Molekylär patologi Flashcards
Vilken genetisk mutation leder till melanom?
Aktiverat BRAF (mutation)
Vad är EGFR, HER2 och RAF exempel på?
Tyrosinkinaser
Vad är en drivermutation?
En mutation som driver tumörutvecklingen och utgörs av hallmarks. Dessa hittas i de flesta patienter. Onkogener och tumörsuppressorgener är ofta påverkade av dessa mutationer
Vad står CNV för?
Copy number variations
Vad är CDX2 för markör?
En GI-markör (gastrointestinal markör)
Vad menas med mutationsbörda (mutationens belastning)?
Att tumörer med många mutationer svarar bättre på checkpointhämmare (anti-PD1) än tumörer med få mutationer. Spelar ingen roll vilken mutation det är, desto fler mutationer desto bättre effekt. Alltså är passangermutationer i tumörer här en fördel för patienten, då dessa tumörer svarar starkare på checkpointhämmarna.
Vad är karyotypering?
Ett sätt att se större amplifieringar, insertioner eller translokationer.
Vilken onkogen är ofta muterat i malignt melanom?
BRAF. Sitter downstreams RAS
Vad är en liquid biopsi?
Man mäter ctDNA (circulating tumor DNA) från nekrotiserade och apoptoserade celler i bodplasman.
Hur kan man med blodplasma se om exempelvis en tumör försvinnut?
Man gör en liquid biopsi och mäter kända ctDNA halter.
Hur kan en tumörcell ungdå immonologisk destruktion?
Via att uttrycka PD-L1 på tumörcellen. Denna binder till en receptor på T-cellen och kommer inaktivera T-cellen och således undgå detektion.
Hur kan man med läkemedel förhindra tumörcellens resistans mot immunologiskt destruktion?
Genom att ge checkpointhämmare. Dessa kommer att hämma PD-L1 och PD-1 och förhindra inaktivering av T-cellen.
Var sitter ofta mutationer i protoonkogener som ger upphov till neoplasier?
Mutationer som aktiverar protoonkogener i så kallade hotspots. Detta är på grund av att det är svårt att aktivera en gen och det måste göras på specifika ställen.
IDH1 och PIK3CA i bilden
Var sitter ofta mutationer i tumörsuppressorgener som ger upphov till neoplasier?
Kan sitta lite var stans på genen, då dessa mutationer enbart behöver störa genens funktion (RB1 och VHL på bilden). Inte lika specifik lokalisation som onkogener.
Varför fungerar checkpointshämmare bättre på neoplasier med många mutationer?
Dessa neoplasitiska cellerna är lättare att upptäcka då de presenterar såpas många kroppsfrämande antigen. När man då förhindrar tumörens förmåga att undgå immunförsvaret kommer tumörcellen att lättare detekteras.
Vilken tumörtyp har flest mutationer?
De som utsätts för miljöfaktorer som UV-strålning, luftföroreningar och diet. Detta då tumörerna ofta uppkommer senare i livet då många mutationer har ansamlats.
Vad är targeted sequencing (panelsekvensering)?
Man väljer points of interest i genomet att sekvensera
Vad kan hända om man behandlar en tumör med ett specifikt läkemedel som tyrosinkinashämmare?
Tumören kan utveckla resistens mot denna.
Ge exempel på några behandingsprediktiva analyser samt tolkning på dessa analyser?
Genteiska mutationer kan vara av många olika typer och olika storlek. Ge några exempel!
- Genetiska mutationer:
- Translokationer
- Deletioner
- Amplifikationer
- SBS = punktmutationer
- Indels = insertioner
Vilka större avvikelser kan förekomma hos kromosomer?
- Fusioner
- Deletioner
- Duplikationer
- CNV (copy number variations) – för lite eller för många exemplarer
Vilka små genetiska förändringar kan förekomma hos kromosomer?
- Punktmutationer
- Indels (inseritoner / deletioner)
Hur sker fusion inom en kromosom ?
I detta fall sker inte fusion i form av translikation, att delar av olika kromosomer byter plats med varandra, utan fusionen skett inom en kromosom. T.ex. ALK genen transkriberar från 5’ till 3’ och EML4 genen transkriberar från 3’ till 5’. Området mellan dessa två gener kan flipflopa 180 grader vilket leder till att ALK genen kan få en del av EML4 och EML4 genen kan få delar av ALK. På FISH bilden kan man se att avståndet mellan röd och grön blivit längre som säger att det har skett något brott i kromosomens ALK gen
Vad består fusiongener av och hur viktig är dessa hos tumörer samt vilka typer av fusionsproteiner oftast behandas?
Fusionsgener består oftast av två olika delar och är starkt drivande i tumörer. De fusionsproteiner som oftast behandlingen riktas mot är de fusionsproteiner som innehåller tyrosinkinasdomäner. Många fusionproteiner innehåller inte tyrosinkinasdomän
Ge exempel på tyrosinkinas kodande gener som ingår i fusiongener?
- ALK
- ROS 1
- NTRK 1, 2, 3
- FGFR 1-4
Hur används FISH tekniken?
Man använder två prober med olika färgar som binder på varje sida av en gen, t.ex. ROS1 på bilden. Och om dessa färgar ligger långt ifrån varandra då vet man att det har skett en translokation. Men man kan inte se vilken gen har ROS1 genen bundit till vid translokation.
Vilka typer av sekvensering kan man utföra?
- Target sequencing – “panelsekvensering” t.ex. man sekvenserar hotspot på onkogener på djupet
- Exome sequensing – man använder kapaciteten på bredden
- Whole genome sequensing (WGS) – man använder kapaciteten på bredden
Vilken känlighet på testet använder man om det finns väldigt få neoplastiska celler i tumören?
Då använder man en test som har låg känlighet, t.ex. om neoplastiska celler avgör 30% av hela tumören då behöver man en test som har känlighet på 15% eftersom muterade allelfrekvensen blir hälften av andelen neoplastiska celler
Vilka tyrosinkinashämmande läkemedel använder man vid coloncancer och vid lungcancer?
- Vid coloncancer ranvänder man blockerande antikropp (mAb) Cetuximab, Panitimumab
- Vid lungcancer använder man Gefitinib, Erlotinib
Hur sker med tiden tumörprogression, klonal evolution och heterogenitet vid behandling av tumören?
När man behandlar tumören utifrån dess grundmutation så kommer tumören att förvärva nya mutationer i form av nya subkloner som kommer att bli mer eller mindre framgångsrika. Och när tumören metastaser så kommer dem nya sybkolnerna med ny genetisk uppsättning sprida sig vilket gör att man kommer att ha svårt att behnadla dessa metastaser då man inte vet vilka mutationer finns hos dessa metastaser
Det är svårt att ta reda på genuppsättning av metastaserade tumörer / dotter tumörer. Finns nåt sätt att ta reda på dess genuppsättning?
Ja. Man utför liquid biopsi där man isolerar och analyserar ctDNA / cfDNA som släpps ut i blodet av nekrotiska eller apoptotiska celler från dotter tumörer. Så från ett blodprov kan man sanolikt säga om det finns t.ex. grundmutation i dottertumör eller inte, eller om det finns nya mutationer som ger resistens mot en behanling riktad mot grundmutation
Hur tumörens mutationsbörda är associerad med terapiprognos?
- Tumörer med hög mutationsbörda svarar bra på behandling
- Tumörer med låg mutationsbörda svarar dåligt på behadling
Vad är en passengermutation?
Dessa mutationer hittas enbart i ett fåtal patienter och har ofta ingenting med tumörens utformning att göra. Kan dock ge tumören selektiva fördelar som resistans mot vissa läkemedel.
Varför kan det vara bra att ha en indelning utefter molekylär grund?
Eftersom samma mutation kan finnas i flera tumörformer.
Vilka tumörer uppkommer vid BRAF mutation?
- Malign melanom
- Colon adenocarcinom
- Papillär tyroidea cancer
- Langerhans cell histocytos - onormal ansamling av langerhans cell (en typ av histocyter = vita blodkroppar) på platser i kroppen => skador
- Leukemi
Vilka fyra viktiga molekyler gör man behandlingsprediktiva analyser på?
- HER2 - Bröstcancer
- EGFR - NSCLC (non small cell lungcancer)
- RAS - Colorectalcancer
- RAF - Malignt melanom
Vilken mutation kan orsaka Coloncancer?
Aktiverad EGFR, men även muterad och aktiverad RAS
Vad beror lungcancer ofta på?
Aktiverad EFGR (mutationer)
Vilken genetisk mutation kan orsaka bröstcancer?
HER2-amplifiering
Hur kan man behandla neoplasier som beror på EGFR, HER2 och RAF mutationer samt vad är nackdelen med behandlingen?
Med tyrosinkinashämmare. Dock är inte behandlingen kurativ (botbara), tumörerna utvecklar med tiden resistans mot dessa läkemedel
Vad menas med mountains and hills?
Att vissa mutationer förekommer i många patienters neoplasier (mountains) och att andra förekommer i enbart vissa få pateinter (hills). Detta talar om vilka mutationer som är viktigast för tumörprogression.(APC, KRAS och TP53).
Behandlar man med tyrosinkinashämmare vid coloncancrar då man hittar RAS mutationer?
Man behandlar inte med tyrosinkinashämmare då dessa inte har någon effekt då RAS är downstreams tyrosinkinashämmaren.
När är RAF ofta muterad?
I epiteliala tumörer. Den är då ständigt aktiv.
Vad kan man kalla NGS med ett annat ord?
Massive parallel sequencing
Vad menas med individualiserad onkologi?
- Man betraktar varje patients tumör med indviduell mutationspektrum som individuell tumör
- Förklarar tumörens beteende
- En målstyrd terapi mot tumörens förändringar.
- Man behandlar mutationer som svarar på behandling
- Man gör det via behandlingsprediktiva analyser.
Vad är nackdelen med tumördiagnostik med Sanger-sekvensering?
Man behöver stora andeler neoplastiska celler för att se deras genom i sekvenseringen.
Ge exempel på hur EGFR, HER2 och RAF neoplasier kan utveckla en resistans mot tyrosinkinashämmare
RAS kan med tiden muteras. Då kommer inte tyrosinkinashämmaren ha någon effekt längre då mutationer är downstreams tyrosinkinaset.
Varför är det bra att göra en targeted sequencing ibland?
Då får man ett stort djup i sekvenseringen, man sekvenserar då en nukleotid flera gånger.
När man säger tumörceller, vad menar man då?
Man kan mena alla cellerna i en tumör (neoplastiska celler samt stroma = icke neoplastiska) eller enbart de neoplastiska cellerna.
Vilka tumörer har lägst mutationer?
Barntumörer har ofta få mutationer då dessa inte har hunnit ansamla mutationer. Här har några få specifika mutationer gjort stor tumörprogress
Hur brukar man dela in molekylära analyser inom patologin?
- Diagnostiska
- Behandlingsprediktiva
- Prognostiska
Vad är skillnaden med att sekvensera på bredden och sekvensera på djupet?
- Sekvenserar man på bredden sekvenserar man stora delar av genomet från olika celler. Då är det en liten chans att sekvensen innehåller den neoplastiska mutationen.
- Sekvenserar man på djupet sekvenserar man samma sekvens med flera tusentals gånger, då ökar chansen att man får med en neoplastisk mutation.
Vad avgör känsligheten för genomisk analys?
Hur många muterade alleler som finns per totalt antalet alleler. Är det väldigt få muterade alleler kan det vara svårt att diagnostiskt hitta dessa.
Delar alltid metastaser samma genetik och epigenetik som sin ursprungstumör?
Vissa mutationer finns kvar och är antagligen de viktigaste mutationerna för tumörprogression. I övriga delar av genomet kan metastaserna muteras och genomet kan se annorlunda ut än originalet.
Vad kallar man passenger mutation på annat sätt?
Subkloner
Mot vilken mutationsgen har man oftast riktad behandling och varför?
Mot oknogener då dessa har mutation på ett specifik ställe = lättare att hitta behandling. Däremot mot tumörsuppressorgener blir svårt att hitta riktade behandling då dessa har mutation lite var stans
Vad menas med coverage/djup vid sekvensering?
Antalet gånger en nukleotid avläses under sekvenseringen.
Vad är Whole Genome Sequencing (WGS)?
Man sekvenserar hela genomet inkluderat introsomer och exosomer.
Vilka två histologiska komponenter består en tumör av?
Neoplastiska celler och stroma (bindväv, kärl)
Vad är exome sequencing?
Man sekvenserar alla exosomer, de kodande delarna av DNA:t.
