Lab techniques in Neuroscience Flashcards
DNA replication tijdens
- replication of a cell
- protein transcription
PCR kan op…
DNA en RNA uitgevoerd worden
Verschil DNA en RNA transcriptie
DNA is altijd hetzelfde, RNA depends on what protein is needed at that exact time or if there is a viral RNA present
quantitative PCR werking
- denature -> 2 wordt 1
- hybridization -> polymerase makes it doublestranded again
- denature…. etc
Hypothesis confirming!
wat is het patroon van PCR
1-2-4-16 etc. daardoor moet het signaal ook elke keer verdubbelen!
je moet heel veel RNA hebben om een signaal te krijgen, zo kan je de hoeveelheid meten
verschil PCR en RNA sequencing
bij PCR moet je weten welk gen je wil sequencen, bij RNAseq hoeft dit niet!
Dus PCR is hypothesis confirming
RNA seq is hypothesis generating
Facts about RNAseq
specific
small sample size needed
je kan kijken naar het hele genoom
RNAseq werking
make cDNA
shatter into fragments
map reads how much there is of each gene in the genome
waarom niet alles sequencen?
kost veel geld en veel tijd
single cell RNA sequencing
individuele cellen sequencen -> dan sequence je daar het hele genoom van
DNA use in the clinic
used to test voor genetic neurological diseases
of een ander voorbeeld…
via dna bekijken wat voor subtype neuroblastoma een patient heeft -> zo de goede treatment vinden
COVID19 test
to test whether there is any viral RNA in the body
JC virus and MS
virus could attenuate or even start the disease
waarom werkt dit niet altijd goed? (RNA testen)
omdat RNA heel onstabiel is, en heel makkelijk om te besmetten. primer needs to be specific as well.
wanneer krijg je een negatief resultaat
als je een hele hoop cycles hebt -> viral load laag -> negatief resultaat
main use of animals in research
antibodies: je geeft ze een virus en harvest dan het serum wat ze maken
hoe werkt western blotting
protein of choice toevoegen
primary antibody first binds to the protein of choice. Then a second antibody recognizes the first antibody, and shows a color.
Echt to detect a protein, to identify and separate proteins. een specifiek eiwit wordt gedetecteerd in een mix van meerdere eiwitten.
western blotting is used in
research
ELISA is used in… to …
the clinic, to measure antibodies
ELISA werking
eerst antibody, dan pas protein of choice, dan pas secondary antibody
wat zie je bij een elisa
hoe meer protein, hoe sterker de kleur. maar lastig kwantificeren. Dus hierbij gaat het om het identificeren en meten wat het aantal protein dat in een sample zit, dus qualification and quantification. Bij western blot om het identificeren van een protein, dus alleen qualification.
wat is het lastige aan western en elisa?
je meet een indirect signaal, namelijk de hoeveelheid kleur die de secondary antibody afgeeft. Dat betekent dus dat je niet echt de hoeveelheid/indentification van het proteine meet, kan dus veel bij fout gaan.
wanneer gebruik je proteomics
als je meer dan een proteine wil quantificeren.
pros and cons DNA techniques
+ alles bijna van gesequenced
+ very sensitive
- increase in RNA does not mean an increase in protein, dit gaat om proteine dat GEMAAKT wordt, niet proteine dat al aanwezig is.
- costs are high
pros and cons of protein techniques
+ protein is stable, kan op verschillende tissues en verschillende tijden anders zijn
- limited availability of antibodies
waar geven al deze technieken geen informatie over?
de locatie van het proteine
