Bio mol - Cours 5 Maladie infectieuse/BPL Flashcards
Quelle est la cause d’una maladie infectieuse?
Causée par la transmission d’agents pathogènes entre les individus d’une population
Nommer des agents pathogènes pouvant causer des maladies infectieuses
- Virus
- bactéries
- parasites
- champignons
Nommer 2 modes de transmission des maladies infectieuses et donner des exemples pour chacuns
Direct :
- Contact peau à peau
- Contact des muqueuses
- Contact avec du sang
Indirect
- Aérosols
- Goutellettes
- Surfaes ou aliments contaminés
Pourquoi monitorer les maladies infectieuses?
- Pour anticiper les problèmes et les maladies en émergence
- Pour soutenir les interventions de santé publique visant à protéger la population de la propagation d’infections et d’éventuelles épidémies
Quel organisme coordonne l’étude des maladies infectieuses au Québec?
L’INSPQ/LSPQ
Laboratoire de santé publique du Québec qui fait parti de l’Institut national de santé publique du Québec
Quels sont les 4 domaines d’expertise de l’INSPQ/LSPQ?
- Immunisation
- ITSS (infections transmises sexuellement et par le sang) et biovigilance
- Infections nosocomiales et risques infectieux en milieu de soin
- Surveillance, prévention et contrôle des maladies infectieuses
Nommer des champ d’expertise du LSPQ dans le domaine de l’immunisation
- Évaluation des programmes d’immunisation
- Promotion de la vaccination et organisation des services
- Surveillance des couvertures vaccinales et des manifestations post-vaccination
Nommer des champ d’expertise du LSPQ dans le domaine des ITSS et biovigilance
- Développement et coordination des programmes nationaux de formation en ITSS
- Analyse des données de surveillance des ITSS (dont le VIH)
- Soutien d’expertise pour la réalisation et l’évaluation des programmes de prévention
Nommer des champ d’expertise du LSPQ dans le domaine des infections nosocomiales et risques infectieux en milieu de soin
- Surveillance et élaboration de lignes directrices en prévention des infections nosocomiales
- Évaluer le risque pour les travailleurs de la santé
Nommer des champ d’expertise du LSPQ dans le domaine de la survaillance, prévention et contrôle des maladies infectieuses
- Surveillance et prévention des maladies vectorielles, zoonotiques, entériques, alimentaires et hydriques
- Surveillance de la résistance aux antimicrobiens
Qu’est ce que le TAAN?
Technologie d’amplification d’acides nucléiques
***Nommer des avantages des méthodes TAAN en infectiologie
Méthode de choix en identification de microorganismes
- Méthode la plus sensible
- Rapidité d’exécution par rapport à la culture
- Permet l’ID de pathogènes difficiles/impossibles à faire croitre en culture
- Capacité analytique élevée (plaque 96 puits)
- Potentiel de détection en simultané (multiplex)
- Appareillage relativement simple
- Application de méthodes commerciales et potentiel de développement interne selon les besoins
- Applications diverses
- Dx/dépistage/surveillance (qualitatif)
- Détermination de la charge virale (quantitatif)
***Nommer des désavantages des méthodes TAAN en infectiologie
Contexte et intention clinique
- Que veut dire un résultat + et quoi faire avec?
- Rémanance cellulaire post-traitement
-
ID microorgansime n’identifie pas nécessairement la cause de la pathologie
- Concordance clinique
- Flore endogène du patient
- Que veut dire un résultat - ?
-
Faux négatifs possibles :
- Matrice
- Qualité du prélèvement
- Timing du prélèvement p/r à apparition Sx
- Milieu de transport
- Technique manuelle
-
Faux négatifs possibles :
- Qu’est-ce qu’on cherche à identifier?
- Très très spécifique donc très ciblé
- Ne permet pas de recherche à large spectre
- Contrôler l’utilisation du multiplex : Rechercher des pathogènes qu’on peut traiter
- Aspect de laboratoire
- Requiert des espaces physiques adéquats (pré-post PCR)
- Attention aux contaminations
***Nommer des avantages des méthodes de culture et antibiogramme en infectiologie (test de susceptibilité)
- Technique traditionnelle (souvent encore gold Std)
- Très bonne spécificité
- Identification large de l’agent infectieux (pan-domaine)
- Différents milieux possibles pour une bonne sélectivité
- Peu coûteux
- Permet d’orienter le Tx
- Permet de distinguer les souches susceptibles vs les souches résistantes (Ex : staph aureus vs SARM)
***Nommer des désavantages des méthodes de culture et antibiogramme en infectiologie (test de susceptibilité)
- Certains microorganismes croissent mal en culture
- Sensibilité variable selon les organismes
- Délai de croissance
- Nécessite des cultures diverses (aérobie, anaérobie, milieu sélectif…)
***Nommer des avantages des tests antigéniques en infectiologie
- Rapide
- Automatisable
- Faible coût
- Très grande capacité analytique
***Nommer des désavantages des tests antigéniques en infectiologie
- Sensibilité et spécificité variable et majoritairement moins bonnes que TAAN et culture
- Cible un nombre limité de pathogènes
“On ne sait pas quoi faire avec??”
***Nommer des avantages de la sérologie en infectiologie
- Disponible dans presque tous les laboratoires
- Utile pour évaluer la séroprévalence et études épidémiologiques (suivi)
***Nommer des désavantages de la sérologie en infectiologie
- Peu ou pas utilisé en diagnostic
- Performance variable selon les tests (IgA, IgM, IgG, Ig totaux)
***Nommer des avantages de la spectrométrie de masse (MALDI-TOF) en infectiologie
- Permet ID les microorganismes sur la base de leur signature protéique
- Potentiel de passer la barrière pan-domaine (culture préalable)
***Nommer des désavantages de la spectrométrie de masse (MALDI-TOF) en infectiologie
- Très $$$
- Requiert une expertise
- Requiert quand même un antibiogramme
- Pas parfait : certaines bactéries ont des signatures protéiques semblables (E. coli et Shigella)
Nommer des caractéristiques des infections respiratoires
- Courantes
- Caractères souvent saisonniers
- Responsables d’infections nosocomiales et communautaires
- Présentation variable inter-individus
Qu’est ce que le SAG? À quoi fait-il référence?
Syndrome d’Allure Grippale (SAG)
- Fièvre
- Toux
- Douleurs articulaire et musculaires
- Fatigue extrême
Discuter de la présentation clinique des infections respiratoires
- Présentation variable
- Peut aller d’une présentaiton asymptomatique à une détresse respiratoire
- Symptômes et complications tendent à être plus imporantes chez les personnes à risque
- NN
- Immunosupprimés
- Facteurs de risques
- Femmes enceintes
- Personnes âgées
Quel groupe d’âge est le plus affecté par l’influenza?
> 75 ans
Nommer quelques infections respiratoires
- Influenza A/B
- Adénovirus
- SRAS-CoV
- SRAS-CoV 2
- MERS-CoV
- RSV (Virus respiratoire syncytial)
- Staphylococcus aureus
- Chlamydia pneumoniae
Que signifie SRAS-CoV-2?
Syndrome respiratoire aigu sévère - Coronavirus 2
Discuter du mode de transmission du SRAS-CoV-2
- Compréhension encore incomplète
- Principalement une transmission personne à personne par gouttelettes-contact
Discuter de l’infectiosité du SRAS-CoV-2
- Plus la charge virale est élevée, plus la probabilité de transmission est grande
- Infectiosité débute environ 2.3 jours avant le début des Sx
- Pic d’infectiosité = 0,7 jours avant le début des Sx
- Infectiosité quasi-nulle 7-10 jours après le début des Sx
- Médiane de la clairance virale = 30 jours!
Quelle valeur de Ct est utilisée par le LSPQ pour juger que le potentiel infectieux est bas?
Ct >= 33
Nommer quelques indications de dépistage pour le SRAS-CoV-2
- Patient avec Sx COVID
- Contexte d’éclosion
- Contact avec une personne positive
- Patient ASx admis dans une unité de soin ou qui recevront différents traitements
- Travailleur de la santé
- Patient ASx soumis à admission dans un milieu de vie (CHSLD)
Nommer des S/Sx de la COVID
- Toux
- dyspnée
- fièvre
- maux de tête
- diarrhée
- mal de gorge
- Anosmie
Quelle est l’évolution clinique la plus fréquente de la COVID?
Développement d’une pneumonie atypique avec infiltrats bilatéraux au CT scan
Quelle est la proportion d’infection COVID ASx ?
Environ 30-40%, mais attention au timing du répistage (pré-Sx, post-Sx)
Chez les patients symptomatiques atteints de la COVID, quelle est la force des atteintes?
- Atteinte légère (81%)
- Atteinte sévère (14%)
- Atteinte critique (5%)
- Dysfonction multi-organes
- Choc
- Insuffisance respiratoire
- Mortalité : 2,3%
Nommer des complications connues de la COVID
- Insuffisance respiratoire
- Ventillation assistée chez 12,3% des patients
- Complications cardiovasculaires (AMI)
- Complications thromboemboliques (ACV)
- Complications inflammatoires (Kawasaki, Guillain-Barré)
- Séquelles à long terme (fatigue, faiblesse, détérioration respiratoire)
Quel est le processus analytique d’un échantillon COVID?
- Inactivation
- Extraction
- Amplification
- Interprétation
- Rapport
Discuter des avantages et des désavantages d’une stratégie de pooling en TAAN
Avantages :
- Augmente la capacité analytique
- Diminue le besoin de réactifs d’extraction
Désavantages :
- Besoin de temps technique pour pooler
- Quelle population? (comment pooler pour que ce soit efficace)
- L’utilité du pooling dépend de l’incidence
Expliquer pourquoi l’utilité du pooling dépend de l’incidence
- Lorsque l’incidence est élevée, si on pool, on a plus de chances de devoir dépooler et retester les échantillons
- Indication de pooler lorsque l’incidence est faible
Quelle autre méthode peut être utilisée au lieu de l’extraction (kit)?
Lyse thermique
Discuter des avantages et des inconvénients de la lyse thermique comme technique d’extraction
Avantages :
- Permet de ne plus avoir besoin de stock de réactifs d’extraction
- Inactivation et extraction réalisés en une seule étape
Désavantages :
- Ne permet pas de pooler
- Nécessite l’ajout d’un contrôle interne
- Validation requise
- Possibilités d’inhibiteurs réactionnels (débris cellulaires)
Quelles CLSI sont spécifiques au développement PCR?
- MM03-2015
- MM17-2018
Vrai ou faux : Les méthodes sérologiques et antigéniques ont une excellente capacité de multiplexage comparativement au TAAN
FAUX
TAAN nettement meilleur que sérologie et antigènes pour le potentiel de muxiplexage
Parmis les différentes méthodes disponibles pour identifier le SRAS-CoV-2, laquelle est la plus sensible?
TAAN (95,2%)
Quels sont les avantages et les désavantages de la méthode TAAN pour les tests de COVID?
Avantages :
- Test le plus sensible
- Automatisable (Cobas, BDMax)
- Haute cadence
- Rapidité
Désavantages :
- Technique manuelle
- Rémanance (détecte encore du virus non actif)
- Risque de FP/FN
- Performance variable selon matrice
Quels sont les avantages et les désavantages de la méthode sérologique pour les tests de COVID?
Avantages :
- Détection des infections passées
Désavantages :
- Ne permet pas le Dx
- Performance variable (IgG, IgM, IgA, Ab totaux)
- Peu d’application
Matrice = sérum
Quels sont les avantages et les désavantages de les méthodes antigéniques pour les tests de COVID?
Avantages :
- Rapidité
- Cadence
- Automatisable
Désavantages :
- Moins performant que TAAN
