do zmiany ładunku w histonach?

A

acetylacją lizyny

116
Q

Jak wygląda reszta acetylowa?

A

-COCH3

117
Q

Co to jest deacetylacja?

A

usuwanie reszt acetylowych

118
Q

Co to jest HDAC?

A

histonowa deacetylaza

119
Q

Co to jest HAT?

A

histonowa acetylotransferaza

120
Q

W regulacji jakich procesów uczestniczy HDAC?

A
  • transkrypcji
  • ekspresji genów
  • składania genów
  • różnicowania i regulacji cyklu komórkowego
121
Q

Skondensowana chromatyna jest zacetylowana czy zdeacetylowana?

A

zdeacetylowana

122
Q

W leczeniu jakiego schorzenia jest stosowany kwas waiproinowy?

A

padaczki

123
Q

Czym są sirtuiny i w jaki sposób działają?

A

enzymy długowieczności, działające przez regulację transkrypcji i utrzymywanie stabilności genomu

124
Q

Do jakiej grupy deacetylaz należą sirtuiny?

A

NAD+-zależnych

125
Q

Czego składnikiem jest resveratrol?

A

czerwonego wina

126
Q

W jaki sposób wpływa resveratrol na myszy labolatoryjne?

A

wpływa na poprawę zdrowia i długość życia, aktywuje sirtuiny

127
Q

Ile razy jest skrócone B-DNA w włóknie solenodiu?

A

40-krotnie

128
Q

W jakiej fazie jest chromatyna zwinięta we włókno solenoidu?

A

w czasie interfazy

129
Q

Jaka masa histonów jest obecna w DNA?

A

zawsze w równowagowej ilości z DNA

130
Q

Jaka masa białek niehistonowych jest obecna w DNA?

A

0,05 do 1 g / g DNA

131
Q

Jakie białka stanowią bałka niehistonowe DNA?

A

enzymy jądrowe, receptory hormonów, białka regulatorowe

132
Q

Co to jest gen strukturalny?

A

fragment DNA zawierający informację niezbędną do syntezy biologicznie funkcjonalnego produktu (białko lub RNA)

133
Q

Ile procent genomu ludzkiego koduje białka?

A

około 3% (zmienne)

134
Q

W jakim celu istnieją tandemowo powtarzające się geny?

A

dla białek lub cząsteczek RNA potrzebnych nagle w dużej ilości w komórce

135
Q

Co to jest tandem?

A

liczne kopie tej samej sekwencji, które leżą przylegle jedna do drugiej

136
Q

Ile par zasad tworzy powtarzalną sekwencję w wysoko powtarzalnej sekwencji?

A

< 10 pz

137
Q

Dla kogo Alu sekwencja jest charakterystyczna?

A

dla naczelnych

138
Q

Jaki enzym rozpoznaje Alu sekwencję?

A

Alu restryktaza

139
Q

Jakie wyróżniamy rodzaje tandemowych sekwencj powtarzających się?

A

mikro- i minisatelity

140
Q

Z ilu nukleotydów składają się sekwencje mikrosatelitarne?

A

< 13 pz

141
Q

Z ilu nukleotydów składają się sekwencje minisatelitarne?

A

10-100 pz

142
Q

Ile razy powtarzana jest sekwencja w przypadku mikrosatelitów?

A

5-100 razy

143
Q

Ile razy powtarzana jest sekwencja w przypadku minisatelitów?

A

wielokrotnie zablokowane kopie

144
Q

W obrębie sekwencji kodujących czy niekodujących pojawiają się sekwencje Alu?

A

niekodujących

Biochemia (35 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions