Transcripción Flashcards

1
Q

Síntesis de una cadena de RNA que representa la cadena codificante del dúplex de DNA. Proceso continuo en el núcleo de la célula eucarionte

A

Transcripción

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

La secuencia de ARN es complementaria a la cadena molde idéntica a la cadena codificante, ¿verdadero o falso?

A

Verdadero

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Lugar de síntesis de RNA (~40nt/s) que se mantiene dentro de la RNA polimerasa que desenrolla el DNA (12-200PB)

A

Burbuja de transcripción

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Fragmento de DNA que se expresa mediante la producción de una molécula de RNA y que comprende desde el promotor hasta el terminador

A

Unidad de transcripción

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Secuencia de DNA requerida por la RNA polimerasa para unirse al molde y completar la fase de iniciación

A

Promotor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Primer par de bases que se transcribe (>90% purina)

A

Sitio de iniciación

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

El RNA se sintetiza hasta:

A

alcanzar el terminador

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q
  • Producto inmediato de la transcripción
  • Extremos 5’ y 3’ originales
  • En procariotas se degrada rápidamente (mRNA) o madura a rRNA y tRNA
  • En eucariotas se modifica en los extremos (mRNA) y/o madura (todos los RNAs)
A

Transcrito primario

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Etapas de la transcripción:

A
  • Reconocimiento del molde
  • Iniciación
  • Elongación
  • Terminación
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Reconocimiento del molde:

A
  • Unión de la RNA polimerasa al promotor
  • Separación del dúplex de DNA
  • Formación de la burbuja de transcripción
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Iniciación:

A
  • Síntesis de los primeros ~9nt del RNA
  • Se presentan intentos abortivos liberando pequeños RNAs (<9nt)
  • Termina cuando la enzima abandona al promotor
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Elongación:

A
  • La cadena de RNA crece
  • La burbuja de transcripción se mueve
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Terminación:

A
  • Reconocimiento del terminador
  • La burbuja de transcripción colapsa enseguida
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Punto de adición de la última base al RNA

A

Terminador

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

En las eubacterias, ¿cuántas holoenzimas sintetizan todo el mRNA, rRNA y tRNA?

A

Una sola

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

No distingue entre promotores y otras secuencias, se une al DNA débilmente

A

Core o núcleo α2ββ

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Se requiere para reconocer al promotor

A

σ

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

σ se libera al término de la iniciación para evitar:

A

que la enzima quede parada en el promotor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

No reconoce al DNA evitando bloquear los promotores:

A

σ libre

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Frecuencia de iniciación. Determinada en parte por la afinidad de la holoenzima hacia dicha secuencia

A

Fuerza del promotor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Frecuencia de iniciación:

A

1/s rRNA a 1/30 min lac

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Secuencia ideal constituida por las bases que aparecen con más frecuencia en una posición determinada

A

Secuencia consenso del promotor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Todos los fragmentos del promotor de 60pb son secuencias consenso conservadas, ¿verdadero o falso?

A

Falso, sólo unos fragmentos en el promotor de 60pb lo son

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Esta secuencia consenso proporciona una señal reconocible para la RNA polimerasa en procariontes

A

Secuencia consenso -10 TATAAT

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

La secuencia consenso -10 en los eucariontes es necesaria para:

A

que factores basales de la transcripción recluten a la RNA polimerasa, se una y complete la fase de iniciación (35% genes clase II)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Permite la conversión de la forma cerrada a abierta (dúplex de DNA desnaturalizado) del complejo:

A

Secuencia de consenso -35 TTGACA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Influye en la fuerza total del promotor determinando la velocidad a la que la ARN polimerasa abandona al promotor

A

Región +1 a +30

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Las posiciones de unión de la ARN pol son las mismas en todos los promotores, aunque en algunos varíe..

A

la base que las ocupa

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

No todas las mutaciones que afectan la actividad del promotor tienen que ser sitios de contacto ya que pueden influenciar la vecindad sin contactar con la enzima, ¿v o f?

A

Verdadero

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Los sitios de contacto inicial con la enzima son los mismos que posteriormente sirven para la interacción, ¿v o f?

A

Falso, no necesariamente son los mismos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

La mayoría de sitios de unión a la enzima están:

A

Corriente arriba de -10 en la misma cara de la cadena no molde

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Cada σ obliga a la RNA pol a:

A

iniciar la transcripción en diferentes series de promotores determinados mutuamente excluyentes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

La secuencia terminadora en el DNA es difícil de determinar porque:

A

el 3’ puede haberse generado por corte del transcrito primario por lo que no representaría el sitio en el que termino la RNA pol

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q
  • No requiere ningún factor externo
  • Requieren la formación de un tallo burbuja en el RNA transcrito
  • Si el número de bases entre la región G-C y poli U es mayor de 9, la RNA pol hace una pausa
  • rU-dA tiene un apareamiento mucho más débil que otro híbrido RNA-DNA
A

Terminadores intrínsecos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Factor auxiliar de la RNA polimerasa

A

Rho

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q
  • Abundantes en los genomas de los fagos
  • Requiere de una secuencia de 50 a 90 bases corriente arriba del terminador, ricas en C y pobres en G
A

Terminadores dependientes de Rho

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Rho tiene actividad:

A

ATPasa ARN dependiente y helicasa que separa RNA-DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Generan un codón de paro de la traducción e impiden la expresión de otros genes en la unidad de transcripción

A

Mutaciones sin sentido

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Tiempo de vida media de un RNA en vertebrados

A

Aprox 3 horas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

Ciclo de vida del mRNA procariota:

A
  • Se traduce antes de terminar su transcripción
  • Inestable (tiempo de vida media de 2 min o menos)
  • Se degrada en dirección 5’ a 3’
  • 5000 bases aprox, 180KDa de proteína
  • mRNA aparece en 2.5 min y la proteína 30s después
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

Modificaciones del DNA e histonas en la transcripción de eucariotas:

A
  • Metilación
  • Acetilación
  • Deiminación
  • Fosforilación
  • SUMOilación
  • ADP ribosilación
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

Tipos de RNA polimerasas en eucariotas:

A
  • RNA pol I
  • RNA pol II
  • RNA pol II
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

Transcribe genes que codifican mRNA, miRNA, snRNA en el nucleoplasma

A

RNA pol II

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

Transcribe los genes que codifican los rRNAs 18S, 5.8S y 28S en el núcleo

A

RNA pol I

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

Transcribe genes que codifican RNAt, rRNA 5S, ARNsn en el nucleoplasma

A

RNA pol III

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

Se dice que la regulación de la terminación en eucariotas:

A

carece de importancia

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

¿Cuántos genes suelen contener los RNAs eucariotas?

A

Suelen tener un único gen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

Proteína que se necesita para el reconocimiento del molde y la iniciación de la transcripción, pero no es en sí parte de la RNA polimerasa

A

Factor de transcripción

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

Permiten que un gen responda a un factor de transcripción necesario para la iniciación. Se pueden activar con receptores que unen ligandos como las hormonas esteroideas

A

Elementos de respuesta reguladores en cis localizados en un promotor o enhancer

50
Q

Reconocido por los factores generales quienes se unen a la RNA polimerasa constituyendo el aparato basal de transcripción

A

Promotor

51
Q
  • Pueden modificar la transcripción
  • A distancia considerable del promotor
  • Puntos diana para la regulación tejido y/o tiempo especifica
  • Las proteínas que lo reconocen interactúan también con elementos del promotor
A

Enhancer

52
Q

Factores de transcripción de la RNA pol III:

A

TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC

53
Q

Factores de transcripción de la RNA pol I:

A

UBF1, SL1

54
Q

Factores generales de TFII

A
  • Análogos en función de σ
  • Requerido en todas las células para la transcripción de todos los genes clase II
55
Q

En el aparato basal de la RNA pol III, el promotor contiene:

A

La caja TATA (8pb) de -37 a -25 casi idéntica a la secuencia -10 procariota (35% genes clase II)

56
Q

Factores generales de TFIID:

A
  • Lleva a cabo el reconocimiento inicial del promotor
  • Contiene a TBP y TAFs
57
Q
  • Pueden variar para reconocer diferentes promotores
  • Equivalentes a los polipéptidos que acompañan a TFIIIB y SL1, en TFIIID puede variar
  • Algunos son homólogos de H3 y H4
A

TAFs (Factores Asociados a TPB, -11)

58
Q

A diferencia de todas las demás proteínas conocidas, esta se une al DNA en el surco menor

A

TPB (proteína de unión a la caja TATA)

59
Q

TBP curva el DNA en la caja TATA unos…

A

80° ampliando el surco menor

60
Q

Impide la interacción DNA-TBP al inicio de la transcripción ya que en las secuencias ricas en AT los surcos menores miran hacia adentro

A

El nucleosoma

61
Q

Subunidades de TFIIF:

A
  1. RAP74→Helicasa ATP dependiente
  2. RAP38→Une a la RNA pol II
62
Q

Permiten el movimiento alejándose del promotor en el aparato basal de la RNA pol II

A

TFIIE, TFIU y TFIIH

63
Q

La mayoría de los TFII se liberan antes de que la RNA pol II abandone el promotor, ¿verdadero o falso?

A

Verdadero

64
Q

ATPasa, helicasa y cinasa que fosforila el CTD de la RNA pol II

A

TFIIH

65
Q

En la fosforilación del CTD la enzima:

A

abandona el promotor

66
Q

Dominio carboxilo terminal de la subunidad más grande de la RNA pol II

A

CTD (10 subunidades)

67
Q

Genes en eucariotas superiores son:

A

Discontinuos

68
Q

Es una ribonucleoproteína, comprende el premRNA y todo el material transcrito por la RNA pol II de amplia distribución de tamaños

A

hnRNA (RNA heteronuclear)

69
Q

Procesos metabólicos indispensables para la existencia de toda célula:

A

Genes de expresión constitutiva y/o adaptativa

70
Q

Genes que codifican sistemas enzimáticos del metabolismo básico celular se expresan a un nivel constante en todas las células y condiciones de un mismo organismo en todo momento, de manera continua

A

Genes de expresión constitutivos (housekeeping)

71
Q

Los genes de expresión constitutivos son el resultado de:

A

La interacción entre el RNA pol y el promotor, sin necesidad de regulación adicional

72
Q

Genes que codifican sistemas enzimáticos necesarios solo en determinadas situaciones, se expresan diferencialmente cuándo la célula se adapta a una determinada situación ambiental

A

Genes de expresión adaptativos

73
Q

Proceso que elimina los intrones

A

Splicing

74
Q

Grupo autocatalítico. Bacterias, eucariotas inferiores

A

Eliminación de intrones grupo I

75
Q

Grupo autocatalítico. Bacterias, Mitocondria

A

Eliminación de intrones grupo II

76
Q

Spliceosoma. GT-AG principalmente y AT-AC (1/10000)

A

Eliminación de intrones grupo nucleares

77
Q

No requieren del complejo aparato de empalmes ya que tienen información que les permite adoptar estructuras particulares autocatalíticas

A

Autocatalíticos

78
Q

Complejo de RNAs y proteínas que realiza la maduración del ARNm. Su complejidad permite un número mayor de sustratos potenciales

A

Spliceosoma

79
Q

Todos lo intrones, a excepción de los pre-tRNAs nucleares se escinden por:

A

reacciones de transesterificación, aunque los componentes catalíticos sean distintos

80
Q

En los puntos de empalme del splicing…

A
  • No hay homología extensa entre los dos extremos del intrón
  • GT … AG 100% conservadas
81
Q
  • Región consenso dentro del intrón necesaria para identificar el punto de empalme 3’
  • 18-40nt corriente arriba del punto de empalme
A

Punto de ramificación, splicing

82
Q

El empalme se realiza a través de:

A

un lazo (Lariat)

83
Q

El empalme se produce en 2 fases, ¿cuáles son?

A
  1. Corte en el 5’ del intrón
  2. Corte en el 3’ del intrón
84
Q

Corte en el 5’ del intrón

A
  • El exón en 5’ se separa
  • El intrón-exón a la derecha forma un lazo en el que el 5’ se une en 2’ a una base dentro del intrón en el sitio de ramificación
85
Q

Corte en el 3’ del intrón

A
  • Libera el intrón libre en forma de lazo
  • El exón derecho queda empalmado al izquierdo
86
Q

La unión 5’ exón-intrón es atacada por un 2’-OH de la A conservada del sitio de ramificación dentro del intrón o una G

A

Primera reacción de los intrones

87
Q

3’-OH libre en el extremo del exón liberado ataca a su vez la unión 3’ intrón-exón

A

Segunda reacción de los intrones

88
Q

Cuerpo de gran tamaño equivalente a una subunidad ribosómica

A

Spliceosoma

89
Q

Los componentes del spliceosoma unen:

A

secuencias consenso antes de que se produzca ninguna reacción

90
Q

snRNPs del spliceosoma

A

U1, U2, U5, U4, U6

91
Q

En conjunto en todas las snRNPs participan ¿cuántas proteínas?

A

~40

92
Q

Tiene apareamiento de bases con el sitio de empalme 5’

A

snRNA U1

93
Q

Comprende el uso diferencial de uniones de empalme.

A

Splicing alternativo

94
Q

Maduración de los tRNAs

A
  1. Eliminación de nucleótidos 5’ y 3’ por la RNAasa P y la RNAasa D
  2. Eliminación de intrones
  3. Adición del 3’CCA por la tRNA nucleotidil transferasa
  4. Modificación de algunas bases
95
Q

En la eliminación de intrones del tRNA no hay:

A

reacciones de transesterificación

96
Q

Actividades enzimáticas dispuestas en diferentes dominios funcionales de una única proteína:

A
  • Fosfodiesterasa (nucleasa)
  • Polinucleótido cinasa
  • Adenilato sintetasa (ligasa)
97
Q

Terminación de la transcripción de la RNA pol I

A
  • Único precursor 45S que contiene las secuencias de los rRNAs (28S, 5.8S, 18S)
  • A más de 1000 pb corriente abajo del extremo 3’ maduro
98
Q

Terminación de la transcripción de la RNA pol II

A
  • A más de 1000pb corriente abajo del extremo 3’ maduro
  • Se desconoce la naturaleza de los puntos de terminación
  • Extremo 3’ se genera por ruptura seguida de poliadenilación
99
Q

Terminación de la transcripción de RNA pol III

A

Similar a la terminación intrínseca de bacterias

100
Q

Dónde se localiza la secuencia AAUAAA:

A

11 a 30 nucleótidos corriente arriba del punto de adición de la poli (A) en 3’

101
Q

Su longitud determina la duración y controla la degradación del mRNA

A

Poliadenilación

102
Q

Une aproximadamente 200 residuos de A

A

Poli (A) polimerasa

103
Q

PABP:

A

Proteína de unión a la poli A, se une cada 10-20 bases

104
Q

La poliadenilación es necesaria para:

A

La iniciación de la traducción

105
Q

No están poliadenilados y su terminación depende del snRNA U7 por apareamiento de bases

A

mRNAs de histonas

106
Q
  • Múltiples copias por orgánulo
  • Mayor en plantas que en animales (10-150x)
  • 16,500pb en animales, representa 10^-5 el genoma nuclear
A

Genoma mitocondrial

107
Q

Genoma mitocondrial en animales

A
  • 2rRNAs (12S y 16S), tRNAs y 14 proteínas
  • Ausencia notable de secuencias reguladoras
108
Q

En los transcritos mitocondriales se transcriben…

A

ambas cadenas a partir de una sola región promotora en cada hebra

109
Q

En los transcritos mitocondriales se produce dos RNAs gigantes:

A
  • Hebra H (pesada)
  • Hebra L (ligera)
110
Q

2 rRNAs, 14 tRNAs y 10 mRNAs

A

Hebra H

111
Q

8 tRNAs, 3 mRNAs. El 90% restante es degradado

A

Hebra L

112
Q

No se presentan en transcritos mitocondriales en humanos ni en bacterias (ancestros de la mitocondria) pero si en algunas plantas y hongos:

A

Intrones

113
Q

Proteínas importadas del citosol, constituyen la mayor parte del orgánulo

A

Proteínas reguladoras de la expresión de genes mitocondriales

114
Q

Todas las proteínas son exportadas de las mitocondrias al citosol, ¿verdadero o falso?

A

Falso, ninguna proteína es exportada desde las mitocondrias al citosol

115
Q

Los mitorribosomas animales son:

A

55S. rRNAs 12S y 16S

116
Q

La mitocondria lleva a cabo los procesos completos de:

A

Replicación, transcripción y traducción

117
Q

La replicación del DNA mitocondrial solo es durante la fase S del ciclo celular, ¿v o f?

A

Falso

118
Q

Los genes mitocondriales codifican principalmente para:

A

proteínas de membrana interna que forman complejos con proteínas en el genoma celular

119
Q

Contienen varias subunidades codificadas por el núcleo específicas de tejido

A

Complejos enzimáticos respiratorios de la membrana interna de mamíferos

120
Q

La gran mayoría de los genes que codifican las proteínas mitocondriales actualmente se hayan en:

A

el núcleo celular

121
Q

Que explica la evolución del genoma mitocondrial

A

El por qué algunos genes del núcleo se parecen más a genes bacterianos

122
Q

Secuencias de DNA no codificante del genoma nuclear parecen ser de origen

A

mitocondrial reciente