W3HC7: Proteomics, metabolomics, miRNA's en RNAi screens

Question 1

Proteomics

Answer 1

Kijken naar eiwit:

• hoeveelheid eiwit is betere maat voor genexpressie dan mRNA
• expressieprofiel van eiwitten is niet zo snel en gemakkelijk
• mogelijkheden voor analyse: eiwitidentificatie, - modificatie en -interactie mapping

Question 2

Massa spectrometrie kan

Answer 2

• eiwit identificeren
• eiwit kwantificeren
• bindende eiwitten identificeren
• eiwitmodificaties identificeren

Question 3

Eiwit identificatie en massa spectometrie

Answer 3

• eiwit in kleine stukjes opbreken -> analyseren wat die stukjes voor codering bevatten mbv massa spectrometrie -> data vergelijking -> identificatie eiwit
• opbreken eiwit door trypsine

Question 4

Massa spectometer

Answer 4

Mengsel ligt op de positief geladen sample plaat waarop geschenen wordt met een laser -> elektron wordt uit zo’n peptide geschoten -> peptide met positieve lading -> richting negatieve plaat en krijgt daar een bepaalde snelheid mee die afhangt van de grootte -> detector meet snelheid -> daarmee massa meten -> bepalen welke aminozuren in het peptide moeten zitten door vergelijking met bekende molecuulmassa’s van de database -> identificatie

Question 5

Massa spectometrie eiwit-interacties

Answer 5

• antilichamen die een vd eiwitten van het complex herkent -> complex blijft hangen daaraan -> kijken wellk eiwit aan het herkende eiwit vastzit -> massaspectometrie
• meer te weten komen over complexe regulatiecircuits in cellen en gebruiken om genexpressie profielen te begrijpen

Question 6

Massa spectometrie en eiwitmodificaties

Answer 6

• eiwitactiviteit kan beïnvloed worden door groepen die eraan gezet worden zoals fosfaat -> kijken op welke de fosfaatgroep zit
• na trypsine digestie verrijking door fosfopeptiden -> met massaspectometrie kijken waar ze zitten, fosfaat geeft extra gewicht

Question 7

Metabolomics

Answer 7

• analyseren welke metabolieten voorkomen, en zo de activiteit van de eiwitten meten
• metabolieten ook positief geladen maken -> massa meten -> identificeren welke moleculen erin zitten -> herkennen patroon -> bepaalde marker die misschien bij een ziekte hoort?

Question 8

microRNA

Answer 8

• kort stukje RNA, ligt gecodeerd op het DNA
• wordt een transcript van gemaat en op maat geknipt en in het RISC complex ingebouwd -> zorgt voor specificiteit, eiwitcomponenten zorgen voor repressie van translatie of mRNA afbraak

Question 9

siRNA’s

Answer 9

• gebruiken en in de cel te brengen in het RIScomplex -> gaat opzoek naar het mRNA wat daar op past -> mRNA wordt afgebroken
• gebruikt om de hoeveelheid expressie van een gen naar beneden te brengen

Question 10

Nadelen bij ingrijpen in de groei van kankercellen

Answer 10

• specificiteit van dergelijke remmers is vaak een probleem
• kan gemakkelijk resistentie ontstaan
• zal vaak niet lukken geschikte remmers te vinden

Question 11

RNAi

Answer 11

• kan voorkomen dat eiwitten die essentieel zijn voor de groei van kankercellen tot expressie komen
• voordelen: eenvouding toe te passen als je de sequentie van het gen weet, specifiek, door het mRNA op verschillende plekken met siRNAs aan te pakken, krijg je niet zo makkelijk resistentie
• nadelen: alleen om expressie te remmen, weten nog niet hoe we het siRNA in de gewenste cellen moeten inbrengen