Kolokwium II - replikacja DNA Flashcards
Jakie jest podstawowe zadanie replikacji?
dostarczenie potomstwu informacji genetycznej zawartej w cząsteczce macierzystej
Czym musi cechować się replikacja by utrzymać stabilność genetyczną w obrębie gatunków i organizmów?
musi być kompletna i wierna
Z jakich faz składa się cykl komórkowy?
M, G0, G1, S, G2
Które fazy cyklu komórkowego określane są jako interfaza?
G1, S i G2
Co się dzieje w fazie M cyklu komórkowego?
mitoza i początek cytokinezy
Co się dzieje w fazie G0 cyklu komórkowego?
faza “spoczynku” komórek zróżnicowanych
Co się dzieje w fazie G1 cyklu komórkowego?
zakończenie cytokinezy, wzrost, biosynteza RNA i białk
Co się dzieje w fazie S cyklu komórkowego?
replikacja DNA
Co się dzieje w fazie G2?
wzmożona synteza białek i przygotowanie się do poziału
Jaką funkcję pełnią topoizomerazy?
katalizują topologiczne zmiany DNA
Co się tworzy przed widełkami replikacyjnymi?
superzwoje
Jakie wyróżniamy typy topoizomeraz?
topoizomerazę I i topoizomerazę II
Jak działają topoizomerazy I?
przecinają jedną nić DNA i rozluźniają superzwinięty DNA
Jak działają topoizomerazy II?
przecinają obie nici DNA i tworzą w cząsteczce dwa ujemne superskręty czerpiąc energię z ATP
Ile opleceń nici niwelują topoizomerazy I?
1
Ile opleceń nici niwelują topoizomerazy II?
2
Jakie znamy inhibitory bakteryjnej gyrazy?
- nowobiocyna
- kwas nalidikowy
- cyprofloksacyna
Kiedy są stosowane inhibitory bakteryjnej gyrazy?
w leczeniu infekcji układu moczowego i innych infekcji
Jakie wyróżniamy inhibitory eukariotycznych topoizomeraz?
- doksorubicyna
- etopozyd
- chemoterapeutyki
W jakie pary nukleotydów są bogate sekwencje DNA w miejscach inicjacji replikacji?
A-T
Jakie białka uczestniczą w inicjacji replikacji?
DnaA, DnaB (helikaza), DnaG (prymaza), SSB
Jaką funkcję pełni SSB?
stabilizuje strukturę jednoniciową i zapobiega ponownemu łączeniu nici pojedynczych-
Jaką funkcję pełni prymaza?
rozpoczyna syntezę
Z jakich nici składają się widełki replikacyjne?
z nici wiodącej i opóźnionej
Jaka synteza zachodzi na nici wiodącej?
ciągła
Jaka synteza zachodzi na nici opóźnionej?
nieciągła
Czym są fragmenty Okazaki?
małe kawałki DNA na nici opóźnionej
Z ilu par zasad składają się fragmenty Okazaki?
100-1000 pz
W jakim kierunku nici DNA są wydłużane?
5’→3’
Co jest niezbędne do procesu replikacji DNA?
- matryca
- starter (primer)
- prekursory
- enzymy
Jaką funkcję pełni matryca w procesie replikacji DNA?
dostarcza informacji odnośnie sekwencji nukleotydów
Jaką funkcję pełni starter w procesie replikacji DNA?
dostarcza wolny koniec 3’-OH do którego dołączane są nukleotydy
Jakie enzymy są głównymi enzymami replikacji DNA?
polimerazy DNA
Czy do końca 5’ nici polinukleotydowej można dołączyć nowe nukleotydy?
NIE! nie da rady nie ma szans nawet nie próbuj nigdy w życiu
Jaką funkcję pełnią helikazy?
rozdzielają nici DNA
Jaką funkcję pełnią ligazy w procesie replikacji DNA
łączą fragmenty Okazaki
Co może być prekursorem do replikacji DNA?
dNTPs (5’-deoksynukleozydotrifosforan)
Czym jest i jaką funkcję pełni prymaza?
polimeraza RNA zależna od DNA syntetyzująca primer
Czym chemicznie jest primer?
oligorybonukleotyd
Jaką długość mają primery w komórkach eukariotycznych?
8-10 nukleotydów
Czego wymagają wszystkie polimerazy DNA?
matrycy i startera
Jaki enzym pełni funkcję korektorską dla polimerazy DNA?
3’→5’ egzonukleaza
Co to jest procesywność polimeraz DNA?
zdolność do katalizowania wielu kolejnych reakcji bez odłączania
Co jest podstawą wysokiej wierności procesu replikacji?
aktywność korektorska
Co to jest ligacja
spajanie pęknięć jednej nici w dwuniciowym DNA
Jaką funkcję pełni polimeraza I?
usuwa primery i uzupełnia fragmenty Okazaki, naprawia
Jaką funkcję pełni polimeraza III?
jest głównym enzymem relikacyjnym wydłużającym łańcuch
Jakie wyróżniamy eukariotyczne polimerazy DNA?
α, β, γ, δ i ε
Jaką funkcję pełni α polimeraza DNA?
udział w syntezie krótkich primerów (zawierających RNA i DNA) dla fragmentów Okazaki
Czy polimeraza α DNA wykazuje aktywność 3’egzonukleazową?
nie
Jaką funkcję pełni β polimeraza DNA?
naprawa przez wycinanie zasad
Jaką funkcję pełni γ polimeraza DNA?
replikacja mitochondrialnego DNA
Jaką funkcję pełni δ polimeraza DNA?
główna polimeraza replikująca wykazująca aktywność korektorską
Analogiem jakiej polimerazy prokariotycznej jest polimeraza δ DNA?
polimerazy III
Jaką funkcję pełni polimeraza ε DNA?
usuwa primery i bierze udział w naprawie
Analogiem jakiej polimerazy peokariotycznej jest ε polimeraza DNA?
polimerazy I
Jaką funkcje pełnią “klamry” w procesie replikacji DNA?
utrzymują białka na matrycach
Co to jest telomerowy DNA?
1000 lub więcej tandemowych powtórzeń krótkich bogatych w G sekwencji na 3’końcu każdego chromosomu
Do czego prowadzi spadek aktywności telomeraz w komórkach somatycznych organizmów wielokomórkowych?
do starzenia
Co się dzieje z telomerami przy każdorazowym podziale komórki?
skracają się
Jaki wpływ ma telomeraza na nieśmiertelność komórek nowotworowych?
zachowuje swoją aktywność
Co się dzieje z nukleotydami na końcu 5’ w każdej replikacji?
są tracone
Jakie wyróżniamy fazy replikacji DNA w komórkach eukariotycznych?
- identyfikacja miejsca początku replikacji
- rozplecenie (denaturacja) dsDNA w celu utworzenia matrycy ssDNA
- utworzenie widełek replikacyjnych
- inicjacja syntezy DNA i elongacja
- utworzenie “banieczek” replikacyjnych i ligacja zsyntetyzowanych fragmentów DNA
- odtworzenie struktury chromatynowej
Co to jest miejsce ori?
origin of replication = miejsce rozpoczęcia replikacji
Jakie komponenty procesu replikacji zbiegają się w miejscu powstania widełek replikacyjnych?
- helikaza DNA
- primaza
- polimeraza DNA
- SSB
Czy polimerazy DNA mogą inicjować syntezę DNA de novo?
nie, potrzebują startera
Co to jest primosom?
ruchliwy kompleks złożony z primazy i helikazy
Co określa procesywność polimerazy?
liczbę nukleotydów dodawanych do powstającego łańcucha przed odłączeniem polimerazy odmatrycy
Ile polimeraz jest potrzebnych do syntezy nowego DNA na nici wiodącej i opóźnionej w jednym czasie?
jeden
W której fazie cyklu komórkowego zachodzi biosynteza DNA?
faza S
W jaki sposób i ile razy jądrowy DNA jest replikowany w czasie fazy S cyklu komórkowego?
tylko raz i w całości
Jakie działanie ma kompleks kinaz CDK4 i CDK6?
przejście poza punkt restrykcyjny na granicy G1/S
Jakie działanie ma CDK2?
inicjuje biosyntezę DNA we wczesnej fazie S
Jakie działanie ma CDK1?
przejście z fazy G2 do M
Jaka cyklina aktywuje CDK4 i CDK6?
cyklina D
Jaka cyklina aktywuje CDK2?
cylklina E lub A
Jaka cyklina aktywuje CDK1?
cyklina B
Na przejście między którymi fazami cyklu komórkowego mogą wpływać onkowirusy i onkogeny?
z fazy G1 do S