Investigación en la regulación de la expresión génica Flashcards
Herramientas moleculares en genómica funcional
- Transcriptoma
- Proteoma
Transcriptoma
- Knockdown (RNAi)
- Microarreglos de DNA (de expresión)
Knockdown (RNAi)
silenciamiento de genes
Microarreglos de DNA:
- Niveles de mRNA
- Perfiles de expresión génica
- Redes de regulación génica
Comparación de los niveles de proteínas
Proteómica cuantitativa
- Permite identificar redes complejas de regulación génica
- Comprensión de la biología del organismo a nivel de su genoma
Microarreglos de DNA
Microarreglos de expresión:
- Laminilla en donde se inmovilizan las sondas que reconocerán cada uno de los transcritos
- Sondas isotérmicas de hasta 60nt
Específicas para cada uno de los transcritos
Sondas
Bases de datos para el diseño de las sondas del microarreglo de expresión
- Secuencia completa del genoma del organismo
- Librerías de cDNA normalizadas (EST)
Pretende ser la representación de todos los posibles transcritos que se generan en cualquier momento en dicho organismo bajo diferentes condiciones y etapas de vida:
Librerías de cDNA normalizadas (EST)
- Representación de todo el conjunto de DNA complementario al mRNA
- Cuando no se cuenta con la secuenciación completa del genoma
Librerías de cDNA normalizadas (EST)
Procesamiento del microarreglo:
- Extracción de RNA de alta calidad
- Preparación y marcaje de la muestra
- Hibridación
- Escaneo
Tipos de muestras para preparación y marcaje:
- Muestras amplificadas
- Muestras no amplificadas. Síntesis de cDNA
Muestras amplificadas:
Amplificación del cRNA
Muestras no amplificadas:
- Oligo dT
- Random primer
RNA eucarionte tiene tallo de poliA en 3´
Oligo dT
Hexámeros al azar, necesario en procariotas, opcional en eucariotas
Random primer
Una hebra de DNA de secuencia totalmente complementaria al mRNA a partir del cual se ha sintetizado
Sintesis de cDNA
El supuesto fundamental del análisis con microarreglos de expresión es que:
la mayoría de genes en un organismo no cambian su nivel de expresión independientemente del estado del organismo
El nivel de expresión es el mismo que el nivel de regulación, ¿verdadero o falso?
Falso, una cosa es el nivel de expresión y otra es nivel de regulación
Numero de transcritos específicos que se detectan en determinado momento en una condición particular
Nivel de expresión
Al comparar dos condiciones particulares arroja el cambio en la expresión de ese gen debido al tratamiento específico
Nivel de regulación
