Cours 2.1 : Structure primaire des protéines

Question 1

Qu’est ce que la structure primaire d’une protéine

Answer 1

• arrangement linéaire des acides aminés (A.A.). au sein du polypeptide
• Condensation de 2 A.A. pour former un dipeptide

Question 2

Le lien peptidique se trouve où dans une structure primaire

Answer 2

Le lien peptidique est situé entre le C=O d’une premier A.A. et le N-H d’un second A.A.

Question 3

Comment se forme un lien peptidique

Answer 3

Avec la libération d’une molécule d’eau

Question 4

V/F : les chaînes latérales ne sont (habituellement)pas
impliquées dans le lien peptidique.

Answer 4

Vrai

Question 5

Donner un exemple atypique de lien peptidique

Answer 5

Glutathion (GSH) :
tripeptide implique un lien peptidique atypique entre le carboxyle du Cg(au lieu du carboxyle du Ca) de l’acide glutamique (Glu) et l’amine de la cystéine (Cys).

Question 6

Les électrons libres autour du lien peptidique peuvent se déplacer pour se partager de quel manière

Answer 6

partager uniformément entre les atomes

Question 7

V/F : le lien peptidique à un caractère partiel de liaison double

Answer 7

Vrai : il est planaire et peut ainsi adopter une isomérie cis ou trans:

Question 8

Expliquer la configuration cis et trans

Answer 8

• Configuration trans : Cα des résidus peptidiques occupent les coins opposés au groupe peptidique
• Configuration cis : Cα des résidus peptidiques sur le même côté du groupe peptidique => plus proches

Question 9

Quelle configuration est favorisée

Answer 9

La configuration trans est plus étirée => forme plus favorisée (moins d’encombrement stérique), forme la plus abondante dans la protéine

Question 10

Quelle acide aminé à pas de forme favorisé

Answer 10

Proline: conformationscis et trans ~ même énergie

Question 11

Expliquer le C alpha sert à quoi dans le plans de rotation

Answer 11

Le Cα sert de «rotule» entre deux plans peptidiques voisins ( permet une rotation de 360 degrés )

Question 12

Quels sont les angles dièdres

Answer 12

• Angle Φ (phi) entre N (de N-H) et Cα
• Angle Ψ (psi) entre Cα et C (de C=O)

Question 13

Les angles dièdres dépendent de quoi

Answer 13

Dépendent de l’encombrement stérique entre les oxygènes carbonyles du lien peptidique et les atomes de la chaîne latérale

Question 14

Qu’on en particulier les angles de la prolines

Answer 14

les angles autour de la liaison N-Cα sont fixes à cause du cycle de la chaîne latérale

Question 15

Est ce que tous les angles entre les plans de rotation sont permis dans un polypeptide

Answer 15

FAUX

Question 16

Qu’est ce que le graphique de Ramachandran

Answer 16

Indique les paires d’angles (phi et psy) qui ne causent pas d’encombrement stérique et qui sont permis pour les acides aminés d’une protéine donnée

Question 17

Les angles entre les plans de rotation définissent quoi

Answer 17

les diverses structures secondaires adoptées par les chaînes de polypeptides

Question 18

Les parties rouge, brun et jaune du graphique indique quoi

Answer 18

PCNA humain (à gauche)
=> Rouge: angles permis et favorisés
=> Brun et jaune: angles permis

Question 19

Expliquer ce que sont les structures secondaires

Answer 19

formation locale de structures tridimensionnelles impliquant plusieurs A.A. au sein du même polypeptide ( n’impliquant juste une portion des a.a.)

Question 20

Qu’est ce que la structure tertiaire

Answer 20

assemblage de plusieurs structures secondaires en motifs protéiques formant la configuration native de la protéine

Question 21

Qu’est ce que la structure quaternaire

Answer 21

assemblage de plusieurs polypeptides entre eux pour former une protéine fonctionnelle