Kolokwium I - aminokwasy i peptydy Flashcards
Co to są peptydy?
krótkie polikondensaty aminokwasów
Jakie peptydy pełnią funkcję antybiotyków?
bacytracyna i gramicydyna A
Jakie peptydy spełniają funkcję przeciwnowotworową?
bleomycyna
Jakie peptydy cyjanobakterii są toksyczne?
mikrocystyna i nodularyna
Jakie efekty wywołują mikrocystyna i nodularyna?
w małych dawkach wywołują powstanie nowotworów wątroby
w dużych dawkach prowadzą do śmierci
Ile aminokwasów jest w stanie syntetyzować organizm zwierzęcy?
10 z 20
W jakich ilościach dla dziecka i dla dorosłego organizm syntetyzuje aminokwasy biogenne?
- dla dziecka: dla podtrzymania wzrostu
- dla dorosłego: dla utrzymania zdrowia
Do czego prowadzi modyfikacja aminokwasów?
poszerzenia biologicznej różnorodności białek
Co może powodować obecność zmodyfikowanych aminokwasów w białku?
- zmianę rozpuszczalności
- zmianę stabilności
- zmianę oddziaływań z innymi białkami
Jakim modyfikacją mogą ulegać aminokwasy?
- metylacja
- formylacja
- acetylacja
- prenylacja
- fosforylacja
Jak nazywa się 21. aminokwas i czym różni się on od pozostałych?
selenocysteina, nie jest określona przez trzyliterowy kodon
Do jakiego aminokwasu jest podobna selenocysteina i czym się od niego różni?
do cysteiny, zamiast atomu siarki ma atom selenu
Jaką nazwę noszą wolne L-α-aminokwasy, które biorą udział w syntezie mocznika?
ornityna, cytrulina i argininobursztynian
W jakim procesie w tarczycy bierze udział tyrozyna?
w tworzeniu hormonów tarczycy
Jaki aminokwas bierze udział w biosyntezie neurotransmiterów?
glutaminian
Jakie D-aminokwasy występują w tkance mózgowej?
D-seryna i D-asparaginian
Jakie D-aminokwasy występują w ścianach komórkowych bakterii?
D-alanina i D-glutaminian
Co jest mocniejszym kwasem R-COOH czy R-NH3+?
R-COOH
W jakiej formie grupy karboksylowe występują w fizjologicznym pH?
R-COO-
W jakiej formie grupy aminowe występują w fizjologicznym pH?
R-NH3+
Czym są jony obojnacze?
cząsteczki, które zawierają jednakowe liczby zjonizowanych grup o przeciwnym ładunku (nie są obdarzone wypadkowym ładunkiem)
Co ułatwia zmiana ładunku aminokwasów i ich pochodnych przez zmianę pH?
fizyczny rozdział aminokwasów, peptydów i białek
Co to jest forma izoelektryczna?
forma cząsteczki zawierająca jednakowe liczby dodatnich i ujemnych ładunków = jest elektrycznie obojętna
Co to jest punkt izoelektryczny (pI)?
wartość pH równa średniej arytmetycznej wartości pKa form znajdujących się po obu stronach formy izoelektrycznej
Jaką formę grup aminokwasów faworyzuje środowisko polarne?
formę naładowaną (R-COO- i R-NH3+)
Jaką formę grup aminokwasów faworyzuje środowisko niepolarne?
formę nienaładowaną (R-COOH i R-NH2)
W jaki sposób środowisko polarne wpływa na grupy aminokwasów i jaki to ma efekt w ich kwasowości?
- podnosi wartość pKa grupy karboksylowej (słabszy kwas)
- obniża wartość pKa grupy aminowej (mocniejszy kwas)
Od czego zależy pKa grupy funkcyjnej?
od lokalizacji w cząsteczce danego białka
Dla jakich struktur charakterystyczne jest odbieganie pKa nawet o 3 jednostki od “wartości typowych”?
dla centrów aktywnych enzymów
W jakich rozpuszczalnikach rozpuszczają się aminokwasy? podaj przykład
w rozpuszczalnikach polarnych : woda, etanol
Podaj przykład rozpuszczalników niepolarnych:
benzen, heksan, eter
Co powoduje, że aminokwasy z łatwością rozpuszczają się w rozpuszczalnikach polarnych?
obecność naładowanych grup funkcyjnych
Jaką barwę mają aminokwasy?
są bezbarwne
Dlaczego aminokwasy są bezbarwne?
nie absorbują światła widzialnego
Jakie aminokwasy absorbują światło ultrafioletowe?
tyrozyna, fenyloalanina, a w szczególności tryptofan
Co określa właściwości aminokwasów?
grupy R przy atomie węgla α
Jaki jest najmniejszy aminokwas?
glicyna
Gdzie najczęściej występuje glicyna i z jakiego powodu?
z powodu małych rozmiarów, może się wpasować w miejsca niedostępne dla innych aminokwasów, dlatego występuje w obszarach gdzie peptydy ulegają silnemu zwinięciu
Jakie aminokwasy posiadają hydrofobowe grupy R?
alanina, walina, leucyna, izoleucyna
Gdzie głównie występują aminokwasy z hydrofobowymi grupami R?
wewnątrz białek cytozolowych
Gdzie głównie występują aminokwasy z aromatycznymi grupami R?
wewnątrz białek cytozolowych
Jakie aminowasy występują wewnątrz białek cytozolowych?
aminokwasy z hydrofobowymi grupami R i z aromatycznymi grupami R
Co to są mostki solne?
oddziaływanie jonowe, stabilizujące specyficzne konformacje białek pomiędzy naładowanymi grupami R aminokwasów zasadowych i kwasowych
Jaką funkcję pełnią aminokwasy kwasowe i zasadowe?
stabilizują specyficzne konformacje białek
W czym biorą udział mostki solne?
w układach “przekazywania ładunku” podczas katalizy enzymatycznej i transportu elektronów w łańcuchu oddechowym
Dlaczego histydyna odgrywa wyjątkową rolę w katalizie enzymatycznej?
wartość pKa jej grupy imidazolowej pozwala jej działać w obojętnym pH jako katalizator kwasowy lub zasadowy
Jakie grupy i których aminokwasów pełnią funcję czynników nukleofilnych podczas katalizy enzymatycznej?
- pierwszorzędowa grupa alkoholowa seryny
- pierwszorzędowa grupa tiolowa (-SH) cysteiny
W jakich reakcjach biorą udział grupy karboksylowe?
tworzenie estrów, amidów i bezwodników kwasowych
W jakich reakcjach biorą udział grupy aminowe?
acylacja, amidacja i estryfikacja
W jakich reakcjach biorą udział grupy hydroksylowe?
oksydacja i estryfikacja
W jakich reakcjach biorą udział grupy tiolowe?
oksydacja i estryfikacja
Jaka jest najważniejsza reakcja w której biorą udział aminokwasy?
tworzenie wiązania peptydowego
Jak wygląda wiązanie peptydowe?
-C(=O)-NH-
Skąd pochodzi ładunek elektryczny peptydów w fizjologicznym pH?
od ładunków grup końcowych (aminowej i karboksylowej) oraz zasadowych i kwaśnych grup R (jeżeli występują)
Od czego zależy wypadkowy ładunek peptydów?
od pH otaczającego środowiska i od pKa dysocjujących grup
Czy w peptydach wokół wiązania peptydowego zachodzi rotacja?
nie
Czy w peptydach w wiązaniach wokół węgla α zachodzi rotacja?
tak
Jak nazwiemy atomy wiązania peptydowego ze względu na brak rotacji?
koplanarne = współpłaszczyznowe
Wokół których wiązań zachodzi swobodna rotacja w łańcuchu peptydowym?
wokół wiązań łączących węgiel α z atomem grupy -NH i atomem węgla grupy karbonylowej
W jaki sposób można przeprowadzić hydrolizę wiązań peptydowych?
działając gorącym HCl
W jaki sposób należy przeprowadzić analizę składu aminokwasowego materiału biologicznego?
- hydroliza wiązań peptydowych
- traktowanie mieszaniny wolnych aminokwasów 6-aminocholino-N-hydroksybursztynyloimidokarbaminianem
- rozdzielenie i identyfikacja
Z którą grupą wolnych aminokwasów reaguje 6-aminocholino-N-bursztynyloimidokarbamin?
α-aminowymi
Co powstaje w wyniku reakcji grup α-aminowych wolnych aminokwasów z 6-aminocholino-N-bursztynyloimidokarbaminem?
fluorescensyjne pochodne
Za pomocą czego identyfikuje się fluorescencyjne pochodne wolnych aminokwasów?
za pomocą wysokociśnieniowej chromatografii cieczowej
Jaka substancja jest powszechnie stosowana do wykrywania aminokwasów?
ninhydryna
Jakie produkty i z jakimi aminokwasami tworzy ninhydryna?
- purpurowe produkty z α-aminokwasami
- żółte związki addycyjne z grupami iminolowymi proliny i hydroksyproliny
Pochodnymi którego końca aminokwasów są składowe łańcucha peptydowego?
pochodne C-końcowych reszt aminokwasowych
Od którego końca aminokwasów rozpoczyna się łańcuch aminokwasów?
N-końca
Co powoduje koplanarność atomów wiązania peptydowego?
ogranicza liczbę możliwych konformacji peptydu
Czym są iminy?
związki zawierające grupę iminową
Jak wygląda grupa iminowa?
C=N
Czym są zasady Schiffa?
trwała imina z aromatyczną lub sterycznie rozbudowaną grupą alkilową