IV-4 Infections du tube digestif Flashcards

1
Q

Evolution du microbiote intestinal?

Facteurs influençant la composition de la flore intestinale?

A

1) Stérile à la naissance
=> voie d’accouchement, environnemnet post-natal
2) Période fondamentale pour le développement du microbiote individuel
=> allaitement
3) microbiote intestinal mature ou adulte est atteint vers 2 à 3 ans (équilibre fonctionnel, quantitatif, biodiversité, complexité, stabilité)
=> diversification alimentaire, lors du sevrage

Facteurs influençant la composition de la flore intestinale
• Adaptation à l’alimentation de l’hôte
• Pratique culturelle et style de vie
• Grossesse
• Antibiotiques
• Personnes âgées
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2
Q

Structure et biodiversité du microbiote digestif

Fonctions du microbiote digestif ?

A
  • Flore dominante essentiellement anaérobie
  • Flore sous-dominante (attention aux Enterobactéries!)
  • 500 à 1000 espèces dont le génome collectif est estimé contenir 100 fois plus de
    gènes que le génome humain
  • Seuls 20-30 % du microbiote intestinal humain est cultivable à ce jour
  • Flore fluctuante ou de transit
    (modifications mineures et le plus souvent transitoire)
  • deuxième génome : code unique à chaque individu

Considérer le microbiote en tant qu’entité ou organe métabolique associé
à l’organisme de leur porteur avec 4 grandes fonctions :

1• fonction physiologique

2• fonction immunitaire : stimulation (impliqué dans certaines maladies inflammatoires et allergiques)

3 • fonction digestive : dégradation des matériaux alimentaires nondigestibles,
via la fermentation colique, synthèses de vitamines,
bioconversions de substances en micro-nutriments

4 • fonction de protection (flore de barrière) par la diversité biologique des bactéries contre la pullulation d’une seule espèce bactérienne ou contre la colonisation du tube digestif par d’autres microorganismes qui entéropathogènes.

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3
Q

Physiopathologie des diarrhées ?

A
  • étiologies infectieuses +++
  • parasitoses : diarrhées > 14 jours (surtout retour de voyage ou chez l’ID)

→ causes fonctionnelles :
colopathie fonctionnelle, syndrome du côlon irritable au décours d’une turista…
→ causes médicamenteuses : AINS, laxatifs, ATB…
→ maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) : Crohn, maladie coeliaque (malabsorption)
→ causes tumorales : cancer du colon, tumeur du grêle, …
→ causes endocriniennes : hyperthyroïdie, diabète, tumeurs carcinoïdes, syndrome de Zollinger-Ellinson

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4
Q

Diarrhées aiguës infectieuses:

-gravité ?

A

-symptôme et non un syndrome

• origine le plus souvent liée à la consommation d’eau ou de nourriture contaminée (hygiène et péril fécal)

• gravité de ces affections est surtout liée à la déshydratation qui les accompagne
☞ 4 situations d’urgence à repérer
→ déshydratation aigue (ou sujet à risque)
→ sepsis grave
→ syndrome pseudo-occlusif (l’arrêt des matières et des gaz, associé à des vomissements) qui peut découler d’une colite grave (Salmonella sp, Shigella sp, Clostridium difficile), d’une hypokaliémie ou de la prise d’inhibiteur de la motricité intestinale : CI au lopéramide !
→ diarrhée fébrile au retour d’un pays d’endémie palustre
↪ éliminer le paludisme : frottis sanguin + goutte épaisse en urgence
↪ typhoïde : hémoculture, coproculture

• rapidité dans le diagnostic et la mise en oeuvre des
thérapeutiques => diminution l’incidence de ces infections,

• Trois groupes d’agents peuvent être responsables des diarrhées aiguës infectieuses : virus, bactéries, parasites.

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5
Q

Diarrhée aiguë :

A
  • diarrhée = élimination d’une quantité anormale de selles et d’eau (> 250g/L)
  • survenue brutale
  • plus de trois émissions fécales, molles ou liquides, par jour,
  • consistance anormale : liquides, glaireuse, graisseuses (stéatorrhée) et plus ou moins sanglantes,
  • diarrhée aigue bactérienne :
    → évolution < 2 semaines
    → les manifestations dues à l’implantation de la bactérie
    au sein de l’écosystème digestif (Salmonella, Shigella,
    Campylobacter, Yersinia +/- Vibrio cholerae …)
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6
Q

Syndrome “gastro-entérite” ?

A
  • infection inflammatoire du système digestif pouvant entraîner des symptômes digestifs : diarrhée banale, aspécifique (ni aqueuse, ni glaire-sanglante)
  • douleur abdominale diffuse
  • vomissement
  • +/- fièvre

Campylobacter, Yersinia, Shigella, Salmonella, Escherichia coli

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7
Q

Toxi-Infection Alimentaire Collective (TIAC)

A

→ Au moins deux personnes présentant les mêmes symptômes suite à la consommation d’un même repas
( ☞ Maladies à Déclaration Obligatoire)

Intoxication alimentaire :
La diarrhée n’est dans ce cas que la conséquence de l’absorption d’une toxine préformée au sein d’un aliment souillé, la bactérie ne jouant quant à elle aucun rôle direct (S. aureus)

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8
Q

Principales étiologies à suspecter devant une diarrhée aiguë?

A

SYNDROME CHOLERIFORME
= diarrhée aqueuse sans fièvre, mécanisme toxinique
↪ VIRUS :
→ norovirus, adénovirus, rotavirus (gastro-entérite chez infantile +++) => tous des virus nus
- épidémie
- collectivité (crèche, école, EHPAD)
- fièvre modérée ou absente
-évolution brève (attention déshydratation chez les personnes fragiles)

↪ BACTERIE :

1) élaboration de toxines qui se fixent spécifiquement sur les cellules de la muqueuse et perturbent leur bon fonctionnement
2) hypersécrétion d’eau et d’électrolytes
3) diarrhée essentiellement d’eau et profuse (sans leucocytes, ni mucus, ni fièvre)

> bactéries entérotoxinogènes :

  • Vibrio cholerae
  • E. coli entérotoxinogène
  • Salmonella spp (envahissement mais SANS destruction : multiplication au niveau des ganglions mésentériques → risque de diffusion systémique pour les Salmonelles majeures “typhiques” / ou mineures chez les personnes fragilisées)

> TIAC : toxine présente dans l’aliment
→ S. aureus, (Bacillus cereus, Clostridium perfringens)

↪ VOYAGE
→ Virus
→ Cryptosporidies
→ E. coli entérotoxinogène
→ Choléra ( Vibrio cholerae, exceptionnel, incubation en qq heures, diarrhées extrêmement abondantes) 

SYNDROME DYSENTERIQUE
= mécanisme entéro-invasif : diarrhée glairo-sanglante, fébrile (pas de virus car les virus ne lysent pas les cellules)
↪ BACTERIES (invasives)
1) envahissement de la muqueuse au niveau du colon, ou de l’intestin grêle
2) multiplication et destruction des entérocytes
3) diarrhées infectieuse aigue avce inflammation
4) matières fécales avec du pus, du sang et du mucus puis afécales

→ Shigelloses : contextes autochtone ou voyage
→ Campylobacter spp
→ E. coli entéropathogènes
→ Salmonella spp (envahissement mais SANS destruction : multiplication au niveau des ganglions mésentériques → risque de diffusion systémique pour les Salmonelles majeures “typhiques” / ou mineures chez les personnes fragilisées)

↪ TIAC
→ Salmonelloses mineures ‘non typhi)
→ Campylobacter jejuni
→ E. coli entéro-hémorragiques et entéro-aggregatifs
> toxine shiga-like
> diarrhée hémorragique
> formes graves, notamment chez l’enfant : syndrome hémolytique et urémique

  ↪ VOYAGE
→ Amoebose colique
> forme dysentérique rare
> Entamoeba histolytica
> séjour en zone tropicale
> absence de fièvre ! 

3° Syndrome mixte : Clostridium difficile, en majorité post-antibiothérapie (pendant ou dans les 3 mois suivant l’antibiothérapie)

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9
Q

Diarrhées du voyageur
1) pas de fièvre, régression en 2-4 j

2) diarrhée non spécifique
3) diarrhée fébrile
4) diarrhée persistante, pas de fièvre
5) diarrhée post-ATB

A

1) pas de fièvre, régression en 2-4 j
→ turista : La turista, peut être expliquée par une infection bactérienne (colibacilles, campylobacter, salmonelles, shigelles…), parasitaire (cryptosporidium, lamblias, amibes…), ou encore virale (rotavirus…).
→ virus
→ cyptosporidies

2) diarrhée non spécifique 
→ typhoïde
→ paludisme
↪ frottis, goutte épaisse
↪ hémoculture, coproculture
3)  diarrhée fébrile
→ Shigelles
→ Campylobacter
→ Salmonelles (dont typhoïde)
↪ Coprocultures
↪ Hémoculture

4) diarrhée persistante, pas de fièvre
→ Parasites : Giardiose, Amoebose
↪ Parasitologie des selles 3 jours de suite

5) diarrhée post-ATB
→ Clostridium difficile
↪ Recherche de toxines de C. difficile dans les selles

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10
Q
« syndrome cholériforme »
→ caractéristiques ?
→ étiologie ?
→ physiopathologie ?
→ remarque ?
A

MECANISME SECRETOIRE

  • Diarrhée aqueuse, profuse, “eau de riz”
  • Signes de déshydratation fréquents sur terrains à risque
  • Pas de fièvre (sauf si déshydratation intracellulaire)
  • vomissement et douleurs abdominales inconstants
Bactéries entérotoxinogènes
=>  Vibrio cholerae
=>  Escherichia coli entérotoxinogènes (ETEC)
=>  Clostridium
=>  Salmonella spp
  • colonisent la muqueuse de l’intestin grêle sans l’envahir grâce à des facteurs d’attachement,
  • Élaboration de(s) toxine(s) qui se fixent spécifiquement sur les cellules de la muqueuse et perturbent leur bon fonctionnement sans lésion ni invasion,
  • stimulent l’hypersécrétion d’eau et d’électrolytes,

Cas particulier de l’intoxination correspondant à l’ingestion de toxines préformées dans les aliments (Staphyloccocus aureus)

NE PAS DONNER DE RALENTISSEUR INTESTINAL

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11
Q
syndrome « dysentérique »
→ caractéristiques ?
→ étiologie ?
→ physiopathologie ?
→ remarque ?
A

MECANISME INVASIF

  • Selles nombreuses, fécales, glaireuses, sanglantes, parfois mucopurulentes
  • douleurs abdominales diffuses, ou coliques en cadres
  • épreintes (douleur abdominale s’accompagnant d’une contraction douloureuse et répétitive de la partie terminale du colon et du rectum s’achevant par une fausse envie impérieuse d’aller à la selle)
  • ténesme anal (sensation de tension douloureuse das la région anale) avec faux besoins
  • fièvre le plus souvent (sauf dans les amoeboses coliques)
Bactéries entéro-invasives
=> Shigella spp (dysenterie)
=> Escherichia coli entéroinvasifs (EIEC),
=> Campylobacter spp
=> Salmonella sp

o Envahissement de la muqueuse au niveau du côlon ou de l’intestin grêle,
o Multiplication et destruction des entérocytes,
o Diarrhée infectieuse aiguë avec inflammation,
o Matières fécales contiennent alors du pus, du sang et du mucus puis diarrhées rapidement afécales,
o On parle de diarrhée «dysentérique »,
invasive, douloureuse et fébrile (ténesme)

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12
Q

Cas particuliers des Salmonella sp.

A

o Mécanisme mixte entéro-invasif et entéro-toxinogène,
o Envahissement et traversée des entérocytes sans destruction,
o Multiplication dans la sous-muqueuse au niveau des ganglions mésentériques (macrophages)
o Risque de diffusion systémique pour les Salmonelle majeures « Typhique » et dans un contexte de personnes fragilisées pour les Salmonelle mineures « digestive »

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13
Q

Evolution et complication des diarrhées ?

A

o La plupart des gens se rétablissent d’eux-mêmes en un ou deux jours sans traitement particulier

o Les symptômes varient en fonction des individus de l’absence de symptôme à l’infection systémique
de type sepsis (Salmonelle)

o Diarrhées et vomissements importants et/ou prolongés
→ déshydration de l’organisme

o Diarrhée prolongée
→ séquelles sur la paroi intestinale, avec syndrome de malabsorption

o Evolution fonction du type d’entéropathogène et des facteurs de l’hôte (personnes fragiles à risque de complications) pouvant même conduire à une hospitalisation

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14
Q

Classification des déshydratation

A

-simple
> perte de poids de moins de 5% de son poids initial
> pas encore de signes cliniques

-déshydratation moyenne
> perte de poids de 5% à 10%
> sécheresse de lal bouche avec soif intense
> sécheresse de la peau avec le signe du pli cutané
> yeux secs, mous et creux
> absence d’urines

-déshydratation sévère
> perte de poids de plus de 10%
> signes neurologiques : agitations, irritabilité, état de choc, crises convulsives, coma

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15
Q

Personnes à risque de complication?

A

o Nouveaux nés, nourrissons et jeunes enfants,
o Personnes âgées,
o Femmes enceintes,
o Les personnes ayant un système immunitaire affaibli par une maladie,
o Les personnes avec des pathologies chroniques ou d’importante comorbidités (diabète, maladie cardiaque, pulmonaire ou rénale),
=> Prise en charge différente et hospitalisation toujours évaluée

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16
Q

Coproculture : indications et objectifs

A

Si l’on suspecte une gastro-entérite d’origine bactérienne, il est possible d’effectuer une analyse des selles au laboratoire (coproculture) à la recherche de la bactérie.

Lors de demande de coproculture standard, recherche systématique de :
o Shigella
o Salmonella
o Campylobacter
Si suspicion d’autres bactéries (à cause du contexte), il faut demander explicitement au laboratoire leur recherche spécifiques qui nécessite d’autres milieux de culture ou conditions de culture
o Escherichia coli,
o Vibrio Cholerae ou Vibrio non cholérique
o Clostridium difficile
o Yersinia spp

Rappel : rechercher un entéropathogène voire un commensal (E. coli) parmi un microbiote digestif très important (« chercher une aiguille dans une botte de foin »)

17
Q

Coproculture : modalités de prélèvement

A
  • Les selles, en général diarrhéiques, sont prélevées et l’échantillon est placé dans un récipient stérile fermé,
  • L’échantillon doit être transporté rapidement en laboratoire, ou conservée dans de la glace en attendant,
  • Les renseignements clinico-biologiques sont importants car ils permettent d’orienter la mise en culture : contextes épidémio-cliniques significatifs (enfant de moins de deux ans, adulte ou enfant de plus de deux ans, voyage en zone tropicale, traitement antibiotique ou intoxication alimentaire),
  • un examen macroscopique des selles (sang, glaires, aspects : échelle de Bristol),
18
Q

Coproculture : principe de sa réalisation

A

o un examen microscopique direct des selles (à l’état frais recherche d’hématie de leucocytes ou après coloration,
pour apprécier l’abondance relatives des populations ou un dysmicrobisme),

o une mise en culture sur milieux sélectifs afin de s’affranchir du microbiote digestif,

o un enrichissement sélectif en bouillon liquide et utilisation de milieux de culture sélectif pour amplifier les faibles inoculums relativement au nombre important de bactéries du microbiote normal

o Antibiogramme nécessaire (émergence de souches résistantes aux antibiotiques)

FLORE BACTERIENNE COMMENSALE
Les selles contiennent essentiellement des bactéries dont 99% sont anaérobies. Parmi les aérobies, les entérobactéries et entérocoques prédominent.
1/3 de Gram + et 2/3 de Gram -

BACTERIES A RECHERCHER
Les étiologies différent selon le contexte clinique : notion de voyage, d’épidémie, prise d’antibiotiques…

 •  Cas général  Il fait distinguer les mécanismes entéro-invasifs des mécanisme entéro-toxiques.  ☞ Une bactéries entéro-invasve pénètre la muqueuse intestinale provoquant une inflammation et des douleurs abdominales. la diarrhée est sanglante et leucocytaires.

☞ Une bactérie entéro-toxique produit une toxine provoquant une perte hydrique dans les fèces. La toxine peut être sécrétée in situ par une bactérie ou peut être absorbée telle quelle avec l’éliment. Dans ce cas, on ne retrouve pas systématqiuemne la bactérie en cause dans les selles. Absence de leucocytes.

Entéro-invasives : Salmonella enterica, Shigella spp, E. coli (EIEC), Yersinia enterocolitica, Campylobacter spp

Entéro-toxinogènes in situ : E. coli (ETEC; EPEC, EHEC), Clostridium perfringens, CLostridium difficile, Capylobacter spp, Vibrio cholera’s O:1 et O: 139

Entéro-toxinogène : Clostridium perfringens A, Staphylococcus aureus

 •  malades imunodéprimés  Les bactéries à Gram négatif sont largement dominantes. Pseudomonas spp, Staphylococcus aureus, Levures..

PRELEVEMENTS
La plupart des diarrhées d’origine toxiniques sont spontanément résolutives chez l’immunocompétent. toutefois, un prélèvement de selles se justifie devant une diarrhée sanglante et/ une diarrhée fébrile non résolutive rapidement.
- L’échantillon de selles (1 cm³) est déposé dans un pot stérile, hermétique, à usage unique.
Un écouvillonnage rectal peut suffire chez le nourrisson par exemple
- Seule une petite quantité de selles est nécessaire en privilégiant le sang ou les glaires. Un écouvillonnage doivent être achemnées au laboratoire le plus rapidement possible.
- Le délai entre le prélèvement et l’ensemencement ne devra pas dépasser 12 heures et pendant ce délai, les selles doivent être conservées à 4 +/- 2 °C.
Au delà de 12h, utiliser un milieu de conservation (Cary Blair par exemple)

PRISE EN CHARGE DU PRELEVEMENT AU LABORATOIRE
☞ Examen macroscopique
L’examen macroscopique est primordial :
- aspect des selle (liquides, molles, pâteuses, moulées)
- présence éventuelle de glaire ou de sang.

☞ Examen direct avec coloration de Gram
L’examen direct est important :
- présence d’hématies, de leucocytes? signes de diarrhée invasive
- éventuel caractère monomorphe de la flore.
- en cas de choléra, on retrouve une flore monomorphe composée de bacilles incurvées mobiles (selles eau de riz)

☞ Ensemencement avec coproculture standard
Les milieux ensemencés sont incubés au minimum 48h. - Un déséquilibre de flore est recherché sur un milieu peu sélectif (BCP, CLED)
• Salmonella et Shigella : il existe des milieux sélectifs pour Salmonelles-Shigelles (SS, Drigalski, Hektoen, DCl, Rambach) et des milieux chromogènes (SM ID) rendant l’identification plus aidée.
Il est possible d’utiliser des milieux d’enrichissement liquides en Salmonelles (Mueller-Kauffmann)

 * Campylobacter :milieux contenant du charbon et du désoxychloate (Kamali, Skirow) incubés en atmosphère micro-aérophile à 35 +/-1 °C ou 41°C.
 * Yersinia : mêmes géloses que Salmonella-SHigella : il existe des milieux spécifiques + antibiotiques type CIN (cefsulodine-Irgasan Novobiocine)

☞ Recherches spécifiques
• Clostridium difficile : à rechercher si diarrhée nosocomiale ou survenant au cours et jusqu’à 8 semaines suivant une antibiothérapie.
1) test de détection rapide d’une enzyme spécifique (glutamate déshydrogénase).
Si négatif : arrêt des investigations
Si positif :
2) Rechecrhe des toxines B ou A et B par méthodes immuno-enzymatqiues type ELISA ; PCR possible pour rechercher la toxine B.
3) Autres possibilité :
- mise en évidence et titrage de la toxine B en culture cellulaire (inhibition par un anticorps anti-toxine B del’effte cytopathogène en culture cellulaire)
- isolement su milieu sélectif avec céfoxitine (milieu CCFA)
Attention : une coproculture positive à C. difficile avec une recherche de toxines négative n’est pas une colite pseudo-membraneuse et ne doit pas aboutir à un traitement par antibiotique.

 •  Escherchia coli : les EPEC responsables de diarrhées de l'enfant < 2 ans se recherchent sur milieu chromogène EMB (Rosine bleu de méthylène) ou Drigalski En cas de suspicion de Syndrome Hémolytique et Urémique : il faut isoler les E. coli et faire la recherche de toxines (techniques immunologique et/ou PCR). Seulement 2/3 des souches d'E. coli responsables de SHU sont O:157 et sorbitol (-)

☞ chez le voyageur : il faut alors aussi penser à
- Vibrio cholera : l’examen direct est souvent positif pour le choléra. Ils se recherchent classiquement après enrichissement (eau peptones alcaline repiquée sur gélose TCBS) pour un porteur.

19
Q

Alternatives à la coproculture

A

La coproculture est utile au diagnostique et peut être pratiqué sans le moindre risque pour le patient car il est non invasif mais certains entéropathogènes ne sont pas
cultivables ou difficilement :

o Recherche antigènes dans les selles (Rotavirus, Adenovirus, Clostridium difficile)

o Mise en évidence

  • des toxines produites dans les selles (Clostridium difficile et Clostridium perfringens)
  • ou dans les aliments ingérées en cas d’intoxination (Staphylococcus aureus)

o Recherche de gène spécifique de certains entéropathogènes par Biologie moléculaire (Virus, Clostridium difficile) => PCR multiplexe …

20
Q

Genre Shigella
> famille des entérobactéries
> habitat
> pouvoir pathogène

A
Famille des entérobactéries
Bacille à Gram négatif
Aérobie-anaérobie facultatif
Oxydase négative
Immobile
Cultive sur milieux sélectifs
Caractères microbiologiques : H2S neg, Lactose neg, Urée neg

4 espèces : S. sonnei, S. flexneri, S. boydii, S. dysenteriae
différenciées par les caractères antigéniques (antigène polysaccharidique O de paroi)

Habitat : homme strict

Pouvoir pathogène : pouvoir entéro-invasif +++
- PVD, Retour de voyage, cas d’importation
- Transmission interhumaine par aliments souillés, féco-orale directe ou indirecte
- Dose infectante : faible (10 à 100 bactéries) : bactéries très virulentes
- Facteurs de virulence portés par un plasmide (protéines d’invasion et Shiga toxine
produite en plus ou moins grande quantité)

  • Envahissement de la muqueuse au niveau du colon ou de l’intestin grêle avec
    multiplication et destruction des entérocytes,
  • Présence de pus, de sang et de mucus dans les selles qui peuvent devenir afécales
  • Syndrome « dysentérique » très douloureux et fébrile

Réservoir/mode de contamination :
- Habitat : strictement humain
- Transmission : interhumaine par contamination féco-orale directe ou indirecte ou
ingestion aliments souillés
- Pathogènes stricts (portage exceptionnel)
- Dose infectante très faible (10 à 100 bactéries) : bactéries très virulentes

Epidémiologie :

  • Surtout dans pays en voie de développement
  • En France : principalement cas d’importation (retour de voyage +++)
21
Q

Infections digestives à Shigella

A

1/ Le passage de la barrière du mucus
Le mucus oppose trois obstacles à la progression des germes invasifs et s’oppose à
leur adhérence :
- un gel de haute viscosité rendant son approche difficile
- un milieu nutritif particulier nécessitant un équipement enzymatique adapté
- une haute concentration en immunoglobulines (3) retenues par ce gel au contact de l’épithélium
Passé ces trois obstacles, le germe devra sécréter son facteur d’adhésion
pour rester au contact de l’entérocyte

2/ L’adhésion à la membrane des entérocytes
• Seules les bactéries-entéropathogènes sont capables d’adhérer à l’épithélium
du jéjunum ou du côlon.
• Elles le font au niveau apical, par une liaison entre un récepteur membranaire et une structure bactérienne de surface

3/ La pénétration intra-entérocytaire (internalisation)
• L’adhésion bactérienne est suivie de la formation d’une vésicule d’endocytose emprisonnant les germes. Ce sont en fait les bactéries elles-mêmes qui induisent la formation de la vésicule, les entérocytes sont, en effet, dépourvus de propriétés de
phagocytose.

4/ Destruction de l’entérocyte et propagation du processus invasif
• Cette vésicule est rapidement détruite et libère les bactéries dans le cytoplasme
• Les Shigella se multiplient
• La mort cellulaire résulte de l’action d’une toxine protéique inhibant les synthèses
protéiques et provoquant la fuite d’eau et d’électrolytes.
• La cellule détruite, les bactéries envahissent les cellules voisines Ainsi
l’infection se propage-t-elle horizontalement
• Puis extension verticale de l’infection
• Le chorion (tissu conjonctif) est atteint, une réaction inflammatoire plus ou moins intense se développe du fait de l’irrigation importante de cette zone (les polynucléaires quittent les vaisseaux pour se diriger sur le lieu de l’infection).
• Il se forme des microabcès et des ulcérations de la muqueuse.
→ Dans la plupart des cas les Shigella ne passent pas dans le sang car la réaction inflammatoire est suffisante pour les éliminer.
→ Ceci explique la régression des troubles en 24 à 48 heures

22
Q

Clinique, ATB / infections digetsives à Shigella?

A

Clinique : Syndrome dysentérique + fièvre
- Formes modérées : gastro-entérite aigüe fébrile (S. flexneri, boydii, sonnei…)

  • Formes sévères avec complications (jeune enfant ++), mortalité élevée > 10% (S. dysenteriae…)
  • Facteurs de virulence portés par un plasmide (protéines d’invasion et Shiga toxine produite en plus ou moins grande quantité)
    Antibiotiques : oui portage/contagion + durée des symptômes
  • Naturellement sensible à tous les ATB (comme E. coli) mais pénicillinase fréquente

Le choix de l’antibiotique sera de plus dicté par l’antibiogramme.

En effet, les Shigelles peuvent devenir résistantes (plasmides de transfert de la résistance multiple aux antibiotiques).
(La résistance de S sonnei aux aminopénicillines et au cotrimoxazole ne permet plus de recommander ces traitements en première intention)

→ Enfant
•    Forme peu sévère
Azithromycine PO - 3 jours
•   Forme sévère ou intolérance digestive
Ceftriaxone IM - 3 jours
•  Echec
Ciprofloxacine PO 

→ Adulte
1ere intention :
- ciprofloxacine PO - 3 jours ou
- ofloxacine - 3 jours

Si intolérance ou échec par fluoroquinolone

  • ceftriaxone IM - 3 jours
  • azithromycine
  • cotrimoxazole

⚠ Dépistage et traitement des cas contact

23
Q

Escherichia coli

A

Plusieurs pathotypes :
EPEC, ETEC, EHEC, EaggEC, EIEC
Pouvoir pathogène variables conditionnées par la présence
de plasmides de virulence

Facteurs de virulence
Adhésines : colonisation
Capsules: K1 (acide sialique)
Toxines : - entérotoxines thermostable et thermolabile (LT et ST)
- Shiga like toxin (Vero toxine)
- Hémolysine
24
Q

Les modèles de Escherichia coli

A
E. coli entéropathogènes EPEC :
- gastro-entérites du nourrisson et de
l’enfant < 3 ans
- pays en voie de développement ++
- risque de déshydratation importante ;
- souches sporadiques ou épidémiques
en collectivités ; sérotypes particuliers
tels que O26, O55, O111…
- production de toxine et de facteurs
d’adhérence aux entérocytes.

E. coli entérotoxinogènes ETEC:
- diarrhées aqueuses dans les pays en
développement (turista) ;
- grand nombre de sérotypes différents ;
- production d’entérotoxines thermostable ST
et thermolabile LT et de facteurs d’adhésion
aux entérocytes (pili ou autres)

E. coli entéroagrégatifs EAgEC:
- diarrhées aqueuses persistantes
chez l’enfant ;
- plusieurs sérotypes impliqués ;
- production de facteurs
d’adhésion au pôle apical des
entérocytes et de toxines (EAST-1,
hémolysine)
E. coli entérohémorragiques EHEC (STEC)
- diarrhées aqueuses ± colite
hémorragique,
- risque d’hémolyse et d’insuffisance rénale
aiguë chez l’enfant (SHU) 10%;
- souches sporadiques en France;
- sérotype O157 prédominant;
- production de Véro toxine(s) (Shiga like
toxine SLT), d’hémolysine et de facteurs
d’attachement-effacement des
entérocytes
E. coli entéroinvasifs EIEC
- diarrhées muco-sanglantes avec
syndrome dysentérique ;
- ressemblant au syndrome
dysentérique des Shigelles ;
- rare en France surtout sérotype
O124 proche des shigelles ;
- production de protéines
d’invasivité intracellulaire
25
Q

Genre Salmonella

A

Famille des entérobactéries
Bacille à Gram négatif
Aérobie-anaérobie facultatif
Oxydase négative
Mobile
Cultive sur milieux sélectifs
Caractères microbiologiques : H2S pos, Lactose neg, Urée neg
Genre Salmonella
Salmonella enterica ou Salmonella bongori (exceptionnelle chez l’homme)
6 sous-espèces : arizonae, diarizonae, houtanae, indica, salamae, enterica
Salmonella enterica sous-espèce enterica
> 1400 sérotypes : différenciée par caractères antigéniques (antigène O et H)
Sérotypage de Kauffmann et White

26
Q

Les modèles Salmonella

A

Salmonelles majeures

  • Habitat : strictement humaine
  • Contamination : féco-oral
  • Pouvoir pathogène : fièvre typhoïde (MDO), CIVD, sepsis à point de départ ganglionnaire
  • Diagnostic : coproculture, hémoculture, sérodiagnostic de Widal et Felix, antigène Vi

Salmonelles mineures
- Habitat : ubiquiste, animal à sang chaud
(volaille, bovins, …)
- Contamination : aliments contaminés
- Pouvoir pathogène :
Incubation : 12h- 36h
Manifestations cliniques : gastroentérite fébrile, TIAC (MDO)
- Diagnostic : coproculture, hémoculture
(si personnes fragiles)
- Evolution : le plus souvent favorable, portage, rechute, …

27
Q

L’infection digestive à Campylobacter

A

Microbiologie : petit bacille Gram négatif, fin et incurvé (forme de S), mobile
(flagelle polaire), microaérophile

Espèces principales : C. jejuni (85%), C. coli (10%), C. fetus (4%) …

Réservoir : Commensal du TD de nombreux animaux en particulier les volailles +++
(C. jejuni), le porc et les bovins (C. coli)

Transmission
- Contact direct
- Ingestion viande (volailles) insuffisamment cuite (contamination à l’abattoir lors
de l’éviscération), d’aliments (lait) ou d’eau contaminées
- Transmission interhumaine possible
- Ne se multiplie pas dans l’aliment

Epidémiologie

  • Cause majeure de gastro-entérite bactérienne autochtone (surtout chez enfants)
  • Pays industrialisés +++

Clinique
- Incubation : environ trois jours
- Diarrhée fébrile douloureuse souvent sanglante (75% des cas)
- Portage asymptomatique possible
=> évolution généralement spontanément favorable
- Complications :
- Post-infectieuse immunologique: Sd de Guillain Barré (1 cas/1000)
- Bactériémie chez l’immunodéprimé
- Pas de signe de déshydratation

Diagnostic : coproculture standard

  • Diagnostic possible dès l’examen direct ++
  • Culture sur milieu sélectif (Karmali), lente, 3 à 5 jours
  • Test immunochro-matographique : sensibilité supérieure à la culture
  • Diagnostic moléculaire
Antibiotiques efficaces (diminution durée et intensité de la diarrhée) si
débutés dans les 3 premiers jours de l’infection: Azythromycine 3 jours
28
Q

Clostridium difficile et infections

A

Microbiologie
– Bacille Gram positif, anaérobie strict,
– Cycle entre forme végétative et sporulée (forme de résistance),
– Ubiquitaire (environnement, animal et clinique),
– Grande variété de clones parmi les souches toxinogènes,
– Un entéro-pathogène majeur …

Caractéristiques des Infections à C. difficile
– Colonisation asymptomatique
– Diarrhées aqueuses simples sans colite (mucus mais pas de sang),
• 1ère cause de diarrhée nosocomiale dans les pays industrialisés
• 10-25% des diarrhées post-ATB
– Formes sévères avec complications
• colites pseudomembraneuses (> 95%) et colites fulminantes,
• mégacôlon toxique,
• iléus paralytique,
• perforation intestinale,
• choc septique

Pronostic
– Mortalité : diarrhée simple : 0,6 - 1,5 % ; forme sévère : 24 - 38 %
– Récidive : ~20 à 25 %

Physiopathologqiues
1) colonisation
2) production des toxines
=> manifestations clinqiues et relarguage de spores

29
Q

Caractéristiques microbiologiques

de CD

A

o Bactérie de type bacille Gram positif,
o Anaérobie strict,
o Glutamate déshydrogénase (GDH),
o Cycle entre forme végétative et sporulée (forme de résistance),
o Ubiquitaire (environnement, animal, établissements de soins et
portage sains),
o Grande variété de clones dont des souches toxinogènes (PCR
tibotypes),
o Seules souches toxinogènes sont pathogènes (TCdA et TCdB),
o Résistances notables à certains ATB,
o Un entéro-pathogène majeur …

30
Q

-Norovirus
-Rotavirus
-Adénovirus
=> morphologie ? génome ?
=> clinique ?
=> épidémiologie, voie de transmission ?
=> traitement et diagnostic ?
=> points communs ?

A

• NOROVIRUS (Caliciviridae, Norovirus)
↪ morphologie & génome
-virus nu
-ARNsb

↪ épidémiologie

  • principale cause de maladie liée à la nourriture
  • 50% des gastroentérites dans le monde

↪ clinique

  • incubation courte : 1 à 2 jours
  • diarrhée et vomissements d’apparition brutale
  • fièvre 50% des cas, 24h
  • guérison spontanée en 2 à 3 jours
  • formes cliniques + graves chez les ID

↪ voie de transmission :

  • Homme = seul réservoir
  • voie oro-fécale, directe ou indirecte + transmission aérienne par aérosol produits par les vomissements
  • plus fréquents en hiver

↪ diagnostic & traitement :

  • diagnostic clinique
  • détection dans des échantillons de selles: RT-PCR, non cultivable, recherche d’Ag par ELISA, TDR
  • pas de traitement spécifique
  • prévention : hygiène, pas de vaccin
  • soluté de réhydratation orale
•  ROTAVIRUS (Reoviridae, Rotavirus)
↪ morphologie &amp; génome
-ARN sb, 11 segments
-virus nu
- double capside icosaédrique
- 8 groupes A à H : A, C, C infectent les humains

↪ épidémiologie
- sérogroupe A le plus fréquent
-VP6 = Ag de capside de groupe
-En France, types G1 à G4 avec prédominance du génotype P[8]G1
-réservoir : nombreuses espèces animales
-surtout transmission de personne à personne, transmission aérienne possible
-faible dose infectieuse, grande résistance, longue durée d’excrétion du virus dans les selles => facteurs favorisants la transmission
-infections nosocomiales
-épidémies hivernales
-principale cause de mortalité dans les pays en voie de développement
en france : 13-14 morts/an
-30 à 40% des causes de diarrhées par an
-surtout chez le jeune enfant

↪ clinique
-incubation : 2 jours en moyenne
- vomissement d'apparition brutale
-fièvre, douleurs abdominales
-diarrhée liquide intense
☞ graves chez les jeunes enfants : déshydratation
-souvent asymptomatique chez les adltes
-immunité persistante
↪ diagnostic
-diagnostic clinique : tableau clinique, contexte épidémique, saison hivernale, âge du patient
-diagnostic biologique : 
→ prélèvement de selles à la phase aigue
→ recherche Ag / ELISA
→ immunochormatographie TDR
→ Culture difficile en routine
→ RT-PCR

↪ Traitement
-pas de traitement spécifique
-soluté de réhydratation orale
- 2 vaccins disponibles : vaccins vivants atténués, par réassortiment pour Rotateq
- administration par voie ORALE
-3 doses à au moins 1 mois d’intervalle pour Rota Teq
-deux doses pour le Rotarix
- faible augmentation du risque d’invagination intestinale aigue (occlusion intestinale)
-efficacité reconnue
☞ pas dans le calendrier vaccinal
- non remboursé par la SS

•  ADENOVIRUS
↪ morphologie &amp; génome
-virus nu
-ADN db
-7 sous-groupes (A à G)

↪ Clinqiue
- asymptomatique sauf enfants, personnes âgées, ID
-diarrhée aqueuse, vomissement fréquents
-incubation de 3 à 10 jours
-signes respiratoires dans 20%
-guérison spontanée ne 10 à 12 j
☞ présence du virus dans les selles pdt 3 semaines

↪ Voies de transmission

  • oro-fécale, orale-orale ou main-oeil
  • souches des infections respiratoires peuvent se retrouver dans les selles
  • persiste dans l’environnement

↪ Epidémiologie

  • surout chez les enfants
  • épidémies tout au long de l’année

↪ Détection

  • recheche d’Ag par agglutination latex
  • TDR
  • culture cellulaire
  • PCR
  • fréquemment retrouvé dans les eaux polluées par les matières fécales et les coquillage

↪ Traitement
→ Cidofovir
→ Brincidofovir pour les ID
→ Pas de vaccin dans l’indication gastro

POINTS EN COMMUN

  • infectent essentiellment intestin
  • excrétés dans les selles des personnes infectées
  • peuvent persister dans l’environnement, résistants
  • les eaux et les aliments peuvent être contaminés
  • infectivité élevée