Topi transgenici, topi knock in, topi knock out Flashcards
Quale è il vantaggio di utilizzare organismi interi animali per esperimenti di loss o gain of function rispetto a farli in vitro nelle cellule coltivate? Fare un esempio di gene che è meglio studiare con organismi interi
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Quale è la condizione necessaria per prendere per buono un esperimento fatto con organismi animali interi? Come sono quindi gli organismi in questione?
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Quale è il dato più forte che ci fa capire la funzione di un gene e quale tipo di esperimento in particolare?
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Perché si prediligono i topi come modelli animali per fare esperimenti?
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Quale è il fine ultimo degli esperimenti effettuati con organismi animali in ambito diagnostico e terapeutico?
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Quali sono i tre tipi di modelli murini geneticamente modificati che vengono utilizzati in laboratorio?
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Quand’è che un topo può essere definito transgenico?
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In che punto si va a integrare nelle cellule dei topi transgenici un transgene? In quali cellule avviene inizialmente questa integrazione
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Quale è lo scopo di esperimenti fatti con topi transgenici?
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Come viene costruito un transgene prima di inserirlo nelle cellule del topo, cosa deve contenere al suo interno? È possibile guidarlo verso un punto specifico del genoma?
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Di che tipo può essere il promotore associato al transgene integrato nelle cellule del topo?
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Che elemento serve a rendere funzionale un mRNA trascritto da un transgene inserito nelle cellule di un topo?
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Nell’ integrazione del transgene della beta globina in un topo, come si può verificare che l’inserimento sia andato a buon fine? Quale è il rischio potenziale
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Nel caso del transgene WAP-p53R172H, cosa stanno ad indicare WAP, p53 e R172H? Dove viene espresso questo gene e in quali periodi? Se si ha una versione mutante di p53, quali sono le conseguenze a livello molecolare e tissutale?
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Dato che è difficile introdurre un intero gene con introni ed esoni all’ interno di un plasmide prima di introdurlo come transgene in un topo, cosa si può usare alternativamente nella struttura del transgene?
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Nei topi transgenici, nell’ esperimento riguardante WAP-p53R172H, una volta integrato un transgene con p53 mutato, quale è la prima cosa che si deve verificare e tramite quale strumento? Cosa ne emerge?
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Nei topi transgenici, nell’ esperimento riguardante WAP-p53R172H, una volta verificato che il transgene con p53 mutato, viene espresso ad alto livello solo in alcuni topi, cosa va verificato?
220
Nei topi transgenici, nell’ esperimento riguardante WAP-p53R172H, cosa emerge da una prima analisi sull’espressione del gene e sullo sviluppo della ghiandola mammaria, inserendo un transgene con p53 mutato?
220
Nei topi transgenici, nell’ esperimento riguardante WAP-p53R172H, cosa bisogna fare per avere un rapido sviluppo di tumori dopo l’ inserimento del transgene con p53 mutato?
220
Com’ è il promotore che guida l’ espressione della sequenza codificante per GFP? Cosa succede quindi se il gene è inserito come transgene in un topo?
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Per quale tipo di studi è sfruttato l’ esperimento di tipo transgenici con la proteina GFP e a che scopo? Quale è un altro esempio di utilità di questi esperimenti?
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Cosa contengono i transgeni utilizzati per fare lo studio sulla neurogenina? Cosa c’è bisogno di visualizzare?
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Quali sono le mutazioni utilizzate in tre diversi transgeni per la neurogenina, cosa si osserva con una di esse e cosa se ne deduce?
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Quali sono riassuntivamente gli studi che si possono fare utilizzando dei transgeni?
222
Come si potrebbe fare loss of function con un modello transgenico?
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Alla base di cosa vi è il problema di fare LOF con un modello transgenico e con quali altri modelli non si ha questo tipo di problema, cosa viene sfruttato infatti al loro interno?
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Cosa si può fare per inattivare un gene endogeno nei modelli knock out?
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Di cosa vi è bisogno per poter sostituire nei modelli knock out una sequenza codificante per una proteina funzionale e come viene inserito? Su quali cellule viene fatto questo processo per via dell’ efficienza?
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A cosa serve il marker di selezione positiva nei modelli knock out?
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Cosa avremmo genotipicamente e fenotipicamente nei topi omozigoti wyld type, in relazione agli esperimenti di kock out?
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Cosa avremmo genotipicamente e fenotipicamente nei topi eterozigoti wild type-knock out, in relazione agli esperimenti di kock out?
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Cosa avremmo genotipicamente e fenotipicamente nei topi omozigoti knock out, in relazione agli esperimenti di kock out?
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Come si fa un esperimento di knock out con il gene per Tcf-4? Quali sono le conseguenza a livello molecolare?
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In un organismo knock out -/- per il gene di Tcf-4, cosa cambia nel suo colore e perché non sopravvive per più di 24 ore?
225
Negli esperimenti di knock out di Dicer, quale esone viene eliminato e con cosa è sostituito? Quale è la conseguenza e cosa si deduce da questo esperimento?
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Quali possono essere le ragioni per cui in un omozigote knock out -/-, può comunque presentarsi in alcuni casi un fenotipo sano?
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Che cosa osserviamo in modelli knock out costituitivi, e perché spesso a scopo della ricerca è meglio utilizzare modelli knock out condizionali?
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Quale è il vantaggio del conditional knock out rispetto al costitutive knock out? Che sistema viene sfruttato?
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Nel sistema Loxp-Cre, nel knock out condizionale, quale tipo di enzima viene utilizzato e quali sono le fasi della sua azione? Come viene sfruttato nell’ esperimento vero e proprio?
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Che vantaggio da il sistema Loxp-Cre nel knock out condizionale rispetti al knock out costitutivo?
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Quali sono i 3 alleli modificati che in tipo KO condizionale deve necessariamente avere? Che elemento serve inoltre per garantire una tessuto specificità del processo?
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Come si ottiene tessuto specificità nel KO condizionale nel caso del promotore epatico per l’albumina?
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Quali sono le fasi previste dal knock out condizional di Dicer nei precursori cardiaci del topo? Cosa si ottiene e per quale motivo?
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Come si può aggiungere un sistema di controllo temporale del knock out condizionale di Dicer nei precursori cardiaci del topo?
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In quali situazioni si può trovare la Cre ricombinasi e che effetto determina nel knock out condizionale, se sottoposta sia a controllo spaziale che temporale (e che elementi vengono usati per farlo)?
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Come si può scegliere in quale tessuto e quando fare knock out nel knock out condizionale?
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Cosa vuol dire fare knock in con un modello di topo? Quali sono le due principali conseguenze che voglio avere come risultato?
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Cosa è necessario inserire in una cellula di un modello di topo knock in per fare esperimenti di knock in?
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Da cosa è causata la progeria o sindrome di Hutchinson Gilford a livello molecolare, e che conseguenze ha a livello fenotipico, in eterozigosi e in omozigosi? Come si può fare knock in con modelli di topo?
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Quali sono i tre elementi fondamentali per realizzare un esperimento di knock in condizionale nei modelli di topo?
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Cosa è necessario che ci sia nella cassetta LoxP-STOP-LoxP nel knock in condizionale?
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Quale è la prima cosa che accade nel knock in condizionale qual’ora la sequenza mutante del gene è inserita downstream rispetto alla cassetta LoxP-STOP-LoxP?
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Cosa è necessario per “sbloccare” l’RNA polimerasi e quindi la trascrizione del gene mutante nel knock in condizionale?
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Come funziona il sistema LoxP-STOP-LoxP per knock in condizionale nel caso del gene Kras? Cosa garantisce una tessuto specificità in questo caso?
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Quale è la conseguenza tissutale di knock in per il gene Kras e su cosa viene fatto contemporaneamente knock out?
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