Lab techniques in Neuroscience

Question 1

DNA replication tijdens

Answer 1

• replication of a cell

- protein transcription

Question 2

PCR kan op…

Answer 2

DNA en RNA uitgevoerd worden

Question 3

Verschil DNA en RNA transcriptie

Answer 3

DNA is altijd hetzelfde, RNA depends on what protein is needed at that exact time or if there is a viral RNA present

Question 4

quantitative PCR werking

Answer 4

• denature -> 2 wordt 1
• hybridization -> polymerase makes it doublestranded again
• denature…. etc

Hypothesis confirming!

Question 5

wat is het patroon van PCR

Answer 5

1-2-4-16 etc. daardoor moet het signaal ook elke keer verdubbelen!
je moet heel veel RNA hebben om een signaal te krijgen, zo kan je de hoeveelheid meten

Question 6

verschil PCR en RNA sequencing

Answer 6

bij PCR moet je weten welk gen je wil sequencen, bij RNAseq hoeft dit niet!

Dus PCR is hypothesis confirming
RNA seq is hypothesis generating

Question 7

Facts about RNAseq

Answer 7

specific
small sample size needed
je kan kijken naar het hele genoom

Question 8

RNAseq werking

Answer 8

make cDNA
shatter into fragments
map reads how much there is of each gene in the genome

Question 9

waarom niet alles sequencen?

Answer 9

kost veel geld en veel tijd

Question 10

single cell RNA sequencing

Answer 10

individuele cellen sequencen -> dan sequence je daar het hele genoom van

Question 11

DNA use in the clinic

Answer 11

used to test voor genetic neurological diseases

Question 12

of een ander voorbeeld…

Answer 12

via dna bekijken wat voor subtype neuroblastoma een patient heeft -> zo de goede treatment vinden

Question 13

COVID19 test

Answer 13

to test whether there is any viral RNA in the body

Question 14

JC virus and MS

Answer 14

virus could attenuate or even start the disease

Question 15

waarom werkt dit niet altijd goed? (RNA testen)

Answer 15

omdat RNA heel onstabiel is, en heel makkelijk om te besmetten. primer needs to be specific as well.

Question 16

wanneer krijg je een negatief resultaat

Answer 16

als je een hele hoop cycles hebt -> viral load laag -> negatief resultaat

Question 17

main use of animals in research

Answer 17

antibodies: je geeft ze een virus en harvest dan het serum wat ze maken

Question 18

hoe werkt western blotting

Answer 18

protein of choice toevoegen
primary antibody first binds to the protein of choice. Then a second antibody recognizes the first antibody, and shows a color.

Echt to detect a protein, to identify and separate proteins. een specifiek eiwit wordt gedetecteerd in een mix van meerdere eiwitten.

Question 19

western blotting is used in

Answer 19

research

Question 20

ELISA is used in… to …

Answer 20

the clinic, to measure antibodies

Question 21

ELISA werking

Answer 21

eerst antibody, dan pas protein of choice, dan pas secondary antibody

Question 22

wat zie je bij een elisa

Answer 22

hoe meer protein, hoe sterker de kleur. maar lastig kwantificeren. Dus hierbij gaat het om het identificeren en meten wat het aantal protein dat in een sample zit, dus qualification and quantification. Bij western blot om het identificeren van een protein, dus alleen qualification.

Question 23

wat is het lastige aan western en elisa?

Answer 23

je meet een indirect signaal, namelijk de hoeveelheid kleur die de secondary antibody afgeeft. Dat betekent dus dat je niet echt de hoeveelheid/indentification van het proteine meet, kan dus veel bij fout gaan.

Question 24

wanneer gebruik je proteomics

Answer 24

als je meer dan een proteine wil quantificeren.

Question 25

pros and cons DNA techniques

Answer 25

+ alles bijna van gesequenced
+ very sensitive
- increase in RNA does not mean an increase in protein, dit gaat om proteine dat GEMAAKT wordt, niet proteine dat al aanwezig is.
- costs are high

Question 26

pros and cons of protein techniques

Answer 26

+ protein is stable, kan op verschillende tissues en verschillende tijden anders zijn
- limited availability of antibodies

Question 27

waar geven al deze technieken geen informatie over?

Answer 27

de locatie van het proteine