Tumörepigenetik Flashcards
Vad ger en global hypometylering som ofta förekommer vid tumörer?
Det sker en ökad kromosomal instabilitet och en ökad mutationsfrekvens.
Hur går DNA-metylering till?
Addering av en metylgrupp till 5’ ändan på cytosin.
Kan man använda DNA-metylering som en biomarkör?
Ja, det är en mycket bra biomarkör. Man kan använda den för att diagnotisera tumörer (unika mönster av metylering), samt ge information om prognos och behandling.
Varför DNA metyleringsprofilering är viktig?
- Omhändetagandet av specifik patient: t.ex. korrekt behandlingsprotokoll
- Välja rätt patienter för kliniska prövningar av nya riktade behandlingar för specifika subgrupper
Vad är viktigt att biomarkörer ska klara?
En biomarkör ska vara kompatibel (förenlig) med formalin-fixerad paraffin-inbäddad vävnad, dvs att vävnad som är formalinfixerad och inbäddad i parafin.
Vad är viktigt att tänka på vid designen av biomarkörer?
Att de använder ett genom som är stabilt och inte förändras vid mutationer.
Vad är Illumina metyleringsarray?
En metod som används för att se biomarkörer.
Vad står CIMP för? Vad används det till?
CpG island methylator phenotype. Används diagnostiskt för att identifiera patienter med DNA-hypermetylering.
Vad är DNMT1?
Uppbehåller DNA-metyleringsmönster på redan befintliga metyleringar.
Ge ett exempel på när epigenetik kan styra en behandling.
- Man kan mäta och kolla om MGMT (ett protein som lagar DNA) är aktiv i tumören.
- Är MGMT aktiv kommer inte läkemedelet TMZ ha någon effekt. Är den istället inaktiv kommer TMZ ha god effekt.
- Man använda alltså en analys för att se om TMZ är en bra behandling för cancern.
Varför är det viktigt att kunna subgruppera tumörer?
Eftersom vissa subgrupperingar av tumörer gynnas av specifika behandlingar.
Vad är DNMT3?
Ett DNA metyltransferas som metylerar DNA:t de novo (på nytt).
DNA metyleringsprofilering kan användas för att […] och […].
DNA metyleringsprofilering kan användas för att identifiera och subgruppera tumörer.
Vad är CpG öar?
En ökad ansamling av C-G. Dessa finns i störst samling i promotorregionen på DNA:t.
Vilken metod är mest tillförlitligt för att bestämma ålder?
DNA metylering
MGMT metylering är en […] som används inom kliniken för att prediktera behandlingssvar.
MGMT metylering är en biomarkör som används inom kliniken för att prediktera behandlingssvar.
MGMT metylering är en biomarkör som används inom kliniken för att […].
MGMT metylering är en biomarkör som används inom kliniken för att prediktera behandlingssvar.
Är gener med ometylerade CpG-öar inaktiva eller aktiva?
Ometylerade CpG öar är aktiva och kan transkripteras.
Varför används metylerinsarrayer vid tumörformer där man inte vet ursprungsvävnaden?
Eftersom metyleringsarray kan i de flesta fall identifiera många av dessa tumörer och medför en mer specifik form av behandling.
Vad är DNA-metylering?
En epigenetisk mekanism som gör att samma genetiska material kan ge upphov till olika celltyper och vävnader.
Nämn några tumörer som man kan dela i subgrupper baserad på dess DNA metyleringsprofil?
- Medulloblastoma som uppkommer i cerebellum, är malign och vanligt hos barn
- Atypical teratoid rhabdoid tumor (ATRT) grad IV hjärntumör, drabbar barn, uppkommer pga förlust av SMARCB1 protein som är del av kromatin-remodulering komplex SWI / SNF
- Meningiom - långsamt växande tumör som utgår från hjärn- och ryggmärgshinnorna. Man kan dela tumören i 6 metylering subgrupper
Vilket sammanhang har DNA-metyleringar och histonmodifieringar?
- Metyleringen styr kromatininpackningen av histoner. Där det finns metyleringar är DNA:t hårt packat och vice versa.
- Histonmodifiering = acetylering, metylering och fosforylering
Vilka faktorer kan förändra den epigenetiska regleringen?
- Stress
- Diet
- Fysisk aktivitet
- Kemikaler
- Ålder
Vad är en biomarkör?
Något som kan mätas objektivt och kan användas som en indikator för: normala processer, sjukdomprocesser eller terapeutisk svar för behandling
