Mikrobiologisk diagnsotik Flashcards
Vad innefattar mikrobiologiska metoder?
Traditionell mikrobiologi (mikroskopiering, odling, artbestämning, resistensbestämning)
Molekylärbiologi (PCR)
Serologi
Ny mikrobiologi (NGS, WGS, metagenomik)
Vad är traditionell mikrobiologi?
Mikroskopering av bakterier, svamp och parasiter. Odling för artbestämning och resistensbestämning. Nackdel är att alla bakterier (såsom mykoplasma & tuberkulos) inte går att odla på ordinärt sett (plattor). Tar även lång tid (oftast >24h) och är en subjektiv bedömning.
Odling: Provinsamling -> utodling -> inkubering över natten -> avläsning)
Hur sker artbestämning?
Artbestämning sker genom masspektrometri (MALDI-TOF) där varje art har ett unikt spektrogram.
Hur sker resistensbestämning med diskdiffusion?
Disk(lapp) innehållande antibiotikum placeras på odlingsplattan (1-6st lappar får plats på en platta). Vid känslighet bildas en hämnings-zon vars diameter översätts till svaret (känslig = stor zon, resistent = liten zon).
Hur sker resistensbestämning med MIC?
MIC (minsta inhiberbara koncentrationen):
Översätts till SIR-systemet (lågt värde = känslig, högt värde = resistent).
S= Susceptible, standard dose (Känslig/Sensitiv).
I= Susceptible, increased exposure.
R= Resistant (Resistent).
Vad kan man påvisa med molekylärbiologi?
Samtliga smittämnen men framförallt virus.
Vad är PCR?
Påvisar nukleinsyror (DNA/RNA). Mycket snabb automatiserad process. Kan ej skilja på levande/döda mikroorganismer. Den höga sensitiviteten kan leda till att många agens detekteras med oklar relevans till infektionen/den kliniska bilden – kan orsaka bedömningssvårigheter.
Hur kan man tänka med kvantifikation av PCR?
Ju färre PCR-cykler som krävs för att påvisa nukleinsyran, desto mer patogener fanns i provet (10-20 cykler = mycket patogener, 40 cykler = lite patogener). Används för diagnosticering eller för att följa behandling.
Vad är serologi?
Detektion av antikroppar (främst virus) genom ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) eller immunokromatografi (snabbtester).
När använder man serologi?
Används för immunitetskontroll/diagnostik (Hepatit A-E, HIV, CMV/EB, HSV/VZV, TBE, borrelia, Toxoplasma, Syfilis).
Serologi används sällan för bakteriella agens då det är mycket svårt att skilja på aktuell/tidigare infektion samt att bakterier ofta ändrar sina ytantigen vilket försvårar specificiteten.
När ska man aldrig använda serologi?
hos immunsupprimerade
Vad är 3 typer av ny bikrobiologi?
NGS (next generation sequencing, omfattande parallell sekvensering, används främst på sterila punktat/CNS/ledvätska),
WGS (whole genome sequencing, helgenomsekvensering för att ex. finna resistensmutationer),
metagenomik (NGS-analys av allt genetiskt material i prov).
Vad ingår i en generell mikrobiologisk utredning?
- Status: Finns klinisk misstanke om infektionsorsakade symptom? Misstänkt infektionsfokus?
- Klinisk kemi: CRP, LPK, Procalcitonin. Oklart fokus i slutenvård bör föranleda en ”rundodling” för avsmalning av antibiotikavalet.
- Misstänkt mikrobiologiskt agens:
Bakterier eller svamp: Odling.
Virus: Serologi eller PCR.
Hur tar man en blododling? 5 steg
- Desinficera huden för att minska risken för kontamination av hudbakterier.
- Ta ett slaskrör.
- Fyll de båda blododlingsflaskorna ordentligt (8-10ml).
- Blododling med (1 aerob flaska + anaerob flaska) x 2.
- Blododlingen inkuberas -> gramfärgning -> mikroskopering -> art- och resistensbestämning. Tar oftast 6-12h till en flaska blir ”positiv” vid klinisk infektion (men 90% blir positiva inom 2 dygn).
När får man de olika preliminärsvaren och vad säger dem?
· Preliminärt svar 1 (minuter): Mikroskopi.
· Preliminärt svar 2 (1-2 h): Artbestämning.
· Preliminärt svar 3 (6-8 h): Snabbresistens.
· Slutsvar (ca. 24h): Art + resistensbestämning.
Vad är vanliga patogener vid sepsis?
Gramnegativa stavar (E. coli, Klebsiella, Pseudomonas),
gramnegativa kocker (Neisseria – gonokocker & meningokocker, Moraxella),
grampositiva stavar (bacillus, Listeria, difteroida stavar),
grampositiva kocker (staphylococcus aureus, grupp A streptokoccker, alfastreptokocker, enterokocker, S. pneumoniae).
Vad är vanliga bifynd/kontaminanter vid sepsis/blododling?
Kontaminanter förekommer i enstaka blododlingsflaska och har en lång larmtid (>24h innan de detekteras i blododlingen). Ofta koagulasnegativa stafylokocker (KNS, vanligast), corynebacterium, Bacillus spp. Alfastreptokocker kan förekomma som bifynd.
Vad är viktigt att tänka på vid enterokocker och blododling?
Enterokocker ska aldrig betraktas som kontamination utan sepsis ska misstänkas och EKO beställas för undersökning av hjärtklaffarna!
Hur tar man prov på ytliga hud/mjukdelsinfektioner?
Pinnprov. Normalflora försvårar tolkning varpå vi ska begränsa provtagning till svåra patientfall (ändock viktigt med rengöring).
Vilka patogener är vanliga i ytliga hud/mjukdelsinfektioner?
Grupp A-streptokocker och S. aureus. Pasteurella multocida är vanligt vid bett/rivsår från hund/katt.
Vilka bifynd är vanliga i ytliga hud/mjukdelsinfektioner?
Oftast bifynd med KNS, coli-former, enterokocker.
Hur provtar man djupare hud/mjukdelsinfektioner?
per-operativa vävnadsbitar eller sterila punktat
Vilka patogener är vanliga i djupa hud/mjukdelsinfektioner?
Nekrotiserande fasciit (GAS, Clostridium perfringens),
abscesser (ofta anaerob blandflora med tarmbakterier/streptokocker),
Osteit/osteomyelit/diskit (S. aureus, KNS).
Hur tar man mikrobiologisk diagnostik av luftvägsinfektioner?
- Övre luftvägsinfektion: Sputum (föredras) eller Nasofarynxprov.
- Nedre luftvägsinfektion: Trakelsekret eller Bronksköljvätska (föredras).
Odling för bakterier/svamp samt resistensbestämning. PCR för bredare diagnostik som inkluderar svårodlade agens såsom virus och atypiska bakterier.
Vilket prov för luftvägsinfektioner tas hos svårt sjuk patient?
På svårt sjuk patient ska urinantigen tas (Legionella pneumophila och S. pneumoniae). Risk för falsk negativ - Legionella finns med i PCR-block (känsligare).
Vad är ett “luftvägs-block”?
PCR-paket för påvisning av ett dussintals agens (virus & bakterier). Används vid mycket svårt sjuk patient (kan dock vara svårt att värdera klinisk relevans).
Vilka patogener är vanliga i luftvägarna?
Pneumokocker, Haemophilus influenzae, Moraxella, GAS/GCS/GGS.
Vilka atypiska agens kan ge lyftvägsinfektioner?
Mycoplasma pneumoniae (hostan kommer före febern), Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci, Bordetella pertussis (kikhosta).
Vilken mikrobiologisk diagnostik görs vid urinvägsinfektioner?
Urinodling: Använder mittstråleurin, urin från blåspunktion eller KAD-urin. En bestämd volym odlas ut vilket används för semi-kvantifiering.
Vilka vanliga primärpatogener kan ge UVI?
Patogener med ≥103 colony forming units (CFU)/mL. Ofta E. coli och S. saprophyticus.
Vilka vanliga sekundärpatogener kan ge UVI?
Patogener med ≥104 CFU/mL. Ofta proteus, Klebsiella, Enterobacter.
Vad är vanlig hos äldre? urinvägsrelaterat
Mycket vanligt med asymptomatisk bakteriuri hos äldre (ingen utredning utan UVI-symptom) samt med blandflora.
Vilka virus kan vanligen orsaka gastroenterit och hur diagnosticerar man?
PCR (paneler finns).
Ofta Calicivirus (Norovirus och Sapovirus), Rotavirus, Adenovirus, Astrovirus m.fl.
Vilka bakterier kan vanligen orsaka gastroenterit och hur diagnosticerar man?
Odling och/eller PCR. Ofta Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Vibrio cholerae, EHEC (PCR), C. difficile (PCR/toxinpåvisning).
Vilka protozoer/mask kan vanligen orsaka gastroenterit?
Entamoeba histolytica, Giardia, Blastocystis hominis, Dientamoeba fragilis.
Hur utreder man misstänkt CNS-infektion?
Lumbalpunktion (celler/laktat, odling, PCR/antigentest, odling), blododling, serologi (ffa TBE).
Vilka bakterier kan orsaka CNS-infektion?
Pneumokocker, Haemophilus influenzae, meningokocker, E. coli, grupp B-streptokocker (GBS), Listeria, Neuroborrelios (likvor-serumkvot).
Vilka virus kan orsaka CNS-infektion?
HSV 1 (viktigt med Aciclovir snabbt), HSV 2, VZV, enterovirus, TBE.
