ZO's (random belangrijke dingen) Flashcards
NER
repareert base adducten en haalt hierbij info van de onbeschadigde streng (hiervoor moet de andere streng dus intact zijn)
Niet bij crosslinks want dan is de andere streng dus niet intact
- Herkenning beschadigd DNA door schade sensor eiwitten (XPA)
- NER factoren gerecruteerd die zorgen dat de strengen uit elkaar worden gehaald rondom de schade
- Uit beschadigde stuk ong 30 nucleotiden geknipt
- Nieuw DNA gemaakt door DNA-polymerase dat de onbeschadigde streng repliceert
- Ligase plakt het nieuw gesynthetiseerde DNA weer aan het bestaande DNA–> strengen weer intact–> :)
globaal genoom herstel: repareert schade in hele genoom via XPC
transcriptie-gekoppeld herstel: betrokken bij snel herstel van schade in actief getranscribeerd DNA
ernst verschillende mutaties in NER: XPA (herkenning lesie)–> XPC (reparatie globale schade)–> CSB
mismatch herstel (MMR)
corrigeert replicatiefouten en is dus vooral actief in delende cellen
herkent ook simpele mismatches
recombinatieherstel (HR)
repareert (intrastrengs) crosslinks en dubbelstrengs breuken m.b.v. intact zusterchromatide
het DNA moet dus al gerepliceerd zijn, anderss is er geen zusterchromatide
dus vooral bij delende cellen
end-joining (NHEJ)
repareert dubbelstrengs breuken door aan elkaar plakken (met ligase) maar maakt veel fouten
omdat 90% van het DNA niet-coderend is levert dit niet vaak mutaties op die genen veranderen maar de breuken zijn wel schadelijk want de chromosomen zijn anders niet intact en dan kan er bijv niet gerepliceerd worden
odds ratio (OR)
cumulatieve ratio (CR)
OR=aantal geëxposeerden / aantal niet geëxposeerden
CR= risico ontwikkelen van kanker voor een bepaalde leeftijd`
celcyclus fasen
G1: cel is in rust en bouwt op: meer cytoplasma en eiwit gemaakt
S: chromosomen verdubbeld door replicatie
G2: periode tussen verdubbelen DNA en de daadwerkelijke celdeling, hierbij stoffen gemaakt voor celdeling
M: mitose: celdeling
interfase: G1, S en G2: fijnkorrelig chromatine-patroon met duidelijke nucleoli
mitose: profase–> prometafase–> metafase–> anafase–> telofase (–>cytokinese)
profase: condenseren chromatine–> grove korrelstructuur in kern maar nucelolus is nog zichtbaar
prometafase: condensatie verder en kernenvelop en nucleolus verdwijnen
metafase: ordenen chromosomen: spoeldraden hechten aan de centromeren (cohesine zorgt voor chromatiden bij elkaar houden)
anafase: cohesine afgebroken door separase–> chromatiden splitsen over microtubuli
telofase: cel splitst, vormt nieuwe kernencelop en decondenseert chromatines
dan terug naar normale celvorm
cytoskelet eiwitten: microtubuli, actine filamrnten en intermediaire filamenten
microtubuli: controleren beweging chromosomen tijdens mitose
uit–> aneuploïdie als anafase-checkpoint verdere stappen niet hindert
actine filamenten: verandering van vorm van de cel tijdens mitose (zoals opbollen van de cel)
uit–> meerkernige cellen
intermediaire filamenten: stevigheid
uit–> misvormde kernen/ polyploïdie
Lynch
door mutaties in MRR (waaronder MSH2, MLH1, MSH6, PMS1, PMS2 en MLH3)
verhoogd risico op CRC, endometriumcarcinoom, ovariumcarcinoom en maagcarcinoom
APC eiwit
APC bindt ß-catenine en zorgt ervoor dat ß-catenine kan worden afgebroken–> ß-catenine kan niet TCF4 meer stimuleren en TCF4 kan niet meer cycline-D activeren
niet-functionerend APC: ß-cat niet meer afgebroken, celcyclus gestimuleerd en meer TCF4 activiteit–> transcriptie cycline D bevorderd–> stimulatie celcyclus–> cellen gaan vaker delen–> tumor kan
MIN vs CIN
CIN: chromosomale instabiliteit: makkelijk verliezen en verdubbelingen van chromosomen(armen)–> tumorigenese versneld door verlies tumorsuppressorgenen en winst ongogenen
MIN: fouten die tijdens de DNA-synthese makkelijk optreden in de microsatellieten niet meer gecorrigeerd omdat het DNA mismatch repair systeem defect is. een gen kan door verlengde/ verkorte repeat geïnactiveerd worden
bij Lynch MIN fenotype
telomerase
geactiveerd door TERT (op chrom 5p) en TR (op chrom 5q)
alleen cellen in kiembaan (oogenese en spermatogenese) en stamcellen hebben telomerase
normale cellen kunnen ongeveer 2000x delen (door TTAGGG repeats) dus is geen probleem dat ze geen telomerase hebben
T-loop zorgt voor het verbergen van het open uiteinde voor verschillende enzymen
Telomeer-specifieke eiwitten zorgen voor het maken en stabiliseren van de telomeer structuur en het aantrekken en regelen van het enzym telomerase
kankercellen kunnen met ALT telomeren op lengte houden
NGS voordelen en nadelen
voordelen:
- enorm dynamisch bereik (moleculen tellen)
- gebruik alternatieve promotoren
- alternatieve splicing
- allel-specifieke genexpressie
- mutatie detectie
- ontdekking van nieuwe exons, niet coderende RNAs en miRNAs
nadelen:
- verkregen datasets zijn groot en complex–> interpreteren is moeilijk
- duur om data te bewaren
- misschien wel te veel informatie (die niet relevant is)
p53
3 transmembraandomeinen: TAD (transcrip acti domein), DBD (dna bindend) en OD (oligomerisatie domein)
kan transcriptie van verschillende genen aanzetten: p21 en MDM2 en Bax
p21: remt celcyclus–> tijd voor DNA-schade herstel
Bax: stimuleert apoptose
MDM2: bindt TAD van p53 en remt zo transcriptie-activerende werking van dit domein–> negatieve feedback
bij DNA schade of andere stress wordt MDM2 geïnacti/ p53 muteert–> MDM2 bindt niet–> veel p53
p53 is tumorsuppressorgen en MDM2 is een oncogen omdat het geacti moet om tumorsuppressor p53 te remmen
DNA-methyltransferases (DNMT’s)
kunnen cytosines die voorkomen in korte symmetrische 5’-CG-3’ stukken herkennen
kunnen met behulp van cofactor SAM als methyldonor cytosinebasen methyleren op de C5 positie van de pyrimidinering
de novo DNMT’s: kunnen ongemethyleerde 5’-CG-3’ stukken methyleren–> nieuwe methyleringspatronen plaatsen en worden gerekruteerd door transcriptiefactoren die aan bijv. promotors of enhancers binden
maintenance DNMT’s: kunnen alleen hemi-gemethyleerde 5’-5mCG-3’ stukken methyleren, zorgen dat een eenmaal vastgelegd methyleringspatroon behouden blijft na celdeling
mixed lineage leukemia (MLL)
SET domein gaat verloren–> H3K4 methylering (activerend)–> geen regulatie meer mogelijk want ook het remmende domein in het midden is verloren gegaan
hierdoor kunnen fusie-eiwitten MLL-AF4 en MLL-ENL Dot1 binden–> kan net als SET histon h3 modificeren door methylering van H3K70–> oncontroleerbare celgroei–> leukemie
