Cancergenomik Flashcards
Vilken cancer drabbas man av vid mutation i excision repair genes?
Xeroderma pigmentosom (autosomalt recessiv)
Vilka signaltransduktionsvägar aktiveras av BCR-ABL?
- RAS/MAP kinaset (proliferation, tillväxt, överlevnad)
- JAK/STAT 5 (proliferation)
- PI-3 kinaset (celltillväxt, glukosmetabolism, proliferation, cellmigration)
- MYC (celltillväxt)
Vilken gen har oftast muterats vid ärftlig retinoblastom?
RB1
Vad är fusionsgenen i KML (kronisk myeloisk leukemi)?
En translokation mellan kromosom 9 och 22. Ger BCR-ABL.
Vad är en PAN-inhibitor?
Tyrosinkinasinhibitorer som inte är specifika. Dessa har mycket större biverkningar än de specifika inhibitorerna.
Man brukar dela in cancergener i tre olika grupper. Vilka?
- Onkogener
- Tumörsupperssorgener
- DNA-reparationsgener
Vilken gen har oftast muterats vid ärftlig Li-Fraumeni syndrom (mescenkymal- oche epitel- tumörer)?
p53
Vilken gen har oftast muterats vid ärftlig Multipel endokrin neoplasi?
RET (protoonkogen)
Vad används tyrosinkinasinhibitorer till?
- Läkemedel för cancerbehandling vid cancer som beror på fusionsproteiner.
- Inhiberar fusionsproteiner (fusionsreceptorer) med hög specificitet (färre biverkningar än cytostatika).
- Inducerar apoptos i cancercellen.
I vilken ålder ses största delen av tumörutveckling?
Över 65 års ålder sker 65% av alla cancrar.
Hur fungerar Imatinib?
Blockerar kompetetivt ATP-fickan i BCR-ABL proteinet. Kommer då inhibera BCR-ABLs signaltransduktionsväg (signalöverföring).
Vad kodar HER2 för?
En tillväxtfaktorreceptor. HER2 är en onkogen vid dess amplifierad form. Finns i vissa bröstcancerformer.
Hur kan balancerad translokation eller balanserad inversion leda till punkmutation?
Vid balanserad translokation eller inversion (omvändning) kan t.ex. ske promotor swapping mellan två gener vilket leder till förändrat genuttryck
Ange namn på olika onkogener samt deras funktion?
- Tillväxtfaktorer (TGFA, PDGFB)
- Tillväxtfaktorreceptorer (EGFR, HER2)
- Signalmediatorer (RAS, ABL)
- Transkriptionsfaktorer (MYS, NMYS)
- Cellcyckelregulator (CDK4, CCND1)
- Apoptosregulator (BCL2, MCL1)
- Kromatinmodifierare (ARID1A, CREBBP)
Vilka mekanismer leder till aktivering av onkogner?
- punktmutation
- genamplifiering
- balanserad kromosomrearangemang (t.ex. translokation/inversion)
- virustransduktion
Vilka typer av punktmutation finns?
- Silent mutation
- Nonsense mutation
- Missense mutation
Hur stor andel av icke småcellig lungcancer orsakas pga mutation i EGFR genen som kodar för tyrosinkinasreceptorer = tillväxtfaktorreceptorn?
Ca 20%
- Ungefär hur stor del av alla cancrar orsakas pga RAS mutation?
- Vilka organ drabbas av RAS mutation vanligast?
- Ligger RAS-proteiner uppström eller nedström om EGFR tillväxtreceptorer?
- RAS gener (HRAS, KRAS, NRAS) muterade i ungefär 30% av alla cacrar
- Organ som drabbas av cancer pga RAS mutation:
- Bukspotkörtelcancer = 90% RAS mutationer
- Coloncancer = 50% RAS mutationer,
- Lungcancer också vanliga
- RAS proteiner ligger nedström om EGFR tillväxtreceptorer
Vad innebär chimära fusionsgener samt ange ett ex på en sånt gen?
När två olika gener fuserar ihop och bildar en helt ny gen som kodar för ett helt nytt protein med nya egenskaper. Dessa gener är oftast transkriptionsfaktorer eller tyrosinkinaser, ex: BCR-ABL i KML
Sammanfatning av fusionsonkogener?
- nya gener som uppkommer pga kromosomarrangemang
- tidiga händelser av betydelse för tumöruppkomst
- tumörspecifika (diagnostiska)
- prognostiska
- målmolekyler för läkemedelsbehandling
- biomarkörer för uppföljning
Vilka sjukdomar orsakas pga fusionsonkogener?
- leukemier
- lymfom
- sarkom
- spottkörteltumörer
- prostatacancer
- lungcancer
- bröstcancer
Vilken typ av mutation är TMPRSS2-ERG samt vilken cancer orsakas av detta mutation?
- Det är en fusionsonkogen
- Är vanligaste genomiska avvikelsen i prostatacancer
- Transkriptionsfaktor genen ERG aktiveras då dess promotor byts ut mot TMPRSS2–aktiv promotor
Ange exempel på några tumörsuppressorgener samt deras funktion?
- cellcykelreglering (RB1, CDKN2A)
- transkriptionell reglering (p53, WT1)
- signaleringshämning (APC, PTEN)
- celladhesion (CDH1)
Mekanismer som inaktiverar tumörsuppressorgener?
- punktmutationer
- deletion
- hypermetylering
Hur kom man på att tumörsuppressorgener är recessiva på cellulär nivå?
Att tumörsuppressorgener är rescesseciva i cellulär nivå uptäcktes genom studier av ärftlig och sproradisk retinoblastom. Där man kunde se att både alleler måste vara muterade för att tumören ska uppstå.
I vilka tumörer är RB1 muterade?
- I retinoblastom men även glioblastom, bröstcancer m.fl
- Direkt eller indirekt finns RB1 mutation i alla cancrar
Hur viktig är p53 för kroppen när det gäller cancersjukdomar?
- är en central stressensor - transkriptionsfaktor
- den mest frekvent inaktiverade genen i human cancer (>50% av alla fall)
- direkt / indirekt inaktiverad i de flesta cancerformer (t.ex. via MDM2 amp.)
Hur svarar cancerceller med defekt p53 och cancerceller med intakt p53 på radioterapi / kemoterapi?
- cancerceller med defekt p53 svarar sämre på radio-/kemoterapi då p53 funktionen är nedsatt och därmed celler inte kan gå i apoptos
- cancerceller med intakt p53 svarar bättre på kemo-/radioterapi då p53 är fullfungerande och därmed celler kan gå i apoptos