Cours 1: Les acides aminés Flashcards
Comment sont définis les acides aminés
Acides aminés sont les unités de base formant les protéines
Quelle est la structure des a.a.
comportent une fonction acide (COOH) et une fonction amine (NH2)
+ une chaine latéral ( R)
Base + Acide =
Amphotérique
L’asymétrie du carbone alpha en fait quoi
Un centre chiral
Dans les protéines on retrouve quelle configuration autour du carbone alpha
Seulement la forme L
Quelle sont les deux configuration d’une acide aminés
L et D ( mis dans le préfixe )
Combien y’a t’il d’acides aminés
20
Est ce que tous les acides aminés ont des propriété identiques
Non , varient en taille, forme, charge, hydrophobicité et réactivité
Propriété d’un acide aminé est défini par quoi
La chaine latérale R
Quel sont les a.a. hydrophobe ( non-polaire ) et nommé les particularité
- Glycine ( non-chiral )
- Alanine
- Valine
- Leucine
- Isoleucine
- Méthionine ( possède un souffre )
- Proline ( à un cycle dans lequel est l’amine )
- Phenylalanine ( cycle et résonance )
- Tryptophan ( 2 cyle )
Quel sont les a.a. avec les chaines latérales polaires non-chargées
- Asparagine ( 2e NH2 )
- Glutamine ( 2e NH2 )
- Tyrosine ( alcool et cycle )
- Cystéine ( SH )
- Sérine ( alcool )
Quels sont les a.a. avec les chaines latérales polaires basique ( chargée + )
- Lysine ( Un NH3)
- Arginine ( R composé de CN3H5)
- Histidine ( cycle avec deux N )
Quels sont les a.a. avec les chaines latérales polaires acide ( chargée -)
- Acide aspartique ( acide carboxylique )
- Acide glutamique ( acide carboxylique )
Quels sont les propriétés des a.a. hydrophobe
- Non-polaires;
- Interaction faible ou nulle avec l’eau;
- les acides aminés hydrophobes sont retrouvés à l’intérieur de la molécule;
- Ne participent pas directement aux réactions chimiques ( pcq les rct se font majoritairement avec l’eau )
Quels sont les propriétés des a.a. polaires non-chargés
- Polaires;
- Interaction des groupements fonctionnels avec l’eau;
- Dans les protéines, les acides aminés polaires forment des contacts avec le solvant;
- Peuvent également se retrouver à l’intérieur, si pont H possible.
Quelle est la particularité de l’histidine
- Le groupement imidazole de l’histidine peut gagner ou perdre un proton en fonction du pH.
- Dans une protéine, permet de moduler l’activité en fonction du pH.
- Peut être polaire chargés et non-chargés
Quelle est la particularité de la Glycine
- Petit, seul acide aminé non-chiral
- non-hydrophobe et non-chargé, on le classe parfois parmi les a.a. polaires
Quelles sont les particularités des a.a. polaires chargées
- Chaîne latérale chargée à pH physiologique;
- Polaire;
- Dans les protéines, les acides aminés polaires forment des contacts avec le solvant;
- Peuvent également se retrouver à l’intérieur, si pont H possible.
Le pKa indique quoi dans la courbe de titrage
point d’inflexion de la courbe de titrage du groupe ionisable
Qu’est ce que le point isoélectrique
(zwitterion):
pH où l’acide aminé est électriquement neutre (100% des molécules sont sous leur forme électroniquement neutre )
Comment on définis le points isoélectrique
- pI = (pKa1 +pKa2)/2
(si 2 fonctions ionisables) - pI = (pKa1 + pKa2)/2 (si diacide)
- pI = (pKa2 + pKa3)/2 (si dibasique)
Qu’est ce que le pH physiologique
pH normal à l’intérieur de la cellule environ 7 - 7.4
Le pKa de la sln indique quoi dans la quantité d’acide et de base
Au pKa la moitie est sous la forme de la base conj. et l’autre encore en acide
Pourquoi autour du pKa on a un pH de la sln qui change peut ( tampon )
Au début la sln possède deja des h+ quand on rajoute l’acide le OH- de la base prends quand meme des H+ de la sln mais au pka on va prendre les H+ de l’acide pcq l’acide est plus reactif ainsi la quantité de H+ de la sln ne change pas alors le pH ne change pas
V/F : la chaine latéral n’est pas ionisable
Vrai juste l’acide et l’amine
Qui est ce qui donne sont proton en premier dans le a.a.
- L’acide a tendance à relacher son proton plus facilement ( pKa plus petit )
- Amine ne donne pas facilement son H alors on attends qu’il n’y aie plus d’autres proton à donner
Qu’est ce que le point d’inflection
point d’inflection ou le pH varie énormément pcq toutes les carboxyle on relacher leur proton
Combien d’acide aminés ont une chaine ionisable
7
Quels sont les acides aminés avec des chaines ionisable et nommé les protons
- Asparagine ( asp ) ( H de l’alcool )
- Glutamine ( glu ) ( H de l’alcool )
- Histidine ( his ) ( H du NH+ du cycle )
- Cystéine ( cys ) ( H de SH )
- Tyrosine ( tyr) ( H de l’alcool )
- Lysine ( lys ) (H du NH3+ )
- Arginine ( arg) ( H Du NH2+
Quel est le pKa du carboxyle du carbone alpha et le pKa de l’amine du carbone alpha
2 et 9,3
Quel est le pKa de la chaine latéral de la cystéine
8,4
Quel est le pKa de la chaine latéral de la tyrosine
10,5
Quel est le pKa de la chaine latéral de l’acide aspartique
3,9
Quel est le pKa de la chaine latéral de l’acide glutamique
4.1
Quel est le pKa de la chaine latéral de la Lysine
10,5
Quel est le pKa de la chaine latéral de l’arginine
12
Quel est le pKa de la chaine latéral de l’histidine
6,0
Qu’est ce qu’un polymère
Molécule à laquelle on peut ajouter plusieurs d’unités à la suite de l’autre pas mal infiniement
Condensation de deux acides aminés forme quoi
Un dipeptide
Quelle est la liaison chimique entre deux a.a.
Lien peptidique
Où est situé le lien peptidique entre deux a.a.
Le lien peptidique est situé entre le C=O et le N-H
Quelles sont les deux extrémités des peptides
une extrémité N-terminale (NH3+) et C-terminale (COO-)
Qu’est ce qu’un polypeptide
Courte chaine de a.a. <50
Comment on appelle les a.a. dans les chaines
Résidus
Quelle est la nomenclature des chaines
N-terminale=>C-terminale
Qu’est ce qu’une protéines
polypeptides longs ayant une structure tridimensionnelle définie
Pour chaque position dans une chaîne d’acides aminés constituant une protéine, il y a combien de possibilités
20
