11.3 : La chromatine

Question 1

Pourquoi la transcription ne peut pas commencer directement avec l’ADN polymérase chez les eucaryotes

Answer 1

1 ) L’ADN est beaucoup plus abondant. Avec l’évolution, la taille du génome codant augmente en fonction du nombre de types cellulaires. La taille du génome non codant augmente encore plus , ce qui indique encore une fois l’importance de la partie non codante, nommée la matière noire du génome et
2) l’ADN est condensé dans la chromatine. En effet l’ADN, faisant presque 2 m de longueur, est replié dans la chromatine et il n’est pas très accessible. .Alors, la chromatine est une barrière formidable pour l’ARN polymérase.Il est évident qu’avant de reconnaitre le promoteur, il faudra exposer la chromatine où ces promoteurs sontlocalisés.

Question 2

Donnes les trois étapes de la transcription chez les eucaryotes

Answer 2

1) Remodelage de la chromatine,
2) Recrutement du Médiateur
3) Recrutement de l’ARN polymérase et les facteurs généraux de la transcription

Question 3

Donnez les deux sous étapes de l’étapes 1 de l’initiation de la transcription chez les eucaryotes

Answer 3

1. Facteurs de transcription spécifiques: ne lient pas le promoteur
2. Complexes de remodelage: ouvrent la chromatine

Question 4

Qu’est ce que le remodelage de la chromatine

Answer 4

rendre des séquences d’ADN plus accessibles à la machinerie de transcription

Question 5

Les complexes de remodelage de la chromatine sont recrutés par quoi

Answer 5

les facteurs de transcription/ pionniers ( sous-étape 1 )

Question 6

Que font les facteurs de transcription avant la transcription

Answer 6

• reconnaissent un site de liaison spécifique autour de la région promotrice du gène qui sera activé
• recrutent des complexes de remodelage de la chromatine qui vont ouvrir la chromatine et exposer la région du promoteur

Question 7

V/F : les facteurs de liaison peuvent reconnaitre leur site de liaison même dans le contexte de nucléosomes

Answer 7

Vrai

Question 8

Que sont les complexes de remodelage et quel sont leur fonction

Answer 8

Les complexes de remodelage de la chromatine contiennent une ATPase de la superfamille SNF2
=> catalyse le glissement ou le déroulement de nucléosomes, l’éviction des histones ou l’échange des histones

Question 9

Les complexes de remodelage de la chromatine contiennent aussi des enzymes qui catalysent quelles modifications

Answer 9

des modifications post-transcriptionnelles des histones
=> modification des queues N-terminales des histones

Question 10

Quel sont les modification apporté au histone ( queue N-terminal ) par les complexe de remodelage

Answer 10

La queue N-terminale avec des lysines peut être modifiées par acétylation et méthylation

Question 11

Qu’est ce que le code des histones

Answer 11

• code qui est composé des différentes modification des différent histone

Question 12

Le code des histones détermine quoi

Answer 12

détermine la liaison des différents facteurs à la chromatine et sa conformation ouverte ou fermée

Question 13

Quelle modification ( dans le code des histone ) ferment la chromatine ( servent à la répression des gène )

Answer 13

méthylation des lysines 9 et 27 de la H3

Question 14

Quelle modification ( dans le code des histone ) active la chromatine

Answer 14

• : méthylation de la lysine 4 de la H3,
• acétylation des lysines 9 de H3
• acétylation de la lysine 16 de H4

Question 15

Que font les histone acétyltransférases (HAT) , qu’est ce qui annule cette modification

Answer 15

catalyse la décondensation de la chromatine en ajoutant des groupement acétyles sur la chaîne latérale des Lys.
=>Des histones désacétylases (HDAC) annulent cette modification.

Question 16

Qu’est ce qu’un médiateur

Answer 16

un complexe-multi protéique qui est recruté au promoteur
=> une fois que la chromatine est décompactée et modifiée

Question 17

Quel est le rôle du médiateur

Answer 17

• responsable du recrutement de la Pol II en réponse aux facteurs de transcription
• En conjonction avec les facteurs généraux de la transcription, il est responsable de l’assemblage des complexes de préinitiation

Question 18

Comment on reconnait les facteurs généraux de la pol II et donnez des exemple

Answer 18

portent tous le chiffre romain II.
- TFIID
- TFIIH
- TFIIB

Question 19

Quel est le rôle de TFIIB et TFIID

Answer 19

• TFIIB est similaire aux facteurs sigma bactériens.
• TFIIB et TFIID lient plusieurs éléments du promoteur.

Question 20

Nommez deux des nombreuses sous-unité de TFIID

Answer 20

• TBP ou TATA binding protéine ( lie le TATA box )
• TAF1

Question 21

Pourquoi avons-nous besoin d’autant d’éléments pour reconnaître le promoteur

Answer 21

un gène donné peut contenir plusieurs éléments mais pas tous. La composition de TFIID change entre les différentes types cellulaires ce qui aide a choisir le bon programme de transcription.

Question 22

V/F : TBP est la protéine la plus grande chez TFIID

Answer 22

FAUX , c’est TAF1

Question 23

TAF 1 est composé de plusieurs quoi qui lui permettent de quoi

Answer 23

TAF1 a plusieurs motifs qui lui permettent de:
1- lier TBP,
2- activité HAT,
3- Bromodomaine qui peut lier les lysines acétylées,
4- activité kinase
5- Activité mono-ubiquitine ligase de l’histone H1.

Question 24

TAF1 est quoi et est recruté par quoi

Answer 24

Un facteur général qui est recruté par les facteurs de transcription spécifiques ou activateurs et médiateurs

Question 25

Une fois la pol II liés au promoteur, que se passe t’il

Answer 25

le facteur TFIIH est recruté

Question 26

Quels sont les rôles de la TFIIH pour l’initiation

Answer 26

1) Formation de la bulle de transcription: TFIIH possède des hélicases (XPB, XPD), qui déroulent l’ADN et permettent la formation de la bulle de transcription et l’activation de l’ARN polymérase: L’activité kinase de la sous-unité CDK7 de TFIIH sur la sérine 5 du domaine C terminal (CTD) de la sous-unité RBP1 génère la forme active de la pol II. Cette forme active fait par contre des transcriptions abortives (tri-nucléotides en rouge).

2) Dégagement du promoteur, Au début, l’ARN polymérase fait une transcription abortive (2-3 ntds) et elle reste collée au promoteur avec les facteurs généraux. Grace à TFIIH, l’ARN polymérase dégage le promoteur et perd le contact avec la plupart des facteurs généraux

3) Mode élongation: Recrutement de la kinase CDK9 pour phosphoryler le CTD en sérine 2 et le recrutement du facteur d’élongation TEFb. La phosphorylation en sérine 2 du CTD change la pol II du mode d’initiation au mode d’élongation.

Question 27

Qu’est ce que l’initiation de la transcription chez les Archées

Answer 27

Les facteurs généraux (TBP, TFB et TFE) substituent le facteur sigma. Plusieurs enhancers agissent en amont du promoteur pour recruter l’ARN polymérase et les facteurs généraux.

Question 28

Résumé l’initiation de la transcription chez les bactéries

Answer 28

le facteur sigma aide l’ARN polymérase à lier le promoteur. Un élément enhancer est généralement proximal au promoteur de base, et est occupé par un ou quelques activateurs

Question 29

Résumé l’initiation de la transcription chez les eucaryotes

Answer 29

Les facteurs généraux augmentent en nombre. Plusieurs activateurs lient des enhancers qui peuvent être éloignés du promoteur de base. Le complexe médiateur aide les activateurs àrecruter l’ARN polymérase et les facteurs généraux.

Question 30

Quel sont les deux facteurs pour l’initiation de la transcription ( question 1 )

Answer 30

1- l’augmentation de la taille du génome et la complexité cellulaire des eucaryotes est associée aux mécanismes plus complexes pour l’initiation de la transcription

2- La chromatine agit comme répresseur général de la transcription