Transcripción Flashcards
Síntesis de una cadena de RNA que representa la cadena codificante del dúplex de DNA. Proceso continuo en el núcleo de la célula eucarionte
Transcripción
La secuencia de ARN es complementaria a la cadena molde idéntica a la cadena codificante, ¿verdadero o falso?
Verdadero
Lugar de síntesis de RNA (~40nt/s) que se mantiene dentro de la RNA polimerasa que desenrolla el DNA (12-200PB)
Burbuja de transcripción
Fragmento de DNA que se expresa mediante la producción de una molécula de RNA y que comprende desde el promotor hasta el terminador
Unidad de transcripción
Secuencia de DNA requerida por la RNA polimerasa para unirse al molde y completar la fase de iniciación
Promotor
Primer par de bases que se transcribe (>90% purina)
Sitio de iniciación
El RNA se sintetiza hasta:
alcanzar el terminador
- Producto inmediato de la transcripción
- Extremos 5’ y 3’ originales
- En procariotas se degrada rápidamente (mRNA) o madura a rRNA y tRNA
- En eucariotas se modifica en los extremos (mRNA) y/o madura (todos los RNAs)
Transcrito primario
Etapas de la transcripción:
- Reconocimiento del molde
- Iniciación
- Elongación
- Terminación
Reconocimiento del molde:
- Unión de la RNA polimerasa al promotor
- Separación del dúplex de DNA
- Formación de la burbuja de transcripción
Iniciación:
- Síntesis de los primeros ~9nt del RNA
- Se presentan intentos abortivos liberando pequeños RNAs (<9nt)
- Termina cuando la enzima abandona al promotor
Elongación:
- La cadena de RNA crece
- La burbuja de transcripción se mueve
Terminación:
- Reconocimiento del terminador
- La burbuja de transcripción colapsa enseguida
Punto de adición de la última base al RNA
Terminador
En las eubacterias, ¿cuántas holoenzimas sintetizan todo el mRNA, rRNA y tRNA?
Una sola
No distingue entre promotores y otras secuencias, se une al DNA débilmente
Core o núcleo α2ββ
Se requiere para reconocer al promotor
σ
σ se libera al término de la iniciación para evitar:
que la enzima quede parada en el promotor
No reconoce al DNA evitando bloquear los promotores:
σ libre
Frecuencia de iniciación. Determinada en parte por la afinidad de la holoenzima hacia dicha secuencia
Fuerza del promotor
Frecuencia de iniciación:
1/s rRNA a 1/30 min lac
Secuencia ideal constituida por las bases que aparecen con más frecuencia en una posición determinada
Secuencia consenso del promotor
Todos los fragmentos del promotor de 60pb son secuencias consenso conservadas, ¿verdadero o falso?
Falso, sólo unos fragmentos en el promotor de 60pb lo son
Esta secuencia consenso proporciona una señal reconocible para la RNA polimerasa en procariontes
Secuencia consenso -10 TATAAT
La secuencia consenso -10 en los eucariontes es necesaria para:
que factores basales de la transcripción recluten a la RNA polimerasa, se una y complete la fase de iniciación (35% genes clase II)
Permite la conversión de la forma cerrada a abierta (dúplex de DNA desnaturalizado) del complejo:
Secuencia de consenso -35 TTGACA
Influye en la fuerza total del promotor determinando la velocidad a la que la ARN polimerasa abandona al promotor
Región +1 a +30
Las posiciones de unión de la ARN pol son las mismas en todos los promotores, aunque en algunos varíe..
la base que las ocupa
No todas las mutaciones que afectan la actividad del promotor tienen que ser sitios de contacto ya que pueden influenciar la vecindad sin contactar con la enzima, ¿v o f?
Verdadero
Los sitios de contacto inicial con la enzima son los mismos que posteriormente sirven para la interacción, ¿v o f?
Falso, no necesariamente son los mismos
La mayoría de sitios de unión a la enzima están:
Corriente arriba de -10 en la misma cara de la cadena no molde
Cada σ obliga a la RNA pol a:
iniciar la transcripción en diferentes series de promotores determinados mutuamente excluyentes
La secuencia terminadora en el DNA es difícil de determinar porque:
el 3’ puede haberse generado por corte del transcrito primario por lo que no representaría el sitio en el que termino la RNA pol
- No requiere ningún factor externo
- Requieren la formación de un tallo burbuja en el RNA transcrito
- Si el número de bases entre la región G-C y poli U es mayor de 9, la RNA pol hace una pausa
- rU-dA tiene un apareamiento mucho más débil que otro híbrido RNA-DNA
Terminadores intrínsecos
Factor auxiliar de la RNA polimerasa
Rho
- Abundantes en los genomas de los fagos
- Requiere de una secuencia de 50 a 90 bases corriente arriba del terminador, ricas en C y pobres en G
Terminadores dependientes de Rho
Rho tiene actividad:
ATPasa ARN dependiente y helicasa que separa RNA-DNA
Generan un codón de paro de la traducción e impiden la expresión de otros genes en la unidad de transcripción
Mutaciones sin sentido
Tiempo de vida media de un RNA en vertebrados
Aprox 3 horas
Ciclo de vida del mRNA procariota:
- Se traduce antes de terminar su transcripción
- Inestable (tiempo de vida media de 2 min o menos)
- Se degrada en dirección 5’ a 3’
- 5000 bases aprox, 180KDa de proteína
- mRNA aparece en 2.5 min y la proteína 30s después
Modificaciones del DNA e histonas en la transcripción de eucariotas:
- Metilación
- Acetilación
- Deiminación
- Fosforilación
- SUMOilación
- ADP ribosilación
Tipos de RNA polimerasas en eucariotas:
- RNA pol I
- RNA pol II
- RNA pol II
Transcribe genes que codifican mRNA, miRNA, snRNA en el nucleoplasma
RNA pol II
Transcribe los genes que codifican los rRNAs 18S, 5.8S y 28S en el núcleo
RNA pol I
Transcribe genes que codifican RNAt, rRNA 5S, ARNsn en el nucleoplasma
RNA pol III
Se dice que la regulación de la terminación en eucariotas:
carece de importancia
¿Cuántos genes suelen contener los RNAs eucariotas?
Suelen tener un único gen
Proteína que se necesita para el reconocimiento del molde y la iniciación de la transcripción, pero no es en sí parte de la RNA polimerasa
Factor de transcripción