W3 HC.6 Het humane genoom en analsye van genexpressie met microarrays en NGS

Question 1

grootte humane genoom?

Answer 1

kern DNA (haploid): 3 x 10^9 bp = 3000 Mb

Question 2

Hoeveel eiwitten coderende genen zijn er in het humane genoom?

Answer 2

rond de 20.000 genen -> het aantal genen zegt niets over de complexiteit van een levend wezen.
(humane genoom heeft maar 1,5x zoveel eiwit-coderende genen dan een fruit vliegje)

Question 3

Algemene kenmerken humane genoom

Answer 3

• ongeveer helft van humane genoom bestaat uit hoog repetitief DNA afkomstig van transposabele elementen
• deze elementen hebben hun transposon activiteit vrijwel geheel verloren
• functie van transposabele elementen is niet bekend

Question 4

Genoom van de mens komt het meest overeen met?

Answer 4

de muis

Question 5

Hoe toepassing van de humane genoomsequentie?

Answer 5

• identificeren van nieuwe genen die nauw verwant zijn aan bekende drug targets. Dit biedt de mogelijkheid nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen, en oude te verbeteren.
• het vinden van mutaties die overgevoeligheid voor bepaalde medicatie geven -> hierdoor kan de dosis worden aangepast en de kans op bijwerkingen worden teruggebracht.

Question 6

Wat is micro array analyse?

Answer 6

• Analyse model waarbij RNA uit de normale en tumorcel wordt gehaald en dit samen wordt geanalyseerd welke van de 2 genen tot expressie komt bij welke cel.
• Wanneer het een geel bolletje geeft, komen ze beiden even veel tot expressie.
• Wanneer het een rood bolletje geeft, komt dat gen meer tot expressie in het tumorweefsel vergeleken met het normale weefsel.
• Wanneer het een blauw bolletje geeft, komt dat gen minder tot expressie in tumorweefsel vergeleken met het normale weefsel
• Zo weet je dus welke genen meer tot expressie komen in de tumorcel vergeleken met een normale cel.

Question 7

Wat is het nut van bioinformatica na micro array analyse?

Answer 7

clustert alle info afkomstig uit micro array analyse
-> verwerkt en interpreteert de info

Question 8

Wat is het voordeel van next generation sequencing van RNA?

Answer 8

Het is een veelzijdige benadering om genexpressie te begrijpen
- enorm dynamisch bereik (moleculen tellen)
- gebruik van alternatieve promotoren
- alternatieve splicing
- allel-specifieke genexpressie
- mutatie detectie
- ontdekking van nieuwe exons, niet-coderende RNA’s, micro-RNA etc.