Sequenziamento dell' RNA Flashcards
Cosa vuol dire sequenziare un acido nucleico e cosa ci permette di fare? Cosa cambia rispetto ai metodi di detection con PCR?
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Cosa bisogna fare inizialmente nel sequenziamento genico all’ RNA preso come campione?
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Quali sono le fasi a livello molecolare nel sanger sequencing, da cosa è effettuato? Perché è definito un metodo di sequenziamento per sintesi?
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Quale è la prima fase del sequenziamento genico, dopo che si è purificato l’RNA? Perché è necessaria?
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Una volta frammentato il cDNA nel sequenziamento del DNA, cosa viene fatto?
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Perché è importante che, prima che vengano inserite nel sequenziatore, le molecole di cDNA ignoto vengano ibridate con molecole di DNA noto?
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Una volta poste nel sequenziatore gli ibridi di cDNA e DNA noto, cosa viene prodotto a livello grafico?
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In cosa consiste la fase di allineamento nel sequenziamento del DNA? Cosa si può capire al termine di essa?
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Una volta che nel sequenziamento del DNA, sono stati resi noti i geni del DNA e il numero di trascritti prodotti da ciascuno, cosa si può concludere?
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Nel programma realizzato dal sequenziatore (sequenziamento del DNA), in seguito ad allineamento, cosa rappresentano i segmenti allineati in determinate colonne che corrispondono a delle sottoporzioni di una porzione di genoma? A cosa corrispondono le zone con più frammenti e a cosa invece le zone vuote?
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Una volta tracciata la tabella dei geni con la relativa espressione di ciascuno dopo aver fatto sequenziamento, a cosa corrispondono righe e colonne e cosa è possibile comparare?
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Nella tabella formulata dal sequenziatore dopo sequenziamento verranno proiettati tutti i geni con la propria espressione, ma quali saranno quelli su cui focalizzarsi (ad esempio a scopo diagnostico)?
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Cosa mettono in mostra le heatmap, ottenute da sintesi dei grafici ottenuti dal sequenziatore (sequenziamento del DNA)?
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Cos’ è SOX-17 e cosa permette? Cosa è stato verificato impedendo la sua espressione?
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Cosa emerge da ciascun grafico (a,b,c,e) tracciati per fare confronto tra cellule tumorali che sanno formare i tumori e cellule in cui è stata impedita l’ espressione di SOX-17? Quale conclusione viene dedotta?
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Quale è la differenza nello scopo tra RT-PCR e sequenziamento del DNA? Cosa deve essere effettuato in entrambi i casi nelle cellule di interesse? È possibile effettuare gli stessi metodi ma senza dover produrre un lisato?
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